一種檢測蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀的SNP分子標記及其應用制造技術

本發明專利技術屬于生物技術領域，具體涉及一種檢測蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀的SNP分子標記及其應用。所述SNP分子標記選自：(a)Bra009510基因的模板鏈第358位核酸多態性為G或A；(b)蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQ?ID?NO.1第358位相對應的核酸多態性為G，和/或蕓薹種葉緣裂刻性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQ?ID?NO.1第358位相對應的核酸多態性為A；所述蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種和/或蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種選自：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種；其中，所述Bra009510基因的模板鏈的序列如SEQ?ID?NO.1所示。利用本發明專利技術所提供的分子標記及其所對應的引物無論在葉緣裂刻還是在全緣材料中的選擇準確率均為100％，可用于分子標記輔助選擇育種。

【技術實現步驟摘要】
一種檢測蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀的SNP分子標記及其應用
本專利技術屬于生物
，具體涉及一種檢測蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀的SNP分子標記及其應用。
技術介紹
蕓薹種蔬菜包括大白菜、蕪菁和小白菜，具有種類多、遺傳資源豐富、栽培面積廣、生長周期短等特點，是我國蔬菜的重要組成部分。作為重要的葉菜類蔬菜，葉緣形態直接影響蕓薹種蔬菜的商品性，而且隨著市場需求變化，研究葉緣形態的分子機理，創制蕓薹屬蔬菜葉形特異新種質是解決市場對蕓薹屬蔬菜品種多樣化需求的有效手段。葉緣裂刻是植物對環境適應性的一種表現。首先，葉緣適度裂刻可以改變植株的株型，提高植物通風透光性，增強植株整體的光合作用效率，在一定程度上減緩病蟲害的發生；其次，葉緣適度裂刻能夠提高植物對高溫、干旱等逆境脅迫的適應性；因此，研究蕓薹種蔬菜葉緣裂刻調控的分子機制，對于培育商品價值高、環境適應性強的新品種具有重要意義。目前，關于葉緣發育的研究主要集中在擬南芥、番茄等模式植物上，蕓薹種中葉緣裂刻基因克隆、調控機理等基礎研究還十分薄弱。曾國平和曹壽椿(1996)對不結球白菜的葉緣裂刻性狀探究表明：不結球白菜葉緣裂刻對不裂表現為顯性，是受一對核基因控制的質量性狀。葛頌和洪德元(1995)對泡沙參復合體研究表明葉緣鋸齒數目和深度屬于數量性狀，由多對基因控制。在白菜中，A10染色體末端是一個控制白菜類作物葉緣裂刻主效QTL(或基因)的“Hotspot”區間。惠麥俠(2011)利用“矮抗青”F4:7重組近等基因系群體在A10染色體上標記位置為Bra009533‐Bra009495處定位了一個199‐kb的區間。Wang等(2015)利用葉緣有裂刻的歐洲白菜型油菜與葉緣無裂刻的大白菜雜交獲得的F2及F2:3家系在A10染色體上定位到一個控制葉裂的主效QTL，位于標記BrID10909‐BrID10233之間。本實驗室利用DH群體及F2群體，根據親本的重測序數據發展分子標記，在A10染色體上定位到控制葉裂的主效QTL，位于標記A1015686749‐A1015850960之間164‐kb的區間。利用與目標性狀共分離的分子標記進行標記輔助選擇(MAS)在遺傳育種中是十分有效的方法，分子標記是在DNA水平上對目標性狀進行選擇，具有高效、快速、不受環境影響等優點，可以在幼苗期進行選擇，加快育種過程。SNP標記具有遺傳穩定性高，多態性豐富，檢測易實現自動化等特點，是目前最具發展潛力的分子標記，在基于分子標記輔助選擇(MAS)技術的育種工作中發揮越來越重要的作用。蕓薹種蔬菜的葉緣裂刻性狀只有在真葉發育完全時期才能充分顯現，用傳統的方法受發育時期限制，且效率低。所以，目前蕓薹屬蔬菜育種的科研和實踐中，需要利用分子標記進行基因型鑒定，這樣可以在早期對幼苗(甚至對種子)進行檢測和選擇，可以減少工作量，加快育種進程；因此開發與蕓薹屬蔬菜葉緣裂刻相關的分子標記顯得尤為重要。
技術實現思路
本專利技術所要解決的技術問題是如何鑒別待測蕓薹種蔬菜的葉型，是否為葉緣裂刻的蕓薹種蔬菜。本專利技術的目的是通過以下技術方案實現的。一種蕓薹種蔬菜SNP分子標記，所述SNP分子標記選自：(a)Bra009510基因的模板鏈第358位核酸多態性為G或A；(b)蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQIDNO.1第358位相對應的核酸多態性為G，和/或蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQIDNO.1第358位相對應的核酸多態性為A；所述蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種和/或蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種選自：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種；其中，所述Bra009510基因的模板鏈的序列如SEQIDNO.1所示。一種PCR引物組，所述PCR引物組選自：(a)Bra009510基因的模板鏈第358位上游的引物、和Bra009510基因的模板鏈第358位下游的引物；(b)蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中，與SEQIDNO.1第358位相對應位置上游的引物、和蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第358位相對應位置下游的引物；所述蕓薹種蔬菜品種選自蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種、蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種，包括：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種；其中，所述Bra009510基因的模板鏈序列如SEQIDNO.1所示。一種競爭性等位基因特異性PCR引物組，所述引物組選自：(a)以Bra009510基因的模板鏈第357位及其上游一段序列為基礎、以G為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第357位及其上游一段序列為基礎、以A為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第358位的下游一段序列為基礎設置第二方向引物；(b)以Bra009510基因的模板鏈第359位及其下游一段序列為基礎、以C為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第359位及其下游一段序列為基礎、以T為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第358位的上游一段序列為基礎設置第二方向引物；(c)以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第357位相對應位置及其上游一段序列為基礎、以G為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第357位相對應位置及其上游一段序列為基礎、以A為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第358位相對應位置的下游一段序列為基礎設置第二方向引物；(d)以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第359位相對應位置及其下游一段序列為基礎、以C為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第359位相對應位置及其下游一段序列為基礎、以T為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第358位相對應位置的上游一段序列為基礎設置第二方向引物；所述蕓薹種蔬菜品種選自蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種、蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種，包括：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種。作為優選的實施方式，所述引物組包含引物1、引物2和引物3；所述第一方向第一引物為引物1，具體序列為：5’‐GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCACTAGACCTCCTCGTGCAG，如SEQIDNO.2所示；其中，特異性部分為：5’‐CACTAGACCTCCTCGTGCAG，如SEQIDNO.3所示；5’端第一接頭序列為：5’‐GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，如SEQIDNO.4所示；所述第一方向第二引物為引物2，具體序列為：5’‐GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTACACTAGACCTCCTCGTGCAA，如SEQIDNO.5所示；其中，特異性部分為：5’‐TACACTAGAC本文檔來自技高網...

