【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及生物，尤其涉及一種防止空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)過程中組織脫片的方法。
技術(shù)介紹
1、空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是基于冷凍切片技術(shù)對(duì)新鮮冷凍組織進(jìn)行切片，并將組織切片放置在含有與rna結(jié)合捕獲探針的載玻片上。通過固定、成像獲取組織空間位置信息后建立單個(gè)反應(yīng)池對(duì)組織切片進(jìn)行透化使細(xì)胞中的mrna得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上。以捕獲的rna為模板進(jìn)行cdna合成和測(cè)序文庫制備，對(duì)制備好的文庫進(jìn)行測(cè)序，從而獲取在組織空間維度上單個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)信息。
2、在空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)過程中，組織切片黏附于含有rna結(jié)合捕獲探針的載玻片，使得細(xì)胞中透化下來mrna可以被捕獲探針進(jìn)行原位捕獲。然而，組織與載玻片的黏附主要依靠靜電吸附，這就導(dǎo)致不同組織對(duì)于載玻片的黏附度不同。若組織切片在透化及mrna捕獲過程中脫片，則會(huì)嚴(yán)重影響基因表達(dá)信息的獲取并影響后續(xù)基因數(shù)據(jù)的分析。目前冷凍切片防脫片主要有高溫孵育同時(shí)增加組織干燥孵育時(shí)間及多聚賴氨酸包被載玻片這兩種方法，組織長時(shí)間干燥及高溫孵育會(huì)導(dǎo)致rna降解。多聚賴氨酸包被含有rna捕獲探針的芯片會(huì)導(dǎo)致核糖體rna含量升高影響rna捕獲。由于空間轉(zhuǎn)錄組對(duì)rna質(zhì)量要求較高，還需要在不影響rna質(zhì)量的情況下提供一種防脫片方法。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本專利技術(shù)提供一種防止空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)過程中組織脫片的方法，不影響rna質(zhì)量及探針捕獲的前提下有效防止組織脫片。
2、本專利技術(shù)提供一種組織切片防脫網(wǎng)，為60目-80目的防護(hù)網(wǎng)；所述防護(hù)網(wǎng)為鈦絲網(wǎng)(優(yōu)選為純
3、本專利技術(shù)提供防脫網(wǎng)的制備方法，包括將鈦絲網(wǎng)清洗結(jié)束后置于0.08-0.12m鹽酸中于35-39℃孵育0.8-2h；可以使試驗(yàn)效果更佳。
4、優(yōu)選為將鈦絲網(wǎng)清洗結(jié)束后置于0.09-0.11m鹽酸中于36-38℃孵育0.8-1.2h。
5、根據(jù)所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，將所述防脫網(wǎng)依次經(jīng)酒精和超聲清洗；
6、優(yōu)選的，將防脫網(wǎng)放入97-99％濃鹽酸中室溫孵育2-5min，孵育結(jié)束后使用70％-80％酒精清洗2次。
7、所述超聲清洗為：將防脫網(wǎng)放置在盛有超純水的容器中，進(jìn)行超聲。
8、根據(jù)所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，所述超聲的功率為300-500w，優(yōu)選為500w，超聲頻率25-45hz,所述超聲的時(shí)間為8-12min。利用該超聲參數(shù)，組織在進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)過程時(shí)的熒光信號(hào)強(qiáng)度及組織透化完整性更優(yōu)。
9、根據(jù)所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，將防脫網(wǎng)用75％酒精清洗2次，清洗后放入稱有超純水的ep管中，然后將ep管放入超聲清洗機(jī)中超聲清洗。
10、優(yōu)選的，包括以下步驟：1、將鈦絲網(wǎng)按照反應(yīng)池膠墊大小進(jìn)行裁剪
11、2、裁剪后將防脫網(wǎng)放入98％濃鹽酸中室溫孵育2-5min，孵育結(jié)束后使用70％-80％酒精清洗2次。
12、3、清洗結(jié)束后將防脫網(wǎng)放入0.1m鹽酸中置于37℃孵育1-2h，孵育結(jié)束后使用70％-80％酒精清洗2次。
13、4、清洗后將防脫網(wǎng)放入盛有超純水的管中置于超聲清洗儀中，超聲頻率25-45hz，清洗8-12min。
14、5、清洗結(jié)束后取出，干燥儲(chǔ)存。
15、本專利技術(shù)提供防脫網(wǎng)的使用流程，包括以下步驟：
16、1、使用rnazap清洗防脫網(wǎng)1次，70％-80％酒精清洗兩次，再使用無核酸酶水清洗兩次
17、2、清洗后將防脫網(wǎng)固定再反應(yīng)池膠墊內(nèi)側(cè)邊緣，保證防脫網(wǎng)與膠墊底面齊平。
18、3、將貼有組織的芯片放置于固定卡夾上，將卡夾、膠墊、芯片緊密固定在一起。
19、4、向反應(yīng)池加入0.01％-0.1％吐溫20，潤洗防脫網(wǎng)與反應(yīng)池
20、5、向反應(yīng)池加入無核酸酶水，清洗2次。
21、6、清洗后開始其他實(shí)驗(yàn)流程。
22、優(yōu)選的，在使用時(shí)，依次為膠墊、防脫網(wǎng)、貼有組織的芯片；
23、將膠墊、防脫網(wǎng)、貼有組織的芯片利用固定卡夾固定；
24、所述貼有組織的芯片上含有與rna結(jié)合的捕獲探針。
25、本專利技術(shù)還提供一種反應(yīng)池，包括可拆卸的所述組織切片防脫網(wǎng)。
