【技術實現(xiàn)步驟摘要】
本申請涉及基因變異檢測，特別是涉及一種判斷人染色體roh片段來源的方法、裝置和存儲介質(zhì)。
技術介紹
1、染色體結構變異是一類發(fā)生在染色體上的覆蓋范圍相對較大的一類變異，其由于覆蓋范圍相對較大，且由于單核苷酸多態(tài)性的廣泛分布(在人類基因組的密度估計約為1/1000)，因此在這種發(fā)生結構變異區(qū)段中一般還包含著許多存在于在這個原始區(qū)段中的短小突變，如點突變和短小的插入缺失突變等。染色體結構變異的發(fā)生與多種因素有關，其形成形式也較為復雜，而在發(fā)生染色體結構變異的區(qū)域上的點突變則可能根據(jù)染色體結構變異所發(fā)生的情況展示出不同的分布特性。
2、roh(runs?of?homozygosity，連續(xù)性純合片段)是一種染色體結構異常的情況，其主要表現(xiàn)為在某特定的染色體片段上，連續(xù)出現(xiàn)不間斷的純合型位點而缺乏雜合位點的現(xiàn)象。roh最開始在腫瘤病變組織或者近親婚配家系中出現(xiàn)的患有孟德爾遺傳疾病的病人中被發(fā)現(xiàn)。roh在某染色體片段出現(xiàn)時，其可能通過激活隱性遺傳等位基因或者通過影響印記基因的表達而對人體產(chǎn)生較大危害。當前已有各種用于識別人基因組roh片段的工具，它們通過分析染色體片段上異常點突變的分布，若某區(qū)域上幾乎不出現(xiàn)雜合位點而只有純合位點，那么即為潛在的roh片段。
3、導致roh的情況較為復雜，比較常見的情況有單親二體(uniparental?disomy，upd)的特殊形式單親同二體(iupd，即某個染色體片段來自于父母某方的同一條染色體)、血系同源(identity?by?descent，ibd)、近親婚配狀態(tài)(ide
4、現(xiàn)在使用基因檢測技術對某些罕見遺傳病的致病原因進行分析的手段已經(jīng)日趨平常，而對疾病的研究和分析過程中一般會分析疾病的致病原因和疾病出現(xiàn)與家系之間的關系。例如在現(xiàn)今對遺傳病的研究，一般會考慮將出現(xiàn)疾病的先證者以及家系成員的基因組數(shù)據(jù)一同進行分析，從而可以從遺傳角度分析得知家系三人基因組的異同，從數(shù)據(jù)中分析出先證者的致病原因是否與父母某方的遺傳異常有關系。然而，盡管對roh進行檢測的方法已經(jīng)有許多，但對roh父母來源的研究并未被單獨提及，即在現(xiàn)有的常規(guī)roh分析流程中，沒有對roh的父母來源進行分析。因此，作為遺傳病分析中的重要一環(huán)，如何實現(xiàn)對roh片段的產(chǎn)生來源進行判斷或分析，從而為遺傳疾病研究和應對提供更多有效信息，是亟待解決的重要問題。
技術實現(xiàn)思路
1、基于上述現(xiàn)狀，本專利技術首次提出了一種用于判斷人染色體roh片段來源的方法，能夠用于判斷在先證者中出現(xiàn)roh異常的染色體片段是來源于父親或者母親。
2、具體的，本申請的第一方面公開了一種判斷人染色體roh片段來源的方法，包括以下步驟：
3、1、家系點突變信息的獲取，通過對家系測序的原始數(shù)據(jù)進行處理、比對、點突變的變異檢測以及家系點突變結果合并分析，結合待判斷來源的roh片段在先證者基因組中所分布的位置，獲取該家系中對應該roh片段的相關家系點突變位點信息。
4、2、家系點突變信息的分類計算，依據(jù)上述步驟1中得到的家系點突變信息，根據(jù)以下標準，對先證者的待判斷來源的roh片段的各類位點信息進行計算得到4類位點的位點數(shù)：
5、a：在該片段上出現(xiàn)的先證者為純合，父親為野生，而母親為非野生型的所有位點的位點數(shù)；
6、b：在該片段上出現(xiàn)的先證者為純合，父親為非野生型，而母親為野生型的所有位點的位點數(shù)；
7、c：在該片段上出現(xiàn)的先證者為野生，父親為純合，而母親為非純合的所有位點的位點數(shù)；
8、d：在該片段上出現(xiàn)的先證者為野生，父親為非純合，而母親為純合的所有位點的位點數(shù)。
9、3、roh來源的判斷，當待測roh片段長度為l(以m為單位，即1000000個堿基)時，對步驟2中計算得到該片段對應的各位點數(shù)，根據(jù)以下標準進行roh來源的初步判斷，獲得該roh片段的傾向性來源：
10、c.若a/l≥1且b/l≤0.2且c/l≥1且d/l≤0.2，判斷該roh片段傾向來源于母方；
11、d.若b/l≥1且a/l≤0.2且d/l≥1且a/l≤0.2，判斷該roh片段傾向來源于父方。
12、若不滿足上述條件a和b，則表示該roh片段來源無法判斷。
13、進一步的，roh來源的判斷還可包括roh來源的確定，其判斷條件為：
14、a)當滿足上述條件a時同時滿足a/l≥2且c/l≥2，確定該roh片段來源于母方；
