【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
本專(zhuān)利技術(shù)屬于生物，具體涉及一種鑒定甜瓜果皮顏色的snp分子標(biāo)記及其應(yīng)用。
技術(shù)介紹
1、甜瓜(cucumis?melo?l.)是世界范圍內(nèi)廣泛種植的一種重要經(jīng)濟(jì)作物。甜瓜的遺傳資源豐富，可大致分為薄皮甜瓜和厚皮甜瓜兩種類(lèi)型，其果皮顏色、果實(shí)的大小和形狀等性狀多種多樣。目前，市場(chǎng)上銷(xiāo)售的薄皮甜瓜果皮顏色主要有綠色、白色、黃色以及多種顏色混雜的花斑類(lèi)型。果皮顏色是一種重要的外觀品質(zhì)性狀，直接影響消費(fèi)者對(duì)甜瓜種類(lèi)的選擇，因此，培育具有各種果皮顏色的甜瓜品種以迎合市場(chǎng)需求一致是育種工作中的一項(xiàng)重要內(nèi)容。但是，許多甜瓜品種的果皮顏色需要到成熟后才能完全顯現(xiàn)出來(lái)，開(kāi)展果皮顏色育種的選擇周期較長(zhǎng)且成本高。因此，鑒定、克隆甜瓜果皮顏色控制基因并開(kāi)發(fā)特異功能性分子標(biāo)記進(jìn)行果皮顏色的早期分子標(biāo)記輔助選擇，將大大提高育種選擇效率并降低生產(chǎn)成本。
2、甜瓜的果皮顏色主要受遺傳調(diào)控，且受光照、溫度等環(huán)境的影響。關(guān)于甜瓜果皮顏色遺傳規(guī)律及相關(guān)qtls或基因定位的研究早有報(bào)道。楊光華等研究表明聽(tīng)甜瓜黃綠色果皮對(duì)白色果皮為顯性，并通過(guò)構(gòu)建遺傳連鎖圖譜將控制果皮底色的基因定位到4號(hào)染色體約425kb的區(qū)間內(nèi)。kasp(kompetitive?allele?specific?pcr，競(jìng)爭(zhēng)性等位基因特異pcr)是一種基于單核苷酸多態(tài)性(snp)的新型基因分型技術(shù)，可從基因組水平對(duì)snp和插入缺失多態(tài)性(indel)位點(diǎn)進(jìn)行精準(zhǔn)分型，被廣泛應(yīng)用于農(nóng)業(yè)科學(xué)研究領(lǐng)域。利用該類(lèi)標(biāo)記以及英國(guó)lgc(laboratory?of?the?government?che
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本專(zhuān)利技術(shù)解決的技術(shù)問(wèn)題是如何提高木蘭綱植物的抗旱性，尤其是擬南芥和小麥。
2、為了解決上述技術(shù)問(wèn)題，本專(zhuān)利技術(shù)提供了下述應(yīng)用。
3、檢測(cè)snp的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色，或，制備鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色產(chǎn)品，或，甜瓜育種或制備甜瓜育種產(chǎn)品中的應(yīng)用，所述snp是甜瓜基因組的一個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)，為序列表中seq?idno.4的第99位核苷酸，其為g或a。
4、所述物質(zhì)可為產(chǎn)品。所述檢測(cè)物質(zhì)可包括檢測(cè)上述單核苷酸多態(tài)性的試劑、試劑盒和儀器。具體的說(shuō)，為檢測(cè)上述單核苷酸多態(tài)性進(jìn)行核酸體外擴(kuò)增所需的引物和/或其他試劑和儀器。
5、本申請(qǐng)中，所述snp的基因型可為基因型gg、基因型aa或基因型ga，基因型gg是snp為g的純合型；基因型aa是snp為a的純合型合型；基因型ga是snp為g和snp為a的雜合性。
6、為了解決上述技術(shù)問(wèn)題，本專(zhuān)利技術(shù)還提供了產(chǎn)品。
7、所述產(chǎn)品含有上述檢測(cè)甜瓜基因組snp的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)的產(chǎn)品，且可為下述g1)-g3)中的任一種：
8、g1)檢測(cè)甜瓜果皮顏色相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性或基因型的產(chǎn)品；
9、g2)鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色的產(chǎn)品；
10、g3)用于甜瓜育種的產(chǎn)品。
11、為了解決上述技術(shù)問(wèn)題，本專(zhuān)利技術(shù)提供了鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色的方法。
12、所述方法為鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色的方法，包括檢測(cè)待測(cè)甜瓜中上述snp的基因型，根據(jù)待測(cè)甜瓜的所述基因型鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色：
13、所述snp的基因型為基因型gg和ga的甜瓜果皮顏色為綠色，所述snp的基因型為基因型aa的甜瓜果皮顏色為白色。
14、基因型gg是序列4的第99位為g的純合型。基因型aa是序列4的第99位為a的純合型。基因型ga是序列4的第99位為g和序列4的第99位為a的雜合型。
15、作為一種實(shí)施方案，所述鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色方法可包括如下步驟：
16、(1)以待測(cè)甜瓜的基因組dna為模板，采用引物組f1進(jìn)行kasp；
17、引物組f1可包括引物f1-a、引物f1-b和引物f1-c；；
18、所述引物f1-a可為核苷酸序列是序列1的單鏈dna分子；
19、所述引物f1-b可為核苷酸序列是序列2的單鏈dna分子；
20、所述引物f1-c可為核苷酸序列是序列3的單鏈dna分子。
21、(2)完成步驟(1)后，進(jìn)行熒光檢測(cè)，確定待測(cè)甜瓜的所述snp位點(diǎn)的基因型；
