【技術實現步驟摘要】
本申請涉及染色體結構變異檢測，特別是涉及一種檢測染色體倒位或易位的方法。
技術介紹
1、染色體結構變異是人類基因組中常見的變異類型，除了染色體的拷貝數異常之外，倒位和易位也是兩種結構變異類型。倒位和易位是指某部分的染色體片段發生了重新組合，導致染色體片段不在其常規存在的位置。染色體倒位是指染色體的某個區段發生了顛倒；染色體易位則是由于染色體的某個區段脫離原始位置而轉移到染色體的其他區段；不管是倒位還是易位，兩種變異都既可能發生在同個染色體上，也可能發生在不同的染色體上。對于發生倒位或者易位的染色體來說，由于該染色體片段的位置發生變化，因而導致整個染色體的序列發生變化。由于倒位或易位發生的位置具有不確定性，當倒位或易位發生在某些重要基因上時，可能會對人體的某些基因表達造成損傷從而引起人類疾病。例如研究最為透徹的f8基因倒位，該倒位為染色體內倒位，倒位片段為從f8基因的22號內含子開始到離該基因約400kb處的一段片段，該倒位導致了f8基因的結構變化從而引起序列重組，進而損壞基因功能，從而導致甲型血友病。此外在ids或者emd基因上發生的倒位會導致黏多糖貯積癥ii型(即亨特綜合征)等。因此，對染色體倒位或易位這類結構變異的研究和檢測是非常有必要的。
2、當前對倒位和易位兩種結構變異的檢測方式有染色體核型檢測、倒位雜交技術、fish雜交技術(fluorescence?in?situ?hybridization，熒光原位雜交)、wgs(wholegenome?sequencing，全基因組測序)、wes(whole?exom
3、除了上述方法外，一代測序技術也是一種能夠常用于基因檢測領域的測序方法，其特點是測序讀長較長，測序結果準確；因此其也被認為是測序的金標準，常被用來對某些可疑突變位點進行驗證和檢測。利用一代測序長讀長的特性，在結構變異的可疑斷裂點附近進行一代測序，通過結果序列也可以檢測倒位或易位這類結構變異。但是在常規檢測方法中，由于一代測序結果冗長，并且在測序結果中有端點和一些突變堿基的干擾，因而導致要在一代結果中手動地準確識別出是否發生倒位或者易位可能較為困難，且十分耗時耗力。
4、因此，如何簡單、準確、有效的檢測染色體倒位或易位，仍然是染色體結構變異檢測
的研究重點和難點。
技術實現思路
1、本申請的目的是提供一種新的檢測染色體倒位或易位的方法。
2、為了實現上述目的，本申請采用了以下技術方案：
3、本申請的第一方面公開了一種檢測染色體倒位或易位的方法，該方法包括以下步驟：
4、測序數據獲取步驟，包括獲取包含待檢測位點的一代測序結果原始文件，獲取參考基因組中待檢測位點附近的序列作為參考序列；可以理解，其中，參考序列原則上要覆蓋一代測序結果原始文件的序列，以便于后續比對分析；
5、候選第一斷裂點分析步驟，包括將一代測序結果原始文件與參考序列進行比對，如果一代測序結果原始文件能以大于或等于相似度閾值的相似度完整匹配到參考序列，則待檢測位點附近沒有發生染色體倒位或易位；如果一代測序結果原始文件不能以大于或等于相似度閾值的相似度完整匹配到參考序列，只能其部分序列以大于或等于相似度閾值的相似度匹配到參考序列，則將該部分序列的最后一個堿基作為候選第一斷裂點；
6、第一個真實斷裂點分析步驟，包括提取一代測序結果原始文件的上游起始位置至候選第一斷裂點下游若干堿基的序列，標記為s1；從參考基因組中提取與s1對應位置處的相同長度的序列，標記為s2；將s1和s2進行雙序列比對，根據雙序列比對的結果，在比對結果中去除掉中下游側連續若干個堿基不能匹配的序列及其下游序列后，剩余序列最右側的堿基位點即為待檢測位點的第一個真實斷裂點；其中，剩余序列即以大于或等于相似度閾值的相似度匹配到s2的序列，取該序列的最后一個堿基作為第一個真實斷裂點；
7、第二個真實斷裂點分析步驟，包括提取一代測序結果原始文件中第一個真實斷裂點至下游終止位置的序列作為第二斷裂點分析序列，將第二斷裂點分析序列與參考基因組進行比對，尋找第二斷裂點分析序列中能以大于或等于相似度閾值的相似度匹配到參考序列的片段，該片段的左側第一個堿基即為第二個真實斷裂點；
8、染色體結構變異判斷步驟，包括根據第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點的位置判斷變異是發生在染色體內還是染色體之間，并判斷變異是染色體倒位還是染色體易位。
9、需要說明的是，本申請的染色體倒位或易位檢測方法，利用一代測序長讀長的特點，通過對某可疑的待檢測位點序列設計引物并進行一代測序，根據倒位或易位會造成片段上序列重組的特性，從而能準確分析出待檢測位點附近是否發生倒位或易位的結構變異。本申請通過使用序列比對，可以科學精準地解析出一代測序結果的不同片段來源，完成對根據其他方法提示出的結構變異的驗證，并且可以確認倒位或易位變異的斷裂點。本申請方法比常用的核型檢測技術得到的結果更清晰明了；對比現有的fish雜交和倒位雜交技術，本申請方法更省時省力，并成本相對較低；對比現有的ngs檢測結果，本申請方法由于一代測序技術的測序讀長較長、且測序結果更準確，因此，本申請染色體倒位或易位的檢測結果比ngs檢測結果更準確，可以采用本申請的檢測方法，進一步驗證ngs檢測結果的真實性，從而得到更準確的變異斷裂點的位置。
