一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記及應用制造技術

本發明專利技術屬于家禽分子標記制備技術領域，具體涉及一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記及應用。所述的分子標記從鴨POU1F1基因中克隆得到，并分別在第2內含子、第5內含子和3’端找到與鴨生長性狀相關的分子標記，該分子標記具體涉及4個與鴨生長性狀相關的SNP分子標記及由這4個SNP構成的單倍型分子標記。該分子標記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO：1?3所示。本發明專利技術為鴨生長性狀的標記輔助選擇提供了一種新的SNP分子標記和單倍型分子標記。

POU1F1 haplotype molecular markers related to growth traits in ducks and application thereof

The invention belongs to the technical field of poultry molecular mark preparation, in particular to a POU1F1 haplotype molecular marker related to duck growth traits and its application. Molecular markers from the duck POU1F1 gene was cloned, and respectively in the second intron, intron fifth and 3 'end to find molecular markers associated with growth traits in duck, the specific molecular markers involved 4 haplotypes and molecular markers related to growth traits of duck SNP and composed of the 4 SNP markers. The nucleotide sequence of the molecular marker 3 as shown in SEQ ID NO:1. The present invention provides a new SNP molecular marker and haplotype molecular marker for marker assisted selection of duck growth traits.

【技術實現步驟摘要】

本專利技術屬于家禽分子標記篩選
，具體涉及一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記及應用。
技術介紹
生長性狀是畜禽生產中重要的經濟性狀，它能夠反映畜禽的生長發育狀況，是畜禽養殖場生產水平和經濟效益的重要指標。畜禽的生長性狀為微效多基因控制的數量性狀，尋找鑒定與目標性狀相關的候選基因及分子標記是非常必要的。但一個候選基因通常存在多個SNPs位點，且許多表型性狀不是由單個SNP引起的，而是由多個SNPs的特定組合所致，這種SNPs特定組合即是單倍型。不同SNP位點上核苷酸堿基的線型排列即為一種SNP單倍型。單倍型集合了多個SNPs的信息，可為目標性狀的研究提供更加豐富的信息、更加可靠的參考。垂體特異性轉錄因子POU1F1(POU class 1 homeobox 1)，又稱Pit-1(Pituitary Specific Transription Factor-1)，是動物垂體前葉特異表達的一種具有重要功能的轉錄因子。POU1F1主要參與調節機體細胞的生長與發育，并對垂體激素分泌細胞的基因轉錄起重要調節作用。在哺乳動物中的研究發現，小鼠POU1F1與伴性矮小基因dw基因座存在緊密連鎖關系，并影響小鼠的生長發育過程；在人POU1F1中發現了20多個突變，可導致垂體的發育不全，阻礙激素的分泌，引起矮小現象的出現；豬POU1F1基因突變影響我國著名小型香豬的生長；在牛和羊POU1F1基因中均檢測到與生產性狀顯著相關的突變位點。在家禽中，雞POU1F1基因多態性對生長性狀和屠體性狀影響顯著；在鵝POU1F1基因中也發現了與早期體重顯著相關的多態位點。這些研究表明POU1F1對機體的生長發育具有重要調控作用，因此，在鴨中尋找鑒定POU1F1基因與生長性狀相關的SNP及單倍型分子標記對畜禽生長性能的提高具有重要意義。
技術實現思路
本專利技術的目的在于尋找鴨POU1F1基因的SNP位點，提供一種單倍型分子標記在鴨生長性狀檢測中應用，并以此作為鴨生長性狀相關的SNP及單倍型分子標記在標記輔助選擇中的應用。本專利技術通過以下技術方案實現：申請人提供了第一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記，所述的單倍型分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在該序列的第137位的堿基處有一個T/C突變，該突變導致TaqⅠ酶切的多態性。申請人提供了第二種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記，所述的單倍型分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示；在該序列的第128位的堿基處有一個T/A突變，該突變導致DraⅠ酶切的多態性。申請人提供了第三種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記，該單倍型分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示；在該序列的第84位和114位的堿基處有A/C和T/A的兩個突變，所述突變分別導致ScaⅠ和SmiⅠ酶切的多態性。