22、(3)根據(jù)基因型結(jié)果進(jìn)行鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色：所述snp位點(diǎn)的基因型為基因型gg和基因型ga的待測(cè)甜瓜的果皮顏色為綠色，基因型aa的待測(cè)甜瓜的果皮顏色為白色。
23、上述的應(yīng)用、上述的產(chǎn)品或上述的方法中，所述甜瓜為甜瓜純系或自交系。
24、上述方法在甜瓜育種中的應(yīng)用。
25、所述育種的目標(biāo)包括果皮顏色。所述育種的目標(biāo)可為綠色果皮(甜瓜果皮顏色為綠色)或白色果皮(甜瓜果皮顏色為白色)。
26、上述的應(yīng)用、上述的產(chǎn)品、上述的方法或上述的應(yīng)用、產(chǎn)品或方法中，所述育種的目的包括培育或選育低白色或綠色果皮顏色的甜瓜。
27、上述的應(yīng)用、上述的產(chǎn)品、上述的方法或上述的應(yīng)用、產(chǎn)品或方法中，所述檢測(cè)snp的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)，為如下d1)、d2)、d3)或d4)：
28、d1)含有特異性擴(kuò)增snp位點(diǎn)的體外核酸擴(kuò)增引物；
29、d2)含有d1)所述體外核酸擴(kuò)增引物的體外核酸擴(kuò)增試劑；
30、d3)含有d1)所述體外核酸擴(kuò)增引物或d2)所述體外核酸擴(kuò)增試劑的試劑盒；
31、d4)含有d1)所述體外核酸擴(kuò)增引物、d2)所述體外核酸擴(kuò)增試劑或d3)所述試劑盒的檢測(cè)儀器。
32、所述體外核酸擴(kuò)增技術(shù)可為聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr)、鏈替代擴(kuò)增(sda)、連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(lcr)和依賴(lài)核酸序列的擴(kuò)增(nasba)、滾環(huán)核酸擴(kuò)增(rca)、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(lamp)、依賴(lài)解旋酶的等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(hda)或qβ復(fù)制技術(shù)。
33、本申請(qǐng)以聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr)為擴(kuò)增手段，進(jìn)行多態(tài)性檢測(cè)。
34、d1)中所述特異性擴(kuò)增可通過(guò)擴(kuò)增產(chǎn)物的有無(wú)或者通過(guò)擴(kuò)增產(chǎn)物的有無(wú)再結(jié)合探針等輔助試劑來(lái)檢測(cè)snp多態(tài)性位點(diǎn)的核苷酸序列。
35、上述應(yīng)用、方法和產(chǎn)品中，所述體外核酸擴(kuò)增引物可被標(biāo)記物標(biāo)記也可不被標(biāo)記物標(biāo)記。所述標(biāo)記物指可用于提供可檢測(cè)的效果且可以連接至核酸的任何原子或分子。標(biāo)記物包括但不限于染料；放射性標(biāo)記，諸如32p；結(jié)合部分，諸如生物素(biotin)；半抗原，諸如地高辛(dig)；發(fā)光、發(fā)磷光或發(fā)熒光部分；和單獨(dú)的熒光染料或與可以通過(guò)熒光共振能量轉(zhuǎn)移(fret)抑制或移動(dòng)發(fā)射光譜的部分組合的熒光染料。標(biāo)記可以提供可通過(guò)熒光、放射性、比色、重量測(cè)定、x射線衍射或吸收、磁性、酶活性等檢測(cè)的信號(hào)。標(biāo)記可以是帶電荷的本文檔來(lái)自技高網(wǎng)...
【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
1.檢測(cè)SNP的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)在鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色，或，制備鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色產(chǎn)品，或，甜瓜育種或制備甜瓜育種產(chǎn)品中的應(yīng)用，所述SNP是甜瓜基因組的一個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)，為序列表中SEQ?ID?No.4的第99位核苷酸，其為G或A。
2.產(chǎn)品，其特征在于，所述產(chǎn)品含有權(quán)利要求1中所述檢測(cè)甜瓜基因組SNP的多態(tài)性或基因型的物質(zhì)的產(chǎn)品，且可為下述G1)-G3)中的任一種：
3.鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色的方法，所述方法為鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色的方法，包括檢測(cè)待測(cè)甜瓜中權(quán)利要求1中所述SNP的基因型，根據(jù)待測(cè)甜瓜的所述基因型鑒定或輔助鑒定甜瓜果皮顏色：
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的應(yīng)用、權(quán)利要求2所述的產(chǎn)品或權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述甜瓜為甜瓜純系或自交系。
5.權(quán)利要求3所述方法在甜瓜育種中的應(yīng)用。
6.根據(jù)權(quán)利要求1或5所述的應(yīng)用、權(quán)利要求2所述的產(chǎn)品、權(quán)利要求3所述的方法或權(quán)利要求4所述的應(yīng)用、產(chǎn)品或方法，其特征在于，所述育種的目的包括培育或選育低白色或綠色果皮顏色的甜瓜。
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