10、還需要說明的是，本申請的待檢測位點一般是指根據其他檢測手段識別出的可能導致有結構變異的位點，例如，常用手段為ngs測序技術，如全外顯子測序或者全基因組測序等。根據這些檢測手段發現了一些可能與結構變異相關的異常位點，因此確認為可疑位點，即待檢測位點，然后采用本申請的檢測方法進行驗證。除此外，若家系中有成員在某位置發生結構變異，也可以將家系其他成員的該位點視作可疑位點。
11、還需要說明的是，本申請中包含待檢測位點的一代測序結果原始文件，即覆蓋待檢測位點的一代測序的結果。正本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.一種檢測染色體倒位或易位的方法，其特征在于：包括以下步驟，
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述測序數據獲取步驟還包括，去除所述一代測序結果原始文件中上下游兩端若干個堿基，剩余的且包含待檢測位點的序列用于后續分析；
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述相似度閾值為80％；
4.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于：所述染色體結構變異判斷步驟中，根據第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點的位置判斷變異是發生在染色體內還是染色體之間，具體包括，如果第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點位于同一染色體，則為染色體內變異；如果第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點位于不同的染色體，則為染色體間變異；
5.一種檢測染色體倒位或易位的裝置，其特征在于：包括測序數據獲取模塊、候選第一斷裂點分析模塊、第一個真實斷裂點分析模塊、第二個真實斷裂點分析模塊和染色體結構變異判斷模塊；
6.根據權利要求5所述的裝置，其特征在于：所述測序數據獲取模塊，還包括用于去除所述一代測序結果原始文件中上下游兩端若干個堿基，剩余的且包含待
7.根據權利要求5所述的裝置，其特征在于：所述相似度閾值為80％；
8.根據權利要求5-7任一項所述的裝置，其特征在于：所述染色體結構變異判斷模塊中，根據第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點的位置判斷變異是發生在染色體內還是染色體之間，具體包括，如果第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點位于同一染色體，則為染色體內變異；如果第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點位于不同的染色體，則為染色體間變異；
9.一種檢測染色體倒位或易位的裝置，其特征在于：所述裝置包括存儲器和處理器；
10.一種計算機可讀存儲介質，其特征在于：所述存儲介質中存儲有程序，所述程序能夠被處理器執行以實現權利要求1-4任一項所述的檢測染色體倒位或易位的方法。
...【技術特征摘要】
1.一種檢測染色體倒位或易位的方法，其特征在于：包括以下步驟，
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述測序數據獲取步驟還包括，去除所述一代測序結果原始文件中上下游兩端若干個堿基，剩余的且包含待檢測位點的序列用于后續分析；
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述相似度閾值為80％；
4.根據權利要求1-3任一項所述的方法，其特征在于：所述染色體結構變異判斷步驟中，根據第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點的位置判斷變異是發生在染色體內還是染色體之間，具體包括，如果第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點位于同一染色體，則為染色體內變異；如果第一個真實斷裂點和第二個真實斷裂點位于不同的染色體，則為染色體間變異；
5.一種檢測染色體倒位或易位的裝置，其特征在于：包括測序數據獲取模塊、候選第一斷裂點分析模塊、第一個真實斷裂點分析模塊、第二個真實斷裂點分析模塊和染色體結構變異判斷模塊；
...【專利技術屬性】
技術研發人員：何杰，竇浩宇，劉永初，李陽，劉陽，燕攀，
申請(專利權)人：深圳安吉康爾醫學檢驗實驗室，
類型：發明
國別省市：
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