【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及生物
，特別涉及一種芝麻微衛(wèi)星標(biāo)記位點開發(fā)方法與微衛(wèi)星標(biāo)記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標(biāo)記的長度檢測方法。
技術(shù)介紹
微衛(wèi)星標(biāo)記又稱短串聯(lián)重復(fù)序列(shorttandemrepeats，STR)或簡單重復(fù)序列(simplesequencerepeats，SSR)，指由2個以上核苷酸為重復(fù)單元串聯(lián)重復(fù)構(gòu)成。微衛(wèi)星標(biāo)記位點指的是在基因組上含有微衛(wèi)星標(biāo)記的座位，微衛(wèi)星標(biāo)記位點在基因組上數(shù)量豐富且均勻分布，微衛(wèi)星標(biāo)記位點的開發(fā)指的是尋找基因組上的微衛(wèi)星標(biāo)記位點的過程。不同樣本中，同一個微衛(wèi)星標(biāo)記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標(biāo)記的重復(fù)單元的重復(fù)次數(shù)可能不同，在樣本間存在長度變異，因此微衛(wèi)星標(biāo)記位點的多態(tài)性主要指同一個微衛(wèi)星標(biāo)記位點的不同微衛(wèi)星標(biāo)記的長度多態(tài)性。微衛(wèi)星標(biāo)記檢測技術(shù)指的是檢測微衛(wèi)星標(biāo)記位點中的微衛(wèi)星標(biāo)記的長度的技術(shù)。不同樣本的微衛(wèi)星標(biāo)記的長度多態(tài)性可以用來對樣本的身份進(jìn)行鑒定，因此，微衛(wèi)星標(biāo)記技術(shù)的應(yīng)用十分廣泛，包括生物多樣性鑒定、動植物品種指紋身份證鑒定等等。傳統(tǒng)的芝麻微衛(wèi)星標(biāo)記位點的開發(fā)與檢測包括以下步驟：基因組提取、基因組片段化、連接接頭、擴增、與簡單重復(fù)序列雜交、純化雜交產(chǎn)物、雜交產(chǎn)物克隆、克隆產(chǎn)物大腸桿菌轉(zhuǎn)化、挑取單克隆、對每一個單克隆的目標(biāo)位點進(jìn)行一代測序、分析測序結(jié)果獲得微衛(wèi)星標(biāo)記位點、在多個芝麻樣本中檢驗微衛(wèi)星標(biāo)記位點的多態(tài)性、開發(fā)出多態(tài)性高的微衛(wèi)星標(biāo)記位點、逐一擴增并電泳檢測每一個待檢測的樣品中的每一個待檢測的微衛(wèi)星標(biāo)記位點中的微衛(wèi)星標(biāo)記。在實現(xiàn)本專利技術(shù)的過程中，專利技術(shù)人發(fā)現(xiàn)現(xiàn)有技術(shù)至少存在以下問題：芝麻微衛(wèi)星標(biāo)記位點的開發(fā)與檢測流程復(fù)雜...
【技術(shù)保護(hù)點】
一種芝麻微衛(wèi)星標(biāo)記位點開發(fā)方法，其特征在于，所述開發(fā)方法包括：將n個具有多態(tài)性的芝麻樣本等質(zhì)量混合，獲得混合樣本，其中n＞1；提取所述混合樣本的基因組；將所述混合樣本的基因組片段化，獲得基因組片段；將多個具有簡單重復(fù)序列的探針作為探針組，利用所述探針組中的每個探針分別與所述基因組片段進(jìn)行雜交，獲得多個雜交溶液，對多個所述雜交溶液中成功雜交的基因組片段分別進(jìn)行純化，得到多個純化的雜交基因組片段；將多個所述純化的雜交基因組片段等質(zhì)量混合后，利用高通量測序檢測混合后的所述純化的雜交基因組片段，獲得第一高通量測序片段；從所述第一高通量測序片段中，篩選有效的所述高通量測序片段，所述有效的高通量測序片段包括微衛(wèi)星標(biāo)記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標(biāo)記；根據(jù)所述有效的高通量測序片段中的微衛(wèi)星標(biāo)記的兩側(cè)序列的同源性對所述有效的高通量測序片段進(jìn)行分類，同一類的所述有效的高通量測序片段為同一個微衛(wèi)星標(biāo)記位點的所述有效的高通量測序片段，若同一個所述微衛(wèi)星標(biāo)記位點的所述有效的高通量測序片段的條數(shù)≥α1，則成功開發(fā)一個所述微衛(wèi)星標(biāo)記位點，其中，α1為第一判定閾值且α1≥(高通測序深度×有效的高通量測序片段的比例/基因組上能檢測...
