本發明專利技術公開了一種基于KASP技術檢測小麥功能基因的成套引物及其應用。本發明專利技術所提供的成套引物是針對小麥的14個功能基因分別設計的共14組KASP引物，其具體的核苷酸序列為序列表中序列1-42。利用本發明專利技術所提供的成套KASP引物，可以快速檢測不同小麥品種功能基因，其檢測方法簡便、快捷，檢測結果準確可靠。本發明專利技術對利用分子標記輔助選擇小麥品種具有重要的理論意義和經濟價值。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于分子生物學領域，涉及一種基于KASP技術檢測小麥功能基因的成套 引物及其應用。
技術介紹
近年來，基于DNA序列多態性的分子標記受到國內外育種家的高度重視。利用與 目標性狀緊密連鎖的分子標記進行選擇，不受環境影響，選擇結果可靠，而且在聚合有利性 狀時，可以在回交滲透過程中通過遺傳背景選擇，減少連鎖累贅，加速育種進程。因此，通過 現代分子生物學手段開發控制小麥重要性狀的分子標記，對我國小麥育種具有重要意義。 迄今為止，小麥遺傳育種中常用的分子標記有RFLP、RAPD、AFLP、SSR、STS、CAPS、DArT、SCAR和SNP。隨著小麥基因的克隆，基于小麥功能基因開發的功能標記也逐漸得到應 用。在小麥中，幾十個重要性狀的基因已經克隆，其相應的功能標記為育種家向新品種導入 有利基因提供了方便，通過目標選擇，并結合感興趣性狀的功能基因的有利等位變異，提尚 了選擇效率，縮短了育種年限。Zhang等（2014)根據控制水稻籽粒大小的基因0sGS3同源 克隆了小麥TaGS-Dl基因，并據此開發了功能標記GS7D，經連鎖分析發現與小麥千粒重有 顯著的相關性，應用于篩選千粒重較高的品種。Jiang等（2015)克隆了 0sGIF(0sCWI2)在 小麥中的同源基因TaCWI-4A，開發了caps4A標記，用于選擇千粒重較高和穗粒數較多的品 種。He等（2009)和Wang等（2009)分別開發了黃色素合成途徑中八氫番茄紅素合成酶基 因Psy-Bl的功能標記YP7B-1、YP7B-2、YP7B-3 和Psyl-Dl的功能標記YP7D-1、YP7D-2,與 小麥籽粒中的黃色素含量顯著相關，可以通過檢測該酶的等位基因型篩選黃色素含量較高 (=類胡蘿卜素含量較高）、營養價值較好的品種，省去了做成品的步驟，方便了育種家選 擇優質品種。所以，利用功能標記檢測不同小麥品種功能基因的等位基因型，給育種家輔助 選擇品種提供了很大幫助。 盡管這些功能標記在小麥功能基因檢測方面已得到部分應用，但操作過程繁瑣復 雜，需要酶切、電泳，檢測效率低。在育種過程中育種家篩選大量后代材料，需要較高成本和 較長時間，此方法難以滿足生產需要。因此，建立一種快速、高效、便捷檢測不同小麥品種功 能基因的方法非常必要。 KASP技術（即競爭性等位基因特異性PCR)是目前國際上主流的基因分型方法之 一，基于引物末端堿基的特異匹配來對SNP和特定位點上的InDel進行精準的雙等位基因 判斷。引物采用3條特異性引物，其中上游引物2條，3'端為等位變異堿基，5'端添加通 用熒光接頭序列，下游引物為普通引物，常規PCR擴增，終點法熒光信號檢測。該技術準確 率高，靈活性超強，無需昂貴的雙色標記探針，最低的DNA樣本需求，無需全基因組擴增，快 速高效，可以高通量檢測大量樣本的少數幾個標記。
技術實現思路
本專利技術的一個目的是提供一種用于檢測小麥功能基因的成套KASP引物。 本專利技術提供了一種用于檢測小麥功能基因的成套KASP引物，其中所述小麥功 能基因為Pp〇-Dl基因、TaPod-Al基因、TaCKX6-Dl基因、TaCWl-4A基因、TaGS-Dl基因、 TaGASR7-Al基因、1-FEHw3 基因、Pinb2-v2 基因、Psy-Bl基因、Psyl-Dl基因、TaZds-Al基 因、Talyce-Bl基因、TaPds-Bl基因、Glu-Bl基因，所述成套KASP引物具體由如下（1) - (14) 組成： (1)特異于所述Ppo-Dl基因的KASP引物：引物1、引物2和引物3;所述引物1為 自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列1的第22-41位的單鏈DNA;所述引物2 為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列2的第22-41位的單鏈DNA;所述引 物3為核苷酸序列如序列表中序列3所示的單鏈DNA; (2)特異于所述TaPod-Al基因的KASP引物：引物4、引物5和引物6;所述引物4 為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列4的第22-42位的單鏈DNA;所述引 物5為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列5的第22-42位的單鏈DNA;所 述引物6為核苷酸序列如序列表中序列6所示的單鏈DNA; ⑶特異于所述TaCKX6-Dl基因的KASP引物：引物7、引物8和引物9 ;所述引物 7為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列7的第22-44位的單鏈DNA;所述引 物8為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列8的第22-39位的單鏈DNA;所 述引物9為核苷酸序列如序列表中序列9所示的單鏈DNA; ⑷特異于所述TaCWl-4A基因的KASP引物：引物10、引物11和引物12 ;所述引 物10為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列10的第22-53位的單鏈DNA; 所述引物11為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列11的第22-53位的單鏈 DNA;所述引物12為核苷酸序列如序列表中序列12所示的單鏈DNA;(5)特異于所述TaGS-D1基因的KASP引物：引物13、引物14和引物15 ;所述引物 13為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列13的第22-42位的單鏈DNA;所述 引物14為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列14的第22-42位的單鏈DNA; 所述引物15為核苷酸序列如序列表中序列15所示的單鏈DNA; (6)特異于所述TaGASR7-Al基因的KASP引物：引物16、引物17和引物18;所述 引物16為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列16的第22-41位的單鏈DNA; 所述引物17為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列17的第22-41位的單鏈 DNA;所述引物18為核苷酸序列如序列表中序列18所示的單鏈DNA; (7)特異于所述1-FEHw3基因的KASP引物：引物19、引物20和引物21;所述引 物19為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列19的第22-41位的單鏈DNA; 所述引物20為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列20的第22-41位的單鏈 DNA;所述引物21為核苷酸序列如序列表中序列21所示的單鏈DNA; (8)特異于所述Pinb2-v2基因的KASP引物：引物22、引物23和引物24;所述引 物22為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列22的第22-46位的單鏈DNA; 所述引物23為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列23的第22-48位的單鏈 DNA;所述引物24為核苷酸序列如序列表中序列24所示的單鏈DNA; (9)特異于所述Psy-Bl基因的KASP引物：引物25、引物26和引物27;所述引物 25為自5'端到3'端依次為標簽序列A和序列表中序列25的第22-41位的單鏈DNA;所述 引物26為自5'端到3'端依次為標簽序列B和序列表中序列26的第22-41位的單鏈DNA; 所述引物27為核苷酸序列如序列表中序列27所示的單鏈DNA; (10)特異于所述Psyl-Dl基因的KASP引物：引物28、引物29和引物30 ;所述引 物28為自5'本文檔來自技高網...
