【技術實現步驟摘要】
本申請涉及生物信息學，具體而言，涉及一種染色體分析方法和裝置。
技術介紹
1、目前世界上約有15%育齡夫婦不能生育，其中男性因素占50%。男性不育致病因素復雜。遺傳性男性不育的缺陷主要包括非整倍體染色體變異、結構性染色體變異（微缺失和微重復）、基因拷貝數變異、單基因變異、多基因變異等。
2、減數分裂是包括人類在內的真核生物有性生殖過程中配子形成的必經階段，減數分裂相關基因突變往往造成減數分裂進程出錯甚至停滯，對人類男性而言，表現為嚴重少畸精子癥或非梗阻性無精子癥，進一步還可以導致胚胎停止發育和自然流產，是造成男性不育的重要原因之一。
3、以減數分裂相關基因meikin突變導致5名男性不育為例，meikin突變為常染色體隱性遺傳病，均只累及生殖系統（睪丸和卵巢），男性患者的外周血染色體核型正常。由于meikin基因在不同男性患者中的突變位點不同，致使個體表型各異，因此給疾病診斷、遺傳咨詢及生育指導都帶來了難度。例如，其中1名男性的精子減數分裂進程停滯，表現為非梗阻性無精子癥，最終選擇供精進行輔助生殖治療；另4名男性的meikin突變位點不同，其精子發生在減數分裂過程中出錯，精子染色體數目嚴重紊亂，表現為不同程度的少精子癥和畸形精子癥。如何評估男性的生育風險，提供準確的遺傳學檢測是開展生育咨詢及治療工作的基礎。
4、針對這類減數分裂相關基因突變男性的生育風險，僅有的檢測方法為熒光原位雜交技術（fluorescence?in?situ?hybridization?in?spermatozoa，即fi
5、然而，熒光原位雜交技術一次最多檢測3條染色體，無法一次性檢測22條常染色體和性染色體，易導致檢查結果為假陰性，且無法準確評估患者的生育風險。
技術實現思路
1、為了解決上述問題，提高精子染色體分析的準確性以及生育風險評估的準確性，本申請的第一目的在于提供一種染色體分析方法，包括：
2、獲取待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據；
3、根據待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據和參考基因組的比對數據確定待測單細胞樣本的染色體拷貝數變異信息和多個snp位點的親本來源；
4、根據待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源分析染色體的拷貝數變異來源和/或同源重組信息。
5、本申請的方法可同時對單細胞樣本中的多條染色體進行拷貝數異常分析，并且可結合多個snp位點對染色體拷貝數異常的來源以及染色體同源重組信息進行檢測。
6、在其中一個實施方式中，所述根據待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據和參考基因組的比對數據確定待測樣本的染色體拷貝數變異信息和多個snp位點的親本來源包括：
7、對待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據和參考基因組進行比對得到待測單細胞樣本及其親本的全基因組初步比對數據；
8、對待測單細胞樣本及其親本的初步比對數據進行局部重新比對得到待測單細胞樣本及其親本的重新比對數據；
9、根據待測單細胞樣本及其親本的重新比對數據確定待測單細胞樣本的染色體拷貝數變異信息和多個snp位點的親本來源。
10、在其中一個實施方式中，所述根據待測單細胞樣本及其親本的重新比對數據確定待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源包括：
11、根據待測單細胞樣本及其親本的重新比對數據確定待測單細胞樣本及其親本的每個目標snp位點的堿基信息；
12、根據待測單細胞樣本及其親本的每個目標snp位點的堿基信息確定待測單細胞樣本及其親本的每個目標snp位點的基因型；
13、根據待測單細胞樣本及其親本的每個目標snp位點的基因型確定待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源。
14、在其中一個實施方式中，所述目標snp位點位于基因組上的非著絲粒區域；
15、可選地，所述目標snp位點包括位于16條染色體上的7248個snp位點；
16、可選地，所述待測單細胞樣本包括待測精子樣本和待測卵子樣本中的任意一種。
17、在其中一個實施方式中，根據待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源分析染色體的拷貝數變異來源和/或同源重組信息包括：
18、根據待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源確定待測單細胞樣本來自于同一條染色體的snp位點的父本來源比例、母本來源比例和父母雙方來源比例；
19、根據待測單細胞樣本來自于同一條染色體的snp位點的父本來源比例、母本來源比例和父母雙方來源比例分析待測樣本該染色體的拷貝數變異來源和/或同源重組信息。
20、在其中一個實施方式中，所述方法還包括：根據待測單細胞樣本及其親本的著絲粒區域的重新比對數據確定染色體拷貝數變異的發生時間。
21、本申請的第二目的在于提供一種染色體分析裝置，包括：
22、測序數據獲取模塊：用于獲取待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據；
23、變異檢測模塊：用于根據待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據和參考基因組的比對數據確定待測單細胞樣本的染色體拷貝數變異信息和多個snp位點的親本來源；
24、變異分析模塊：用于根據待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源分析染色體的拷貝數變異來源和/或同源重組信息。
25、本申請還涉及一種計算機設備，包括存儲器和處理器，存儲器存儲有計算機程序，處理器執行計算機程序時實現上述方法的步驟。
26、本申請還涉及一種計算機可讀存儲介質，其上存儲有計算機程序，計算機程序被處理器執行時實現上述方法的步驟。
27、本申請還涉及一種計算機程序產品，包括計算機程序，該計算機程序被處理器執行時實現上述方法的步驟。
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1.一種染色體分析方法，其特征在于，包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述根據待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據和參考基因組的比對數據確定待測樣本的染色體拷貝數變異信息和多個SNP位點的親本來源包括：
3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述根據待測單細胞樣本及其親本的重新比對數據確定待測單細胞樣本的多個SNP位點的親本來源包括：
4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述目標SNP位點位于基因組上的非著絲粒區域；
5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，根據待測單細胞樣本的多個SNP位點的親本來源分析染色體的拷貝數變異來源和/或同源重組信息包括：
6.根據權利要求1~5任一項所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：根據待測單細胞樣本及其親本的著絲粒區域的重新比對數據確定染色體拷貝數變異的發生時間。
7.一種染色體分析裝置，其特征在于，包括：
8.一種計算機設備，包括存儲器和處理器，所述存儲器存儲有計算機程序，其特征在于，所述處理器執行所述計算機程序時實現權利要求
9.一種計算機可讀存儲介質，其上存儲有計算機程序，其特征在于，所述計算機程序被處理器執行時實現權利要求1~6中任一項所述的方法的步驟。
10.一種計算機程序產品，包括計算機程序，其特征在于，該計算機程序被處理器執行時實現權利要求1~6中任一項所述的方法的步驟。
...【技術特征摘要】
1.一種染色體分析方法，其特征在于，包括：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述根據待測單細胞樣本及其親本的全基因組測序數據和參考基因組的比對數據確定待測樣本的染色體拷貝數變異信息和多個snp位點的親本來源包括：
3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述根據待測單細胞樣本及其親本的重新比對數據確定待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源包括：
4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述目標snp位點位于基因組上的非著絲粒區域；
5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，根據待測單細胞樣本的多個snp位點的親本來源分析染色體的拷貝數變異來源和/或同源重組信息包括：
6.根...
【專利技術屬性】
技術研發人員：李維娜，胡亮，林戈，
申請(專利權)人：中信湘雅生殖與遺傳?？漆t院有限公司，
類型：發明
國別省市：
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