一種檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法技術

本發明專利技術提供了一種檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法，以1頭正常泌乳奶牛和1頭患有乳房炎奶牛為樣本，取其乳腺組織，提取其總RNA，并混合；去核糖體RNA，再去含polyA的RNA；得到的mRNA隨機打斷成為短片段，合成cDNA第一鏈、cDNA第二鏈，洗脫經末端修復、加堿基A，加測序接頭，降解第二條鏈；進行片段大小選擇，PCR擴增，構建文庫；建好的測序文庫進行測序；然后獲取Clean?reads、Cufflinks重構轉錄本、non-coding?RNA庫注釋，進行蛋白庫比對，過濾和去除mRNA，經CPC預測，得到Long?Chain?Non-Coding?RNA預測序列結果文件；根據牛編碼蛋白質的基因序列和lncRNA序列，開發并設計同時檢測奶牛乳腺組織lncRNA和mRNA的芯片?？梢詽M足有關牛乳腺組織lncRNA的研究，對牛其它組織器官lncRNA表達、功能等方面的研究也有借鑒作用。

【技術實現步驟摘要】

【技術保護點】
一種檢測奶牛乳腺組織lncRNA基因芯片的設計方法，其特征在于：包括以下步驟：(1)以1頭正常泌乳奶牛和1頭患有乳房炎奶牛為樣本，取其乳腺組織，提取其總RNA，并混合；(2)混合后的總RNA去核糖體RNA，再去含polyA的RNA，以去除大部分coding序列；(3)得到的mRNA隨機打斷成為短片段，再以片斷后的mRNA為模板，合成cDNA第一鏈，再合成cDNA第二鏈，經過QiaQuick?PCR試劑盒純化并加EB緩沖液洗脫經末端修復、加堿基A，加測序接頭，然后降解第二條鏈；(4)然后進行片段大小選擇，進行PCR擴增，構建文庫；(5)最后建好的測序文庫用Illumina?HiSeqTM?2000進行測序；(6)然后獲取Clean?reads、Cufflinks重構轉錄本、non?coding?RNA庫注釋，和KEGG、NR、COG、SWISSPROT四個數據庫進行蛋白庫比對，過濾和去除mRNA，最后經CPC預測，得到所需要的Long?Chain?Non?Coding?RNA預測序列結果文件；(7)在此基礎上，根據牛編碼蛋白質的基因序列和lncRNA序列，開發并設計同時檢測奶牛乳腺組織lncRNA和mRNA的芯片。...

【技術特征摘要】

【專利技術屬性】
技術研發人員：毛永江，朱小瑞，邢世宇，李銳，楊章平，
申請(專利權)人：揚州大學，
類型：發明
國別省市：江蘇;32