【技術實現步驟摘要】
【國外來華專利技術】
本專利技術實施例提供了用于靶向具有寡核苷酸的所關注細胞的化合物和方法。
技術介紹
1、如sirna和單鏈反義寡核苷酸(aso)等寡聚化合物已顯示出可用于調節基因表達，并且已被證明是治療有效的。寡聚化合物的某些化學修飾可以改進寡聚化合物的效力、功效和不期望的副作用，允許施用較低劑量、減少毒性的可能性并降低療法的總體成本。寡聚化合物可以用綴合物基團，例如，在所關注細胞上表達的受體的配體修飾，所述綴合物基團使寡聚化合物靶向到一個或多個所關注組織。
2、1型轉鐵蛋白受體(tfr1)，還被稱為cd71，是通過受體介導的內吞與鐵結合的轉鐵蛋白結合并且使所述鐵結合的轉鐵蛋白內化的跨膜糖蛋白。已使用了具有抗tfr1抗體的抗體-藥物綴合物以將藥物遞送到各個組織，包含cns和肌肉。
3、環狀肽能夠以高親和力和特異性與蛋白質靶標結合并且因此是用于開發治療劑的有吸引力的分子類別。實際上，臨床上已經成功地將若干環狀肽用作例如抗菌肽萬古霉(vancomycin)、免疫抑制藥物環孢菌素(cyclosporine)或抗癌藥物奧曲肽(octreotide)(driggers等人,(2008),《自然綜述：藥物發現(nat.rev.drug.discov.)》7(7),608-24)。良好的結合特性由肽與靶標之間形成的相對大的相互作用表面以及環狀結構的構象靈活性降低產生。通常，大環結合到數百平方埃的表面，作為例如環狀肽cxcr4拮抗劑cvx15(wu等人(2007),《科學(science)》330,1066-71)、具有與整合素αvb3結
4、由于肽大環具有環狀構型，所以其靈活性不如線性肽，從而導致與靶標結合時熵損失較小并且產生較高的結合親和力。與線性肽相比，靈活性降低還導致鎖定靶特異性構象，從而增加結合特異性。這種作用已通過基質金屬蛋白酶8(mmp-8)的有效且有選擇性的抑制劑得到了例證，當mmp-8的環打開時，其相比于其它mmp失去選擇性(cherney等人(1998),《藥物化學雜志(j?med.chem.)》41(11),1749-51)。通過大環化實現的有利結合特性在具有一個以上肽環的多環狀肽中，例如，在萬古霉素、尼辛(nisin)和放線菌素中甚至更加明顯。
5、不同的研究團隊先前已將具有半胱氨酸殘基的多肽拴系到合成分子結構(kemp和mcnamara(1985),《有機化學雜志(j.org.chem)》；timmerman等人(2005)《化學生物化學(chembiochem.)》。meloen和其同事利用三(溴甲基)苯和相關分子將多個肽環路迅速且定量地環化到合成支架上以進行蛋白質表面的結構模擬(timmerman等人(2005)《化學生物化學》)。用于產生候選藥物化合物的方法，其中所述化合物是通過將含半胱氨酸的多肽連接到分子支架上生成的，例如1,1',1”-(1,3,5-三嗪烷-1,3,5-三基)三丙-2-烯-1-酮(tata)(heinis等人(2014)《德國應用化學國際版(angewandte?chemie,internationaledition)》53(6)1602-1606)。
6、已經開發了用于產生和篩選針對所關注靶標的雙環狀肽的大文庫的基于噬菌體展示的組合方法(heinis等人(2009),《自然化學生物(nat.chem.biol.)》5(7),502-7和wo2009/098450)。簡而言之，在噬菌體上展示了含有三個半胱氨酸殘基和兩個由六個隨機氨基酸構成的區的線性肽(cys-(xaa)6-cys-(xaa)6-cys)的組合文庫，并且通過將半胱氨酸側鏈共價連接到小分子對其進行環化。
技術實現思路
1、本文中提供的實施例涉及包括寡核苷酸和綴合物基團的寡聚化合物。在某些實施例中，所述綴合物基團包括細胞靶向性部分。在某些實施例中，所述綴合物基團包括將所述細胞靶向性部分與所述寡核苷酸連接的綴合物接頭。在某些實施例中，所述細胞靶向性部分包括以下或由以下組成：包括兩個附接到分子支架的多肽環路的多肽。在某些實施例中，所述細胞靶向性部分包括雙環配體或由雙環配體組成。在某些實施例中，所述綴合物接頭將所述寡核苷酸與所述多肽連接。通常，綴合物接頭具有的長度和/或結構足以將所述寡核苷酸和所述雙環配體分開，使得所述雙環配體不抑制所述寡核苷酸的活性(例如，反義活性)，并且所述寡核苷酸不抑制所述雙環配體的活性(例如，與轉鐵蛋白受體結合)。
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1.一種寡聚化合物，其包括經修飾的寡核苷酸和綴合物基團，其中所述經修飾的寡核苷酸由10個至300個連接的核苷組成，并且所述綴合物基團包括雙環配體和綴合物接頭，其中
2.根據權利要求1所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團由所述雙環配體和綴合物接頭組成。
3.根據權利要求1或2所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物由所述經修飾的寡核苷酸和所述綴合物基團組成。
