一種通過檢測rs2069126來特異性檢測肥胖癥的試劑盒制造技術

本發明專利技術公開了一種通過檢測rs2069126來特異性檢測肥胖癥的試劑盒。該試劑盒包括檢測rs2069126號SNP位點的特異性引物對及特異性熒光探針對、用于熒光定量PCR檢測的常規組件等。本發明專利技術的試劑盒通過同時檢測與肥胖癥遺傳易感性密切相關的rs2069126上的單核苷酸多態性位點基因型來評估個體肥胖癥遺傳易感性。

Reagent kit for detecting obesity by detecting rs2069126

The invention discloses a kit for detecting obesity by detecting rs2069126. The kit includes a specific primer pair for detecting the rs2069126 number SNP site, a specific fluorescent probe pair, a conventional assembly for fluorescent quantitative PCR detection, and the like. The kit of the present invention is used to simultaneously evaluate the genetic susceptibility of individual obesity by detecting the single nucleotide polymorphism loci of rs2069126, which is closely related to the genetic susceptibility of obesity.

【技術實現步驟摘要】

本專利技術涉及基因工程
中SNP分型檢測領域，具體涉及一種通過檢測rs2069126來特異性檢測肥胖癥的試劑盒。
技術介紹
肥胖是一種慢性代謝性疾病，其特征是體內脂肪儲存量增加。它是一個嚴重的公共健康問題，能夠顯著增加2型糖尿病、高血壓、心血管病以及腫瘤的風險。它已成為全球殘疾和死亡的主要原因之一。在美國超過2/3的成年人是超重的，超過1/3的成年人是肥胖的。與肥胖相關的年度經濟損失超過了2000億美元。肥胖是當前威脅人類健康的一大殺手，英國國家醫療服務系統(NHS)行政長官指出：成功減掉5％到7％的體重可以降低60％的患上糖尿病的風險。為讓本國國民肥胖癥狀減輕，NHS負責人將運用各種手段途徑，像全球定位系統一般搜羅全英所有肥胖癥患者，重點搜索40歲以下的超重人群，并要求他們加入“抗糖尿病”計劃。同時，作為歐洲第二肥胖大國，英國將在新的一年發動全國性的抗擊肥胖運動，以避免這場致命的災難。據英國《每日郵報》報道，經合組織(OECD)基于相關數據分析得出，歐洲30個國家人口肥胖問題不斷惡化，平均16.7％的成年人患有肥胖病。其中挪威、瑞士、意大利等國家肥胖人口低于平均水平，但是匈牙利高達28.5％，排名第一。英國緊隨其后。與往年數據相比，這一研究結果超乎人們的想像，英國上升23％，歐洲整體肥胖人口也呈上升趨勢。官方數據證明，如果此項指標能夠下降到1993年的15％，20年內將可能不會出現五百萬例與肥胖相關的疾病患者。不良飲食習慣是導致肥胖的主要因素。與其他國家相比，歐洲人更加偏愛于紅肉以及其他高脂肪、高熱量的快餐。特別是在感恩節、圣誕節期間，火雞、布丁、蛋糕等讓人們無法抵制它們的誘惑。過去有關候選基因的大量研究已經表明，大多數基因與人類脂肪組織中肥胖的發生相關。與人體身體質量指數(BMI)相關的40％以上的基因變異可以產生性狀差異。隨著分子遺傳學的進展，人們發現肥胖是多基因遺傳病，許多國家都在開展肥胖候選基因研究。至今為止至少已通過分子遺傳學手段檢出了250個人類基因或染色體區域并被報道與肥胖癥相關。此外，遺傳學和分子流行病學的證據均表明遺傳因子涉及決定在特定飲食或用藥情況下增加或損失脂肪的易感性，以及在肥胖者中發生其它相關疾病的高危險性。目前候選基因已經很多，但是絕大部分都在檢測準確性上有待于進一步的提高。盡管身體質量指數(BMI)通常用來衡量肥胖，它并不是一個理想的指標。這是因為身體質量由多種組分組成，包括脂肪、肌肉、骨以及其它軟組織。其中，只有脂肪才是肥胖癥關心的指標。脂肪很少用來衡量肥胖的原因在于其在活體內難以精確測量。目前，公認的體內測量方法是測量骨密度用的的雙能X射線儀(DXA)。而至于檢測方法，目前常規用于肥胖癥基因變異的主要檢測方法是限制性片段長度多態性法(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)，其原理是當變異影響到某一限制性內切酶的酶切位點時，簡單地通過酶切處理患者的PCR產物繼而電泳檢測是否有變異的方法。但是這種方法存在耗時長，操作繁瑣，準確度不高等缺點。也有利用PCR結合DNA測序方法進行基因多態性位點的檢測，但是這種方法在大規模人群篩查或檢測多個基因多個位點的應用受到一定限制。因此有必要建立一種高通量、高效能、低成本的肥胖易感基因SNP分型方法，以實現臨床快速檢測或規模化人群篩查。
