【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
技術(shù)介紹
1、基因組測(cè)序(genomic?sequencing)可以是需要大量計(jì)算能力的復(fù)雜任務(wù)。雖然將工作分配到多個(gè)節(jié)點(diǎn)是可能的，但是可能很難協(xié)調(diào)它們的執(zhí)行，執(zhí)行包括測(cè)序包軟件執(zhí)行的開始和停止、運(yùn)行時(shí)間度量的收集以及對(duì)工作到不同的節(jié)點(diǎn)的分配。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、通過(guò)提供計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法，克服了現(xiàn)有技術(shù)的缺點(diǎn)并且提供了附加的優(yōu)點(diǎn)。方法包括：識(shí)別在計(jì)算環(huán)境中可用于協(xié)調(diào)應(yīng)用處理的多個(gè)處理引擎；將配置為執(zhí)行以執(zhí)行圖像處理的應(yīng)用分發(fā)(distribute)給多個(gè)處理引擎；以及將多個(gè)圖像分發(fā)給多個(gè)處理引擎以執(zhí)行圖像處理，其中多個(gè)圖像覆蓋包括多個(gè)不同子區(qū)域的圖像區(qū)域，其中圖像處理跨圖像處理的多個(gè)周期進(jìn)行以處理不同子區(qū)域的每個(gè)子區(qū)域中的多個(gè)圖像中的相應(yīng)一組圖像，并且其中對(duì)于不同子區(qū)域的每個(gè)子區(qū)域分發(fā)多個(gè)圖像包括：為該子區(qū)域選擇多個(gè)處理引擎中的相應(yīng)處理引擎以跨多個(gè)周期執(zhí)行圖像處理以處理該子區(qū)域的相應(yīng)一組圖像；以及跨圖像處理的多個(gè)周期，將該子區(qū)域的相應(yīng)一組圖像的圖像分發(fā)給為該子區(qū)域選擇的相應(yīng)處理引擎。
2、此外，提供了一種計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其包括存儲(chǔ)器和至少一個(gè)處理器，該計(jì)算機(jī)系統(tǒng)被配置為執(zhí)行程序指令以執(zhí)行一種方法。該方法包括：識(shí)別在計(jì)算環(huán)境中可用于協(xié)調(diào)應(yīng)用處理的多個(gè)處理引擎；將配置為執(zhí)行以執(zhí)行圖像處理的應(yīng)用分發(fā)給多個(gè)處理引擎；以及將多個(gè)圖像分發(fā)給多個(gè)處理引擎以執(zhí)行圖像處理，其中，多個(gè)圖像覆蓋包括多個(gè)不同子區(qū)域的圖像區(qū)域，其中，圖像處理跨圖像處理的多個(gè)周期進(jìn)行以處理不同子區(qū)域的每個(gè)子區(qū)域中的
3、此外，提供了一種計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其包括有形存儲(chǔ)介質(zhì)，該有形存儲(chǔ)介質(zhì)存儲(chǔ)用于執(zhí)行以執(zhí)行方法的程序指令。該方法包括：識(shí)別在計(jì)算環(huán)境中可用于協(xié)調(diào)應(yīng)用處理的多個(gè)處理引擎；將配置為執(zhí)行以執(zhí)行圖像處理的應(yīng)用分發(fā)給多個(gè)處理引擎；以及將多個(gè)圖像分發(fā)給多個(gè)處理引擎以執(zhí)行圖像處理，其中，多個(gè)圖像覆蓋包括多個(gè)不同子區(qū)域的圖像區(qū)域，其中，圖像處理跨圖像處理的多個(gè)周期進(jìn)行以處理不同子區(qū)域的每個(gè)子區(qū)域中的多個(gè)圖像中的相應(yīng)的一組圖像，并且其中，對(duì)于不同子區(qū)域的每個(gè)子區(qū)域分發(fā)多個(gè)圖像包括：為該子區(qū)域選擇多個(gè)處理引擎中的相應(yīng)處理引擎以跨多個(gè)周期執(zhí)行圖像處理以處理該子區(qū)域的相應(yīng)一組圖像；以及跨圖像處理的多個(gè)周期，將該子區(qū)域的相應(yīng)一組圖像的圖像分發(fā)給為該子區(qū)域選擇的相應(yīng)處理引擎。
4、將應(yīng)用分發(fā)給多個(gè)處理引擎可包括：將相同的應(yīng)用包分發(fā)給多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎，該應(yīng)用包用于在每個(gè)處理引擎上進(jìn)行實(shí)例化作為應(yīng)用的實(shí)例，該應(yīng)用被配置為執(zhí)行與從在多個(gè)處理引擎的其它處理引擎中的每一個(gè)處理引擎上的應(yīng)用包中實(shí)例化的應(yīng)用實(shí)例相同的一組任務(wù)。該方法可以進(jìn)一步包括：維持圖像獲取組件，該圖像獲取組件被配置為獲得多個(gè)圖像并提供多個(gè)圖像以供分發(fā)，其中，圖像獲取組件是應(yīng)用收集器的一部分，該應(yīng)用收集器被配置為在與多個(gè)處理引擎上的每個(gè)應(yīng)用收集器被配置為執(zhí)行的模式不同的圖像獲取和分發(fā)模式中執(zhí)行。
