【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及建鯉品種鑒定，具體涉及一種快速鑒定建鯉品種的snp分子標記、擴增引物及方法。
技術介紹
1、鯉(cyprius?carpio)，隸屬于鯉形目、鯉科，是中國重要的淡水養殖魚類，其年產量約占我國淡水養殖魚類的11.3％，且在長期人工培育下形成多個具有特色、經濟價值較高的品種，積累了豐富的鯉種質資源。建鯉是鯉亞科、鯉屬中的一種，也是鯉魚養殖消費市場的當家品種，具有生長速度快、適應多種養殖方式、抗病力強、含肉率高、肉質鮮美等優點。然而，在養殖的引種育種實踐中，對于外觀相似鯉品種的魚苗和親魚，難以通過外觀進行準確的品種區分，導致不同來源的鯉魚種質造成品種漸滲、種質混雜的現象，影響建鯉的保種育種，也影響養殖戶和消費者的利益。
2、目前已有鯉種質資源鑒定相關的專利，比如，專利號為202311302944.x的專利公開了一種snp分子標記組合在16個鯉品種鑒定中的應用，采用隨機森林預測方法利用144個snp位點鑒定16個鯉品種。專利號為201610945256.9的專利公開了一種鯉種質資源鑒定方法，可用于鑒定松浦鏡鯉、松浦紅鏡鯉和易捕鯉。專利號為201510315761.0的專利公開了一種用于鯉魚種質鑒定的snp標記組合、方法及用途，利用48個snp分子標記可鑒定黃河鯉的親緣關系。現有授權專利有以下特點：(1)分子標記數量大，檢測成本高和檢測周期較長，難以批量化進行檢測；(2)應用于某一品種內的家系親緣關系鑒定；(3)部分鯉品種，如荷包紅鯉、玻璃紅鯉、紅白錦鯉等，通過體色、體型即可在外觀上對品種進行分辨。因此，亟需開發
技術實現思路
1、本專利技術的目的在于提供一種快速鑒定建鯉品種的snp分子標記、擴增引物及方法，本專利技術snp分子標記能夠快速、準確、批量化的在苗種期和親本期鑒定和篩選建鯉苗種和親本，尤其適用于小規格魚苗的品種鑒定，解決外觀相似品種難以區分的問題。
2、為了實現本專利技術的上述目的，特采用以下技術方案：
3、本專利技術第一方面提供了一種快速鑒定建鯉品種的snp分子標記，所述snp分子標記包括snp?1～5；
4、所述snp?1的物理位置位于chr17染色體的第27079154位堿基，其堿基為c或t；
5、所述snp?2的物理位置位于chr17染色體的第27632650位堿基，其堿基為a或g；
6、所述snp?3的物理位置位于chr18染色體的第1441950位堿基，其堿基為t或c；
7、所述snp?4的物理位置位于chr18染色體的第5857377位堿基，其堿基為g或c；
8、所述snp?5的物理位置位于chr14染色體的第23058224位堿基，其堿基為c或g。
9、優選地，所述snp?1～5位點依次對應的基因型為tt、gg、cc、cc和gg時，則鑒定為建鯉。
10、本專利技術第二方面提供了一種用于快速鑒定建鯉品種的snp分子標記的擴增引物，所述擴增引物包括：
11、所述snp?1位點擴增采用的上下游引物序列如seq?id?no.6～7所示；
12、所述snp?2位點擴增采用的上下游引物序列如seq?id?no.8～9所示；
13、所述snp?3位點擴增采用的上下游引物序列如seq?id?no.10～11所示；
14、所述snp?4位點擴增采用的上下游引物序列如seq?id?no.12～13所示；
15、所述snp?5位點擴增采用的上下游引物序列如seq?id?no.14～15所示。
16、本專利技術第三方面提供了一種快速鑒定建鯉品種的snp分子標記在建鯉品種鑒定和/或篩選中的應用。
17、本專利技術第四方面提供了一種上述擴增引物在建鯉品種鑒定和/或篩選中的應用。
18、本專利技術第五方面提供了一種快速鑒定和/或篩選建鯉品種的方法，包括如下步驟：
19、(a)對待鑒定鯉魚進行取樣；
20、(b)提取樣本dna作為模板，對權利要求1中snp?1～5位點分別進行pcr擴增；對pcr擴增產物進行測序，確定每個個體中snp?1～5位點的基因型；
21、(c)若snp?1～5位點依次對應的基因型為tt、gg、cc、cc和gg，則確定為建鯉。
