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    用抗EGFR抗體治療癌癥的組合物和方法技術

    技術編號:24505504 閱讀:185 留言:0更新日期:2020-06-13 07:41
    本發明專利技術提供了用于治療癌癥的方法和抗EGFR抗體組合物用于治療此種癌癥的用途,所述癌癥對RAS、BRAF和EGFR胞外域中的某些突變是陰性的并且對其他抗EGFR療法具有抗性。

    Composition and method of treating cancer with anti EGFR antibody

    【技術實現步驟摘要】
    【國外來華專利技術】用抗EGFR抗體治療癌癥的組合物和方法相關申請的交叉引用本申請要求2017年8月30日提交的美國臨時專利申請62/552,125的優先權。本申請的公開通過引用整體并入本文。序列表本申請含有序列表,所述序列表已經以ASCII格式電子提交,并且通過引用整體并入本文。創建于2018年8月20日的序列表的電子副本命名為022675_WO059_SL.txt,并且大小為50,335字節。專利技術背景表皮生長因子受體(EGFR)在細胞增殖以及細胞凋亡、血管生成和轉移性擴散(對于癌癥如轉移性結腸直腸癌(mCRC)的發展至關重要的過程)中起重要作用。針對EGFR的配體結合域的單克隆抗體(mAb)可以阻斷與EGFR配體的相互作用,并且因此抑制所得的細胞內信號傳導途徑。已經描述了旨在改善個別抗EGFRmAb的固有功效的多種方法,包括增強潛在的免疫功能,如ADCC。然而,迄今為止無一證明臨床優勢。在第一、第二和隨后的治療線(linesoftherapy)中抗EGFR抗體與不同化學療法方案的組合已在患有野生型RAS腫瘤(即WTRAS腫瘤)的mCRC患者中導致臨床上顯著改善的結果。然而,僅使用當前可用的抗EGFRmAb或與化學療法組合治療的mCRC患者中很大一部分對這種治療方法具有固有的抗性。此外,最初有應答的患者通常隨時間流逝發展出獲得性抗性(Misaleetal.,Nature486:532–536(2012);Diazetal.,Nature486:537–540(2012);Montagutetal.,Nat.Med.18:221–223(2012);andSiravegnaetal.,Nat.Med.21:795–801(2015))。帕尼單抗(panitumumab)和西妥昔單抗(cetuximab)是兩種抗EGFRmAb,其已被批準作為單獨試劑或在化療難治性患者中與伊立替康(irinotecan)組合,以及在較早期治療線中與FOLFOX(亞葉酸、氟尿嘧啶和奧沙利鉑(oxaliplatin))或FOLFIRI(亞葉酸、氟尿嘧啶和伊立替康)組合用于WTRASmCRC的治療(VanCutsemetal.,J.Clin.Oncol.29:2011–9(2011);Bokemeyeretal.,Ann.Oncol.Off.J.Eur.Soc.Med.Oncol.22:1535–46(2011);andPeetersetal.,Clin.CancerRes.21:5469–79(2015))。然而,在這種環境下,由于獲得性(繼發性)抗性的出現,應答是短暫的(Misaleetal.,supra;Diazetal.,supra;Montagutetal.,supra;Misaleetal.,supra;andArenaetal.,Clin.CancerRes.21:2157–66(2015))。在過去的二十年中,在基線和治療期間評估患者腫瘤潛在遺傳改變的技術的迅速發展已經促進了對遺傳特征的描述,所述遺傳特征與從頭/內在抗性或在對多種療法(包括抗EGFRmAb)的應答中的獲得性抗性的發展相關。腫瘤和從外周血樣本中分離的血漿中的循環腫瘤DNA(ctDNA)的下一代測序(NGS)的使用大大增強了對腫瘤異質性的認識以及對多種基因組異常的評估。在治療過程中對ctDNA進行縱向評估也為預期地和動態地評估遺傳異常的廣度和頻率提供了機會,與單個轉移性病變的活檢相比,所述遺傳異常可以更好地反映單個患者內病變的異質性。RAS信號傳導途徑的組分的改變,以及EGFR基因的胞外域(ECD)中的突變是CRC中對EGFR阻斷的獲得性抗性的最常見機制(Montagutetal.,supra;Misaleetal.,supra;Arenaetal.,supra;Misaleetal.,CancerDiscov.4:1269–80(2014);Dienstmannetal.,Am.Soc.Clin.Oncol.Educ.book.Am.Soc.Clin.Oncol.Meet.35:e149-56(2015);andVanEmburghetal.,Nat.Commun.7:13665(2016))。另外,在接受西妥昔單抗治療的CRC患者中,BRAF基因在氨基酸600位的特定突變(BRAFV600E)與不良預后相關(VanCutsemetal.,supra;Pietrantonioetal.,Eur.J.Cancer51:587–94(2015))。一些抗EGFR難治性癌癥可以通過如Sym004之類的試劑來治療,所述試劑為包含兩種抗EGFR抗體(弗妥昔單抗(futuximab)和modotuximab)的組合物,所述兩種抗EGFR抗體結合EGFR胞外域III中的非重疊表位(美國專利7,887,805和8,663,640)。Sym004mAb與EGFR的結合導致高效的受體內化和降解,其進而導致對癌細胞生長的強烈抑制。然而,非常需要鑒定有可能受益于用Sym004治療的特定患者人群(例如,抗EGFR治療難治性患者人群)的方法。專利技術概述本專利技術基于專利技術人對某些遺傳特征的發現,所述遺傳特征定義了具有化學難治性mCRC和對批準的抗-EGFR抗體具有獲得性抗性的患者群體,其可以從本文所述的抗-EGFR抗體組合物的治療中獲得顯著的臨床益處。專利技術人已經從Sym004的隨機、贊助者盲、多中心2期研究中獲得了數據,所述研究調查了患有mCRC的患者中兩次Sym004劑量方案相對于IC(調查者的選擇;卡培他濱(capecitabine)、5-FU或BSC),所述患者先前用基于氟嘧啶、奧沙利鉑和伊立替康的化學療法和抗血管內皮生長因子療法治療,并具有對抗EGFR療法的獲得性抗性。本專利技術提供了用于在患者中治療癌癥的方法,其包括選擇患有所述癌癥的患者,來自所述患者的腫瘤DNA樣品:i)對于(1)KRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變;和(2)NRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變,具有小于20%的突變等位基因頻率(MAF);ii)具有BRAF突變V600E的小于0.1%(例如,無可檢測水平)的MAF;和iii)具有EGFRECD突變V441D、V441G、S464L、G465E、G465R和S492R的小于0.1%(例如,無可檢測水平)的MAF,并且向患者施用抗EGFR抗體組合物,其包含與EGFR胞外域(ECD)中不同表位結合的兩種抗人EGFR抗體。本專利技術還提供了在患者中治療癌癥的方法,其包括選擇患有所述癌癥的患者,來自所述患者的腫瘤DNA樣品:i)對于(1)KRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變;和(2)NRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變,具有小于20%本文檔來自技高網...

