用于檢測肝臟疾病的方法技術

本發明專利技術涉及基于循環上皮細胞的血液濃度及其基因表達來診斷、確定或監測肝臟疾病和病況的方法。

【技術實現步驟摘要】
【國外來華專利技術】用于檢測肝臟疾病的方法聯邦贊助的研究或開發本專利技術是在由美國國立衛生研究院(NationalInstitutesofHealth)授予的批準號DK007191、EB012493、CA172738和DK078772下的政府資助下完成的。政府擁有本專利技術的某些權利。
本專利技術涉及通過分離和分析循環上皮細胞(CEC)來檢測和表征受試者的肝臟疾病的方法。
技術介紹
液體活檢是指對源自實體器官并且進入血流的細胞物質進行采樣。在局部癌癥(StottSL等人，SciTranslMed2010；2:25ra23；LucciA等人，LancetOncol2012；13:688-95)和甚至胰腺癌前病變(RhimAD等人，Gastroenterology2014；146:647-51；FransesJW等人，Oncologist2017)的情況下，可以通過液體活檢檢測到循環上皮細胞(CEC)，表明循環上皮細胞的存在并非癌變所獨有。由于CEC在血流中的稀有性和用于細胞捕獲的抗原的可變表達，因此分離CEC是一項技術挑戰。例如，在兩項獨立研究中，EpCAM依賴性Veridex平臺得出肝細胞癌(HCC)CEC檢出率僅為35％和41％(KelleyRK等人，BMCCancer2015；15:206；SunYF等人，Hepatology2013；57:1458-68)。為了克服該限制，已經開發了一種稱為iChip的抗原不確定(antigen-agnostic)細胞分選裝置，該裝置分離CEC，同時保持細胞活力和高質量的RNA含量。此前，已將iChip裝置與基于已確立的肝特異性標志物的RNA標記(RNAsignature)組合，以創建用于HCC中CEC的富集和檢測的分析方法(KalinichM等人，ProcNatlAcadSciUSA2017；114:1123-1128)。用于HCC的非侵入性診斷的其它方法尚未成功實現高檢出率。例如，最近的研究顯示，通過結合無細胞DNA和基于蛋白質血液的生物標志物來檢測HCC對于預測HCC產生僅44％的準確度，這很可能是由于缺乏常見的頻發突變(recurrentmutation)和HCC固有的特異性蛋白標志物(參見CohenJD等人，Science2018)。通過使用非侵入性方法來診斷某些肝臟疾病的另一個挑戰是CEC可能存在于兩種不同的疾病中，使得CEC的定量分析可能無法提供區分這兩種疾病的必要信息。迄今為止，還沒有非侵入性的基于血液的方法可用于準確檢測例如HCC等肝臟疾病、或者在患有慢性肝臟疾病(CLD)的受試者中區分不同的肝臟疾病或肝臟疾病的不同分期。因此，需要用于以高準確度來檢測例如HCC等肝臟疾病的存在并且確定CLD患者中肝臟疾病的分期的非侵入性方法。
技術實現思路
本專利技術至少部分地基于以下發現：肝CEC(hCEC)并非癌變所獨有，而且還可以存在于患有非癌癥疾病或病況例如慢性肝臟疾病(CLD)的受試者中。此外，本專利技術至少部分地基于以下發現：可以定量地或定性地分析患有CLD的受試者中的hCEC，以準確地檢測例如肝細胞癌(HCC)等癌癥的存在，和/或準確地表征例如肝纖維化等肝臟疾病或病況的不同分期(例如早期或晚期)。一方面，本專利技術涉及測量受試者的循環上皮細胞(CEC)中肝細胞癌(HCC)分類器基因(classifiergenes)的表達水平的方法，其中HCC分類器基因包括TESC、OSBP2、SLC6A8、SEPT5、F2RL3、E2F1、EZH2、CDC20、CCNA2、CCNB1、PLXNB3、CDC6、MYBL2、APOBEC3B、SPP1、AKR1B10、TOP2A、ASPM、SLC6A9、RECQL4、NUSAP1、PLVAP、FMO1、PDZK1IP1、和FBXO32中的一種或多種。在一些實施方案中，HCC分類器基因由TESC、OSBP2、SLC6A8、SEPT5、F2RL3、E2F1、EZH2、CDC20、CCNA2、CCNB1、PLXNB3、CDC6、MYBL2、APOBEC3B、SPP1、AKR1B10、TOP2A、ASPM、SLC6A9、RECQL4、NUSAP1、PLVAP、FMO1、PDZK1IP1、和FBXO32中的一種或多種組成。在一些實施方案中，HCC分類器基因由TESC、OSBP2、SLC6A8、SEPT5、F2RL3、E2F1、EZH2、CDC20、CCNA2、CCNB1、PLXNB3、CDC6、MYBL2、APOBEC3B、SPP1、AKR1B10、TOP2A、ASPM、SLC6A9、RECQL4、NUSAP1、PLVAP、FMO1、PDZK1IP1、和FBXO32組成。在一些實施方案中，HCC分類器基因還包括選自由以下組成的組中的一種、兩種、三種或更多種另外的基因：ACTG2、ADM2、AFP、AGR2、ALDH3A1、ALPK3、AMIGO3、ANKRD65、ANLN、AP1M2、ARHGAP11A、ARHGEF39、ASF1B、ASPHD1、AURKA、AXIN2、BAIAP2L2、BEX2、C15orf48、C1orf106、C1QTNF3、C6orf223、CA12、CA9、CAMK2N2、CAP2、CBX2、CCDC170、CCDC28B、CCDC64、CCNE2、CCNF、CD109、CD34、CDC25A、CDC7、CDCA5、CDCA8、CDH13、CDK1、CDKN2A、CDKN2C、CDT1、CELF6、CENPF、CENPH、CENPL、CENPU、CENPW、CKB、CNNM1、COL15A1、COL4A5、COL7A1、COL9A2、CRIP3、CSPG4、CTNND2、CXorf36、CYP17A1、DLK1、DMKN、DSCC1、DTL、DUOX2、ECT2、EEF1A2、EFNA3、EPHB2、EPPK1、ETV4、FABP4、FAM111B、FAM3B、FAM83D、FANCD2、FANCI、FBXL18、FERMT1、FGF19、FLNC、FLVCR1、FOXD2-AS1、FOXM1、FXYD2、GABRE、GAL3ST1、GCNT3、GINS1、GJC1、GMNN、GNAZ、GOLGA2P7、GPC3、GPR64、GPSM1、HRCT1、IGF2BP2、IGSF1、IGSF3、IQGAP3、ITGA2、ITPKA、KIAA0101、KIF11、KIFC1、KIFC2、KNTC1、KRT23、LAMA3、LEF1、LGR5、LINC00152、LINGO1、LPL、LRRC1、LYPD1、MAD2L1、MAGED4、MAGED4B、MAPK12、MAPK8IP2、MAPT、MCM2、MDGA1、MDK、MFAP2、MISP、MKI67、MMP11、MNS1、MPZ、MSC、MSH5、MTMR11、MUC13、MUC5B、MYH4、NAALADL1、NAV3、NCAPG、NDUFA4L2、NEB、NKD1、NMB、NOTCH3、NOTUM、NPM2、NQO1、NRCAM、NT本文檔來自技高網...