22、優選地，所述snp?1位點進行pcr擴增的產物序列如seq?id?no.1所示，且采用的上下游引物序列如seq?id?no.6～7所示，所述snp?1位點位于seq?id?no.1所示核苷酸序列的第179位；
23、所述snp?2位點進行pcr擴增的產物序列如seq?id?no.2所示，且采用的上下游引物序列如seq?id?no.8～9所示，所述snp?2位點位于seq?id?no.2所示核苷酸序列的第174位；
24、所述snp?3位點進行pcr擴增的產物序列如seq?id?no.3所示，且采用的上下游引物序列如seq?id?no.10～11所示，所述snp?3位點位于seq?id?no.3所示核苷酸序列的第185位；
25、所述snp?4位點進行pcr擴增的產物序列如seq?id?no.4所示，且采用的上下游引物序列如seq?id?no.12～13所示，所述snp?4位點位于seq?idno.4所示核苷酸序列的第168位；
26、所述snp?5位點進行pcr擴增的產物序列如seq?id?no.5所示，且采用的上下游引物序列如seq?id?no.14～15所示，所述snp?5位點位于seq?id?no.5所示核苷酸序列的第305位。
27、優選地，所述對待鑒定鯉魚進行取樣包括：
28、針對全長≤5cm的魚苗進行全組織取樣；針對全長＞5cm的魚苗進行魚鰭取樣；針對成魚進行魚鰭取樣。
29、與現有技術相比，本專利技術的有益效果至少包括：
30、本專利技術snp分子標記組合能夠準確高效地鑒定出建鯉個體，既可以應用于建鯉苗種期的品種鑒定和篩選，也可應用于建鯉成魚期的親本篩選，尤其適用于小規格魚苗的品種鑒定，能夠有效解決黃河鯉、易捕鯉、松浦鯉等體型體色相似鯉魚品種依靠外觀不易區分的問題，實現快速準確的品種鑒定。
31、本專利技術提供了一種快速鑒定建鯉品種的snp分子標記及其相應的引物，并通過檢測所述snp分子標記，能夠快速、準確、批量化的在苗種期和親本期鑒定和篩選建鯉苗種和親本，尤其適用于小規格魚苗的品種鑒定，解決外觀相似品種難以區分的問題，提高引種育種質量，保證養殖戶和消費者的利益。
本文檔來自技高網...【技術保護點】
1.一種快速鑒定建鯉品種的SNP分子標記，其特征在于，所述SNP分子標記包括SNP?1～5；所述SNP?1的物理位置位于Chr17染色體的第27079154位堿基，其堿基為C或T；
2.根據權利要求1所述的快速鑒定建鯉品種的SNP分子標記，其特征在于，所述SNP?1～5位點依次對應的基因型為TT、GG、CC、CC和GG時，則鑒定為建鯉。
3.一種用于權利要求1所述快速鑒定建鯉品種的SNP分子標記的擴增引物，其特征在于，所述擴增引物包括：
4.權利要求1或2所述的快速鑒定建鯉品種的SNP分子標記在建鯉品種鑒定和/或篩選中的應用。
5.權利要求3所述的擴增引物在建鯉品種鑒定和/或篩選中的應用。
6.一種快速鑒定和/或篩選建鯉品種的方法，其特征在于，包括如下步驟：
7.根據權利要求6所述的快速鑒定和/或篩選建鯉品種的方法，其特征在于，所述SNP?1位點進行PCR擴增的產物序列如SEQ?ID?NO.1所示，且采用的上下游引物序列如SEQ?IDNO.6～7所示，所述SNP?1位點位于SEQ?ID?NO.1所示核苷酸序列
8.根據權利要求6所述的快速鑒定和/或篩選建鯉品種的方法，其特征在于，所述對待鑒定鯉魚進行取樣包括：
...【技術特征摘要】
1.一種快速鑒定建鯉品種的snp分子標記，其特征在于，所述snp分子標記包括snp?1～5；所述snp?1的物理位置位于chr17染色體的第27079154位堿基，其堿基為c或t；
2.根據權利要求1所述的快速鑒定建鯉品種的snp分子標記，其特征在于，所述snp?1～5位點依次對應的基因型為tt、gg、cc、cc和gg時，則鑒定為建鯉。
3.一種用于權利要求1所述快速鑒定建鯉品種的snp分子標記的擴增引物，其特征在于，所述擴增引物包括：
4.權利要求1或2所述的快速鑒定建鯉品種的snp分子標記在建鯉品種鑒定和/或篩選中的...
【專利技術屬性】
技術研發人員：張瀚元，李炯棠，趙然，王琦，曹逸銘，侯明喜，
申請(專利權)人：中國水產科學研究院，
類型：發明
國別省市：
還沒有人留言評論。發表了對其他瀏覽者有用的留言會獲得科技券。