26、根據(jù)所述反應(yīng)池，將所述組織切片防脫網(wǎng)安裝在反應(yīng)池的膠墊上。
27、本專利技術(shù)還提供所述組織切片防脫網(wǎng)在空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)中的應(yīng)用。
28、本專利技術(shù)還提供一種空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法，將所述組織切片防脫網(wǎng)安裝在反應(yīng)池的膠墊上，然后安裝貼有組織的芯片。
29、根據(jù)所述空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法，反轉(zhuǎn)錄結(jié)束后取下防脫網(wǎng)。
30、使用前將用rnase?zap清洗一次后使用75％酒精清洗2次后將防脫網(wǎng)安裝在反應(yīng)池的膠墊上，最后安裝上空間轉(zhuǎn)錄組載玻片后可正常操作后續(xù)透化、反轉(zhuǎn)錄實(shí)驗(yàn)流程。反轉(zhuǎn)錄結(jié)束后打開卡夾，取下膠墊，移除防脫網(wǎng)后繼續(xù)進(jìn)行二鏈合成和cdna洗脫流程。
31、根據(jù)所述組織切片防脫網(wǎng)、所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法、所述反應(yīng)池、或所述應(yīng)用，所述組織包括所有類型組織，包括動(dòng)物組織和植物組織。
32、本專利技術(shù)的有益效果：
33、本專利技術(shù)擯棄了原有化學(xué)包被及干燥等影響mrna質(zhì)量及捕獲的方法，采用本專利技術(shù)物理覆蓋的方式可以較好的防止組織脫片，保證了空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)的順利進(jìn)行。
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1.一種組織切片防脫網(wǎng)，其特征在于，為60目-80目的防護(hù)網(wǎng)；所述防護(hù)網(wǎng)為鈦絲網(wǎng)。
2.權(quán)利要求1所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，其特征在于，將鈦絲網(wǎng)清洗結(jié)束后置于0.08-0.12M鹽酸中于35-39℃孵育0.8-2h。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，其特征在于，將所述防脫網(wǎng)依次經(jīng)酒精和超聲清洗；
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，其特征在于，所述超聲的功率為300-500W，優(yōu)選為500W，超聲頻率25-45Hz,所述超聲的時(shí)間為8-12min。
5.一種反應(yīng)池，其特征在于，包括可拆卸的權(quán)利要求1所述組織切片防脫網(wǎng)。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述反應(yīng)池，其特征在于，將所述組織切片防脫網(wǎng)安裝在反應(yīng)池的膠墊上。
7.權(quán)利要求1所述組織切片防脫網(wǎng)在空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)中的應(yīng)用。
8.一種空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法，其特征在于，將權(quán)利要求1所述組織切片防脫網(wǎng)安裝在反應(yīng)池的膠墊上，然后安裝貼有組織的芯片。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法，其特征在于，反轉(zhuǎn)錄結(jié)束后取下防
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述組織切片防脫網(wǎng)、權(quán)利要求2-4任一項(xiàng)所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法、權(quán)利要求5或6所述反應(yīng)池、或權(quán)利要求7所述應(yīng)用，其特征在于，所述組織包括植物組織或動(dòng)物組織。
...【技術(shù)特征摘要】
1.一種組織切片防脫網(wǎng)，其特征在于，為60目-80目的防護(hù)網(wǎng)；所述防護(hù)網(wǎng)為鈦絲網(wǎng)。
2.權(quán)利要求1所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，其特征在于，將鈦絲網(wǎng)清洗結(jié)束后置于0.08-0.12m鹽酸中于35-39℃孵育0.8-2h。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，其特征在于，將所述防脫網(wǎng)依次經(jīng)酒精和超聲清洗；
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述組織切片防脫網(wǎng)的制備方法，其特征在于，所述超聲的功率為300-500w，優(yōu)選為500w，超聲頻率25-45hz,所述超聲的時(shí)間為8-12min。
5.一種反應(yīng)池，其特征在于，包括可拆卸的權(quán)利要求1所述組織切片防...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：鄭洪坤，張雪川，劉敏，畢經(jīng)德，鄧衛(wèi)友，平麗瑩，
申請(qǐng)(專利權(quán))人：北京百邁客生物科技有限公司，
類型：發(fā)明
國別省市：
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