【技術保護點】
1.一種包括測量受試者的循環上皮細胞(CEC)中肝細胞癌(HCC)分類器基因的表達水平的方法，其中所述HCC分類器基因包括TESC、OSBP2、SLC6A8、SEPT5、F2RL3、E2F1、EZH2、CDC20、CCNA2、CCNB1、PLXNB3、CDC6、MYBL2、APOBEC3B、SPP1、AKR1B10、TOP2A、ASPM、SLC6A9、RECQL4、NUSAP1、PLVAP、FMO1、PDZK1IP1、和FBXO32中的一種或多種。/n

【技術特征摘要】
【國外來華專利技術】20180911 US 62/729,7871.一種包括測量受試者的循環上皮細胞(CEC)中肝細胞癌(HCC)分類器基因的表達水平的方法，其中所述HCC分類器基因包括TESC、OSBP2、SLC6A8、SEPT5、F2RL3、E2F1、EZH2、CDC20、CCNA2、CCNB1、PLXNB3、CDC6、MYBL2、APOBEC3B、SPP1、AKR1B10、TOP2A、ASPM、SLC6A9、RECQL4、NUSAP1、PLVAP、FMO1、PDZK1IP1、和FBXO32中的一種或多種。


2.根據權利要求1所述的方法，其中所述HCC分類器基因由TESC、OSBP2、SLC6A8、SEPT5、F2RL3、E2F1、EZH2、CDC20、CCNA2、CCNB1、PLXNB3、CDC6、MYBL2、APOBEC3B、SPP1、AKR1B10、TOP2A、ASPM、SLC6A9、RECQL4、NUSAP1、PLVAP、FMO1、PDZK1IP1、和FBXO32中的一種或多種組成。


