寡核苷酸和用于治療神經學疾病的方法技術

本文公開了反義寡核苷酸序列，以及用于治療神經學疾病的方法。本文描述了寡核苷酸抑制劑。在各種實施方案中，寡核苷酸靶向轉錄物以治療神經學疾病，包括運動神經元疾病和/或神經病。例如，轉錄物的抑制劑可以用于治療PD、ALS、FTD和ALS伴FTD。FTD和ALS伴FTD。FTD和ALS伴FTD。

【技術實現步驟摘要】
【國外來華專利技術】寡核苷酸和用于治療神經學疾病的方法
[0001]交叉引用
[0002]本申請要求2019年6月3日提交的美國臨時專利申請號62/856,264；于2019年10月11日提交的美國臨時專利申請號62/914,252；以及于2019年12月18日提交的美國臨時專利申請號62/949,817的權益和優先權，出于所有目的，其每一個的全部公開內容在此通過引用整體并入。
[0003]序列表
[0004]本申請含有序列表，其已經以ASCII格式電子提交，并在此通過引用整體并入。所述ASCII拷貝創建于2020年5月29日，命名為QRL
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002WO_SL.txt，并且大小為378,978字節。
專利

[0005]本申請涉及包括隱蔽外顯子的STMN2轉錄物的抑制劑，其包括STMN2反義寡核苷酸序列，以及治療神經學疾病的方法。
[0006]專利技術背景
[0007]運動神經元疾病是一類導致運動神經元(協調大腦肌肉的隨意運動的那些神經元)變性和死亡的神經學疾病。運動神經元疾病可能是散發性或遺傳性的，并且可能影響上運動神經元和/或下運動神經元。運動神經元疾病包括肌萎縮側索硬化、進行性延髓麻痹、假性延髓麻痹、原發性側索硬化、進行性肌萎縮、脊髓性肌萎縮和脊髓灰質炎后綜合征。
[0008]肌萎縮側索硬化(ALS)是一組運動神經元疾病，在美國影響約15,000人。ALS的特征在于上和下運動神經元的變性和死亡，導致隨意肌控制的喪失。運動神經元死亡伴隨著肌肉肌束震顫和萎縮。ALS的早期癥狀包括肌痛性痙攣、肌痙攣、肌無力(例如，影響手臂、腿、頸部或橫膈膜)、口齒不清和鼻音，以及咀嚼或吞咽困難。最終發生力量喪失和對運動(包括說話、進食和呼吸所必需的那些)的控制。疾病進展可能伴隨著體重減輕、營養不良、焦慮、抑郁、增加的肺炎風險、肌痛性痙攣、神經病變和可能的癡呆。大多數診斷患有ALS的個體在首次出現癥狀后五年內死于呼吸衰竭。目前，對于ALS沒有有效的治療方法。
[0009]ALS發生在所有年齡的個體中，但在55至75歲之間的個體中最常見，且男性中的發病率略高。ALS可以表征為散發性或家族性。散發性ALS似乎是隨機發生的，占所有ALS發病率的90％以上。家族性ALS占所有ALS發病率的5
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10％。
[0010]FTD是指由大腦額葉和顳葉中的神經元喪失引起的一連串的進行性神經退行性疾病。FTD的特征在于行為和人格的改變，以及語言功能障礙。FTD的形式包括行為變異FTD(bvFTD)、語義變異原發性進行性失語癥(svPPA)和非流利變異原發性進行性失語癥(nfvPPA)。ALS伴FTD的特征在于與FTD相關的癥狀，以及ALS的癥狀，諸如肌無力、萎縮、肌束震顫、痙攣、言語損傷(構音障礙)和無法吞咽(吞咽困難)。個體通常在5到10年內死于FTD，而ALS伴FTD通常會在首次疾病癥狀出現后2到3年內導致死亡。
[0011]與ALS一樣，沒有已知的對于FTD或ALS伴FTD的治愈，也沒有已知的預防或延緩這兩種疾病進展的治療。
[0012]因此，迫切需要鑒定能夠預防、改善和治療神經學疾病，諸如肌萎縮側索硬化
(ALS)、額顳葉癡呆(FTD)、阿爾茨海默病(AD)、帕金森病(PD)，亨廷頓病、臂叢損傷、外周神經損傷、進行性核上性麻痹(PSP)、腦外傷、脊髓損傷、皮質基底節變性(CBD)和/或神經病諸如化學療法誘導的神經病的化合物。
[0013]RNA結合蛋白反式反應DNA結合蛋白43(TDP
?
