與中國兒童肥胖相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性位點及其應(yīng)用制造技術(shù)

本發(fā)明專利技術(shù)涉及一種與中國兒童肥胖相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性位點及其應(yīng)用。本發(fā)明專利技術(shù)公開了一種與中國兒童肥胖相關(guān)的生物標志物，所述生物標志物包括以下中國兒童肥胖易感性SNP位點中的一種或兩種：易感SNP位點(1)：rs1059491具體為chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位點(2)：rs768847893具體為chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。本發(fā)明專利技術(shù)發(fā)現(xiàn)了兩個易感SNP位點并研究了其在兒童肥胖輔助檢測的應(yīng)用前景，本發(fā)明專利技術(shù)提供的肥胖相關(guān)的基因位點可能是肥胖的早期生物標志物，為進一步研究肥胖的遺傳分子機制，探索肥胖早期防治的藥物靶點提供了新的方向。

【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】
與中國兒童肥胖相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性位點及其應(yīng)用
本專利技術(shù)涉及生物醫(yī)學
，具體涉及與中國兒童肥胖相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性位點及其應(yīng)用。
技術(shù)介紹
肥胖是一種常見的營養(yǎng)代謝性疾病。2002年WHO將肥胖列為造成人類疾病負擔的全球一級風險因素之一，預(yù)防肥胖癥的流行也是21世紀前50年世界各國面臨的最大公共衛(wèi)生挑戰(zhàn)之一。家系分析和雙生子研究表明遺傳因素在肥胖發(fā)生中起著非常重要的作用。與人體體脂相關(guān)的40％以上的基因變異可以產(chǎn)生遺傳差異。單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)是1996年由美國麻省理工學院的人類基因組研究中心學者Lander提出的一類分子遺傳標記，主要是指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。SNP僅涉及到單個堿基的變異，有轉(zhuǎn)換、顛換、插入和缺失等不同形式。SNP為第三代遺傳標志，人體許多表型差異、對藥物或疾病的易感性等都可能與SNP有關(guān)。全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)正是以SNP為遺傳標記的研究復(fù)雜性疾病遺傳易感性的有效策略。到目前為止，應(yīng)用GWAS策略已成功地發(fā)現(xiàn)了大量肥胖的易感基因位點。例如，F(xiàn)TO基因位于第16號染色體(16q12.2)，含有9個外顯子，基因長度為410.50kb，廣泛表達于人體組織的各發(fā)育階段，且在下丘腦、骨骼肌及脂肪等組織中高表達。它是GWAS發(fā)現(xiàn)與普通人群肥胖關(guān)聯(lián)的第一個基因。2007年，F(xiàn)raylingTM等最初進行FTO與2型糖尿病的關(guān)聯(lián)研究時，在控制BMI后，F(xiàn)TO與2型糖尿病之間的聯(lián)系消失，從而意外地發(fā)現(xiàn)FTO基因與肥胖相關(guān)。此后，F(xiàn)TO基因變異與BMI及肥胖的關(guān)聯(lián)陸續(xù)在不同種族人群中得到重復(fù)，其中位于第1內(nèi)含子的rs9939609是重復(fù)性最好的多態(tài)性位點。FTO基因多態(tài)性陸續(xù)被證實與肥胖或2型糖尿病的遺傳易感性有關(guān)。盡管對與肥胖和肥胖相關(guān)的性狀關(guān)聯(lián)的基因和基因位點的認識逐漸增加，但臨床上還沒有發(fā)現(xiàn)有用的遺傳變異可作為針對肥胖的個體尤其兒童進行早期篩查和干預(yù)的有效產(chǎn)品。最近的研究甚至得出結(jié)論，在一組肥胖相關(guān)的候選基因中的普通SNP在調(diào)控由某些膳食誘導的體重改變中，即使發(fā)揮作用的話，也僅發(fā)揮較小的作用。鑒于目前還沒有與肥胖相關(guān)早期生物標志物和早期診斷試劑盒，如能發(fā)現(xiàn)相應(yīng)的標記物和研制相應(yīng)的診斷試劑盒，將為探索肥胖早期防治的藥物靶點提供新的方向，并為其藥物篩選、藥效評價及靶向治療開辟新的途徑。
技術(shù)實現(xiàn)思路
