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【技術實現步驟摘要】
本申請涉及生物,具體涉及用于檢測cyp21a2基因變異的核酸產品、試劑盒及裝置和應用。
技術介紹
1、先天性腎上腺皮質增生癥(congenital?adrenal?hyperplasia,cha)是一組有關腎上腺的常染色體隱性遺傳病。腎上腺皮質激素在合成過程中酶的缺陷,導致激素合成減少,使得促腎上腺皮質激素反饋性分泌增加,作用于腎上腺皮質,使腎上腺增生肥大。21-羥化酶缺失(21-ohd)導致的cah是最常見的酶缺陷類型。21羥化酶缺乏癥是由21-羥化酶編碼基因cyp21a2突變導致的,該基因位于6號染色體p21.3區域。其存在一個高度同源的假基因cyp21a1p(外顯子和內含子序列的同源性分別為98%和96%),二者經常發生重組,且致病變異類型中約20-30%為大片段的缺失/插入及復雜重排,使得分子診斷異常復雜。
2、目前可用于cyp21a2基因變異檢測的技術有pcr/sanger測序、全外顯子測序(whole?exome?sequencing,wes)以及多重連接探針擴增技術(multiplex?ligation-dependent?probe?amplification,mlpa)。
3、pcr/sanger測序通過利用特異引物對目標片段進行pcr富集,對pcr富集產物進行sanger測序,確定其目標片段是否存在變異。
4、全外顯子組測序(whole?exome?sequencing,wes)就是利用序列捕獲技術或者靶向技術將全基因組外顯子區域dna捕獲富集后進行高通量測序,外顯子只占基
5、多重連接探針擴增技術(multiplex?ligation-dependent?probeamplification,mlpa)是針對靶核苷酸序列進行定性和定量分析的技術。通過簡單的雜交、連接、pcr擴增及電泳步驟,進行檢測和定量分析,其具有快速及特異性高的特點,但是不能對染色體組進行全局分析。
6、但是目前基于pcr/sanger測序、全外顯子測序或mlpa方法,用于cyp21a2基因變異檢測仍然存在局限性:
7、pcr/sanger測序不能明確cyp21a2基因拷貝數,若變異位于同源區域,需要進行多輪pcr或巢式擴增pcr,才能進行sanger測序,同時也存在漏檢的風險;全外顯子測序(wholeexome?sequencing,wes)也面臨著相同的問題,由于高度同源序列的干擾以及基因間的重排,高度同源區域突變以及單個或多個外顯子拷貝數異常難以區分真假;多重連接探針擴增技術(multiplex?ligation-dependent?probe?amplification,mlpa)雖然可同時進行cyp21a2基因外顯子拷貝數和高頻點突變進行檢測,但是更多是在臨床相對明確診斷的情況下應用,對于未知的變異存在漏檢的風險。此外,由于cyp21a2基因的復雜性和技術局限性,存在sanger測序和mlpa技術漏檢的可能性。
技術實現思路
1、基于此,本申請一實施例有必要提供一種用于檢測cyp21a2基因變異的核酸產品,可以適用于不同場景cyp21a2變異檢測或同一檢測目的不同檢測方法組合應用,且檢測結果準確,檢出率高。
2、技術方案包括:
3、一種用于檢測cyp21a2基因變異的核酸產品,所述核酸產品包括如下7組引物組中的任意一組或多組:
4、第一引物組:seq?id?no:1和seq?id?no:2;
5、第二引物組:seq?id?no:3和seq?id?no:4;
6、第三引物組:seq?id?no:5和seq?id?no:6;
7、第四引物組:seq?id?no:7和seq?id?no:8;
8、第五引物組:seq?id?no:9和seq?id?no:10;
9、第六引物組:seq?id?no:11和seq?id?no:12;
10、第七引物組:seq?id?no:13和seq?id?no:14。
11、在其中一個實施例中,所述核酸產品包括第一引物組,且還包括第二引物組至第七引物組中的任意一組或多組。
12、在其中一個實施例中,所述cyp21a2基因變異包括cyp21a2基因上的單核苷酸變異、插入或缺失、外顯子缺失/重復和拷貝數變異中的一種或多種。
13、在其中一個實施例中,所述拷貝數變異包括拷貝缺失,所述拷貝缺失包括真基因cyp21a2與假基因cyp21a1p同源重組形成真假融合基因所導致的拷貝缺失。
14、一種用于檢測cyp21a2基因變異的試劑盒,所述試劑盒包括所述的核酸產品。
15、在其中一個實施例中,所述試劑盒還包括緩沖液、dntp?mix、dna聚合酶和無核酸酶水中的一種或多種。
