【技術實現步驟摘要】
本申請涉及生信分析領域，具體地，涉及一種評估抗新冠免疫力的系統，以及一種評估抗新冠免疫力的計算機程序產品。
技術介紹
1、針對sars-cov-2病毒，各國開發了多種疫苗平臺，按照作用機制可分為滅活疫苗、重組蛋白疫苗、載體疫苗以及核酸疫苗等。不同的疫苗所帶來的抗新冠免疫力不同，且抗新冠免疫力會隨時間下降。
2、即使已經完成疫苗接種或被sars-cov-2感染過，部分人群仍然有sars-cov-2的感染風險，例如醫護人員、患有基礎病的人群、老年人等。因此，有必要檢測受試者對sars-cov-2病毒的抗新冠免疫力，根據檢測結果，可以針對抗新冠免疫力不足者建議補充注射疫苗、更換疫苗種類或采取其他防護措施。
3、現有技術中評估受試者對sars-cov-2病毒的抗新冠免疫力，主要依靠膠體金免疫層析或磁微粒化學發光法檢測igg/igm。膠體金法操作便捷、檢測速度快，但是通量低且試紙的準確性高度依賴于抗體的特異性、結果判斷易受主觀因素影響，僅適用于即時檢測領域。磁微粒化學發光法是在化學發光檢測的基礎上，加用了磁性納米粒子，使檢測具有更高的靈敏度和更快的檢測速度。但其選擇性差，會對一個系列而非特定的化合物做出反應，準確性相對較差。并且環境對檢測的影響比較大，容易導致誤差。
4、t細胞受體(t?cell?receptor，tcr)是一種t細胞表面膜免疫球蛋白，作為人類基因組中多態性最高的區域之一，決定著人的免疫系統如何適應環境的變化。tcr具有特異性識別和結合抗原的能力，其中受體鏈的互補決定區3(cdr3)是抗
5、tcr庫測序以t細胞受體β鏈的rna作為模板，配合5'-race聚合酶鏈式反應技術，通過數據庫比對，便可檢測有功能的t細胞受體(tcr)的可變區域基因重組情況，每一種特異的t細胞受體(tcr)就代表了一種特異性t細胞。通過檢測t細胞的多樣性和克隆性，可能深度反映人體當下的抗新冠免疫力水平。這一技術廣泛應用于腫瘤免疫、自身免疫性疾病、器官移植免疫監測等領域。
6、唯一分子標記(umi)是一種分子條形碼，通過在每個原始dna片段上添加單獨的唯一條形碼，可以將原始樣本中的變異等位基因(真實變異)與文庫制備、靶向富集或測序過程中引入的錯誤區分開。由于起始材料中的每個核酸都有唯一的分子條形碼，因此，生物信息學軟件可以高度精確地過濾出重復的讀長和pcr錯誤，報告唯一讀長，從而在最終數據分析之前消除已識別的錯誤。
技術實現思路
1、為解決上述技術問題，本申請提出了一種評估抗新冠免疫力的系統，其特征在于，包括：存儲器，所述存儲器存儲可執行指令；以及一個或多個處理器，所述一個或多個處理器與所述存儲器通信以執行可執行指令從而完成以下操作：
2、操作1，獲取受試者體液中細胞包含umi的tcr組庫測序數據，即原始數據；
3、操作2，對所述操作1獲取的原始數據進行過濾，保留有引物序列且質量值≥20的讀長，得到清潔數據；對所述清潔數據中的umi進行聚類得到umi簇，丟棄存在umi自身錯誤的讀長；進一步進行umi相互糾錯校正，獲取一致性讀長，每條一致性讀長稱為一個克隆，得到校正數據；對所述校正數據中的所有克隆進行比對，相同的克隆歸類為一個克隆型，采用imgt數據庫對鑒定的克隆進行注釋，鑒定出每個克隆的v、d、j基因及其v(d)j組合和cdr3氨基酸序列，得到注釋數據；
4、操作3，針對所述注釋數據進行分析，以獲取以下至少一種判斷指標：
5、指標(1)，樣本值a，即該樣本seq?id?no:1表示的cdr3氨基酸序列百分比；
6、指標(2)，樣本值b，即trbv12-3/trbd2/trbj2-1基因組合的使用頻率；
