【技術實現步驟摘要】
技術介紹
0、背景
1、分析和表征生物和生化材料和系統的顯著進步引起在了解生命、健康、疾病以及治療機制方面的前所未有的進步。在這些進步中，靶向和表征生物系統的基因組構成的技術已經產生了一些最突破性的結果，包括在使用和開發基因擴增技術和核酸測序技術方面的進步。
2、核酸測序可被用于獲得多種生物醫學背景中的信息，所述生物醫學背景包括診斷、預后、生物技術以及法醫生物學。測序可能涉及：基本方法，包括馬克薩姆-吉爾伯特測序(maxam-gilbert?sequencing)和鏈終止法；或從頭測序法，包括鳥槍測序和橋式pcr；或下一代法，包括聚合酶克隆測序、454焦磷酸測序、illumina測序、solid測序、ion?torrent半導體測序、heliscope單分子測序、測序等
3、盡管在生物表征方面取得了這些進步，但許多挑戰仍未得到解決，或通過現今所提供的解決方案得到相對較差地解決。本公開提供用于解決許多現有技術的不足之處的新型解決方案和辦法。
4、簡述
5、本文提供用于分析單個細胞或小細胞群體的方法、組合物以及系統，包括分析來自這些單個細胞或細胞群體的核酸以及將核酸歸屬至這些單個細胞或細胞群體。
6、本公開的一個方面提供一種分析來自細胞的核酸的方法，其包括將源于單個細胞的核酸提供至離散分區中；產生源于所述離散分區內的所述核酸的一個或多個第一核酸序列，所述一個或多個第一核酸序列已連接于包含共同核酸條形碼序列的寡核苷酸；產生對所述一個或多個第一核酸序列或源于所述一
7、在一些實施方案中，離散分區為離散微滴。在一些實施方案中，將寡核苷酸與源于單個細胞的核酸共分配至離散分區中。在一些實施方案中，將所述寡核苷酸中的至少10,000個、至少100,000個或至少500,000個與源于單個細胞的核酸共分配至離散分區中。
8、在一些實施方案中，提供連接至珠粒的寡核苷酸，其中珠粒上的各寡核苷酸包含相同的條形碼序列，并且將珠粒與單個細胞共分配至離散分區中。在一些實施方案中，寡核苷酸可釋放地連接至珠粒。在一些實施方案中，珠粒包括可降解珠粒。在一些實施方案中，在產生一個或多個第一核酸序列之前或期間，所述方法包括經由降解珠粒使寡核苷酸從珠粒釋放。在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括使一個或多個第一核酸序列從離散分區釋放。
9、在一些實施方案中，產生表征包括對一個或多個第一核酸序列或一個或多個第二核酸序列進行測序。所述方法還可包括由一個或多個第一核酸序列或一個或多個第二核酸序列的序列組裝單個細胞的基因組的至少一部分的連續核酸序列。此外，所述方法還可包括基于單個細胞的基因組的至少一部分的核酸序列來表征單個細胞。
10、在一些實施方案中，核酸從離散分區中的單個細胞釋放。在一些實施方案中，核酸包括核糖核酸(rna)，諸如信使rna(mrna)。在一些實施方案中，產生一個或多個第一核酸序列包括在產生一個或多個第一核酸序列的條件下使核酸進行反轉錄。在一些實施方案中，反轉錄在離散分區中進行。在一些實施方案中，寡核苷酸被提供于離散分區中并且包含多聚胸苷酸(poly-t)序列。在一些實施方案中，反轉錄包括使多聚胸苷酸序列與核酸中的每一者的至少一部分雜交并且以模板定向的方式延伸多聚胸苷酸序列。在一些實施方案中，寡核苷酸包含促進多聚胸苷酸序列的雜交的錨定序列。在一些實施方案中，寡核苷酸包含隨機引導序列，所述隨機引導序列可為例如隨機六聚體。在一些實施方案中，反轉錄包括使隨機引導序列與核酸中的每一者的至少一部分雜交并且以模板定向的方式延伸隨機引導序列。
11、在一些實施方案中，一個或多個第一核酸序列中的給定者與核酸中的給定者的至少一部分具有序列互補性。在一些實施方案中，離散分區至多包括多個細胞之中的單個細胞。在一些實施方案中，寡核苷酸包含獨特的分子序列區段。在一些實施方案中，所述方法可包括至少部分基于獨特的分子序列區段的存在將一個或多個第一核酸序列或一個或多個第二核酸序列的單個核酸序列識別為源于核酸中的給定核酸。在一些實施方案中，所述方法包括基于獨特的分子序列區段的存在測定給定核酸的量。
12、在一些實施方案中，所述方法包括在產生表征之前，將一個或多個額外序列添加至一個或多個第一核酸序列以產生一個或多個第二核酸序列。在一些實施方案中，所述方法包括在轉換寡核苷酸的輔助下將第一額外核酸序列添加至一個或多個第一核酸序列。在一些實施方案中，轉換寡核苷酸與一個或多個第一核酸序列的至少一部分雜交，并且以模板定向的方式延伸以使第一額外核酸序列與一個或多個第一核酸序列偶接。在一些實施方案中，所述方法包括擴增與第一額外核酸序列偶接的一個或多個第一核酸序列。在一些實施方案中，擴增在離散分區中進行。在一些實施方案中，擴增在使與第一額外核酸序列偶接的一個或多個第一核酸序列從離散分區釋放之后進行。