16、在其中一個實施例中,所述試劑盒采用檢測cyp21a2基因變異的方法包括pcr。
17、在其中一個實施例中,還包括電泳和測序方法中的至少一種,所述測序方法包括一代測序、二代測序和三代測序中的至少一種。
18、一種用于檢測cyp21a2基因變異的裝置,所述裝置包括:
19、采集模塊,用于采集使用所述的核酸產品或所述的試劑盒對待測樣本進行擴增后的序列信息;
20、分析模塊,根據采集的序列信息分析所述待測樣本中的cyp21a2基因是否變異。
21、在其中一個實施例中,所述裝置滿足(1)~(2)中的一個或多個特征:
22、(1)采集使用包括所述第一引物組或包括所述第二引物組至所述第七引物組中的至少一組對待測樣本進行擴增后的序列信息;
23、分析cyp21a2基因是否變異包括分析cyp21a2基因上的單核苷酸變異、插入或缺失和外顯子缺失/重復。
24、(2)采集使用包括所述第一引物組,且還包括所述第二引物組至所述第七引物組中的至少一組對待測樣本進行擴增后的序列信息;
25、分析cyp21a2基因是否變異包括區分真基因cyp21a2、假基因cyp21a1p以及真假融合基因的變異,真假融合基因的分型及比例,以及真假融合基因融合的大致斷裂點或精準斷裂點。
26、所述的核酸產品或所述的試劑盒或所述的裝置在制備檢測腎上腺皮質增生癥相關cyp21a2基因變異的產品中的用途。
27、相對于傳統技術,本申請具備如下有益效果:
28、本申請針對cyp21a2基因檢測全長擴增引物以及短擴增子引物設計,可以在cyp21a2基因變異的不同場景下進行應用,滿足不同條件狀態下的檢測,具有通用性,應用范圍廣泛,能夠解決了因為cyp21a2與其假基因序列高度同源對檢測造成的干擾,提高cyp21a2變異的檢出率,檢測結果更準確。
...
【技術保護點】
1.一種用于檢測CYP21A2基因變異的核酸產品,其特征在于,所述核酸產品包括如下7組引物組中的任意一組或多組:
2.根據權利要求1所述的核酸產品,其特征在于,所述核酸產品包括第一引物組,且還包括第二引物組至第七引物組中的任意一組或多組。
3.根據權利要求1所述的核酸產品,其特征在于,所述CYP21A2基因變異包括CYP21A2基因上的單核苷酸變異、插入或缺失、外顯子缺失/重復和拷貝數變異中的一種或多種。
4.根據權利要求3所述的核酸產品,其特征在于,所述拷貝數變異包括拷貝缺失,所述拷貝缺失包括真基因CYP21A2與假基因CYP21A1P同源重組形成真假融合基因所導致的拷貝缺失。
5.一種用于檢測CYP21A2基因變異的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒包括權利要求1-4任一項所述的核酸產品。
6.根據權利要求5所述的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒還包括緩沖液、dNTP?Mix、DNA聚合酶和無核酸酶水中的一種或多種。
7.根據權利要求5或6所述的試劑盒,其特征在于,所述試劑盒采用檢測CYP21A2基因變異的方法
8.一種用于檢測CYP21A2基因變異的裝置,其特征在于,所述裝置包括:
9.根據權利要求8所述的裝置,其特征在于,所述裝置滿足(1)~(2)中的一個或多個特征:
10.權利要求1-4任一項所述的核酸產品或權利要求5-7任一項所述的試劑盒或權利要求8或9所述的裝置在制備檢測腎上腺皮質增生癥相關CYP21A2基因變異的產品中的用途。
...【技術特征摘要】
1.一種用于檢測cyp21a2基因變異的核酸產品,其特征在于,所述核酸產品包括如下7組引物組中的任意一組或多組:
2.根據權利要求1所述的核酸產品,其特征在于,所述核酸產品包括第一引物組,且還包括第二引物組至第七引物組中的任意一組或多組。
3.根據權利要求1所述的核酸產品,其特征在于,所述cyp21a2基因變異包括cyp21a2基因上的單核苷酸變異、插入或缺失、外顯子缺失/重復和拷貝數變異中的一種或多種。
4.根據權利要求3所述的核酸產品,其特征在于,所述拷貝數變異包括拷貝缺失,所述拷貝缺失包括真基因cyp21a2與假基因cyp21a1p同源重組形成真假融合基因所導致的拷貝缺失。
5.一種用于檢測cyp21a2基因變異的試劑盒,其特...
【專利技術屬性】
技術研發人員:張向東,趙亞涵,徐嘉潞,胡琴,楊祖,
申請(專利權)人:蘇州貝康醫學檢驗實驗室有限公司,
類型:發明
國別省市:
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