分離的阿爾茲海默癥的生物標志物及其用途和檢測方法技術

本發明專利技術提出了一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物及其用途和檢測方法；所述生物標志物具有位于

【技術實現步驟摘要】
分離的阿爾茲海默癥的生物標志物及其用途和檢測方法


[0001]本專利技術涉及生物
，尤其涉及一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物及其用途和檢測方法
。

技術介紹

[0002]阿爾茲海默癥
(Alzheimer Disease
，
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是一種進行性發展的中樞神經系統退行性變性疾病，是老齡人口中最常見的一種癡呆癥類型
。
阿爾茲海默癥患者通常表現出漸進性記憶障礙及認知功能下降，并且逐漸喪失日常生活能力，嚴重影響老年人的生活質量，已經成為了全球性的健康問題
。
[0003]阿爾茲海默癥的風險預測與早期診斷對阿爾茲海默癥的醫學干預十分重要
。
遺傳學研究表明阿爾茲海默癥發病很大程度上受遺傳因子的影響，其遺傳力大約為
70
％
?
80
％
。
因此，通過分析遺傳突變可以在早期對阿爾茲海默癥患病風險進行預測
。
全基因組關聯性分析已經成功地發現了位于
70
多個基因座上的遺傳突變會增加阿爾茲海默癥風險
。
但是，大多數已知的阿爾茲海默癥風險遺傳突變都是在歐洲人群中發現的，這些遺傳突變是否也會增加中國人的患病風險還尚未清楚，所以也無法直接用于風險預測
。
因此，在中國人群中研究并發現與阿爾茲海默癥風險相關的遺傳突變，有助于早期預測中國人阿爾茲海默癥發病風險，提高診斷準確性
。

技術實現思路

[0004]本專利技術針對上述技術問題，提出了一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物及其用途和檢測方法
。
[0005]本專利技術提出以下技術方案：
[0006]本專利技術提出了一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物，具有位于
PRDM7 基因編碼區的遺傳突變
rs12925933。
[0007]本專利技術還提出了一種如上所述的生物標志物的用途，用于預測測試受試者發展阿爾茲海默癥的風險
。
[0008]本專利技術還提出了一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物的檢測方法，包括以下步驟：
[0009]步驟
1、
招募阿爾茲海默癥患者和健康志愿者作為測試受試者；
[0010]步驟
2、
提取測試受試者的基因組
DNA
，再使用
Illumina NovaSeq 6000 測序平臺對測試受試者的基因組
DNA
進行全基因組
150bp
雙端測序，得到測序數據；
[0011]步驟
3、
采用
bwa
?
mem
軟件對測序數據進行序列比對至人類基因組上，將比對好的序列使用
gatk
軟件進行單核苷酸多態性檢測，最終得到全基因組的基因型；
[0012]步驟
4、
使用
bigsnpr
軟件對全基因組進行主成分分析，隨后使用
PLINKv1.9 軟件對全基因組的每一個基因型與阿爾茲海默癥進行邏輯回歸；
[0013]步驟
5、
使用了以下規則來篩選出阿爾茲海默癥的生物標志物：
1)
位于 PRDM7
基
因；
2)
基因型與阿爾茲海默癥顯著相關，即
P<0.05
；
3)
位于編碼區或者位于非編碼區且處于位于轉錄因子結合位點與轉錄調控順式作用元件之中
。
[0014]本專利技術的分離的阿爾茲海默癥的生物標志物及其用途和檢測方法通過檢測一個與阿爾茲海默癥發病風險相關的
PRDM7
基因的遺傳突變的基因型，對阿爾茲海默癥發病風險進行預測，具有檢測精確度高
、
方便快捷以及安全無創的特點，對阿爾茲海默癥的風險預測與輔助診斷具有重要的臨床指導意義
。
具體實施方式
[0015]為了使得專利技術的技術方案
、
技術目的以及技術效果更為清楚，以使得本領域技術人員能夠理解和實施本專利技術，下面將結合附圖及具體實施例對本專利技術做進一步詳細的描述
。
[0016]本專利技術提出了一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物，具有位于
PRDM7 基因編碼區的遺傳突變
rs12925933。
[0017]具體來說，上述生物標志物為一種與中國人群阿爾茲海默癥發病風險相關的遺傳位點突變：位于
PRDM7
基因編碼區的遺傳突變
rs12925933。
[0018]遺傳突變的檢測基于
Illumina NovaSeq 6000
測序平臺的基于全基因組測序數據分析得出
。
通過對全基因組測序數據的數據清洗，序列比對，單核苷酸多態性檢測等生物信息學方法，可以得到阿爾茲海默癥風險相關遺傳突變的基因型，進而預測阿爾茲海默癥發病風險
。
[0019]具體操作步驟如下：
[0020]我們在香港威爾士親王醫院招募了
431
名阿爾茲海默癥患者與
782
名健康對照組
(NC)
，對于每一位待檢測人，我們抽取
3ml
血液置入
K3EDTA
管中，置于
4℃
進行
2000g 15
分鐘的離心
。
接下來取
420uL
底部細胞顆粒用 QIAsymphony DSP DNA Midi Kit(QIAGEN)
提取基因組
DNA。
用
100uLElution Buffer ATE(QIAGEN)
稀釋提取完畢的基因組
DNA。
稀釋好的基因組
DNA
將用于建立基因文庫并使用
Illumina NovaSeq 6000
測序平臺進行全基因組
150bp
雙端測序
。
測序數據將先用
fastp
進行質量檢測，接頭去除，以及數據篩選
。
經過清洗的測序數據將用
bwa
?
mem
軟件進行序列比對至人類基因組上
。
最后，對比對好的序列使用
gatk
軟件進行單核苷酸多態性檢測，最終可得到整個基因組的基因型
。
[0021]對于基因型與阿爾茲海默癥的關聯性分析，我們使用了
bigsnpr
軟件對全基因組進行主成分分析來控制群體分層
(population stratification)
，隨后使用 PLINKv1.9
軟件對每一個基因型與阿爾茲海默癥進行邏輯回歸
(LogisticRegression)
，并同時控制了可能會影響本文檔來自技高網...

【技術保護點】

【技術特征摘要】
1.
一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物，其特征在于，具有位于
PRDM7
基因編碼區的遺傳突變
rs12925933。2.
一種如權利要求1所述的生物標志物的用途，其特征在于，用于預測測試受試者發展阿爾茲海默癥的風險
。3.
一種分離的阿爾茲海默癥的生物標志物的檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：步驟
1、
招募阿爾茲海默癥患者和健康志愿者作為測試受試者；步驟
2、
提取測試受試者的基因組
DNA
，再使用
Illumina NovaSeq 6000
測序平臺對測試受試者的基因組
DNA
進行全基因組
150bp
雙端測序，得到測序數據；步驟
3、
采用
bwa

【專利技術屬性】
技術研發人員：曹瀚，周曉璞，葉翠芬，傅潔瑜，葉玉如，
申請(專利權)人：香港科技大學深圳研究院，
類型：發明
國別省市：