5、可以從成像裝置采集多個(gè)圖像，并且該方法可以進(jìn)一步包括：在執(zhí)行圖像處理期間，從多個(gè)處理引擎接收掃描位置信息，該掃描位置信息指示在獲取多個(gè)圖像中的至少一些圖像時(shí)對(duì)成像裝置的圖像掃描引擎的指導(dǎo)。圖像區(qū)域的不同子區(qū)域中的每個(gè)子區(qū)域可以對(duì)應(yīng)于不同的一組一個(gè)或多個(gè)相機(jī)幀位置。
6、多個(gè)圖像可以包括堿基序列的圖像，堿基序列的圖像在實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間被獲取以對(duì)堿基序列執(zhí)行測(cè)序，并且分發(fā)多個(gè)圖像可在實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間實(shí)時(shí)地執(zhí)行分發(fā)多個(gè)圖像。
7、該方法可以進(jìn)一步包括從多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎收集一個(gè)或多個(gè)應(yīng)用完成通信，該通信指示分配給該處理引擎的圖像處理的相應(yīng)一個(gè)或多個(gè)部分已完成。該方法可以進(jìn)一步包括：至少部分地基于接收或?qū)⒁邮盏膽?yīng)用完成通信來(lái)維持多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎的圖像處理狀態(tài)；以及將每個(gè)處理引擎的圖像處理狀態(tài)的指示傳達(dá)給請(qǐng)求此類指示的控制組件。
8、多個(gè)處理引擎可以各自是不同的物理主機(jī)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或不同的虛擬機(jī)。
9、選擇可以選擇多個(gè)處理引擎中的一個(gè)處理引擎以處理不同子區(qū)域的第一子區(qū)域的第一組圖像，并選擇多個(gè)子引擎中的不同的處理引擎以處理不同子區(qū)域的第二子區(qū)域的第二組圖像。另外地或可替代地，選擇可以選擇多個(gè)處理引擎中的同一處理引擎以處理不同子區(qū)域中的至少兩個(gè)子區(qū)域的一組圖像。
10、通過(guò)在此描述的概念實(shí)現(xiàn)了附加特征和優(yōu)點(diǎn)。
本文檔來(lái)自技高網(wǎng)...【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
1.一種用于對(duì)生物樣本進(jìn)行測(cè)序的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法，所述方法包括：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎包括用于實(shí)例化的相同應(yīng)用程序包，以在由所述相應(yīng)處理引擎接收的圖像上執(zhí)行與多個(gè)處理引擎中的其他處理引擎在由所述其他處理引擎接收的圖像上所執(zhí)行的相同的一組任務(wù)。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，還包括維持圖像獲取組件以獲得所述多個(gè)圖像并提供所述多個(gè)圖像以供分發(fā)，其中，所述圖像獲取組件是應(yīng)用收集器的一部分以在圖像獲取和分發(fā)模式中執(zhí)行，其與所述多個(gè)處理引擎中的每一者上的相應(yīng)應(yīng)用收集器要執(zhí)行的模式是不同的。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，圖像獲取組件從成像裝置獲取所述多個(gè)圖像，并且其中，所述方法還包括：在執(zhí)行所述圖像處理期間，從所述多個(gè)處理引擎接收掃描位置信息，所述掃描位置信息指示在獲取所述多個(gè)圖像中的至少一些圖像時(shí)對(duì)所述成像裝置的圖像掃描引擎的指導(dǎo)。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述圖像區(qū)域的所述不同子區(qū)域中的每個(gè)子區(qū)域?qū)?yīng)于不同的一組一個(gè)或多個(gè)相機(jī)幀位置。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，進(jìn)一步包括從所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎收集一個(gè)或多個(gè)應(yīng)用完成通信，所述應(yīng)用完成通信指示分配到所述處理引擎的所述圖像處理的相應(yīng)一個(gè)或多個(gè)部分已完成。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，進(jìn)一步包括：