15、b)當滿足上述條件b時同時滿足b/l≥2且d/l≥2，確定該roh片段來源于父方。
16、基于上述第一方面提供的方法，本申請的第二方面公開了一種判斷人染色體roh片段來源的裝置，包括家系點突變信息獲取模塊、家系點突變信息分類計算模塊、roh來源的判斷模塊。
17、其中，家系點突變信息獲取模塊，用于通過對家系二代測序的原始數(shù)據(jù)進行處理、比對、點突變的變異檢測以及家系點突變結果合并分析，結合待判斷來源的roh片段在先證者基因組中所分布的位置，獲取該家系中對應該roh片段的相關家系點突變位點信息。
18、家系點突變信息分類計算模塊，調(diào)取家系點突變信息獲取模塊中的家系點突變信息，根據(jù)以下標準，對先證者的待判斷來源的roh片段的各類位點信息進行計算得到4類位點的位點數(shù)：
19、a：在該片段上出現(xiàn)的先證者為純合，父親為野生，而母親為非野生型的所有位點的位點數(shù)；
20、b：在該片段上出現(xiàn)的先證者為純合，父親為非野生型，而母親為野生型的所有位點的位點數(shù)；
21、c：在該片段上出現(xiàn)的先證者為野生，父親為純合，而母親為非純合的所有位點的位點數(shù)；
22、d：在該片段上出現(xiàn)的先證者為野生，父親為非純合，而母親為純合的所有位點的位點數(shù)。
23、roh來源的判斷模塊，調(diào)取家系點突變信息分類計算模塊中的各位點數(shù)，根據(jù)以下標準進行roh來源的初步判斷，獲得該roh片段的傾向性來源并輸出結果：
24、a.若a/l≥1且b/l≤0.2且c/l≥1且d/l≤0.2，判斷該roh片段傾向來源于母方；
25、b.若b/l≥1且a/l≤0.2且d/l≥1且a/l≤0.2，判斷該roh片段傾向來源于父方。
26、若不滿足上述條件a和b，則表示該roh片段來源無法判斷。
27、進一步的，上述roh來源的判斷模塊可根據(jù)以下判斷條件進一步確定該roh片段的來源，并輸出結果：
28、a)當滿足本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術保護點】
1.一種判斷人染色體ROH片段來源的方法，其特征在于，包括以下步驟：
2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)ROH來源的判斷還包括ROH來源的確定，其判斷條件為：
3.如權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述測序原始數(shù)據(jù)所測序的范圍包含所述待判斷來源的ROH片段；
4.如權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述比對使用BWA將測序結果比對到參考基因組；
5.一種判斷人染色體ROH片段來源的裝置，其特征在于，包括家系點突變信息獲取模塊、家系點突變信息分類計算模塊、ROH來源的判斷模塊，其中：
6.如權利要求5中所述的裝置，其特征在于，所述ROH來源的判斷模塊還包括根據(jù)以下判斷條件確定該ROH片段的來源并輸出結果：
7.如權利要求5中所述的裝置，其特征在于，所述測序原始數(shù)據(jù)所測序的范圍包含所述待判斷來源的ROH片段；
8.如權利要求5中所述的裝置，其特征在于，所述比對使用BWA將測序結果比對到參考基因組；
9.一種判斷人染色體ROH片段來源的裝置，其特征在于：所述裝置包括存
10.一種計算機可讀存儲介質(zhì)，其特征在于：所述存儲介質(zhì)中存儲有程序，所述程序能夠被處理器執(zhí)行以實現(xiàn)權利要求1-4任一項所述的判斷人染色體ROH片段來源的方法。
...【技術特征摘要】
1.一種判斷人染色體roh片段來源的方法，其特征在于，包括以下步驟：
2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，步驟3)roh來源的判斷還包括roh來源的確定，其判斷條件為：
3.如權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述測序原始數(shù)據(jù)所測序的范圍包含所述待判斷來源的roh片段；
4.如權利要求1或2所述的方法，其特征在于，所述比對使用bwa將測序結果比對到參考基因組；
5.一種判斷人染色體roh片段來源的裝置，其特征在于，包括家系點突變信息獲取模塊、家系點突變信息分類計算模塊、roh來源的判斷模塊，其中：
6.如權利要求5中所述的裝置，其特征在于，所述roh來源的判斷模塊還包括根據(jù)以下判斷條件確...
【專利技術屬性】
技術研發(fā)人員：何杰，竇浩宇，劉永初，李陽，劉陽，燕攀，
申請(專利權)人：深圳安吉康爾醫(yī)學檢驗實驗室，
類型：發(fā)明
國別省市：
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