【技術實現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術涉及染色體特異分子標記，尤其涉及一種花身副麗魚的性染色體特異分子標記及其篩選方法和引物。
技術介紹
1、魚類性別控制育種是一種基于內(nèi)分泌調(diào)控并基于性別、染色體連鎖特異分子標記篩選開發(fā)的高效育種技術。生長性別二態(tài)是魚類中普遍存在的科學現(xiàn)象，根據(jù)不同種類表現(xiàn)為，雌性生長速度顯著快于雄性，或雄性生長速度顯著快于雌性。如、半滑舌鰨(cynoglossussemilaevis)、泥鰍(misgurnus?anguillicaudatus)、鱖(sinipercachuatsi)等的雌性個體生長速度顯著快于雄性，而尼羅羅非魚(oreochromis?niloticus)、烏鱧(channa?argus)黃顙魚(pelteobagrusfulvidraco)等的雄性生長速度快于雌性，因此培育生長速度更快的單性養(yǎng)殖品種具有重要的經(jīng)濟價值。此外，花身副麗魚(parachromismanaguensis)、羅非魚等魚類雌雄混養(yǎng)，在達到上市規(guī)格前，通常出現(xiàn)性早熟、自行繁殖，導致餌料過渡消耗進而影響商品魚生長，進行性控育種培育單性養(yǎng)殖群體，可有效避免上述問題。
2、花身副麗魚，隸屬鱸形目麗魚科魚類，別名淡水石斑、花老虎、馬拉瓜麗體魚等。花身副麗魚染色體為2n＝48，染色體性別決定型為xy型。與尼羅羅非魚、烏鱧、黃顙魚等類似，其雄性個體生長速度顯著快于雌性個體。花身副麗魚單性養(yǎng)殖個體(全雄)一方面能夠極大提高水產(chǎn)養(yǎng)殖經(jīng)濟效益；另一方面，避免因雌雄個體混養(yǎng)、自行繁殖而帶來的飼料損耗。因此，研發(fā)花身副麗魚性染色體特異分子標記開展性控育種
3、然而，由于大部分魚類雌雄個體染色體形態(tài)上差異不明顯，傳統(tǒng)魚類性控育種依賴測交完成親本基因型鑒定，周期長、成本高。因此目前針對魚類性別鑒定及標記開發(fā)主要是通過性別特異遺傳關聯(lián)位點篩選進而識別性別連鎖區(qū)域來進行，其主要做法是通過一定數(shù)量雌、雄個體rad或2b-rad簡化基因組測序，通過多序列比對，定位雌性或雄性特異性位點。但該方法由于測序深度較低、假陽性率高，通常依賴較大的雌、雄個體數(shù)目。并且所篩選性別特異位點不一定為性染色體連鎖，難以用于xy雄性和yy超雄個體篩選。綜上所述，利用現(xiàn)有技術手段難以精準篩選花身副麗魚準確度較高的性別特異分子標記和性染色體特異分子標記。因此，開發(fā)花身副麗魚性染色體特異分子標記，可為單性養(yǎng)殖品種研發(fā)、性別決定基礎研究提供重要理論、實驗基礎。
技術實現(xiàn)思路
1、本專利技術的目的在于提供一種花身副麗魚的性染色體特異分子標記及其篩選方法和引物，可運用于不同養(yǎng)殖地理群體花身副麗魚正常雌性xx、正常雄性xy以及性控育種創(chuàng)制yy超雄魚遺傳性別的精準鑒定。
2、為了實現(xiàn)上述專利技術目的，本專利技術提供以下技術方案：
3、本專利技術提供了一種花身副麗魚的性染色體特異分子標記，所述性染色體特異分子標記包括y染色體特異分子標記和x染色體特異分子標記；
4、所述y染色體特異分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，x染色體特異分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.2所示。
5、seq?id?no.1：
6、ggagaccatcttgaagcacatctgaaacacaattgttaagtgatgggggaaaaaagagcaacttaccaaattttctctttctcctttacttttcttgctgaatgttttctgggtaaagttgcttcgtccagacaaagacaaaaatgtgaacgcaacagtaaaaggtaaaatacccaagctgggaaaggttttcacacaaaagaaatgctttcttccagatatctccacttggtttttcttggatgccaccactcaaacagcacatatgggtgctgggacggtctgagctctaccctcccccaccgagaaccgagtttgggtgcagggtgctcaggcacagcagaagcttcaggtggagcagcagtctctgaggtgggctgcacagatgaacagtacagtcttggaggcagaaaagtccttatacttttaggcagaacaaagcaagtaggcagagtaacagaacaatcaaaggaggggcctgttcataaacaggtataaggaagactggctcacagcaaactgtttct；
7、seq?id?no.2：
