一種判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法技術

本發明專利技術公開一種判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法，本發明專利技術所述方法是通過非標記探針的高分辨率溶解曲線法進行兒童IBD患者進行基因分型，進而判定中國人群rs1250550單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性。目前已經明確基因因素在兒童IBD的發生發展中有重要的作用，因此本發明專利技術的研究結果為更深入的了解兒童IBD疾病提供了理論依據。

A method to determine the relationship between rs125055 single nucleotide polymorphism and IBD in Chinese population

The correlation between the method of the invention discloses a method for determining China single nucleotide polymorphism in rs125055 of children with IBD, the method of the invention is by high resolution melting curve analysis of non labeled probes in children with IBD genotype, and determine the correlation between China single nucleotide polymorphism in rs1250550 of children with IBD. At present, it has been clear that genetic factors play an important role in the occurrence and development of IBD in children. Therefore, the results of this study provide a theoretical basis for the further understanding of IBD disease in children.

【技術實現步驟摘要】

本專利技術涉及基因工程領域，特別涉及一種判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法。
技術介紹
IBD是一種胃腸道的慢性炎癥，影響了美國將近200萬的兒童和成人。過去IBD在中國被認為是少見病，但事實證明，近年來越來越多的兒童IBD患者被明確診斷，且兒童IBD越來越被消化科醫師所重視。IBD包括潰瘍性結腸炎(UC)及克羅恩病(CD)。前者是一種慢性非特異性結腸炎癥，病變主要累及結腸黏膜和黏膜下層，范圍多自遠段結腸開始，可逆行向近段發展，甚至累及全結腸，呈連續性分布，臨床主要表現為腹瀉、腹痛和黏液膿血便。后者為一種慢性肉芽腫性炎癥，病變可累及胃腸道各部位，以末段回腸及其鄰近結腸為主，呈穿壁性炎癥，多為節段性、非對稱性分布，臨床主要表現為腹痛、腹瀉、瘺管和肛周病變等。ZMIZ1基因位于10q22.3，編碼的PIAS蛋白家族的成員(激活STAT的蛋白抑制劑)之一。所編碼的蛋白質調節不同的轉錄因子，包括雄激素受體、Smad3/4蛋白和p53的活性。所編碼的蛋白質也可在蛋白修飾發揮作用。該位點上的10號染色體和第9號染色體的蛋白酪氨酸激酶ABL1基因之間的易位已與急性淋巴細胞白血病相關。目前ZMIZ1基因也被發現與多種自身免疫性疾病有關。Rs1250550所在的ZMIZ1基因座與兒童IBD的相關性在中國大陸人中并未有報道。在此，我們擬通過新近發展起來的非標記探針高分辨率溶解曲線法，來研究中國人群rs1250550單核苷酸多態性與兒童IBD發病風險的相關性。
技術實現思路
本專利技術的目的是克服現有技術中的不足，提供一種方法，旨在用于判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性。為實現上述目的，本專利技術提出的判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法，所述方法是非標記探針的高分辨率溶解曲線法。進一步地，所述方法包括如下步驟：(1)基因分型：取外周血基因組DNA，鑒定其基因型；(2)統計學分析：單核苷酸多態性與疾病相關性分析通過兒童IBD患者與正常人群次等位基因頻率比較，以及用卡方檢驗或Fisher’s精確概率法得出的Hardy-Weinberg平衡定律結果來分析，P值小于0.05認為是有統計學意義；(3)針對ZMIZ1內含子區域的rs1250550設計非標記探針，用于鑒別三種基因型的單核苷酸多態性，所述rs1250550的擴增序列如SEQIDNO:1所示。更進一步地，所述步驟(1)基因分型的具體流程為：首先進行PCR，20mL體系含基因組DNA模板20ng，1′PCR緩存液(Takara，Japan)，200mMdNTPs，0.5UrTaqDNA聚合酶(Takara，Japan)，0.05mM正向引物，0.5mM反向引物。