擴增或檢測如SEQ ID NO：1所述的分子標記的引物對，其DNA序列如SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：5所示。擴增或檢測如SEQ ID NO：2所述的分子標記的引物對，其DNA序列如SEQ ID NO：6和SEQ ID NO：7所示。擴增或檢測如SEQ ID NO：3所述的分子標記的引物對，其DNA序列如SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9所示。申請人提供了一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記的應用的方法，所述的應用包括：提取待測樣本的鴨基因組DNA，用序列表SEQ ID NO：4-9所示的序列的特異性引物擴增分別得到337bp、433bp和347bp的片段，將所述的目的片段分別用TaqⅠ、DraⅠ、ScaⅠ與SmiⅠ酶切，得到3個PCR產物的4個RFLP圖譜，根據圖譜中的帶型篩選得到h4h4和h2h4單倍型組合的個體。具體地，本專利技術的步驟是：提取待測樣本的鴨基因組DNA，針對鴨POU1F1基因的第2內含子、第5內含子和3’端共設計3對引物(見實施例1)，用序列表SEQ ID NO：4-9所示的特異性引物擴增分別得到337bp、433bp和347bp的片段，目的片段經回收后直接測序，比對分析后共發現4個SNPs位點，分別引起了TaqⅠ、DraⅠ、ScaⅠ和SmiⅠ酶切位點的改變。這4個位點經PCR-RFLP酶切分型，每個位點均出現3種基因型，且最后兩個位點的基因型完全一一對應，可合并為一個位點。利用PHASE2.1軟件分析這幾個SNPs產生的單倍型種類及其頻率，SAS軟件進行基因型與性狀間的關聯分析。結果顯示，在SEQ ID NO：1所示序列的第137位T/C位點從第4周開始對生長性狀有顯著影響(P<0.05)，128T/A、84A/C(114T/A)從第2周開始對生長性狀有顯著影響(P<0.05)；4個位點重構的單倍型，不同單倍型組合從第2周開始對生長性狀有顯著影響(P<0.05)，其中h4h4與h2h4單倍型組合的生長性狀值最大。本專利技術通過直接測序、PCR-RFLP、單倍型構建及關聯分析的方法得到與鴨生長性狀相關的分子標記，為鴨的分子標記輔助選擇提供了4個新的SNPs分子標記及1個單倍型分子標記。更詳細的技術方案參見《具體實施方式》。附圖說明序列表SEQ ID NO：1是本專利技術篩選得到的與鴨生長性狀相關的其中一個分子標記的核苷酸序列，序列長度為337bp，在該序列的137位存在一個T/C的堿基突變，該突變導致TaqⅠ酶切的多態性。序列表SEQ ID NO：2是本專利技術篩選得到的與鴨生長性狀相關的第二個分子標記的核苷酸序列，序列長度為共433bp，在該序列中的128位有一個T/A的堿基突變，該突變導致DraⅠ酶切的多態性。序列表SEQ ID NO：3是本專利技術篩選得到的與鴨生長性狀相關的另一個分子標記的核苷酸序列，序列長度為共347bp，在該序列中的84位、114位依次存在兩個A/C、T/A的堿基突變，該突變分別導致ScaⅠ和SmiⅠ酶切的多態性。序列表SEQ ID NO：4和SEQ ID NO：5是本專利技術制備的擴增或檢測如SEQ ID NO：1所示的分子標記的引物對引物。序列表SEQ ID NO：6和SEQ ID NO：7是本專利技術制備的擴增或檢測如SEQ ID NO：2所示的分子標記引物對引物。序列表SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9是本專利技術制備的擴增或檢測如SEQ ID NO：3所示的分子標記的引物對引物。圖1：是POU1F1基因4個SNPs位點的測序峰圖。附圖標記說明：圖1中依次為：137位T/C、128位T/A、84位A/C和114位T/A位點的測序峰圖。圖2：是POU1F1基因4個SNPs位點的PCR-RFLP瓊脂糖凝膠電泳圖譜。附圖標記說明：圖中依次為：137位T/C、128位T/A、84位A/C和114位T/A位點的PCR-RFLP瓊脂糖凝膠電泳圖譜。圖3：是本專利技術篩選的其中一個分子標記的原序列。序列方框中的堿基(137位)為突變位點，突變位點附近帶下劃線部分為酶切位點，在序列首尾部分的陰影區下劃線部分是正向引物(1-18位)和反向引物(320—337位)序列。圖4：是本專利技術篩選的第二個分子標記的原序列。序列方框(128位)中的堿基為突本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記，其特征在于：所述的單倍型SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ?ID?NO：1所示；在該序列的第137位的堿基處有一個T/C的突變，所述突變導致TaqⅠ酶切的多態性。

【技術特征摘要】
1.一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記，其特征在于：所述的單倍型SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在該序列的第137位的堿基處有一個T/C的突變，所述突變導致TaqⅠ酶切的多態性。2.一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記，其特征在于：所述的單倍型SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示；在該序列的第128位的堿基處有T/A的一個突變，所述突變導致DraⅠ酶切的多態性。3.一種鴨生長性狀相關的POU1F1單倍型分子標記，其特征在于：所述的單倍型SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示；在該序列的第84位和114位的堿基處有...

【專利技術屬性】
技術研發人員：龔萍，楊永平，葉勝強，楊宇，王麗霞，鄧兵，凌明湖，劉武，冉志平，
申請(專利權)人：武漢市農業科學技術研究院畜牧獸醫科學研究所，
類型：發明
國別省市：湖北;42