    【技術保護點】
    1.用于在患者中治療癌癥的方法,其包括:/na)選擇患有所述癌癥的患者,來自所述患者的腫瘤DNA樣品:/ni)對于(1)KRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變;和(2)NRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變,具有小于20%的突變等位基因頻率(MAF);/nii)對于BRAF突變V600E,具有小于0.1%的MAF;并且/niii)對于EGFR ECD突變V441D、V441G、S464L、G465E、G465R和S492R,具有小于0.1%的MAF,并且/nb)向所述患者施用抗EGFR抗體組合物,其包含與EGFR胞外域(ECD)中不同表位結合的兩種抗人EGFR抗體。/n

    【技術特征摘要】
    【國外來華專利技術】20170830 US 62/552,1251.用于在患者中治療癌癥的方法,其包括:
    a)選擇患有所述癌癥的患者,來自所述患者的腫瘤DNA樣品:
    i)對于(1)KRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變;和(2)NRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變,具有小于20%的突變等位基因頻率(MAF);
    ii)對于BRAF突變V600E,具有小于0.1%的MAF;并且
    iii)對于EGFRECD突變V441D、V441G、S464L、G465E、G465R和S492R,具有小于0.1%的MAF,并且
    b)向所述患者施用抗EGFR抗體組合物,其包含與EGFR胞外域(ECD)中不同表位結合的兩種抗人EGFR抗體。


