【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及基因檢測，尤其涉及一種生信比對工具的優化方法和菌種檢測方法。
技術介紹
1、第三代測序技術是一種單分子測序技術，它實現了對每一條基因序列的單獨測序，然而，第三代測序技術的錯誤率偏高。
2、目前，在病原檢測中，發現的菌種種類及數量比較有限，基于第三代測序技術獲取的測序數據較少，尤其是較少檢出的較稀有病原菌種，導致菌種的檢測準確率較低。
技術實現思路
1、本專利技術提供了一種生信比對工具的優化方法和菌種檢測方法，以對生信比對工具進行優化，提高生信比對工具檢測特定菌種的準確率。
2、根據本專利技術的一方面，提供了一種生信比對工具的優化方法，包括：
3、獲取目標菌種預設序列長度的基因序列以及多種菌種第三代測序的錯誤率分布；
4、基于所述基因序列和所述錯誤率分布生成所述目標菌種的模擬基因序列；
5、基于所述目標菌種的模擬基因序列對生信比對工具進行參數優化。
6、根據本專利技術的另一方面，提供了一種菌種檢測方法，包括：
7、獲取測序樣品的測序數據；
8、基于生信比對工具將所述測序數據與微生物序列參考數據庫中目標菌種的基因序列進行比對，確定所述測序樣品中是否存在所述目標菌種；其中，所述生信比對工具是針對所述目標菌種根據本專利技術任一實施例所述的生信比對工具優化方法優化得到的。
9、根據本專利技術的另一方面，提供了一種生信比對工具的優化裝置，包括：
10、數據獲取模
11、模擬基因序列生成模塊，用于基于所述基因序列和所述錯誤率分布生成所述目標菌種的模擬基因序列；
12、參數優化模塊，用于基于所述目標菌種的模擬基因序列對生信比對工具進行參數優化。
13、根據本專利技術的另一方面，提供了一種菌種檢測裝置，包括：
14、測序數據獲取模塊，用于獲取測序樣品的測序數據；
15、菌種檢測模塊，用于基于生信比對工具將所述測序數據與微生物序列參考數據庫中目標菌種的基因序列進行比對，確定所述測序樣品中是否存在所述目標菌種；其中，所述生信比對工具是針對所述目標菌種根據本專利技術任一實施例所述的生信比對工具優化方法優化得到的。
16、根據本專利技術的另一方面，提供了一種電子設備，所述電子設備包括：
17、至少一個處理器；以及
18、與所述至少一個處理器通信連接的存儲器；其中，
19、所述存儲器存儲有可被所述至少一個處理器執行的計算機程序，所述計算機程序被所述至少一個處理器執行，以使所述至少一個處理器能夠執行本專利技術任一實施例所述的生信比對工具的優化方法和/或菌種檢測方法。
20、根據本專利技術的另一方面，提供了一種計算機可讀存儲介質，所述計算機可讀存儲介質存儲有計算機指令，所述計算機指令用于使處理器執行時實現本專利技術任一實施例所述的生信比對工具的優化方法和/或菌種檢測方法。
21、本專利技術實施例的技術方案，通過獲取目標菌種預設序列長度的基因序列以及多種菌種第三代測序的錯誤率分布；基于基因序列和錯誤率分布生成目標菌種的模擬基因序列；基于目標菌種的模擬基因序列對生信比對工具進行參數優化。使用具有第三代測序的錯誤率分布的模擬基因序列對生信比對工具進行參數優化，可以提高生信比對工具檢測特定菌種的準確率。
22、應當理解，本部分所描述的內容并非旨在標識本專利技術的實施例的關鍵或重要特征，也不用于限制本專利技術的范圍。本專利技術的其它特征將通過以下的說明書而變得容易理解。
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1.一種生信比對工具的優化方法，其特征在于，包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述菌種第三代測序的錯誤率分布的確定方法，包括：
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述基于所述基因序列和所述錯誤率分布生成所述目標菌種的模擬基因序列，包括：
4.根據權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述模擬基因序列的生成方法，包括：
5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述參數優化的方法，包括：
6.一種菌種檢測方法，其特征在于，包括：
7.一種生信比對工具的優化裝置，其特征在于，包括：
8.一種菌種檢測裝置，其特征在于，包括：
9.一種電子設備，其特征在于，所述電子設備包括：
10.一種計算機可讀存儲介質，其特征在于，所述計算機可讀存儲介質存儲有計算機指令，所述計算機指令用于使處理器執行時實現權利要求1-5中任一項所述的生信比對工具的優化方法和/或權利要求6所述的菌種檢測方法。
【技術特征摘要】
1.一種生信比對工具的優化方法，其特征在于，包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述菌種第三代測序的錯誤率分布的確定方法，包括：
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述基于所述基因序列和所述錯誤率分布生成所述目標菌種的模擬基因序列，包括：
4.根據權利要求1或3所述的方法，其特征在于，所述模擬基因序列的生成方法，包括：
5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述參數優化的方法，包...
【專利技術屬性】
技術研發人員：王瑤瑤，劉克維，林靈，李無霜，冀樹伸，樓敬偉，宋莉，孫亞洲，
申請(專利權)人：上海寶藤生物醫藥科技股份有限公司，
類型：發明
國別省市：
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