一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的探針及其用途和鑒定方法技術

本發明專利技術公開了一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的探針及其用途和鑒定方法，屬于分子細胞遺傳學技術領域。該探針的核酸序列如SEQ ID NO.1所示。本申請公開了一種新的2A染色體短臂近著絲粒區域細胞學檢測探針Oligo

【技術實現步驟摘要】
一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的探針及其用途和鑒定方法


[0001]本專利技術屬于分子細胞遺傳學
，具體涉及一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的探針及其用途和鑒定方法。

技術介紹

[0002]小麥是世界上最重要的禾谷類糧食作物之一，熒光原位雜交技術廣泛應用于其遠緣雜交育種、異源多倍化和染色體進化等相關研究。在小麥染色體水平基因組組裝發布后，前人已經基于其系統性開發了一系列寡核苷酸探針。然而，限于當時的發掘方法，對小麥參考基因組中高豐度重復序列發掘不夠充分，隨后仍陸續有基于新類型重復序列開發出實用探針的報道。目前已有探針的雜交信號在小麥部分染色體上分布仍較少，不利于其遺傳解析和育種等研究的開展。
[0003]基于pSc119.2和pTa535開發的探針組合(Tang et al.,2014)，雖然能夠鑒定出小麥的21對染色體，但是往往同時在多染色體上有雜交信號，有的信號位置相似，且能夠產生信號的區段有限，當染色體發生斷裂、缺失、倒位或易位等結構變異時識別能力有限。
[0004]為在細胞學分析中準確識別特定染色體及其片段，需要開發更多能夠在特異性染色體區段產生較強熒光信號的探針。目前已報道探針能在小麥2A染色體短臂(2AS)近著絲粒區域上產生雜交信號的較少：(1)Oligo
?
pTa535
?
1(Tang etal.,2014)、(AAG)5(Cuadrado et al.,2000)及它們的同類探針在2AS近著絲粒區域有信號，但其在小麥基因組中信號點太多，且均在例如3AS近著絲粒區域有類似強度的信號，特異性有所欠缺；(2)Oligo
?
428(Tang et al.,2018)在2AS近著絲粒區域產生的雜交信號強度較弱；(3)使用Oligo
?
2A或Oligo
?
2A
plus
(張潔等,2022)可在熒光原位雜交分析中特異性鑒定小麥2A染色體，但其雜交信號在2A長臂(2AL)近著絲粒區域，而非2AS近著絲粒區域。
[0005]因此，需要開發能夠在小麥2AS近著絲粒區域產生特異性雜交信號的探針，這一方面便于在細胞學分析中以一個探針直接識別2A染色體，另一方面有助于鑒定2AS著絲粒區域斷裂后產生的結構變異。
[0006]尋找小麥2A染色體相關細胞學探針，常規思路是基于參考基因組篩選特異性富集于2A染色體的重復序列。然而，由于小麥基因組極為龐大(約為17G)，重復序列富集區域常常不能正確組裝，當前發布的參考基因組中，重復序列可能掛載在了錯誤的位置，且拷貝數也不正確。因此，如何獲得可快速鑒定2A染色體的細胞學探針是關鍵。

技術實現思路

[0007]針對現有技術中的上述不足，本專利技術提供一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的探針及其用途和鑒定方法，可快速準確的對小麥2A染色體、2A染色體短臂進行鑒定。
[0008]為實現上述目的，本專利技術解決其技術問題所采用的技術方案是：
[0009]一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的探針，該探針的核酸序列如SEQ ID NO.1所示，具體序列如下：
[0010]5’?
CAAAAATTATAAACTTTTTGTTAGTGCCATTAGTTTTCAAATTTG
?3’
(SEQ ID NO.1)
[0011]進一步地，探針的5
’
端連接有熒光標記基團。
[0012]進一步地，熒光標記基團為6
?
羧基熒光素。
[0013]進一步地，探針對應于小麥2A染色體短臂近著絲粒區域。
[0014]一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的試劑盒，包括上述探針。
[0015]上述探針，或試劑盒在鑒定小麥2A染色體短臂中的用途。
[0016]上述探針在小麥遺傳解析和育種中的用途。
[0017]一種鑒定小麥2A染色體短臂的方法，包括以下步驟：
[0018](1)合成上述探針序列；
[0019](2)將待檢樣本與步驟(1)獲得的探針序列雜交后鏡檢。
[0020]進一步地，將步驟(1)中的探針用緩沖液配置為雜交液，再進行雜交；雜交液中探針濃度為1～5nmol/100μL。
[0021]進一步地，緩沖液pH為7.0，其包括體積比為1:1的2
×
SSC和1
×
TE。
[0022]本專利技術的有益效果：
[0023]采用本專利技術公開的2A染色體短臂近著絲粒區域細胞學探針Oligo
?
pTa166
?
1，可在熒光原位雜交分析中快速鑒定小麥2A染色體、2A染色體短臂。
附圖說明
[0024]圖1為六倍體小麥FISH圖；其中，A為以Oligo
?
pTa166
?
1為探針的FISH圖；B為以Oligo
?
pSc119.2
?
1和Oligo
?
pTa535
?
1為探針的FISH圖；
[0025]圖2為硬粒小麥
?
非洲黑麥雙二倍體FISH圖；其中，A為以Oligo
?
pTa166
?
1為探針的FISH圖；B為以Oligo
?
pSc119.2
?
1和Oligo
?
pTa535
?
1為探針的FISH圖；
[0026]圖3為小麥
?
多年生簇毛麥部分雙二倍體FISH圖；其中，A為以Oligo
?
pTa166
?
1為探針的FISH圖；B為以Oligo
?
pSc119.2
?
1和Oligo
?
pTa535
?
1為探針的FISH圖；
[0027]圖4為六倍體小黑麥FISH圖；其中，A為以Oligo
?
pTa166
?
1為探針的FISH圖；B為以Oligo
?
pSc119.2
?
1和Oligo
?
pTa535
?
1為探針的FISH圖。
具體實施方式
[0028]下面對本專利技術的具體實施方式進行描述，以便于本
的技術人員理解本專利技術，但應該清楚，本專利技術不限于具體實施方式的范圍，對本
的普通技術人員來講，只要各種變化在所附的權利要求限定和確定的本專利技術的精神和范圍內，這些變化是顯而易見的，一切利用本專利技術構思的專利技術創造均在保護之列。
[0029]實施例1Oligo
?
pTa166
?
1探針的合成
[0030]根據小麥中國春IWGSC RefSeq v2.0(https://www.wheatgenome.org)參考基因組序列，采用TR<本文檔來自技高網...

【技術保護點】

【技術特征摘要】
1.一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的探針，其特征在于，所述探針的核酸序列如SEQ ID NO.1所示。2.根據權利要求1所述的探針，其特征在于，所述探針的5
’
端連接有熒光標記基團。3.根據權利要求2所述的探針，其特征在于，所述熒光標記基團為6
?
羧基熒光素。4.根據權利要求1～3所述的探針，其特征在于，所述探針對應于小麥2A染色體短臂近著絲粒區域。5.一種用于鑒定小麥2A染色體短臂的試劑盒，其特征在于，包括權利要求1～4任一項所述的探針。6.權利要求1～4任一項所述的探針，或權利要求5所述的試劑盒在鑒定小麥2A染色...

【專利技術屬性】
技術研發人員：郎濤，張潔，馮俊彥，蒲志剛，楊凡，王穎，李明，張聰，屈會娟，
申請(專利權)人：四川省農業科學院生物技術核技術研究所，
類型：發明
國別省市：