本專利技術(shù)的目的是針對上述技術(shù)問題，首先利用高通量外顯子測序技術(shù)發(fā)現(xiàn)一種與中國兒童肥胖相關(guān)的生物標志物。本專利技術(shù)的第二個目的是提供所述生物標記物在預(yù)測兒童肥胖診斷試劑中的應(yīng)用。本專利技術(shù)的第三個目的是提供兒童肥胖易感性輔助診斷試劑盒。本專利技術(shù)的目的是通過下列技術(shù)方案實現(xiàn)的：本專利技術(shù)通過兩階段病例-對照研究中國兒童肥胖的功能性編碼變異。首先，選擇一組具有肥胖家族史的嚴重肥胖兒童和一組消瘦兒童進行全基因組外顯子測序。在測序數(shù)據(jù)中提取已知肥胖相關(guān)基因和新發(fā)現(xiàn)基因外顯子區(qū)域的非同義單核苷酸變異(single-nucleotidevariants,SNVs)(包括錯義變異、無義變異、終止密碼變異和剪接變異)進行關(guān)聯(lián)分析，篩選出83個可能與肥胖相關(guān)(P<0.05)的變異。然后，將篩選出的83個變異位點在2480例肥胖兒童和3854例對照兒童中進行基因分型，分析驗證這些變異與兒童肥胖的關(guān)聯(lián)。本專利技術(shù)最后確認兩個基因位點與中國兒童肥胖及相關(guān)評價指標關(guān)聯(lián)的基因位點。其中，SULT1A2(磺基轉(zhuǎn)移酶家族，胞漿1A成員2，sulfotransferasefamily,cytosolic,1A,phenol-preferring,member2)基因與肥胖研究熱點區(qū)域16p11.2很接近。SULT1A2基因編碼一個具有耐熱酶活性二苯酚硫酸基轉(zhuǎn)移酶，是硫酸代謝的關(guān)鍵酶，催化多種激素，包括蛋白質(zhì)磺酸鹽激素、雌激素、雌激素烷基酚和17β-雌二醇等分泌型激素。位于SULT1A2基因的非同義編碼變異rs1059491(chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T)與兒童BMI、FMP和一般性肥胖在全基因組水平具有正向關(guān)聯(lián)，且男女一致。rs1059491是第235個密碼子改變的多態(tài)性，可以導致氨基酸改變，由天冬酰胺突變?yōu)樘K氨酸，為錯義變異。該位點rs1059491(c.704A/C，p.N235T)在不同人群中的突變頻率差異較大，通過不同軟件預(yù)測均表明，rs1059491:p.Asn235Thr(c.704A/C)與基因功能相關(guān)(“deleterious”SIFT和“probablydamaging”PolyPhen-2)。MXRA5(基質(zhì)重塑關(guān)聯(lián)5，matrix-remodellingassociated5)基因位于Xp22.33，含7個外顯子。MXRA5基因編碼基質(zhì)重塑關(guān)聯(lián)蛋白5，該蛋白包含7個富含亮氨酸重復(fù)序列和12個免疫球蛋白樣C2型結(jié)構(gòu)域，是一個具有血管內(nèi)皮生長因子受體的蛋白多糖，在細胞粘附和基質(zhì)重建中起到關(guān)鍵作用。位于該基因上的突變位點rs768847893(chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C)是一個新的非同義變異，該位點與女性兒童腰圍和腹型肥胖罹患風險在全基因組水平具有顯著關(guān)聯(lián)，經(jīng)多重檢驗校正后仍具有統(tǒng)計學意義。通過SIFT、PolyPhen-2軟件預(yù)測進一步表明該變異屬于功能性變異，具有致病性。基于此，本專利技術(shù)首先提供了一種與中國兒童肥胖相關(guān)的生物標志物，所述生物標志物包括以下中國兒童肥胖易感性SNP位點中的一種或兩種：易感SNP位點(1)：rs1059491具體為chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位點(2)：rs768847893具體為chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。優(yōu)選的，所述肥胖包括一般性肥胖、體脂肥胖和腹型肥胖。更優(yōu)選的，所述一般性肥胖和體脂肥胖的評價指標為BMI和FMP，腹型肥胖的評價指標為WC和WHtR。其中，BMI指體質(zhì)指數(shù)，F(xiàn)MP指體脂百分比，WC指腰圍，WHtR指腰圍身高比。進一步地，本專利技術(shù)提供了所述生物標記物在預(yù)測中國兒童肥胖早期診斷試劑中的應(yīng)用。更進一步地，本專利技術(shù)提供了一種兒童一般性肥胖早期輔助檢測試劑盒，其包括檢測樣本中易感SNP位點(1)rs1059491的基因型的試劑。優(yōu)選的，所述試劑盒評價兒童肥胖的評價指標為BMI和FMP。為了更精確和更全面的檢測兒童肥胖癥，所述試劑盒還包括檢測樣本中易感SNP位點(2)rs768847893的基因型的試劑。再進一步地，本專利技術(shù)提供了一種女性兒童腹型肥胖早期輔助檢測試劑盒，其包括檢測樣本中易感SNP位點(2)rs768847893的基因型的試劑。優(yōu)選的，所述試劑盒評價女性兒童腹型肥胖的評價指標為BMI、WC和WHtR。優(yōu)選的，所述試劑盒可以為采用本領(lǐng)域已知的任何技術(shù)檢測SNP的試劑，只要其能夠檢出樣本中易感SNP位點(1)和/或易感SNP位點(2)是否存在等位基因突變。其包括但不限于下面列舉的各實施方式。在第一實施方式中，該試劑盒包括利用測序法檢測樣本中易感SNP位點(1)rs1059491位點C等位基因存在，和/或易感SN本文檔來自技高網(wǎng)...