    2.用于在患者中治療癌癥的方法,其包括:
    a)選擇患有所述癌癥的患者,來自所述患者的腫瘤DNA樣品:
    i)對于(1)KRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變;和(2)NRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變,具有小于20%的突變等位基因頻率(MAF);并且
    ii)對于BRAF突變V600E,具有小于0.1%的MAF;并且
    b)向所述患者施用抗EGFR抗體組合物,其包含與EGFR胞外域(ECD)中不同表位結合的兩種抗人EGFR抗體。


    3.權利要求1的方法,其中所述腫瘤DNA樣品沒有可檢測水平的EGFRECD突變V441D、V441G、S464L、G465E、G465R和S492R。


    4.權利要求1-3中任一項的方法,其中所述腫瘤DNA樣品沒有可檢測水平的BRAF突變V600E。


    5.權利要求1-4中任一項的方法,其中已經確定所述腫瘤DNA樣品對于MET和ERBB2的基因擴增也是陰性的。


    6.權利要求5的方法,其中已經確定所述腫瘤DNA樣品對于KRAS的基因擴增也是陰性的。


    7.權利要求1-6中任一項的方法,其中所述癌癥選自由以下項組成的組:結腸直腸癌(colorectalcancer)、非小細胞肺癌(non-smallcelllungcancer)(NSCLC)和頭頸鱗狀細胞癌(squamouscellcarcinomaoftheheadandneck)(SCCHN)。


    8.權利要求7的方法,其中所述癌癥是結腸直腸癌。


    9.權利要求8的方法,其中所述癌癥是轉移性結腸直腸癌。


    10.權利要求1-9中任一項的方法,其中所述患者已經接受了用抗EGFR抗體的先前治療,所述抗EGFR抗體不是所述抗體組合物中的抗體。


    11.權利要求10的方法,其中先前的抗EGFR抗體選自由以下項組成的組:西妥昔單抗(cetuximab)、帕尼單抗(panitumumab)、扎魯木單抗(zalutumumab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab)、ICR62、mAb806、馬妥珠單抗(matuzumab)以及能夠與這些中的任一種結合相同表位的抗體。


    12.權利要求10的方法,其中所述患者已經用西妥昔單抗、帕尼單抗或兩者治療。


    13.權利要求1-12中任一項的方法,其中所述癌癥對于用抗EGFR抗體的先前治療具有抗性或部分抗性,所述抗EGFR抗體不是所述抗體組合物中的抗體。


    14.權利要求13的方法,其中先前的抗EGFR抗體選自由以下項組成的組:西妥昔單抗、帕尼單抗、扎魯木單抗、尼妥珠單抗、ICR62、mAb806、馬妥珠單抗以及能夠與這些中的任一種結合相同表位的抗體。


    15.權利要求13的方法,其中所述癌癥對西妥昔單抗、帕尼單抗或兩者的先前治療具有抗性或部分抗性。


    16.權利要求13-15中任一項的方法,其中已經通過測定從所述患者分離的癌細胞樣品確定了所述抗性或部分抗性。


    17.權利要求1-16中任一項的方法,其中所述患者已經展現對選自由以下項組成的組的至少一種化學治療劑不耐受或使用所述至少一種化學治療劑的先前治療已經失敗:5-FU、奧沙利鉑(oxaliplatin)、伊立替康(irinotecan)、FOLFOX(亞葉酸、氟尿嘧啶和奧沙利鉑)和FOLFIRI(亞葉酸、氟尿嘧啶和伊立替康)。


    18.權利要求1-17中任一項的方法,其中所述腫瘤DNA樣品是來自患者的循環腫瘤(ct)DNA樣品。


    19.權利要求1-17中任一項的方法,其中所述腫瘤DNA樣品獲自來自患者的腫瘤組織樣品或循環腫瘤細胞。


    20.權利要求1-19中任一項的方法,其中所述抗EGFR抗體組合物具有以下特性中的至少一種:
    a)增強EGFR的內化和降解;
    b)誘導補體依賴性細胞毒性(CDC);
    c)在體內誘導腫瘤細胞的分化;和
    d)在體內增加外皮蛋白(involucrin)表達。