8、gactcatttcctgattggtttcatagctttcactgcctgtctgtatgcccccattttctagcttcaacagggagccaatgaagagaagccaatacgggagaaatctgctctctctttctagtccctgtcagtactctagctgcagcattttggatcagctgatggcttttcagggcgcttttaggacagcctgataattaattacaatagtccagccgagaaggaataaatgcatgaattagcttttcagcatcactctgagacaggatgtttctaatttttaaaatattgcgcaaatgcaaaaaagctgtctcacatatttgtataatatgtgcattgaaggacatatcctggtcaaaaatgactccacgatttctcacagtgttactggaggccaagttaatgccatccagagtaagtatctggtttgatctgtggggctgagtacaagaacttcagtttatctgaatttagaagtgggaaattggaggtcatccaggcatttatgtctttaagacattcctgcaatttaactaattgatgtgtctcatctggcttcatggatagataaagctgggcatcatctgcataacaatgaaaatgtatgcagtgctttttacaaatactgcctaagggaagca。
9、本專利技術還提供了一種用于檢測所述分子標記的引物組，包括y染色體特異分子標記引物和x染色體特異分子標記引物；
10、所述y染色體特異分子標記引物包括y染色體特異分子標記上游引物和y染色體特異分子標記引物下游引物；
11、所述y染色體特異分子標記引物上游引物的核苷酸序列如seq?id?no.3所示，y染色體特異分子標記引物下游引物的核苷酸序列如seq?id?no.4所示，具體序列如下：
12、pm-y-f(seq?id?no.3)：5’-ggagaccatcttgaagcacatc-3’(上游引物)；
13、pm-y-r(seq?id?no.4)：5’-agaaacagtttgctgtgagcc-3’(下游引物)；
14、所述x染色體特異分子標記引物包括x染色體特異分子標記上游引物和x染色體特異分子標記引物下游引物；
15、所述x染色體特異分子標記引物上本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術保護點】
1.一種花身副麗魚的性染色體特異分子標記，其特征在于，所述性染色體特異分子標記包括Y染色體特異分子標記和X染色體特異分子標記；
2.一種用于檢測權利要求1所述分子標記的引物組，其特征在于，包括Y染色體特異分子標記引物和X染色體特異分子標記引物；
3.權利要求1所述性染色體特異分子標記的篩選方法，其特征在于，包括如下步驟：
4.根據(jù)權利要求3所述的篩選方法，其特征在于，步驟(1)中所述重測序時采用高于20X深度重測序。
5.根據(jù)權利要求4所述的篩選方法，其特征在于，步驟(2)中所述過濾時采用fastp軟件，所述對比時采用BWA軟件，所述排序時采用Samtools軟件，所述去除冗余時采用picard軟件。
6.根據(jù)權利要求3～5任意一項所述的篩選方法，其特征在于，步驟(3)中所述檢測時采用GATK中的HaplotypeCaller模塊進行，所述過濾時采用BCFtools。
7.權利要求1所述的性染色體特異分子標記和權利要求2所述的引物組在鑒定花身副麗魚性別中的應用。
8.一種鑒定花身副麗魚性別的方法，
9.一種創(chuàng)制超雄花身副麗魚的方法，其特征在于，包括如下步驟：
10.根據(jù)權利要求9所述的方法，其特征在于，步驟(1)中所述內(nèi)分泌調(diào)控處理的步驟為：將17α-乙炔基雌二醇以1800～2200mg/L的用量拌入豐年蟲中孵化22～26小時，孵化后的豐年蟲飼喂開口幼魚18～22天；將17α-乙炔基雌二醇以45～55mg/Kg的用量拌入飼料中，以該飼料繼續(xù)飼喂幼魚80～90天。
...【技術特征摘要】
1.一種花身副麗魚的性染色體特異分子標記，其特征在于，所述性染色體特異分子標記包括y染色體特異分子標記和x染色體特異分子標記；
2.一種用于檢測權利要求1所述分子標記的引物組，其特征在于，包括y染色體特異分子標記引物和x染色體特異分子標記引物；
3.權利要求1所述性染色體特異分子標記的篩選方法，其特征在于，包括如下步驟：
4.根據(jù)權利要求3所述的篩選方法，其特征在于，步驟(1)中所述重測序時采用高于20x深度重測序。
5.根據(jù)權利要求4所述的篩選方法，其特征在于，步驟(2)中所述過濾時采用fastp軟件，所述對比時采用bwa軟件，所述排序時采用samtools軟件，所述去除冗余時采用picard軟件。
6.根據(jù)權利要求3～5任意一項所述的篩選方法，其特征在于，步驟(3)中所述檢測時采用gatk中的haplotype...
【專利技術屬性】
技術研發(fā)人員：吳俊頡，金方彭，趙靜霞，魯祥興，冷云，宋建宇，李春鵬，
申請(專利權)人：云南省漁業(yè)科學研究院，
類型：發(fā)明
國別省市：
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