【技術實現步驟摘要】
一種兒童個體化用藥基因檢測方法
本專利技術應用于基因檢測
，具體涉及一種兒童個體化用藥基因檢測方法。
技術介紹
藥物不良反應是除了癌癥、腦溢血和心臟病外的第四大死因。我國藥物不良反應監測中心調研發現，兒科用藥不良反應平均發生率為12.9％，約是成人的2倍，是因為兒童肝腎等器官功能發育尚不完全，在藥動學和藥效學方面與成人不同，對藥物的耐受度較低；其對藥物的吸收、代謝、療效等方面有著特殊的反應，對于一些藥物的清除速度與成人相比較慢，因此對于兒童，用藥更應謹慎。根據WHO統計，5歲以下兒童死亡中有三分之二是死于用藥不當。不合理的盲目用藥會引發一系列的不良反應，輕則治療無效，浪費醫務資源，貽誤病情，重則損傷患兒器官、致畸、致殘、致癌，甚至危及性命。而導致藥效差異和不良反應的主要原因可能與體內代謝酶、受體或者轉運體的突變有關。藥物代謝酶的基因多態性不同會影響藥物的代謝、分泌、吸收等，如果盲目用藥，不僅達不到預期的治療效果，還會導致上述一系列的不良后果。因此，利用基因檢測手段，明確個體的相關藥物代謝酶的基因多態性，依據個體基因特性指導用藥和給出相應的治療方案，最終實現個體化用藥，提高藥效的同時還能避免不良反應的發生并減輕不必要的社會和經濟負擔。目前針對基因多態性檢測的技術很多，普遍使用的技術包括基于Tm值和溶解曲線的熒光定量PCR法和一代測序等等，這些技術有的操作繁瑣，有的無法實現多位點的同時檢測，使得目前在臨床上對于多態性檢測技術應用仍不理想，一直無法滿足臨床檢測需求。隨著高通量測序技術的發展，二代測序(...
【技術保護點】
1.一種兒童個體化用藥基因檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：/n1)取含有EDTA抗凝劑血液樣本進行核酸提取；/n2)將112個基因位點對應的擴增引物分為三個引物體系，分別為引物體系Ⅰ、引物體系Ⅱ、引物體系Ⅲ，所述引物體系Ⅰ包含49個引物對，所述引物體系Ⅱ包含35個引物對，所述引物體系Ⅲ包含36個引物對；/n3)將步驟1)提取的核酸和步驟2)預混好的引物體系Ⅰ、引物體系Ⅱ、引物體系Ⅲ分別加入到反應管里面形成多重PCR反應液Ⅰ、PCR反應液Ⅱ、PCR反應液Ⅲ，進行多重PCR擴增反應；/n4)擴增產物利用產物純化試劑盒進行純化，完成測序文庫制備；/n5)將步驟4)制備完成的測序文庫定量后進行二代測序(NGS)；/n6)測序結束后,利用生物信息統計法，根據每個位點的引物進行拆分，得到每個位點對應的片段的擴增序列總條數，再統計出野生型純合/雜合/突變純合序列條數占對應位點擴增序列總條數的百分比，通過計算出的百分比進行基因分型判讀。/n
【技術特征摘要】
1.一種兒童個體化用藥基因檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：
1)取含有EDTA抗凝劑血液樣本進行核酸提取；
2)將112個基因位點對應的擴增引物分為三個引物體系，分別為引物體系Ⅰ、引物體系Ⅱ、引物體系Ⅲ，所述引物體系Ⅰ包含49個引物對，所述引物體系Ⅱ包含35個引物對，所述引物體系Ⅲ包含36個引物對；
3)將步驟1)提取的核酸和步驟2)預混好的引物體系Ⅰ、引物體系Ⅱ、引物體系Ⅲ分別加入到反應管里面形成多重PCR反應液Ⅰ、PCR反應液Ⅱ、PCR反應液Ⅲ，進行多重PCR擴增反應；
4)擴增產物利用產物純化試劑盒進行純化，完成測序文庫制備；
5)將步驟4)制備完成的測序文庫定量后進行二代測序(NGS)；
6)測序結束后,利用生物信息統計法，根據每個位點的引物進行拆分，得到每個位點對應的片段的擴增序列總條數，再統計出野生型純合/雜合/突變純合序列條數占對應位點擴增序列總條數的百分比，通過計算出的百分比進行基因分型判讀。