43)參與基本的RNA加工活動，包括RNA轉錄、剪接和轉運。TDP
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43與數以千計的前信使RNA/mRNA靶標結合，對富含GU的序列具有高親和力，包括通過與3
’
非翻譯區結合來自動調節其自身的mRNA。來自其他正常成人神經系統中的TDP
?
43的減少改變了1,500多種RNA，包括含有長內含子的轉錄物的剪接或表達水平。參見Melamed et al.,Nat Neurosci.(2019),22(2):180
?
190。
[0014]在大多數ALS的病例中和約45％的患有FTD的患者中的受累神經元中，已經報道了TDP
?
43的細胞質累積和核損失。參見Melamed et al.,Nat Neurosci.(2019),22(2):180
?
190。此外，已經顯示TDP
?
43調節神經元生長相關因子抑微管裝配蛋白
?
2的表達。參見Melamed(2019)；也參見Klim et al.,Nat Neurosci.(2019),22(2):167
?
179。TDP
?
43破壞顯示驅動抑微管裝配蛋白
?
2前mRNA的內含子1中的過早多腺苷酸化和異常剪接，產生截短的mRNA和功能性STMN2蛋白的喪失。參見Melamed(2019)。STMN2編碼正常運動神經元外生長和修復所必需的蛋白質。參見Melamed(2019)；也參見Klim(2019)。
[0015]將抑微管裝配蛋白
?
2基因注釋為包含五個組成型外顯子(Refseq ID:NM_001199214.1)外加在外顯子4和5之間提出的備選外顯子。參見Melamed(2019)；也參見Klim(2019)。TDP
?
43的減少或突變誘導新的剪接外顯子，其定位在內含子1內。參見Melamed(2019)；也參見Klim(2019)。當TDP
?
43經消減或內源性TDP
?
43具有N352突變時，這種新的外顯子(表示為“外顯子2a”或“隱蔽外顯子”)出現在STMN2前mRNA中。參見Melamed(2019)；也參見Klim(2019)。STMN2前mRNA中的隱蔽外顯子含有隱蔽的多腺苷酸化序列，其導致前mRNA過早的多腺苷酸化。參見Melamed(2019)；也參見Klim(2019)。這種過早多腺苷酸化的RNA包括227個源于隱蔽外顯子的核苷酸，其中其預測的16個氨基酸翻譯產物起始于外顯子1中的正常AUG密碼子，并將11個密碼子結束于隱蔽外顯子中。參見Melamed(2019)；也參見Klim(2019)。
[0016]本專利技術提供了包括隱蔽外顯子的STMN2轉錄物的抑制劑，用于治療神經學疾病或病癥。
[0017]專利技術概述
[0018]本文描述了寡核苷酸抑制劑。在各種實施方案中，寡核苷酸靶向轉錄物以治療神經學疾病，包括運動神經元疾病，和/或神經病。例如，轉錄物抑制劑可以用于治療PD、ALS、FTD和ALS伴FTD。在各種實施方案中，寡核苷酸抑制劑是反義寡核苷酸。在各種實施方案中，寡核苷酸抑制劑靶向抑微管裝配蛋白
?
2(Stathmin
?
2，STMN2)轉錄物。在一些實施方案中，STMN2轉錄物本文檔來自技高網...

【技術保護點】

【技術特征摘要】
【國外來華專利技術】1.包含寡核苷酸的化合物，所述寡核苷酸包含具有至少19個連續核堿基序列的連接核苷，所述序列與具有與SEQ ID NO:944至少90％同一性的轉錄物的等長部分或與SEQ ID NO:944的連續19至50個核堿基部分至少90％互補，其中所述連接核苷的至少一個核苷鍵聯是非天然鍵聯。2.寡核苷酸，其包含具有至少19個連續核堿基序列的連接核苷，所述序列與具有與SEQ ID NO:944至少90％同一性的轉錄物的等長部分或與SEQ ID NO:944的連續19至50個核堿基部分至少90％互補，其中所述連接核苷的至少一個核苷鍵聯是非天然鍵聯。3.權利要求1或2所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列包含至少10個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:1
?