【技術(shù)特征摘要】
1.一種芝麻微衛(wèi)星標(biāo)記位點開發(fā)方法，其特征在于，所述開發(fā)方法包括：將n個具有多態(tài)性的芝麻樣本等質(zhì)量混合，獲得混合樣本，其中n＞1；提取所述混合樣本的基因組；將所述混合樣本的基因組片段化，獲得基因組片段；將多個具有簡單重復(fù)序列的探針作為探針組，利用所述探針組中的每個探針分別與所述基因組片段進(jìn)行雜交，獲得多個雜交溶液，對多個所述雜交溶液中成功雜交的基因組片段分別進(jìn)行純化，得到多個純化的雜交基因組片段；將多個所述純化的雜交基因組片段等質(zhì)量混合后，利用高通量測序檢測混合后的所述純化的雜交基因組片段，獲得第一高通量測序片段；從所述第一高通量測序片段中，篩選有效的所述高通量測序片段，所述有效的高通量測序片段包括微衛(wèi)星標(biāo)記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標(biāo)記；根據(jù)所述有效的高通量測序片段中的微衛(wèi)星標(biāo)記的兩側(cè)序列的同源性對所述有效的高通量測序片段進(jìn)行分類，同一類的所述有效的高通量測序片段為同一個微衛(wèi)星標(biāo)記位點的所述有效的高通量測序片段，若同一個所述微衛(wèi)星標(biāo)記位點的所述有效的高通量測序片段的條數(shù)≥α1，則成功開發(fā)一個所述微衛(wèi)星標(biāo)記位點，其中，α1為第一判定閾值且α1≥(高通測序深度×有效的高通量測序片段的比例/基因組上能檢測到的微衛(wèi)星標(biāo)記位點數(shù))×概率保證。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，α1≥20。3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，所述有效的高通量測序片段中的所述微衛(wèi)星標(biāo)記的兩側(cè)序列的堿基數(shù)均≥1個，且所述有效的高通量測序片段中的所述微衛(wèi)星標(biāo)記中至少有一側(cè)的序列的堿基數(shù)≥10個。4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，選擇所述n個具有多態(tài)性的芝麻樣本的方法包括：選擇外部形態(tài)不同的芝麻樣本、生物分類不同的芝麻樣本、標(biāo)記互不相同的芝麻樣本或不同生態(tài)區(qū)域的野生資源的芝麻樣本。5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，所述探針的數(shù)量為12個，每個所述探針的簡單重復(fù)序列中的重復(fù)單元為CT、GA、TG、AC、TA、TGT、CCA、ATC、CCT、AGA、ATG或CAA，每個所述探針的簡單重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)為6～20；優(yōu)選地，每個所述探針的簡單重復(fù)序列的重復(fù)次數(shù)為6～15。6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的開發(fā)方法，其特征在于，所述探針的序列如序列表中SEQINNO:1-SEQINNO:12所示。7.一種權(quán)利要求1-6任一項所述的開發(fā)方法成功開發(fā)的微衛(wèi)星標(biāo)記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標(biāo)記的長度檢測方法，其特征在于，所述檢測方法包括：從成功開發(fā)的所述微衛(wèi)星標(biāo)記位點中，選擇待檢測的微衛(wèi)星標(biāo)記位點；利用多重擴增引物擴增所述待檢測的微衛(wèi)星標(biāo)記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標(biāo)記，得到擴增產(chǎn)物，將所述擴增產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序，得到第二高通量測序片段，通過分析所述第二高通量測序片段，獲得所述微衛(wèi)星標(biāo)記位點內(nèi)的微衛(wèi)星標(biāo)記的長度。8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的檢測方法，其特征在于，所述從成功開發(fā)的所述微衛(wèi)星標(biāo)記位點中，選擇待檢測的微衛(wèi)星標(biāo)記位點的方法包括：選擇所述待檢測的微衛(wèi)星標(biāo)記位點的標(biāo)準(zhǔn)為H值最大的所述微衛(wèi)星標(biāo)...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：高利芬，張靜，方治偉，李甜甜，李論，周俊飛，
申請(專利權(quán))人：江漢大學(xué)，
類型：發(fā)明
國別省市：湖北;42
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