7、指標(3)，樣本值c，即trbv7-8基因的使用頻率；
8、操作4，根據所述操作3得出的所述判斷指標，判斷受試者抗新冠免疫力的強弱。
9、上述四個操作也可以分別簡稱為獲取測序數據、過濾和克隆構建、獲取判斷指標和判斷抗新冠免疫力強弱。
10、作為優選，所述操作1中體液為血液，獲取所述測序數據的方法為，從所述血液中分離外周血單核細胞，提取所述外周血單核細胞的總rna，制備tcr?cdna文庫，進行高通量測序，得到所述tcr組庫測序數據；所述制備tcr?cdna文庫的方法為，用添加umi修飾的5′race擴增免疫組庫序列，回收目的片段，構建測序文庫。
11、作為一種優選，所述操作3中所述指標(1)的獲取方式為，基于操作2獲取的注釋數據，統計出seq?id?no：1對應的count值和該樣本各種cdr3氨基酸序列對應的count值之和，樣本值a＝seq?id?no：1對應的count值/該樣本各種cdr3氨基酸序列對應的count值之和×100％；所述操作4中根據所述指標(1)判斷的方法為，如指標(1)樣本值a＞0.0001，則判斷為免疫力強，否則判斷為免疫力弱。
12、作為一種優選，所述操作3中所述指標(2)的獲取方式為，統計注釋數據中全部v(d)j組合的count值，樣本值b＝trbv12-3/trbd2/trbj2-1基因組合的count值/該樣本全部v(d)j組合的count值之和×100％；所述操作4中根據所述指標(2)判斷的方法為，如指標(2)樣本值b＞1.326％，則判斷為免疫力強，否則判斷為免疫力弱。
13、作為一種優選，所述操作3中所述指標(3)的獲取方法為，統計注釋數據中全部v基因的count值，樣本值c＝trbv7-8基因的使用頻率＝trbv7-8基因的count值/全部v基因的count值之和×100％；所述操作4中根據所述指標(3)判斷的方法為，判斷的方法為，如指標(3)樣本值c＞0.8％，則判斷為免疫力強，否則判斷為免疫力弱。
14、作為最優選，如所述操作3中獲取多種判斷指標，則根據操作3獲取的每種判斷指標分別得出一個初步判斷結果；匯總統計所有初步判斷結果，如50％以上的初步判斷結果為抗新冠免疫力強，則判斷為抗新冠免疫力強，否則判斷為抗新冠免疫力弱。所述50％以上，包括50％本數。
15、本申請進一步提供一種計算機程序產品，包括計算機可讀指令，所述計算機可讀指令被處理器執行時實現以下操作：
16、操作本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.一種評估抗新冠免疫力的系統，其特征在于，包括：存儲器，所述存儲器存儲可執行指令；以及一個或多個處理器，所述一個或多個處理器與所述存儲器通信以執行可執行指令從而完成以下操作：
2.根據權利要求1中所述的系統，其特征在于，所述操作3中所述指標(1)的獲取方式為，基于操作2獲取的注釋數據，統計出SEQ?ID?No：1對應的count值和該樣本各種CDR3氨基酸序列對應的count值之和，樣本值A＝SEQ?ID?No：1對應的count值/該樣本各種CDR3氨基酸序列對應的count值之和×100％；
3.根據權利要求1中所述的系統，其特征在于，所述操作3中所述指標(2)的獲取方式為，統計注釋數據中全部V(D)J組合的count值，樣本值B＝TRBV12-3/TRBD2/TRBJ2-1基因組合的count值/該樣本全部V(D)J組合的count值之和×100％；
4.根據權利要求1所述的系統，其特征在于，所述操作3中所述指標(3)的獲取方法為，統計注釋數據中全部V基因的count值，樣本值C＝TRBV7-8基因的使用頻率＝TRBV7-8基因的cou