3.根據權利要求1或2所述的方法，其中所述HCC分類器基因由TESC、OSBP2、SLC6A8、SEPT5、F2RL3、E2F1、EZH2、CDC20、CCNA2、CCNB1、PLXNB3、CDC6、MYBL2、APOBEC3B、SPP1、AKR1B10、TOP2A、ASPM、SLC6A9、RECQL4、NUSAP1、PLVAP、FMO1、PDZK1IP1、和FBXO32組成。


4.根據權利要求1所述的方法，其中所述HCC分類器基因進一步包括選自由以下組成的組中的一種、兩種、三種或更多種另外的基因：ACTG2、ADM2、AFP、AGR2、ALDH3A1、ALPK3、AMIGO3、ANKRD65、ANLN、AP1M2、ARHGAP11A、ARHGEF39、ASF1B、ASPHD1、AURKA、AXIN2、BAIAP2L2、BEX2、C15orf48、C1orf106、C1QTNF3、C6orf223、CA12、CA9、CAMK2N2、CAP2、CBX2、CCDC170、CCDC28B、CCDC64、CCNE2、CCNF、CD109、CD34、CDC25A、CDC7、CDCA5、CDCA8、CDH13、CDK1、CDKN2A、CDKN2C、CDT1、CELF6、CENPF、CENPH、CENPL、CENPU、CENPW、CKB、CNNM1、COL15A1、COL4A5、COL7A1、COL9A2、CRIP3、CSPG4、CTNND2、CXorf36、CYP17A1、DLK1、DMKN、DSCC1、DTL、DUOX2、ECT2、EEF1A2、EFNA3、EPHB2、EPPK1、ETV4、FABP4、FAM111B、FAM3B、FAM83D、FANCD2、FANCI、FBXL18、FERMT1、FGF19、FLNC、FLVCR1、FOXD2-AS1、FOXM1、FXYD2、GABRE、GAL3ST1、GCNT3、GINS1、GJC1、GMNN、GNAZ、GOLGA2P7、GPC3、GPR64、GPSM1、HRCT1、IGF2BP2、IGSF1、IGSF3、IQGAP3、ITGA2、ITPKA、KIAA0101、KIF11、KIFC1、KIFC2、KNTC1、KRT23、LAMA3、LEF1、LGR5、LINC00152、LINGO1、LPL、LRRC1、LYPD1、MAD2L1、MAGED4、MAGED4B、MAPK12、MAPK8IP2、MAPT、MCM2、MDGA1、MDK、MFAP2、MISP、MKI67、MMP11、MNS1、MPZ、MSC、MSH5、MTMR11、MUC13、MUC5B、MYH4、NAALADL1、NAV3、NCAPG、NDUFA4L2、NEB、NKD1、NMB、NOTCH3、NOTUM、NPM2、NQO1、NRCAM、NT5DC2、NTS、OBSCN、OLFML2A、OLFML2B、PAQR4、PEG10、PI3、PLCE1、PLCH2、PLK1、PLXDC1、PODXL2、POLE2、PPAP2C、PRC1、PTGES、PTGFR、PTHLH、PTK7、PTP4A3、PTTG1、PYCR1、RACGAP1、RBM24、RHBG、RNF157、ROBO1、RP4-800G7.2、RPS6KL1、RRM2、S100A1、SCGN、5-Sep、SERPINA12、SEZ6L2、SFN、SGOL2、SLC22A11、SLC51B、SLC6A2、SNCG、SOAT2、SP5、SPARCL1、SPINK1、STIL、STK39、SULT1C2、TCF19、TDGF1、THY1、TK1、TMC5、TMEM132A、TMEM150B、TNFRSF19、TNFRSF25、TONSL、TPX2、TRIM16、TRIM16L、TRIM31、TRIM45、TTC39A、UBD、UBE2C、UBE2T、UGT2B11、USH1C、VSIG10L、WDR62、WDR76、和ZWINT。


5.一種用于在患有慢性肝臟疾病(CLD)的受試者中檢測HCC的存在的方法，所述方法包括：
(a)測量所述受試者的CEC中的權利要求1-4中任一項所述的HCC分類器基因的表達水平；和
(b)將所...

【專利技術屬性】
技術研發人員：M·阿爾耶，D·T·丁，I·巴恩，K·莫塞索，
申請(專利權)人：總醫院公司，哈佛大學，
類型：發明
國別省市：美國;US