【技術(shù)保護點】
一種與中國兒童肥胖相關(guān)的生物標志物，其特征在于，所述生物標志物包括以下中國兒童肥胖易感性SNP位點中的一種或兩種：易感SNP位點(1)：rs1059491具體為chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位點(2)：rs768847893具體為chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。

【技術(shù)特征摘要】
1.一種與中國兒童肥胖相關(guān)的生物標志物，其特征在于，所述生物標志物包括以下中國兒童肥胖易感性SNP位點中的一種或兩種：易感SNP位點(1)：rs1059491具體為chr16:28603655，c.704A>C，p.N235T；易感SNP位點(2)：rs768847893具體為chrX:3241682，c.2044C>T，p.R682C。2.如權(quán)利要求1所述的生物標志物，其特征在于，所述肥胖包括一般性肥胖、體脂肥胖和腹型肥胖，所述一般性肥胖和體脂肥胖的評價指標為BMI和FMP，所述腹型肥胖的評價指標為WC和WHtR；所述易感SNP位點(1)主要與一般性肥胖、體脂肥胖相關(guān)，所述易感SNP位點(2)主要與腹型肥胖相關(guān)。3.權(quán)利要求1或2所述生物標記物在預(yù)測中國兒童肥胖早期診斷試劑中的應(yīng)用。4.一種兒童一般性肥胖早期輔助檢測試劑盒，其特征在于，其包括檢測樣本中易感SNP位點(1)rs1059491的基因型的試劑。5.如權(quán)利...

【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：米杰，張美仙，吳建新，趙小元，吳麗君，程紅，侯冬青，
申請(專利權(quán))人：首都兒科研究所，
類型：發(fā)明
國別省市：北京,11