    21.權利要求20的方法,其中所述抗EGFR抗體組合物具有所有所述特性。


    22.權利要求1-21中任一項的方法,其中所述抗EGFR抗體組合物包含第一抗人EGFR抗體和第二抗人EGFR抗體,其中:
    所述第一抗人EGFR抗體包含SEQIDNO:1中的重鏈CDR1、CDR2和CDR3以及SEQIDNO:2中的輕鏈CDR1、CDR2和CDR3;并且
    所述第二抗人EGFR抗體包含SEQIDNO:3中的重鏈CDR1、CDR2和CDR3和SEQIDNO:4中的輕鏈CDR1、CDR2和CDR3。


    23.權利要求22的方法,其中
    所述第一抗人EGFR抗體包含含有SEQIDNO:1的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:2的氨基酸序列的輕鏈;并且
    所述第二抗人EGFR抗體包含含有SEQIDNO:3的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:4的氨基酸序列的輕鏈。


    24.權利要求23的方法,其中
    所述第一抗人EGFR抗體包含含有SEQIDNO:26的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:24的氨基酸序列的輕鏈;并且
    所述第二抗人EGFR抗體包含含有SEQIDNO:27的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:25的氨基酸序列的輕鏈。


    25.權利要求1-23中任一項的方法,其中所述組合物的第一和第二抗人EGFR抗體屬于同種型IgG1或IgG2。


    26.權利要求1-25中任一項的方法,其中所述第一抗人EGFR抗體相對于所述第二抗人EGFR抗體的比例是1:1。


    27.權利要求1-26中任一項的方法,其中以9mg/kg的負荷劑量,隨后以6mg/kg的每周劑量向所述患者施用所述抗體組合物。


    28.權利要求1-26中任一項的方法,其中以12mg/kg的每周劑量向所述患者施用所述抗體組合物。


    29.權利要求1-28中任一項的方法,其中所述患者是人類。


    30.用于在人類患者中治療癌癥的方法,其包括向所述患者施用抗EGFR抗體組合物,所述抗EGFR抗體組合物包含:
    第一抗人EGFR抗體,其包含含有SEQIDNO:26的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:24的氨基酸序列的輕鏈;和
    第二抗人EGFR抗體,其包含含有SEQIDNO:27的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:25的氨基酸序列的輕鏈;
    其中以9mg/kg的負荷劑量,然后一周后以6mg/kg的每周劑量向所述患者靜脈內施用所述抗體組合物。


    31.用于在人類患者中治療癌癥的方法,其包括:
    a)選擇患有所述癌癥的患者,來自所述患者的腫瘤DNA樣品:
    i)對于(1)KRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變;和(2)NRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變,具有小于20%的突變等位基因頻率(MAF);
    ii)對于BRAF突變V600E,具有小于0.1%的MAF,并且
    iii)對于EGFRECD突變V441D、V441G、S464L、G465E、G465R和S492R,具有小于0.1%的MAF;并且
    b)向所述患者施用抗EGFR抗體組合物,其包含:
    第一抗人EGFR抗體,其包含含有SEQIDNO:26的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:24的氨基酸序列的輕鏈;和
    第二抗人EGFR抗體,其包含含有SEQIDNO:27的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:25的氨基酸序列的輕鏈;
    其中以9mg/kg的負荷劑量,然后一周后以6mg/kg的每周劑量向所述患者靜脈內施用所述抗體組合物。


    32.用于在患者中治療癌癥的方法,其包括:
    a)選擇患有所述癌癥的患者,來自所述患者的腫瘤DNA樣品:
    i)對于(1)KRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變;和(2)NRAS外顯子2(密碼子12和13)、外顯子3(密碼子59和61)和外顯子4(密碼子117和146)中的突變,具有小于20%的突變等位基因頻率(MAF),并且
    ii)對于BRAF突變V600E,具有小于0.1%的MAF;并且
    b)向所述患者施用抗EGFR抗體組合物,其包含:
    第一抗人EGFR抗體,其包含含有SEQIDNO:26的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:24的氨基酸序列的輕鏈;和
    第二抗人EGFR抗體,其包含含有SEQIDNO:27的氨基酸序列的重鏈和含有SEQIDNO:25的氨基酸序列的輕鏈;
    其中...

    【專利技術屬性】
    技術研發人員:M葛雷TT普珊C丁ID胡拉克
    申請(專利權)人:西福根有限公司
    類型:發明
    國別省市:丹麥;DK

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