技術實現思路
本專利技術提供了一種通過檢測rs2069126來特異性檢測肥胖癥的試劑盒。本專利技術的目的之一是提供一種肥胖易感基因SNP分子標記的篩選方法，所述方法為通過分析弗雷明漢心臟病研究(FHS)、Omaha骨質疏松研究(OOS)和堪薩斯城骨質疏松研究樣本(KCOS)這三種樣本的基因組序列以及通過DXA測量的脂肪含量，發現了分子標記位點rs2069126，位置在19749957，所述突變為A/G與人肥胖直接相關。本專利技術根據NCBI上公開的rs2069126分子標記序列提供一種人染色體上rs2069126分子標記的擴增引物對，所述引物對的上游引物：GCATTCAGATACTCATGTGT；下游引物：CAAAGTGCTGGGATTACAGG；擴增片段大小：260bp。同時提供了一對檢測引物對，基因型一熒光探針序列：5’-FAM-ACCCACAGCTaTCAATGTCCT-TAMRA-3’；基因型二熒光探針序列：5’-VIC-ACCCACAGCTgTCAATGTCCT-TAMRA-3’。人染色體上的rs2069126SNP檢測芯片可用于單獨或并行檢測染色體區段A/G的突變。所述檢測芯片采用本領域常規的構建方法制備獲得。本專利技術提供一種檢測肥胖癥遺傳易感性的試劑盒。該試劑盒包括：檢測rs2069126SNP多態性基因型的特異性引物對SEQIDNO：2和3所示；PCR反應組件(包括Taq酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、反應緩沖液、去離子水等)。本專利技術的主要優點本專利技術從人染色體上鑒定獲得rs2069126SNP標記可以用于鑒定人肥胖癥狀，所述鑒定具有準確性好，特異性高的優點。本專利技術的檢測方法步驟簡單，SNP位點檢測可通過一步PCR即可完成，含有SNP位點的目標序列的擴增，避免了反復多次PCR等復雜操作過程中存在的諸多不確定因素，因而可大大提高檢測準確率，體現了精確的同時定性、定量分析特征。具體實施方式實施例1SNP分子標記的獲得樣本的選擇通過從美國國立衛生研究院申請下載以及與骨質疏松癥研究專家鄧紅文教授課題組合作，分別獲得了如下三個具有脂肪含量測量的樣本：(1)弗雷明漢心臟病研究(FHS)：FHS是一個縱向前瞻性家系隊列研究，共有3代16000余人參與。第一代是居住在美國Massachusetts弗雷明漢小鎮的5209名居民。第二代是第一代的成年孩子及其配偶，共5124人。第三代是第一代的孫輩，共4000余人。第一代參與者在第22到24次隨訪中接受了雙能X射線(DXA)骨密度儀的檢測。此儀器不僅能夠測量骨密度，而且能夠精確測量身體組分包括脂肪和肌肉的含量。第二代在第6-7次隨訪時接受了DXA檢測。第三代在第2次隨訪時接受了DXA檢測。(2)Omaha骨質疏松研究樣本(OOS)：OOS樣本包括了1000名隨機參與者的橫斷面研究。脂肪含量通過DXA掃描來測定。(3)堪薩斯城骨質疏松研究樣本(KCOS)：KCOS樣本包括了2286名隨機參與者的橫斷面研究。脂肪含量通過DXA掃描來測定。2、表型測量和建模在所有樣本中，使用步進回歸法篩查性別、年齡、年齡平方、身高、身高平方、以及從基因組數據計算出的前5個主成分(用于衡量種群分層效應)等協變量的顯著性。為了校正肌肉含量的影響，肌肉含量也用于協變量校正。原始脂肪含量經過協變量校正后的殘差使用正態分布的分位數來正態化。正態化后的殘差用于下游關聯分析。3、基因分型及質控所有樣本使用高通量基因分型芯片分型。質控在樣本層面以及SNP層面實現。在樣本層面，使用plink軟件分析X染色體推斷性別，并和問卷調查表中的性別做比較。性別不符的個體從數據中刪除。在SNP層面，不符合哈-溫平衡的SNP從數據中刪除。由于FHS是家系樣本，其中不符合孟德爾規律的SNP也被刪除。4、基因型補缺使用千人基因組的測序數據(2013年5月版本本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種檢測肥胖癥的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒包括能特異性檢測與肥胖癥相關的SNP位點的探針和引物。

【技術特征摘要】
1.一種檢測肥胖癥的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒包括能特異性檢測與肥胖癥相關的SNP位點的探針和引物。2.如權利要求1所述的試劑盒,所述試劑盒包括能特異性檢測rs2069126的探針和引物。3.如權利要求2所述的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒中包括SEQIDNO：2-5所述的...

【專利技術屬性】
技術研發人員：張壘，
申請(專利權)人：張壘，
類型：發明
國別省市：江蘇;32