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎是不同的物理主機(jī)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或不同的虛擬機(jī)。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述方法選擇所述多個(gè)處理引擎中的一個(gè)處理引擎用于處理所述不同子區(qū)域的第一子區(qū)域中的第一組圖像，以及選擇所述多個(gè)處理引擎中的第二處理引擎用于處理所述不同子區(qū)域的第二子區(qū)域中的第二組圖像。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中，所述方法包括選擇所述多個(gè)處理引擎中的同一處理引擎用于處理所述不同子區(qū)域中的至少兩個(gè)子區(qū)域中的一組圖像。
12.一種用于對(duì)生物樣本進(jìn)行測(cè)序的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，包括存儲(chǔ)器和至少一個(gè)處理器，所述計(jì)算機(jī)系統(tǒng)執(zhí)行程序指令以執(zhí)行方法，所述方法包括：
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中，所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎包括用于實(shí)例化的相同應(yīng)用程序包，以在由所述相應(yīng)處理引擎接收的圖像上執(zhí)行與多個(gè)處理引擎中的其他處理引擎在由所述其他處理引擎接收的圖像上所執(zhí)行的相同的一組任務(wù)。
14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中，所述方法還包括：維持圖像獲取組件以獲得所述多個(gè)圖像并提供所述多個(gè)圖像以供分發(fā)，其中，所述圖像獲取組件是應(yīng)用收集器的一部分以在圖像獲取和分發(fā)模式中執(zhí)行，其與所述多個(gè)處理引擎中的每一者上的相應(yīng)應(yīng)用收集器要執(zhí)行的模式是不同的。
15.根據(jù)權(quán)利要求12所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中，圖像獲取組件從成像裝置獲取所述多個(gè)圖像，并且其中，所述方法還包括：在執(zhí)行所述圖像處理期間，從所述多個(gè)處理引擎接收掃描位置信息，所述掃描位置信息指示在獲取所述多個(gè)圖像中的至少一些圖像時(shí)對(duì)所述成像裝置的圖像掃描引擎的指導(dǎo)。
16.根據(jù)權(quán)利要求12所述的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其中，所述多個(gè)圖像在實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間被獲取以對(duì)所述堿基序列執(zhí)行測(cè)序，并且其中，分發(fā)所述多個(gè)圖像在所述實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間實(shí)時(shí)地分發(fā)所述多個(gè)圖像。
17.一種計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)，其存儲(chǔ)用于執(zhí)行以執(zhí)行方法的程序指令，所述方法包括：
18.根據(jù)權(quán)利要求17所述的計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)，其中，所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎包括用于實(shí)例化的相同應(yīng)用程序包，以在由所述相應(yīng)處理引擎接收的圖像上執(zhí)行與多個(gè)處理引擎中的其他處理引擎在由所述其他處理引擎接收的圖像上所執(zhí)行的相同的一組任務(wù)。
19.根據(jù)權(quán)利要求18所述的計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)，其中，所述方法還包括：維持圖像獲取組件以獲得所述多個(gè)圖像并提供所述多個(gè)圖像以供分發(fā)，其中，所述圖像獲取組件是應(yīng)用收集器的一部分以在圖像獲取和分發(fā)模式中執(zhí)行，其與所述多個(gè)處理引擎中的每一者上的相應(yīng)應(yīng)用收集器要執(zhí)行的模式是不同的。
