基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測集合、試劑盒及檢測方法技術

本發明專利技術公開了一種基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測集合、試劑盒及檢測方法。耳聾基因檢測集合包括258個基因和81個非CDS區域以及全線粒體組。檢測方法包括：針對所述的部分或全部的耳聾病的基因及位點設計引物；以待測樣本的DNA為模板，利用所述的引物進行PCR擴增，并基于擴增產物構建耳聾檢測基因文庫；根據所述的耳聾檢測基因文庫建立測序模板，進行高通量測序，分析測序數據信息。本發明專利技術還公開了相關試劑盒。本發明專利技術不僅能夠檢出現有已知突變，還能夠檢出新發突變類型等優點；另外能短時間內完成大量目的區域的測序和分析，對于耳聾相關的幾百個基因的全部外顯子和調控區有可能發生致病突變的位置進行相關測序和分析。

【技術實現步驟摘要】

本專利技術屬于基因工程領域，尤其涉及一種基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測集合、試劑盒及檢測方法。
技術介紹
耳聾是語言學習及交流的最大的障礙，其中50％～70％可能與遺傳因素有關。在世界范圍內，每1000名新生兒中就有1名先天性耳聾患兒。在發達國家，先天性耳聾患者中至少50％是由遺傳因素造成的。據我國衛生部2012年出生缺陷防治報告顯示，先天性聽力障礙在目前出生缺陷中位居首位約1‰-3‰，每年新發出生缺陷達90萬例，先天性聽力障礙約3.5萬例，聽力語言殘疾者達2780萬以上，并以每年新生2-3萬聾兒快速增長。絕大部分遺傳性耳聾為非綜合征性耳聾，不伴隨其他系統疾病。遺傳性耳聾主要有隱性、顯性、伴性染色體遺傳和線粒體母系遺傳四種遺傳方式。目前已發現近300個耳聾疾病相關基因。在我國，常見的耳聾相關基因及突變熱點包括GJB2、(35delG、176del16bP、235delC及299-300delAT)，GJB3(538C>T及547G>A)、SLC26A4(IVS7-2A>G、2168A>G)和線粒體DNA12SrRNA(A1555G)。傳統耳聾基因研究主要采用定位克隆技術，集中在候選基因克隆和位置候選基因克隆，但流程復雜效率不高。Sanger測序是臨床分子診斷的金標準，但是檢測效率低、成本高，傳統的酶切、雜交、TaqMan探針、DHPLC和HRM等方法針對突變熱點進行檢測，但檢測通量較低。近幾年微陣列芯片技術的發展可以同時針對數百個突變位點進行高通量檢測，極大提高了診斷效率，降低了檢測成本。但微陣列芯片技術存在檢測周期長、檢測成本相對較高，對除點突變之外的其他突變類型的檢出能力有限的缺點。以上策略均不適于大量的耳聾散發病例和小家系的研究，特別是對一些罕見的綜合征型耳聾。
技術實現思路
專利技術目的：針對現有技術中存在的問題，本專利技術的其中一個目的是提供基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測集合，較為全面的展現了與聾病相關的基因及位點。本專利技術的第二個目的是提供高通量、檢測成本低、檢測區域大、適用范圍廣的基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測方法，本專利技術的第三個目的是提供基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測試劑盒。技術方案：一種基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測集合，包括：人聾病的基因及位點，其中，所述聾病的基因包括ACSL4、ACTB、ACTG1、ADCY1、ADD1、AGAP1、AIFM1、ALDH7A1、ALMS1、ALX3、AQP1、AQP2、AQP3、ATP2B2、ATP6V0A4、ATP6V1B1、ATP6V1B2、BAI1、BCS1L、BSND、CABP2、CACNA1D、CAMSAP3、CATSPER2、CCDC50、CDH23、CEACAM16、CEMIP、CHD7、CIB2、CISD2、CLDN14、CLIC5、CLPP、CLRN1、COCH、COL11A1、COL11A2、COL2A1、COL4A3、COL4A4、COL4A5、COL4A6、COL9A1、COL9A2、COL9A3、CRYM、DCDC2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、DIABLO、DIAPH1、DIAPH3、DLX5、DNMT1、DSPP、ECE1、ECM1、EDN3、EDNRA、EDNRB、ELMOD3、EPS8、ERCC2、ERCC3、ESPN、ESRRB、ESRRG、EYA1、EYA4、FAM107B、FAM65B、FAS、FBXO33、FCGR2A、FCGR3A、FGF3、FGF8、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLNA、FOXI1、FOXO3、FREM1、FXN、GATA3、GIPC3、GJA1、GJB1、GJB2、GJB3、GJB4、GJB6、GJC3、GLI3、GPR152、GPR98、GPSM2、GRHL2、GRXCR1、GRXCR2、GSTP1、HAL、HARS、HARS2、HCFC1、HGF、HLA-DRB1、HMX1、HOXA1、HOXA2、HSD17B4、HSPA1A、IGF1、IL13、IL1A、ILDR1、JAG1、KARS、KCNE1、KCNE3、KCNJ10、KCNQ1、KCNQ4、KLC2、KLHL18、KRT9、LAMA3、LARS2、LHFPL5、LHX3、LOXHD1、LRIG1、LRP2、LRTOMT、MARVELD2、MASP1、MCPH1、MIR96、MITF、MKRN2、MPZ、MSRB3、MTAP、MYH14、MYH9、MYO15A、MYO1A、MYO1C、MYO1F、MYO3A、MYO6、MYO7A、NDP、NDRG1、NF2、NOS1、NOS2、NR2F1、OCM、OPA1、OSBPL2、OTOA、OTOF、OTOG、OTOGL、OTOR、P2RX2、PABPN1、PAN3、PARP1、PAX2、PAX3、PAX9、PCDH