4.根據權利要求1至3中任一項所述的寡聚化合物，其中三個反應性基團各自是半胱氨酸的硫醇。
5.根據權利要求1至4中任一項所述的寡聚化合物，其中所述多肽從N末端到C末端具有下式：
6.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m是7，并且o是3。
7.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m是2，并且o是9。
8.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m和o兩者是6。
9.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m是3，并且o是8。
10.根據權利要求5至9中任一項所述的寡聚化合物，其中n是0。
11.根據權利要求5至9中任一項
12.根據權利要求5至11中任一項所述的寡聚化合物，其中p是0。
13.根據權利要求5至11中任一項所述的寡聚化合物，其中p是3或4。
14.根據權利要求1至13中任一項所述的寡聚化合物，其中所述多肽具有N末端修飾。
15.根據權利要求14所述的寡聚化合物，其中所述N末端修飾是乙酰基。
16.根據權利要求14所述的寡聚化合物，其中所述N末端修飾是疊氮基丙基。
17.根據權利要求1至13中任一項所述的寡聚化合物，其中所述多肽具有C末端修飾。
18.根據權利要求14所述的寡聚化合物，其中所述C末端修飾是酰胺基。
19.根據權利要求1至18中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭附接到所述雙環配體的N末端氨基酸。
20.根據權利要求1至19中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭附接到所述雙環配體的C末端氨基酸。
21.根據權利要求1至20中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭在所述雙環配體的所述多肽環路之一內附接到氨基酸的側鏈。
22.根據權利要求1至21中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體包括C末端延伸。
23.根據權利要求22所述的寡聚化合物，其中所述C末端延伸選自PEG10或PEG24。
24.根據權利要求1至23中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體包括N末端延伸。
25.根據權利要求24所述的寡聚化合物，其中所述N末端延伸選自PEG10或PEG24。
26.根據權利要求1至25中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的5'末端核苷。
27.根據權利要求26所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的所述5'末端核苷的5'位置。
28.根據權利要求1至25中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的3'末端核苷。
29.根據權利要求28所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的所述3'末端核苷的3'位置。
30.根據權利要求1至25中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的內部核苷。
31.根據權利要求1至25所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團通過經修飾的核苷間鍵附接。
32.根據權利要求28至30所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團通過2'修飾的呋喃糖基糖部分附接。
33.根據權利要求1至32中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體具有與SEQ?IDNO:26-27、36-56、58-65、67-76、79-88、90-152或192-246中任一項具有至少80％同一性的氨基酸序列。
34.根據權利要求33所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體具有與SEQ?ID?NO:26-27、36-56、58-65、67-76、79-88、90-152或192-246中任一項具有至少85％、至少90％、至少95％或100％同一性的氨基酸序列。
35.根據權利要求5至34中任一項所述的寡聚化合物，其中[Zi]-[J]m-[Zii]-[O]o-[Ziii]具有與SEQ?ID?NO?26-27、35-56、58-65、67-76、79-88、90-152或192-246中任一項具有至少85...