【技術保護點】
用于檢測小麥功能基因的成套KASP引物，所述小麥功能基因為Ppo?D1基因、TaPod?A1基因、TaCKX6?D1基因、TaCW1?4A基因、TaGS?D1基因、TaGASR7?A1基因、1?FEH?w3基因、Pinb2?v2基因、Psy?B1基因、Psy1?D1基因、TaZds?A1基因、Talyce?B1基因、TaPds?B1基因、Glu?B1基因，其特征在于：所述成套KASP引物由如下(1)?(14)組成：(1)特異于所述Ppo?D1基因的KASP引物：引物1、引物2和引物3；所述引物1為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列1的第22?41位的單鏈DNA；所述引物2為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列2的第22?41位的單鏈DNA；所述引物3為核苷酸序列如序列表中序列3所示的單鏈DNA；(2)特異于所述TaPod?A1基因的KASP引物：引物4、引物5和引物6；所述引物4為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列4的第22?42位的單鏈DNA；所述引物5為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列5的第22?42位的單鏈DNA；所述引物6為核苷酸序列如序列表中序列6所示的單鏈DNA；(3)特異于所述TaCKX6?D1基因的KASP引物：引物7、引物8和引物9；所述引物7為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列7的第22?44位的單鏈DNA；所述引物8為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列8的第22?39位的單鏈DNA；所述引物9為核苷酸序列如序列表中序列9所示的單鏈DNA；(4)特異于所述TaCW1?4A基因的KASP引物：引物10、引物11和引物12；所述引物10為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列10的第22?53位的單鏈DNA；所述引物11為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列11的第22?53位的單鏈DNA；所述引物12為核苷酸序列如序列表中序列12所示的單鏈DNA；(5)特異于所述TaGS?D1基因的KASP引物：引物13、引物14和引物15；所述引物13為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列13的第22?42位的單鏈DNA；所述引物14為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列14的第22?42位的單鏈DNA；所述引物15為核苷酸序列如序列表中序列15所示的單鏈DNA；(6)特異于所述TaGASR7?A1基因的KASP引物：引物16、引物17和引物18；所述引物16為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列16的第22?41位的單鏈DNA；所述引物17為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列17的第22?41位的單鏈DNA；所述引物18為核苷酸序列如序列表中序列18所示的單鏈DNA；(7)特異于所述1?FEH?w3基因的KASP引物：引物19、引物20和引物21；所述引物19為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列19的第22?41位的單鏈DNA；所述引物20為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列20的第22?41位的單鏈DNA；所述引物21為核苷酸序列如序列表中序列21所示的單鏈DNA；(8)特異于所述Pinb2?v2基因的KASP引物：引物22、引物23和引物24；所述引物22為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列22的第22?46位的單鏈DNA；所述引物23為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列23的第22?48位的單鏈DNA；所述引物24為核苷酸序列如序列表中序列24所示的單鏈DNA；(9)特異于所述Psy?B1基因的KASP引物：引物25、引物26和引物27；所述引物25為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列25的第22?41位的單鏈DNA；所述引物26為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列26的第22?41位的單鏈DNA；所述引物27為核苷酸序列如序列表中序列27所示的單鏈DNA；(10)特異于所述Psy1?D1基因的KASP引物：引物28、引物29和引物30；所述引物28為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列28的第22?46位的單鏈DNA；所述引物29為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列29的第22?47位的單鏈DNA；所述引物30為核苷酸序列如序列表中序列30所示的單鏈DNA；(11)特異于所述TaZds?A1基因的KASP引物：引物31、引物32和引物33；所述引物31為自5’端到3’端依次為標簽序列A和序列表中序列31的第22?42位的單鏈DNA；所述引物32為自5’端到3’端依次為標簽序列B和序列表中序列32的第22?42位的單鏈DNA；所述引物33為核苷酸序列如序列表中序列33所示的單鏈DNA；(12)...
【技術特征摘要】
【專利技術屬性】
技術研發人員：何中虎，阿韋斯·拉希德，盧家玲，夏先春，
申請(專利權)人：中國農業科學院作物科學研究所，
類型：發明
國別省市：北京;11
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