本發明專利技術公開了一個雞翻毛性狀相關的分子標記及其應用，屬于生物技術領域，在E22C19W28_E50C23區域雞的KRT基因連鎖群（genbank序列號AADN03009152.1）第56648位堿基處有一個A56648-G56648的堿基替換，該替換引起SNP多態性，通過采用檢測引物在該位點堿基替換情況來作雞標記輔助選擇關聯分析，判斷雞翻毛性狀。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于家禽基因工程中的分子標記制備
，具體涉及一種作為雞標記輔助選擇關聯分析的與雞翻毛性狀相關的分子標記及其在關聯分析中應用。
技術介紹
近年來，隨著分子遺傳學和生物技術的發展，雞分子生物學水平上的研究也越來越多。我國是一個講究美食的國家，對雞的青睞，源于千百年來養成的飲食習慣，禽產品的消費市場以鮮活為主，注重產品外部性狀，要求產品具有很好的買相，如羽毛顏色、形狀等。這些性狀雖無直接經濟價值，但由于我國不同地區長期形成的消費習慣，就導致了對某種性狀的偏愛，情愿出較高的價錢購買，從而就形成了間接的經濟性狀。雞主要有平毛、絲毛和翻毛三個羽毛類型，翻毛雞類似于人的卷發，不僅外觀美，還具有一定的抗熱性。目前，翻毛雞品種選育和商品化生產面臨著一些技術難題，主要問題是翻毛性狀的保持。由于翻毛性狀由共顯性基因控制，純合翻毛基因型和雜合半翻型很難通過表型選育，使得翻毛雞群體難以純化。所以，利用常規育種手段，選擇的周期長，進展緩慢。此外，要想純化翻毛群體，需要通過測交的方法檢出雜合個體。當對某一待測個體進行測交時，需觀測到5個以上的后代均為翻毛時，才有95%的把握認定待測個體基因型為顯性純合。這樣需要進行大量的測交，不僅延長選育的周期，還造成很高的財力、人力負擔。因此，分離克隆影響雞的翻毛性狀的新基因并尋找重要的分子標記用于雞標記輔助選擇，對加速雞新品種的選育，加快我國養雞業的發展具有極其重要的意義。分子標記(DNAMolecular marker)技術的發展完善，為家禽改良提供了新的手段，利用分子標記輔助選擇(Marker Assisted Select1n，MAS)對基因型進行輔助選擇，可以充分利用表型、系譜和遺傳標記的信息，與只利用表型和系譜信息的常規選種方法相比，具有更大的信息量，優越性非常明顯。因此，標記輔助選擇越來越受到重視，并不斷地被應用到家禽育種的實踐中去。目前，在雞的選育中已發現和應用了一些DNA分子標記，如雞魚腥味(FM03)基因、綠殼(SLC01B3)基因和矮小(dw)基因等。與其他幾種遺傳標記一一形態學標記、生物化學標記、細胞學標記相比，DNA分子標記具有很多優點:在雞的基因組中變異豐富、標記的數量幾乎是無限的；不影響雞目標性狀的表達，與不良性狀沒有連鎖關系、能夠快而簡便的檢測標記與雞相關性狀的相關性。廣泛應用于遺傳育種、基因組作圖、基因定位、物種親緣關系鑒別、基因庫構建、基因克隆等方面。
技術實現思路
KRT75相關基因在毛發和指甲發育中發揮重要作用，但是其功能研究還不是很透徹，本專利技術通過尋找該基因中的變異位點，通過與性狀間的關聯分析發現基因與性狀間的關系是研究基因功能的一個重要手段，也是進行標記輔助選擇的基礎，基于此，本專利技術提供了作為雞標記輔助選擇的與雞翻毛性狀相關的分子標記，并將該分子標記作為雞的標記輔助選擇的應用。本專利技術通過以下技術方案實現: 雞翻毛性狀相關的分子標記，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID N0:1所示。更具體地，在SEQ ID NO:1所示序列的第117位堿基處有一個A117-G117的堿基替換，該替換引起SNP多態性。其中用于檢測SEQ ID NO:1所示序列的第117位堿基處有一個A117-G117的堿基替換的引物對的DNA序列如下所示: 正向引物:5' -TGATGACCTACGGAACAACC-3'， 反向引物:5' -ATGGCAATGGATGGCTGA -3'。