5.根據權利要求1中所述的系統，其特征在于，如所述操作3中獲取多種所述判斷指標，則根據操作3獲取的每種所述判斷指標分別得出一個初步判斷結果；匯總統計所有初步判斷結果，如50％以上的初步判斷結果為抗新冠免疫力強，則判斷為抗新冠免疫力強，否則判斷為抗新冠免疫力弱。
6.一種計算機程序產品，包括計算機可讀指令，所述計算機可讀指令被處理器執行時實現以下操作：
7.根據權利要求6中所述的計算機程序產品，其特征在于，所述操作3中所述指標(1)的獲取方式為，基于操作2獲取的注釋數據，統計出SEQ?ID?No：1對應的count值和該樣本各種CDR3氨基酸序列對應的count值之和，樣本值A＝SEQ?ID?No：1對應的count值/該樣本各種CDR3氨基酸序列對應的count值之和×100％；
8.根據權利要求6中所述的計算機程序產品，其特征在于，所述操作3中所述指標(2)的獲取方式為，統計注釋數據中全部V(D)J組合的count值，樣本值B＝TRBV12-3/TRBD2/TRBJ2-1基因組合的count值/該樣本全部V(D)J組合的count值之和×100％；
9.根據權利要求6所述的計算機程序產品，其特征在于，所述操作3中所述指標(3)的獲取方法為，統計注釋數據中全部V基因的count值，樣本值C＝TRBV7-8基因的使用頻率＝TRBV7-8基因的count值/全部V基因的count值之和×100％；
10.根據權利要求6中所述的計算機程序產品，其特征在于，如所述操作3中獲取多種所述判斷指標，則根據操作3獲取的每種所述判斷指標分別得出一個初步判斷結果；匯總統計所有初步判斷結果，如50％以上的初步判斷結果為抗新冠免疫力強，則判斷為抗新冠免疫力強，否則判斷為抗新冠免疫力弱。
...【技術特征摘要】
1.一種評估抗新冠免疫力的系統，其特征在于，包括：存儲器，所述存儲器存儲可執行指令；以及一個或多個處理器，所述一個或多個處理器與所述存儲器通信以執行可執行指令從而完成以下操作：
2.根據權利要求1中所述的系統，其特征在于，所述操作3中所述指標(1)的獲取方式為，基于操作2獲取的注釋數據，統計出seq?id?no：1對應的count值和該樣本各種cdr3氨基酸序列對應的count值之和，樣本值a＝seq?id?no：1對應的count值/該樣本各種cdr3氨基酸序列對應的count值之和×100％；
3.根據權利要求1中所述的系統，其特征在于，所述操作3中所述指標(2)的獲取方式為，統計注釋數據中全部v(d)j組合的count值，樣本值b＝trbv12-3/trbd2/trbj2-1基因組合的count值/該樣本全部v(d)j組合的count值之和×100％；
4.根據權利要求1所述的系統，其特征在于，所述操作3中所述指標(3)的獲取方法為，統計注釋數據中全部v基因的count值，樣本值c＝trbv7-8基因的使用頻率＝trbv7-8基因的count值/全部v基因的count值之和×100％；
5.根據權利要求1中所述的系統，其特征在于，如所述操作3中獲取多種所述判斷指標，則根據操作3獲取的每種所述判斷指標分別得出一個初步判斷結果；匯總統計所有初步判斷結果，如50％以上的初步判斷結果為抗新冠免疫力強，則判斷為抗新冠免疫力強，否則判斷為抗...
【專利技術屬性】
技術研發人員：裘宇容，全智慧，李奎，于雪，黎彥伶，陳輝，范文濤，
申請(專利權)人：廣州華銀醫學檢驗中心有限公司，
類型：發明
國別省市：
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