446、SEQ ID NO:894
?
918、SEQ ID NO:945
?
1390或SEQ ID NO:1392
?
1432中任一個的等長部分共享至少90％同一性。4.權利要求1
?
3中任一項所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列包含至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:1
?
446、SEQ ID NO:894
?
918、SEQ ID NO:945
?
1390或SEQ ID NO:1392
?
1432中任一個的等長部分共享至少90％同一性。5.權利要求1
?
3中任一項所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列包含至少10個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:31、36、41、46、55、144、146、150、169、170、171、172、173、177、181、185、197、203、209、215、237、244、249、252、380、385、390、395、400、975、980、985、999、1088、1090、1094、1113、1114、1115、1116、1117、1121、1125、1129、1141、1147、1153、1159、1181、1188、1193、1196、1324、1329、1334、1339或1344中任一個的等長部分共享至少90％同一性。6.權利要求1
?
5中任一項所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列包含至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:31、36、41、46、55、144、146、150、169、170、171、172、173、177、181、185、197、203、209、215、237、244、249、252、380、385、390、395、400、975、980、985、999、1088、1090、1094、1113、1114、1115、1116、1117、1121、1125、1129、1141、1147、1153、1159、1181、1188、1193、1196、1324、1329、1334、1339或1344中任一個的等長部分共享至少90％同一性。7.包含寡核苷酸的化合物，所述寡核苷酸包含具有至少19個連續核堿基序列的連接核苷，其中所述核堿基序列包含至少10個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:894
?
918或SEQ ID NO:1392
?
1432中任一個的等長部分共享至少90％同一性。8.寡核苷酸，其包含具有至少19個連續核堿基序列的連接核苷，其中所述核堿基序列包含至少10個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:894
?
918或SEQ ID NO:1392
?
1432中任一個的等長部分共享至少90％同一性。9.權利要求7或8所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列包含至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:894
?
918或SEQ ID NO:1392
?
1432中任一個共享至少90％同一性。10.包含寡核苷酸的化合物，所述寡核苷酸包含具有至少19個連續核堿基序列的連接核苷，其中所述核堿基序列包含與SEQ ID NO:944的121
?
144、144
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168、146
?
170、150
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170、150
?
172、150
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174、169
?
193、169
?
189、169
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191、170
?
190、170
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192、171
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191、171
?
193、172
?
192、172
?
194、170
?
194、171
?
195、172
?
196、173
?
197、185
?
209、197
?
221、237
?
261、249
?
273、
252
?
276或276
?
300位中任一個內的核堿基的等長部分至少90％互補的至少10個連續核堿基的部分。11.寡核苷酸，其包含具有至少19個連續核堿基序列的連接核苷，其中所述核堿基序列包含與在SEQ ID NO:944的121
?
144、144
?
168、146
?
170、150
?
170、150
?
172、150
?
174、169
?
193、169
?
189、169
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191、170
?
190、170
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192、171
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191、171
?
193、172
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192、172
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194、170
?
194、171
?
195、172
?
196、173
?
197、185
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209、197
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221、237
?
261、249
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273、252
?
276或276
?
300位中任一個內的核堿基的等長部分至少90％互補的至少10個連續核堿基的部分。12.權利要求10或11所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列的部分與SEQ ID NO:944的121
?
144、144
?
168、146
?
170、150
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170、150
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172、150
?
174、169
?
193、169
?
189、169
?
191、170
?
190、170
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192、171
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191、171
?
193、172
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192、172
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194、170
?
194、171
?
195、172
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196、173
?
197、185
?
209、197
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221、237
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261、249
?
273、252
?
276或276
?
300位中任一個內的核堿基的等長部分100％互補。13.權利要求12所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列的部分與SEQ ID NO:944的144
?
164、144
?
166、145
?
167、146
?
166、146
?
168、147
?
165或148
?
168位中任一個內的核堿基的等長部分100％互補。14.權利要求12所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列的部分與SEQ ID NO:944的173
?
191、173
?
193、173
?
195、173
?
197、175
?