前述雞翻毛性狀相關的分子標記按如下方法構建: a提取待測雞的基因組DNA ; b雞E22C19W28_E50C23KRT基因連鎖群區域設計引物。C以基因組DNA為模板，用設計引物對進行PCR擴增，得到PCR擴增產物，PCR產物直接測序，對測序結果進行比對，對突變位點和翻毛性狀進行相關分析驗證，從而找到上述引物對； d利用上述引物進行擴增，測定產物核苷酸序列。本專利技術的雞翻毛性狀相關的分子標記可用于應用于與雞翻毛相關性狀標記輔助選擇的關聯分析上。本專利技術還提供了了一種輔助鑒定翻毛雞中的翻毛基因純合子(AA)、翻毛基因雜合子(AG)和平毛基因純合子(GG)的方法，包括如下步驟: a提取待測雞的基因組DNA ; b以基因組DNA為模板，用所述引物對進行PCR擴增，得到PCR擴增產物；c根據PCR產物測序鑒定PCR擴增直接測序，測定產物核苷酸序列，從而判斷是待測雞為候選是翻毛基因純合子，還是翻毛基因雜合子和平毛基因的純合子。本專利技術保護所述引物對在輔助鑒定翻毛雞中的翻毛基因純合子(AA)、翻毛基因雜合子(AG)和平毛基因純合子(GG)中的應用。所述的引物對可用于制備輔助鑒定翻毛雞中的翻毛基因純合子、翻毛基因雜合子和平毛基因純合子的試劑盒。所述引物對，所述方法或所述試劑盒均可用于翻毛雞育種。如需對翻毛雞進行選育以提高純度，該標記可用以對翻毛位點的變化進行跟蹤，從而在選育后代中保持翻毛性狀。本專利技術還保護一種翻毛雞育種方法，是采用翻毛雞中的翻毛基因純合子進行 育種。本專利技術可以彌補常規育種方法的不足，縮短育種周期，提高育種的準確性。本專利技術的優點:(I)建立在翻毛基因精細定位的基礎之上，在定位區域內找到I個SNP位點，該標記與翻毛性狀顯著關聯，根據標記基因型推斷個體為翻毛的準確性大于94%; (2)不受性別限制；(3)本專利技術在個體雛雞階段即可推斷出個體表型及基因型，可以早選擇早淘汰，可縮短育種時間，加快育種進程，節省飼養成本。【附圖說明】圖1:是本專利技術中雞E22C19W28_E50C23區域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段。所用的引物序列用方框標注(括號內為突變的堿基)。圖2是本專利技術中雞E22C19W28_E50C23區域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段測序圖，基因型AA。圖3是本專利技術中雞E22C19W28_E50C23區域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段測序圖，基因型AG。圖4是本專利技術中雞E22C19W28_E50C23區域KRT基因連鎖群用于定位的DNA片段測序圖，基因型GG。【具體實施方式】 下面結合附圖和具體實施例對本專利技術作進一步說明，這些實施例僅用于舉例說明本專利技術，而不對本專利技術的范圍構成任何限制。實施例1、雞E22C19W28_E50C23區域雞的KRT基因連鎖群A117G突變位點的特異性引物設計 修水黃羽烏雞是我國著名的翻毛雞品種，因翻毛基因為顯性基因，所以群體中仍存在部分攜帶隱性基因的雜合子。翻毛基因純合子之間當前第1頁1 2 本文檔來自技高網...
【技術保護點】
雞翻毛性狀相關的分子標記，其特征在于：核苷酸序列如序列表序列1和2所示。
【技術特征摘要】
【專利技術屬性】
技術研發人員：武艷平，謝金防，霍俊宏，劉林秀，謝明貴，康昭風，季華員，
申請(專利權)人：江西省農業科學院畜牧獸醫研究所，
類型：發明
國別省市：江西;36
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