2.如權利要求1所述一種兒童個體化用藥基因檢測方法，其特征在于：所述112個基因位點為YEATS4(rs7297610)、VKORC1(rs9923231)、UGT2B15(rs1902023)、UGT1A4(rs2011425)、UGT1A10(rs3064744)、TRIB3(rs2295490)、TPMT(rs1800584、rs1800462、rs1800460、rs1142345)、SLCO2B1(rs2306168)、SLCO1B1(rs72559745、rs4149056、rs4149015、rs2306283、rs11045879)、SLC47A2(rs12943590)、SLC28A2(rs1719247)、SCN5A(rs200034939)、SCN2A(rs2304016、rs17183814)、SCN1A(rs3812718、rs2298771)、RGS4(rs951439、rs2842030)、PTGS2(rs20417)、PTGS1(rs10306114)、PRKCA(rs16960228)、PNPLA3(rs738409)、PLA2G4A(rs12746200)、OPRM1(rs1799971)、NUDT15(rs116855232)、CREB1(rs2952768)、NAT2(rs1801280、rs1801279、rs1799931、rs1799930、rs1799929、rs1208、rs1041983)、MTRR(rs1801394)、MT-RNR1(rs267606619、rs267606618、rs267606617)、MTHFR(rs1801133)、MIR3683(rs6977967)、MC4R(rs489693)、LTC4S(rs730012)、KIF6(rs20455)、KCNJ11(rs5219)、KCNE1(rs1805128)、ITPA(rs7270101)、IFNL3(rs8099917、rs12979860)、HMGCR(rs17238540)、HLA-DQB1(rs9274407)、HELLS(rs12777823)、GP1BA(rs6065)、GNB3(rs5443)、GATM-AS1(rs1346268)、GATA3(rs3824662)、G6PD(rs1050828)、FKBP5(rs4713916)、FCER1A(rs2298805)、DRD2(rs1799978)、DOK5(rs117532069)、CYP4F2(rs2108622)、CYP3A5(rs776746)、CYP3A4(rs2740574)、CYP2D6(rs61736512、rs59421388、rs5030865、rs5030656、rs3892097、rs35742686、rs28371725、rs28371706、rs16947、rs1135840、rs1065852、rs1058164)、CYP2C9(rs9332239、rs1799853、rs1057910)、CYP2C8(rs10509681)、CYP2C19(rs4986893、rs4244285、rs28399504、rs12248560、rs11188072)、CYP1A1(rs2606345)、CXCL12(rs1801157)、CRHR2(rs7793837)、CRHR1(rs1876828)、COQ2(rs4693075)、COMT(rs4680)、COL22A1(rs6988229)、CES1(rs200707504)、C11orf65(rs11212617)、ATIC(rs4673993)、APOE(rs7412)、APOA5(rs662799)、ANKK1(rs1800497)、ADRB2(rs1042714、rs1042713)、ADIPOQ(rs2241766)、ADD1(rs4961)、ABCG2(rs2231142)、ABCC2(rs717620)、ABCC1(rs119774)、ABCB1(rs2032582、rs1045642)；上述112個基因位點依次命名為PG1-PG112。
3.如權利要求1所述一種兒童個體化用藥基因檢測方法，其特征在于：所述引物體系Ⅰ包含PG2、PG5、PG6、PG7、PG11、PG13、PG19、PG20、PG21、PG27、PG28、PG30、PG31、PG37、PG39、PG42、PG43、PG44、PG48、PG49、PG50、PG51、PG54、PG56、PG59、PG61、PG62、PG63、PG64、PG65、PG66、PG67、PG70、PG72、PG73、PG75、PG76、PG77、PG79、PG82、PG92、PG97、PG100、PG102、PG103、PG107、P...
【專利技術屬性】
技術研發人員：黃娟，韓勛領，謝海迎，羅鋒，
申請(專利權)人：重慶浦洛通基因醫學研究院有限公司，
類型：發明
國別省市：重慶;50
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