【技術特征摘要】
【國外來華專利技術】
1.一種寡聚化合物，其包括經修飾的寡核苷酸和綴合物基團，其中所述經修飾的寡核苷酸由10個至300個連接的核苷組成，并且所述綴合物基團包括雙環配體和綴合物接頭，其中
2.根據權利要求1所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團由所述雙環配體和綴合物接頭組成。
3.根據權利要求1或2所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物由所述經修飾的寡核苷酸和所述綴合物基團組成。
4.根據權利要求1至3中任一項所述的寡聚化合物，其中三個反應性基團各自是半胱氨酸的硫醇。
5.根據權利要求1至4中任一項所述的寡聚化合物，其中所述多肽從n末端到c末端具有下式：
6.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m是7，并且o是3。
7.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m是2，并且o是9。
8.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m和o兩者是6。
9.根據權利要求5所述的寡聚化合物，其中m是3，并且o是8。
10.根據權利要求5至9中任一項所述的寡聚化合物，其中n是0。
11.根據權利要求5至9中任一項所述的寡聚化合物，其中n是3或4。
12.根據權利要求5至11中任一項所述的寡聚化合物，其中p是0。
13.根據權利要求5至11中任一項所述的寡聚化合物，其中p是3或4。
14.根據權利要求1至13中任一項所述的寡聚化合物，其中所述多肽具有n末端修飾。
15.根據權利要求14所述的寡聚化合物，其中所述n末端修飾是乙酰基。
16.根據權利要求14所述的寡聚化合物，其中所述n末端修飾是疊氮基丙基。
17.根據權利要求1至13中任一項所述的寡聚化合物，其中所述多肽具有c末端修飾。
18.根據權利要求14所述的寡聚化合物，其中所述c末端修飾是酰胺基。
19.根據權利要求1至18中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭附接到所述雙環配體的n末端氨基酸。
20.根據權利要求1至19中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭附接到所述雙環配體的c末端氨基酸。
21.根據權利要求1至20中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭在所述雙環配體的所述多肽環路之一內附接到氨基酸的側鏈。
22.根據權利要求1至21中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體包括c末端延伸。
23.根據權利要求22所述的寡聚化合物，其中所述c末端延伸選自peg10或peg24。
24.根據權利要求1至23中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體包括n末端延伸。
25.根據權利要求24所述的寡聚化合物，其中所述n末端延伸選自peg10或peg24。
26.根據權利要求1至25中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的5'末端核苷。
27.根據權利要求26所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的所述5'末端核苷的5'位置。
28.根據權利要求1至25中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的3'末端核苷。
29.根據權利要求28所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的所述3'末端核苷的3'位置。
30.根據權利要求1至25中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團附接到所述經修飾的寡核苷酸的內部核苷。
31.根據權利要求1至25所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團通過經修飾的核苷間鍵附接。
32.根據權利要求28至30所述的寡聚化合物，其中所述綴合物基團通過2'修飾的呋喃糖基糖部分附接。
33.根據權利要求1至32中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體具有與seq?idno:26-27、36-56、58-65、67-76、79-88、90-152或192-246中任一項具有至少80％同一性的氨基酸序列。
34.根據權利要求33所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體具有與seq?id?no:26-27、36-56、58-65、67-76、79-88、90-152或192-246中任一項具有至少85％、至少90％、至少95％或100％同一性的氨基酸序列。
35.根據權利要求5至34中任一項所述的寡聚化合物，其中[zi]-[j]m-[zii]-[o]o-[ziii]具有與seq?id?no?26-27、35-56、58-65、67-76、79-88、90-152或192-246中任一項具有至少85％、至少90％、至少95％或100％同一性的氨基酸序列。
36.根據權利要求5至35中任一項所述的寡聚化合物，其中[zi]-[j]m-[zii]-[o]o-[ziii]具有cxxdxxxgcisyc(seq?id?no:35)的氨基酸序列，其中每個“x”是獨立選擇的氨基酸。
37.根據權利要求1至36中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體包括至少一個、至少兩個或至少三個非天然氨基酸。