【技術保護點】
1.一種蕓薹種蔬菜SNP分子標記，所述SNP分子標記選自：(a)Bra009510基因的模板鏈第358位核酸多態性為G或A；(b)蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQ?ID?NO.1第358位相對應的核酸多態性為G，和/或蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQ?ID?NO.1第358位相對應的核酸多態性為A；所述蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種和/或蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種選自：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種；其中，所述Bra009510基因的模板鏈的序列如SEQ?ID?NO.1所示。

【技術特征摘要】
1.一種蕓薹種蔬菜SNP分子標記，所述SNP分子標記選自：(a)Bra009510基因的模板鏈第358位核酸多態性為G或A；(b)蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQIDNO.1第358位相對應的核酸多態性為G，和/或蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種中與Bra009510同源的同源基因中，與SEQIDNO.1第358位相對應的核酸多態性為A；所述蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種和/或蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種選自：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種；其中，所述Bra009510基因的模板鏈的序列如SEQIDNO.1所示。2.一種PCR引物組，所述PCR引物組選自：(a)Bra009510基因的模板鏈第358位上游的引物、和Bra009510基因的模板鏈第358位下游的引物；(b)蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中，與SEQIDNO.1第358位相對應位置上游的引物、和蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第358位相對應位置下游的引物；所述蕓薹種蔬菜品種選自蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種、蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種，包括：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種；其中，所述Bra009510基因的模板鏈序列如SEQIDNO.1所示。3.一種競爭性等位基因特異性PCR引物組，所述引物組選自：(a)以Bra009510基因的模板鏈第357位及其上游一段序列為基礎、以G為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第357位及其上游一段序列為基礎、以A為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第358位的下游一段序列為基礎設置第二方向引物；(b)以Bra009510基因的模板鏈第359位及其下游一段序列為基礎、以C為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第359位及其下游一段序列為基礎、以T為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以Bra009510基因的模板鏈第358位的上游一段序列為基礎設置第二方向引物；(c)以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第357位相對應位置及其上游一段序列為基礎、以G為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第357位相對應位置及其上游一段序列為基礎、以A為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第358位相對應位置的下游一段序列為基礎設置第二方向引物；(d)以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第359位相對應位置及其下游一段序列為基礎、以C為3’端設置第一方向第一引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第359位相對應位置及其下游一段序列為基礎、以T為3’端設置第一方向第二引物的特異部分；以蕓薹種蔬菜品種與Bra009510同源的同源基因中與SEQIDNO.1第358位相對應位置的上游一段序列為基礎設置第二方向引物；所述蕓薹種蔬菜品種選自蕓薹種蔬菜保持葉全緣性狀品種、蕓薹種蔬菜葉緣裂刻性狀品種，包括：自然界的品種、雜交品種、人工誘變品種。4.如權利要求3所述的引物組，其特征在于：所述引物組包含引物1、引物2和引物3；所述第一方向第一引物為引物1，具體序列為：5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCACTAGACCTCCTCGTGCAG，如SEQIDNO.2所示；其中，特異性部分為：5’-CACTAGACCTCCTCGTGCAG，如SEQIDNO.3所示；5’端第一接頭序列為：5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，如SEQIDNO.4所示；所述第一方向第二引物為引物2，具體序列為：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTTACACTAGACCTCCTCGTGCAA，如SEQIDNO.5所示；其中，特異性部分為：5’-TACACTAGACCTCCTCGTGCAA，如SEQIDNO.6所示；5’端第二接頭序列為：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT，如SEQIDNO.7所示；所述第二方向引物為引物3，具體序列為：5’-GCTCAGGCAAGAGTACGAAGTTGTT，如SEQIDNO.8所示；優選地，所述競爭性等位基因特異性引物組還包含F探針與H探針；...

【專利技術屬性】
技術研發人員：于拴倉，李盼，蘇同兵，張鳳蘭，李佩榮，張彬，辛曉云，余陽俊，張德雙，趙岫云，汪維紅，
申請(專利權)人：北京市農林科學院，京研益農北京種業科技有限公司，
類型：發明
國別省市：北京,11