15、PCDH9、PDSS1、PDZD7、PEPD、PEX3、PEX6、PHEX、PHF20、PMP22、PNPT1、POLR1C、POLR1D、POU3F4、POU4F3、PROK2、PROKR2、PRPS1、PRRX1、PTPN22、PTPRQ、RDX、RPGR、SALL1、SALL4、SCARF2、SEC23A、SEMA3E、SERAC1、SERPINB6、SETD5、SIX1、SIX2、SIX5、SLC12A1、SLC17A8、SLC19A2、SLC25A21、SLC26A4、SLC26A5、SLC4A11、SLITRK6、SMAD4、SMPX、SNAI2、SOBP、SOX10、SOX2、SOX9、SPINK5、SPNS2、SRSF7、STRC、SYNE4、TBC1D24、TBL1X、TCF21、TCOF1、TECTA、TFCP2、TIMM8A、TJP2、TMC1、TMEM126A、TMIE、TMPRSS3、TMPRSS5、TNC、TNFRSF11B、TPRN、TRAM2、TRIOBP、TRMU、TSHZ1、TSPEAR、USH1C、USH1G、USH2A、WBP2、WFS1、YWHAE和ZCCHC14；所述位點如下表所示：申請人經過在OMIM、Clinvar、TheHereditaryHearinglossHomepage、DVD等數據庫中收集與整理，并參考美國醫學遺傳學與基因組學學會(ACMG)聯合分子病理學學會(AMP)發布的基因變異的解讀標準及指導原則篩選出致病和可能致病的位點和基因。基因：只要該基因的突變能導致耳聾的發生(致病和可能致病)；線粒體：考慮到線粒體基因的突變能導致聾病，加之部分位點的突變能否導致聾病尚未有確切的答案，所以把所有線粒體序列都包含進去。非CDS：部分能導致或可能導致耳聾發生的位點不在以上所述位置，將這類位點單獨列出來。另外申請人還進行了大量的耳聾相關樣本收集、測序和數據篩選，結合數據庫篩選和實際樣本檢測篩選，申請人獲得了上述基因和位點，上述核基因共計258個，位點包括81個核的非CDS區域以及全線粒體組，能夠較為全面的展現與聾病相關的基因與位點，這些基因和位點也是目前耳聾相關疾病涵蓋面最廣的、適用人群最廣的panel。上述具體的基因和位點可以在文獻或者本領域通用數據庫中進行查詢。本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測集合，其特征在于，包括：人聾病的基因及位點，其中，所述聾病的基因包括ACSL4、ACTB、ACTG1、ADCY1、ADD1、AGAP1、AIFM1、ALDH7A1、ALMS1、ALX3、AQP1、AQP2、AQP3、ATP2B2、ATP6V0A4、ATP6V1B1、ATP6V1B2、BAI1、BCS1L、BSND、CABP2、CACNA1D、CAMSAP3、CATSPER2、CCDC50、CDH23、CEACAM16、CEMIP、CHD7、CIB2、CISD2、CLDN14、CLIC5、CLPP、CLRN1、COCH、COL11A1、COL11A2、COL2A1、COL4A3、COL4A4、COL4A5、COL4A6、COL9A1、COL9A2、COL9A3、CRYM、DCDC2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、DIABLO、DIAPH1、DIAPH3、DLX5、DNMT1、DSPP、ECE1、ECM1、EDN3、EDNRA、EDNRB、ELMOD3、EPS8、ERCC2、ERCC3、ESPN、ESRRB、ESRRG、EYA1、EYA4、FAM107B、FAM65B、FAS、FBXO33、FCGR2A、FCGR3A、FGF3、FGF8、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLNA、FOXI1、FOXO3、FREM1、FXN、GATA3、GIPC3、GJA1、GJB1、GJB2、GJB3、GJB4、GJB6、GJC3、GLI3、GPR152、GPR98、GPSM2、GRHL2、GRXCR1、GRXCR2、GSTP1、HAL、HARS、HARS2、HCFC1、HGF、HLA?DRB1、HMX1、HOXA1、HOXA2、HSD17B4、HSPA1A、IGF1、IL13、IL1A、ILDR1、JAG1、KARS、KCNE1、KCNE3、KCNJ10、KCNQ1、KCNQ4、KLC2、KLHL18、KRT9、LAMA3、LARS2、LHFPL5、LHX3、LOXHD1、LRIG1、LRP2、LRTOMT、MARVELD2、MASP1、MCPH1、MIR96、MITF、MKRN2、MPZ、MSRB3、MTAP、MYH14、MYH9、MYO15A、MYO1A、MYO1C、MYO1F、MYO3A、MYO6、MYO7A、NDP、NDRG1、NF2、NOS1、NOS2、NR2F1、OCM、OPA1、OSBPL2、OTOA、OTOF、OTOG、OTOGL、OTOR、P2RX2、PABPN1、PAN3、PARP1、PAX2、PAX3、PAX9、PCDH15、PCDH9、PDSS1、PDZD7、PEPD、PEX3、PEX6、PHEX、PHF20、PMP22、PNPT1、POLR1C、POLR1D、POU3F4、POU4F3、PROK2、PROKR2、PRPS1、PRRX1、PTPN22、PTPRQ、RDX、RPGR、SALL1、SALL4、SCARF2、SEC23A、SEMA3E、SERAC1、SERPINB6、SETD5、SIX1、SIX2、SIX5、SLC12A1、SLC17A8、SLC19A2、SLC25A21、SLC26A4、SLC26A5、SLC4A11、SLITRK6、SMAD4、SMPX、SNAI2、SOBP、SOX10、SOX2、SOX9、SPINK5、SPNS2、SRSF7、STRC、SYNE4、TBC1D24、TBL1X、TCF21、TCOF1、TECTA、TFCP2、TIMM8A、TJP2、TMC1、TMEM126A、TMIE、TMPRSS3、TMPRSS5、TNC、TNFRSF11B、TPRN、TRAM2、TRIOBP、TRMU、TSHZ1、TSPEAR、USH1C、USH1G、USH2A、WBP2、WFS1、YWHAE和ZCCHC14；所述位點如下表所示：...