195、175
?
197、177
?
197或179
?
197位中任一個內的核堿基的等長部分100％互補。15.權利要求12所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列的部分與SEQ ID NO:944的185
?
205、187
?
209、189
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209、185
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207、197
?
217、197
?
219或191
?
209位中任一個內的核堿基的等長部分100％互補。16.權利要求12所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列的部分與SEQ ID NO:944的237
?
255、237
?
257、237
?
259、239
?
259、239
?
261、241
?
261、237
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257、249
?
269、249
?
271、252
?
272、252
?
274或243
?
261位中任一個內的核堿基的等長部分100％互補。17.權利要求10或11所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列包含至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:944的121
?
144、144
?
168、146
?
170、150
?
170、150
?
172、150
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174、169
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193、169
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189、169
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191、170
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190、170
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192、171
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191、171
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193、172
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192、172
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194、170
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194、171
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195、172
?
196、173
?
197、185
?
209、197
?
221、237
?
261、249
?
273、252
?
276或276
?
300位中任一個內的核堿基的等長部分互補。18.權利要求10或11所述的寡核苷酸，其中所述核堿基序列包含至少11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個連續核堿基的部分，所述部分與SEQ ID NO:944的144
?
164、144
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166、145
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167、146
?
166、146
?
168、147
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165、148
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168、173
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191、173
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193、173
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195、173
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197、175
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195、175
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197、177
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197、179
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197、185
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205、185
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207、197
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217、197
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219、187
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209、189
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209、191
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209、237
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255、237
?
257、237
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259、239
?
259、239
?
261、241
?
261、237
?
257、249
?
269、249
?
271、252
?
272、252
?
274或243
?
261位中任一個內的核堿基的等長部分互補。19.權利要求1
?
18中任一項所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸為19和40個核苷長度。20.上述權利要求中任一項所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一個選自下
組的核苷鍵聯：磷酸二酯鍵聯、硫代磷酸酯(phosphorothioate)鍵聯、烷基磷酸酯鍵聯、烷基膦酸酯鍵聯、3
?
甲氧基丙基膦酸酯鍵聯、二硫代磷酸酯鍵聯、磷酸三酯鍵聯、甲基膦酸酯鍵聯、氨基烷基磷酸三酯鍵聯、亞烷基膦酸酯鍵聯、亞膦酸酯鍵聯、氨基磷酸酯鍵聯、硫代氨基磷酸酯鍵聯、二氨基磷酸酯(例如，包括二氨基磷酸酯嗎啉代(PMO)、3
’
氨基核糖或5
’
氨基核糖)鍵聯、氨基烷基氨基磷酸酯鍵聯、硫代氨基磷酸酯鍵聯、硫代烷基膦酸酯鍵聯、硫代烷基磷酸三酯鍵聯、硫化磷酸酯(thiophosphate)鍵聯、硒代磷酸酯鍵聯和硼代磷酸酯鍵聯，或其任何組合。21.上述權利要求中任一項所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸的至少兩個、三個或四個核苷間鍵聯是磷酸二酯核苷間鍵聯。22.權利要求1
?
20中任一項所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少兩個、三個或四個修飾的核苷間鍵聯。23.權利要求22所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸的修飾的核苷間鍵聯中的每一個獨立地選自硫代磷酸酯鍵聯、氨基磷酸酯鍵聯、硫代氨基磷酸酯鍵聯、二氨基磷酸酯鍵聯。24.權利要求22或23所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸的所有核苷間鍵聯是硫代磷酸酯鍵聯。25.權利要求23所述的寡核苷酸，其中所述硫代磷酸酯核苷間鍵聯處于Rp構型或Sp構型中的一種。26.前述權利要求中任一項的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一個修飾的核堿基。27.權利要求26所述的寡核苷酸，其中所述至少一個修飾的核堿基是5
?
甲基胞嘧啶、假尿苷或5
?
甲氧基尿苷。28.前述權利要求中任一項所述的寡核苷酸，其中所述寡核苷酸包含至少一個修飾的糖部分。29.權利要求28所述的...

【專利技術屬性】
技術研發人員：S辛克利，D布朗，S阿格拉瓦爾，
申請(專利權)人：奎里斯公司，
類型：發明
國別省市：