13、在一些實施方案中，在擴增之后，所述方法包括將一個或多個第二額外核酸序列添加至與第一額外序列偶接的一個或多個第一核酸序列以產生一個或多個第二核酸序列。在一些實施方案中，添加一個或多個第二額外序列包括去除與第一額外核酸序列偶接的一個或多個第一核酸序列中的每一者的一部分以及使其與一個或多個第二額外核酸序列偶接。在一些實施方案中，所述去除經由對與第一額外核酸序列偶接(例如連接)的一個或多個第一核酸序列進行剪切來完成。
14、在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括使一個或多個第一核酸序列進行轉錄以產生一個或多個rna片段。在一些實施方案中，轉錄在使一個或多個第一核酸序列從離散分區釋放之后進行。在一些實施方案中，寡核苷酸包含t7啟動子序列。在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括去除一個或多個rna序列中的每一者的一部分以及使額外序列與一個或多個rna序列偶接。在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括使與額外序列偶接的一個或多個rna序列進行反轉錄以產生一個或多個第二核酸序列。在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括擴增一個或多個第二核酸序列。在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括使一個或多個rna序列進行反轉錄以產生一個或多個dna序列。在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括去除一個或多個dna序列中的每一者的一部分以及使一個或多個額外序列與一個或多個dna序列偶接以產生一個或多個第二核酸序列。在一些實施方案中，在產生表征之前，所述方法包括擴增一個或多個第二核酸序列。
15、在一些實施方案中，核酸包括由單個細胞的rna的反轉錄產生的互補(cdna)。在一些實施方案中，寡核苷酸包含引導序列并且被提供于離散分區中。在一些實施方案中，所述引導序列包括隨機n-mer。在一些實施方案中，產生一個本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.一種分析來自細胞的核酸的方法，其包括：
2.如權利要求1所述的方法，其中所述離散分區為離散微滴。
3.如權利要求1所述的方法，其中，在(a)中，將所述寡核苷酸與源于所述單個細胞的所述核酸共分配至所述離散分區中。
4.如權利要求3所述的方法，其中，在(a)中，將所述寡核苷酸中的至少10,000個與源于所述單個細胞的所述核酸共分配至所述離散分區中。
5.如權利要求4所述的方法，其中，在(a)中，將所述寡核苷酸中的至少100,000個與源于所述單個細胞的所述核酸共分配至所述離散分區中。
6.如權利要求5所述的方法，其中，在(a)中，將所述寡核苷酸中的至少500,000個與源于所述單個細胞的所述核酸共分配至所述離散分區中。
7.如權利要求1所述的方法，其中，在(a)中，提供連接至珠粒的所述寡核苷酸，其中珠粒上的各寡核苷酸包含相同的條形碼序列，并且將所述珠粒與所述單個細胞共分配至所述離散分區中。
8.一種表征多種不同細胞類型的群體中的細胞的方法，其包括：
9.一種表征單個細胞或細胞群體的方法
10.一種組合物，其包含多個分區，所述多個分區中的每一者包含(i)單個細胞，以及(ii)包含共同核酸條形碼序列的寡核苷酸群體。
...【技術特征摘要】
1.一種分析來自細胞的核酸的方法，其包括：
2.如權利要求1所述的方法，其中所述離散分區為離散微滴。
3.如權利要求1所述的方法，其中，在(a)中，將所述寡核苷酸與源于所述單個細胞的所述核酸共分配至所述離散分區中。
4.如權利要求3所述的方法，其中，在(a)中，將所述寡核苷酸中的至少10,000個與源于所述單個細胞的所述核酸共分配至所述離散分區中。
5.如權利要求4所述的方法，其中，在(a)中，將所述寡核苷酸中的至少100,000個與源于所述單個細胞的所述核酸共分配至所述離散分區中。
6.如權利要求5所述的...
【專利技術屬性】
技術研發人員：本杰明·J·辛德森，克里斯多佛·馬丁·辛德森，邁克爾·史諾萊文，凱文·迪安·奈斯，米爾娜·雅羅什，瑟奇·薩克森諾夫，保羅·哈登伯爾，拉吉夫·巴拉德瓦杰，格雷斯·X·Y·鄭，菲利普·貝爾格萊德，
申請(專利權)人：一零X基因組學有限公司，
類型：發明
國別省市：
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