【技術特征摘要】
1.一種基于靶向新一代測序的耳聾基因檢測集合，其特征在于，包括：人聾病的基因及位點，其中，所述聾病的基因包括ACSL4、ACTB、ACTG1、ADCY1、ADD1、AGAP1、AIFM1、ALDH7A1、ALMS1、ALX3、AQP1、AQP2、AQP3、ATP2B2、ATP6V0A4、ATP6V1B1、ATP6V1B2、BAI1、BCS1L、BSND、CABP2、CACNA1D、CAMSAP3、CATSPER2、CCDC50、CDH23、CEACAM16、CEMIP、CHD7、CIB2、CISD2、CLDN14、CLIC5、CLPP、CLRN1、COCH、COL11A1、COL11A2、COL2A1、COL4A3、COL4A4、COL4A5、COL4A6、COL9A1、COL9A2、COL9A3、CRYM、DCDC2、DFNA5、DFNB31、DFNB59、DIABLO、DIAPH1、DIAPH3、DLX5、DNMT1、DSPP、ECE1、ECM1、EDN3、EDNRA、EDNRB、ELMOD3、EPS8、ERCC2、ERCC3、ESPN、ESRRB、ESRRG、EYA1、EYA4、FAM107B、FAM65B、FAS、FBXO33、FCGR2A、FCGR3A、FGF3、FGF8、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FLNA、FOXI1、FOXO3、FREM1、FXN、GATA3、GIPC3、GJA1、GJB1、GJB2、GJB3、GJB4、GJB6、GJC3、GLI3、GPR152、GPR98、GPSM2、GRHL2、GRXCR1、GRXCR2、GSTP1、HAL、HARS、HARS2、HCFC1、HGF、HLA-DRB1、HMX1、HOXA1、HOXA2、HSD17B4、HSPA1A、IGF1、IL13、IL1A、ILDR1、JAG1、KARS、KCNE1、KCNE3、KCNJ10、KCNQ1、KCNQ4、KLC2、KLHL18、KRT9、LAMA3、LARS2、LHFPL5、LHX3、LOXHD1、LRIG1、LRP2、LRTOMT、MARVELD2、MASP1、MCPH1、MIR96、MITF、MKRN2、MPZ、MSRB3、MTAP、MYH14、MYH9、MYO15A、MYO1A、MYO1C、MYO1F、MYO3A、MYO6、MYO7A、NDP、NDRG1、NF2、NOS1、NOS2、NR2F1、OCM、OPA1、OSBPL2、OTOA、OTOF、OTOG、OTOGL、OTOR、P2RX2、PABPN1、PAN3、PARP1、PAX2、PAX3、PAX9、PCDH15、PCDH9、PDSS1、PDZD7、PEPD、PEX3、PEX6、PHEX、PHF20、PMP22、PNPT1、POLR1C、POLR1D、POU3F4、POU4F3、PROK2、PROKR2、PRPS1、PRRX1、PTPN22、PTPRQ、RDX、RPGR、SALL1、...

【專利技術屬性】
技術研發人員：王秋菊，梁波，關靜，孔令印，
申請(專利權)人：蘇州貝康醫療器械有限公司，
類型：發明
國別省市：江蘇;32