20.根據(jù)權(quán)利要求17所述的計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)，其中，所述多個(gè)圖像在實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間被獲取以對(duì)所述堿基序列執(zhí)行測(cè)序，并且其中，分發(fā)所述多個(gè)圖像在所述實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間實(shí)時(shí)地分發(fā)所述多個(gè)圖像。
...【技術(shù)特征摘要】
1.一種用于對(duì)生物樣本進(jìn)行測(cè)序的計(jì)算機(jī)實(shí)現(xiàn)的方法，所述方法包括：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎包括用于實(shí)例化的相同應(yīng)用程序包，以在由所述相應(yīng)處理引擎接收的圖像上執(zhí)行與多個(gè)處理引擎中的其他處理引擎在由所述其他處理引擎接收的圖像上所執(zhí)行的相同的一組任務(wù)。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，還包括維持圖像獲取組件以獲得所述多個(gè)圖像并提供所述多個(gè)圖像以供分發(fā)，其中，所述圖像獲取組件是應(yīng)用收集器的一部分以在圖像獲取和分發(fā)模式中執(zhí)行，其與所述多個(gè)處理引擎中的每一者上的相應(yīng)應(yīng)用收集器要執(zhí)行的模式是不同的。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，圖像獲取組件從成像裝置獲取所述多個(gè)圖像，并且其中，所述方法還包括：在執(zhí)行所述圖像處理期間，從所述多個(gè)處理引擎接收掃描位置信息，所述掃描位置信息指示在獲取所述多個(gè)圖像中的至少一些圖像時(shí)對(duì)所述成像裝置的圖像掃描引擎的指導(dǎo)。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述圖像區(qū)域的所述不同子區(qū)域中的每個(gè)子區(qū)域?qū)?yīng)于不同的一組一個(gè)或多個(gè)相機(jī)幀位置。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述多個(gè)圖像在實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間被獲取以對(duì)所述堿基序列執(zhí)行測(cè)序，并且其中，分發(fā)所述多個(gè)圖像在所述實(shí)時(shí)序列分析運(yùn)行期間實(shí)時(shí)地分發(fā)所述多個(gè)圖像。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，進(jìn)一步包括從所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎收集一個(gè)或多個(gè)應(yīng)用完成通信，所述應(yīng)用完成通信指示分配到所述處理引擎的所述圖像處理的相應(yīng)一個(gè)或多個(gè)部分已完成。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，進(jìn)一步包括：
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述多個(gè)處理引擎中的每個(gè)處理引擎是不同的物理主機(jī)計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或不同的虛擬機(jī)。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述方法選擇所述多個(gè)處理引擎中的一個(gè)處理引擎用于處理所述不同子區(qū)域的第一子區(qū)域中的第一組圖像，以及選擇所述多個(gè)處理引擎中的第二處理引擎用于處理所述不同子區(qū)域的第二子區(qū)域中的第二組圖像。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中，所述方法包括選擇所述多個(gè)處理引擎中的同一處理引擎用于處理所述不同子區(qū)域中的至少兩個(gè)子區(qū)域中的一組圖像。
12.一種用于對(duì)生物...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：D·基梅爾，E·內(nèi)，P·史密斯，
申請(qǐng)(專利權(quán))人：伊魯米那股份有限公司，
類型：發(fā)明
國(guó)別省市：
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