PCR反應在Bio-RadS1000PCR儀上進行(Bio-Rad，美國)；PCR擴增條件如下：94℃預變性2分鐘，繼之進行50個循環，包括94℃變性30s，55℃退火30s，72℃延伸20s，最后72℃延伸5min；反應結束后，轉移10mLPCR產物到HR-1專用的毛細管中，再加入1mLLCGreenPlus染料(IdahoTechnology，USA)，最后以HRMinCFX96實時熒光系統C1000ThermalCycler(Bio-Rad，美國)進行檢測；Rs1250550引物序列為：正向SEQIDNO:2，反向SEQIDNO:3。本專利技術所述方法是通過非標記探針的高分辨率溶解曲線法進行兒童IBD患者進行基因分型，進而判定中國人群rs1250550單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性。目前已經明確基因因素在兒童IBD的發生發展中有重要的作用，因此本專利技術的研究結果為更深入的了解兒童IBD疾病提供了理論依據。附圖說明為了更清楚地說明本專利技術實施例或現有技術中的技術方案，下面將對實施例或現有技術描述中所需要使用的附圖作簡單地介紹，顯而易見地，下面描述中的附圖僅僅是本專利技術的一些實施例，對于本領域普通技術人員來講，在不付出創造性勞動的前提下，還可以根據這些附圖示出的結構獲得其他的附圖。圖1為非標記探針高分辨率溶解曲線法分析樣本中rs1250550的基因型和測序驗證。本專利技術目的的實現、功能特點及優點將結合實施例，參照附圖做進一步說明。具體實施方式下面詳細描述本專利技術的實施例，所述實施例的示例在附圖中示出，其中自始至終相同或類似的標號表示相同或類似的元件或具有相同或類似功能的元件。下面通過參考附圖描述的實施例是示例性的，旨在用于解釋本專利技術，而不能理解為對本專利技術的限制，基于本專利技術中的實施例，本領域普通技術人員在沒有作出創造性勞動前提下所獲得的所有其他實施例，都屬于本專利技術保護的范圍。下面參照附圖詳細描述本專利技術實施例的判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法。實施例1、研究對象我們在北京大學深圳醫院以及一些深圳地區合作醫院收集根據2010年中華醫學會兒科學會消化學會兒童炎癥性腸病協作組商定的兒童炎癥性腸病診斷規范確診的153例兒童IBD病人(男，81例，女，72例；平均年齡為10.2歲；年齡跨度在4–15歲之間)和254例正常人(男，131例，女，123例；年齡中位數為10.9歲；年齡跨度在5–15歲之間)。所有正常人均無IBD家族史或患其他IBD相關的疾病。本研究獲得北京大學深圳醫院倫理委員會同意及所有參與者的知情同意。2、基因分型采用Innogent的全基因組DNA提取試劑盒(Innogent，China)，根據試劑盒說明書要求提取所收集的外周血基因組DNA。采用非標記探針高分辨率溶解曲線的方法鑒定樣本的基因型。方法簡述如下：首先進行PCR，20mL體系含基因組DNA模板20ng，1′PCR緩存液(Takara，Japan)，200mMdNTPs，0.5UrTaqDNA聚合酶(Takara，Japan)，0.05mM正向引物，0.5mM反向引物。PCR反應在Bio-RadS1000PCR儀上進行(Bio-Rad，美國)。PCR擴增條件如下：94℃預變性2分鐘，繼之進行50個循環，包括94℃變性30s，55℃退火30s，72℃延伸20s，最后72℃延伸5min。反應結束后，轉移10mLPCR產物到HR-1專用的毛細管中，再加入1mLLCGreenPlus染料(IdahoTechnology，USA)后，最后以HRMinCFX96實時熒光系統C1000ThermalCycler(Bio-Rad，美國)進行檢測。Rs1250550引物序列為：正向SEQIDNO:2，反向SEQIDNO:3。3、統計學分析SNP與疾病相關性分析通過兒童IBD患者于正常人群次等位基因頻率(MAF)比較，以及用卡方檢驗或Fisher’s精確概率法得出的Hardy-Weinberg平衡定律結果來分析。相關性程度以讓步比(OR)的95％置信區間(95％CI)表示。連鎖不平衡及單倍型分析均在SHEsis軟件上完成。P值小于0.05認為是有統計學意義。4、結果高分辨率溶解曲線是近年來發展起來的一種高效廉價的SNP檢測方法，通過此方法獲得的溶解曲線能明顯區分三種類型基因型(野生型，雜合突變及純合突變)。HRMA的敏感性與精確度均較本文檔來自技高網...

【技術保護點】
一種判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法，其特征在于，所述方法是非標記探針的高分辨率溶解曲線法。

【技術特征摘要】
1.一種判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法，其特征在于，所述方法是非標記探針的高分辨率溶解曲線法。2.如權利要求1所述的判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法，其特征在于，所述方法包括如下步驟：(1)基因分型：取外周血基因組DNA，鑒定其基因型；(2)統計學分析：單核苷酸多態性與疾病相關性分析通過兒童IBD患者與正常人群次等位基因頻率比較，以及用卡方檢驗或Fisher’s精確概率法得出的Hardy-Weinberg平衡定律結果來分析，P值小于0.05認為是有統計學意義；(3)針對ZMIZ1內含子區域的rs1250550設計非標記探針，用于鑒別三種基因型的單核苷酸多態性，所述rs1250550的擴增序列如SEQIDNO:1所示。3.如權利要求2所述的判定中國人群rs125055單核苷酸多態性與兒童IBD之間的相關性的方法，其特征在...

【專利技術屬性】
技術研發人員：王慶文，方征宇，韋偉，曾杏珍，楊旸，李粉玲，劉雅菁，李玉霞，蔡月明，
申請(專利權)人：北京大學深圳醫院，
類型：發明
國別省市：廣東;44