38.根據權利要求37所述的寡聚化合物，其中至少一個非天然氨基酸選自d-氨基酸、別異亮氨酸、2-氨基-3-乙基-戊酸、氨基異丁酸、氨基丁酸、氮雜環丁烷、7-氮雜色氨酸、6-疊氮基賴氨酸、β-環丁基丙氨酸、β-甲基異亮氨酸、4,4-聯苯基丙氨酸、順式-羥基脯氨酸、環丁基甘氨酸、環己基甘氨酸、環戊基丙氨酸、環戊基甘氨酸、2,6-二甲基酪氨酸、3,3-二苯基丙氨酸、4-反式-羥基-l-脯氨酸、1-萘基丙氨酸、2-萘基丙氨酸、n-甲基丙氨酸、1-甲基組氨酸、3-甲基組氨酸、n-甲基-色氨酸、哌啶酸、4-吡啶基丙氨酸、肌氨酸、叔丁基丙氨酸或3-叔丁基酪氨酸。
39.根據權利要求38所述的寡聚化合物，其中至少一個非天然氨基酸選自4-反式-羥基-l-脯氨酸、6-疊氮基賴氨酸和叔丁基甘氨酸。
40.根據權利要求1至39中任一項所述的寡聚化合物，其中所述分子支架是1,1',1”-(1,3,5-三嗪烷-1,3,5-三基)三丙-2-烯-1-酮(tata)。
41.根據權利要求1至39中任一項所述的寡聚化合物，其中所述分子支架是1,1',1”-(1,3,5-三嗪烷-1,3,5-三基)三(2-溴乙酮)(tatb)。
42.根據權利要求1至41中任一項所述的寡聚化合物，其中所述雙環配體不抑制轉鐵蛋白與所述轉鐵蛋白受體的結合。
43.根據權利要求1至42中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸的至少一個核苷包括經修飾的糖部分。
44.根據權利要求43所述的寡聚化合物，其中至少一個經修飾的糖部分包括雙環狀糖部分。
45.根據權利要求44所述的寡聚化合物，其中所述雙環狀糖部分包括選自以下的2'-4'橋：-o-ch2-；以及–o-ch(ch3)-。
46.根據權利要求43至45所述的寡聚化合物，其中至少一個經修飾的糖部分包括非雙環狀經修飾的糖部分。
47.根據權利要求46所述的寡聚化合物，其中所述非雙環狀經修飾的糖部分是2'-moe糖部分或2'-ome糖部分。
48.根據權利要求43至47中任一項所述的寡聚化合物，其中經修飾的寡核苷酸化合物的至少一個核苷包括糖替代物。
49.根據權利要求1至48中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸包括至少一個經修飾的核苷間鍵。
50.根據權利要求49所述的寡聚化合物，其中至少一個經修飾的核苷間鍵是硫代磷酸酯核苷間鍵。
51.根據權利要求49至50中任一項所述的寡聚化合物，其中每個核苷間鍵是經修飾的核苷間鍵。
52.根據權利要求51所述的寡聚化合物，其中每個核苷間鍵是硫代磷酸酯核苷間鍵。
53.根據權利要求1至50中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸包括至少一個磷酸二酯核苷間鍵。
54.根據權利要求1至50或53中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸的每個核苷間鍵獨立地選自磷酸二酯核苷間鍵或硫代磷酸酯核苷間鍵。
55.根據權利要求49所述的寡聚化合物，其中至少一個經修飾的核苷間鍵是甲磺酰基氨基磷酸酯核苷間鍵。
56.根據權利要求49至55中任一項所述的寡聚化合物，其中每個核苷間鍵獨立地選自磷酸二酯核苷間鍵、硫代磷酸酯核苷間鍵或甲磺酰基氨基磷酸酯核苷間鍵。
57.根據權利要求49至55中任一項所述的寡聚化合物，其中每個核苷間鍵獨立地選自硫代磷酸酯核苷間鍵或甲磺酰基氨基磷酸酯核苷間鍵。
58.根據權利要求1至57中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸包括至少一個經修飾的核堿基。
59.根據權利要求58所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的核堿基是5-甲基胞嘧啶。
60.根據權利要求1至59中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸包括由5-12個連續2'-脫氧核苷組成的脫氧區。
61.根據權利要求60所述的寡聚化合物，其中所述脫氧區中的每個核苷是2'-β-d-脫氧核苷。
62.根據權利要求60或61所述的寡聚化合物，其中所述脫氧區由7個、8個、9個、10個或7-10個連接的核苷組成。
63.根據權利要求60至62中任一項所述的寡聚化合物，其中緊鄰所述脫氧區的每個核苷包括經修飾的糖部分。
64.根據權利要求60至63中任一項所述的寡聚化合物，其中所述脫氧區在5'側被由1-6個連接的5'區核苷組成的5'區側接，并且在3'側被由1-6個連接的3'區核苷組成的3'區側接；其中
65.根據權利要求64所述的寡聚化合物，其中所述3'區中的每個核苷包括經修飾的糖部分。
66.根據權利要求64或65所述的寡聚化合物，其中所述5'區中的每個核苷包括經修飾的糖部分。
67.根據權利要求1至66中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸具有包括以下的糖基序：
68.根據權利要求67所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸具有包括以下的糖基序：
69.根據權利要求1至59中任一項所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸的每個核苷包括2'糖部分。
70.根據權利要求69所述的寡聚化合物，其中每個2'糖部分選自2'-ome、2'-moe或2'-nma。
71.根據權利要求69或70所述的寡聚化合物，其中所述經修飾的寡核苷酸的每個核苷包括相同的2'糖部分。
72.根據權利要求1至71中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭是可切割的。
73.根據權利要求1至72中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭包括1-3個接頭核苷。
74.根據權利要求1至72中任一項所述的寡聚化合物，其中所述綴合物接頭不包括任何接頭核苷。
75.根據權利要求1至74中任一項所述的寡聚化合物，...
【專利技術屬性】
技術研發人員：普內特·P·塞思，M·厄斯特高，M·卡雷爾，M·塔諾維茨，M·里格比，M·斯凱納，S·斯坦威，L·烏爾博納斯，K·范里茨霍滕，
申請(專利權)人：IONIS制藥公司，
類型：發明
國別省市：
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