【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及魚類遺傳選育，尤其涉及一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的方法。
技術介紹
1、大口黑鱸(micropterus?salmoides)，俗稱加州鱸，為硬骨魚綱(osteichthyes)、輻鰭魚亞綱(actinopterygii)鱸形目(perciformes)、太陽魚科(cehtrachidae)黑鱸屬(micropterus)，是一種優質的淡水魚類。隨著大口黑鱸養殖規模的擴大，其病害問題也越來越突出。大口黑鱸蛙虹彩病毒(largemouth?bass?ranavirus,lmbv)感染大口黑鱸引起的蛙虹彩病毒病可以導致大面積魚爆發疾病死亡，引起魚災。
2、對大口黑鱸苗種檢疫和感染初期的防控是控制蛙虹彩病毒病暴發的主要措施，解剖后可見魚鰾膨大，布滿紅色氣腺，有時魚鰾中有黃色或褐色蠟樣分泌物。目前已研發出抗lmbv的中藥和疫苗，但難以從根本上防治lmbv感染。目前對大口黑鱸的分子生物學防控lmbv方法，主要停留在檢測診斷是否感染lmbv。
3、杜宏瑤對大口黑鱸trim23在病毒宿主互作中功能的初步探究，通過感染潰瘍綜合征病毒(largemouth?bass?ulcerative?syndrome?virus,lbusv)的大口黑鱸分析出差異基因trim23，表明trim?23通過負調節ifn應答來影響病毒復制(杜宏瑤.大口黑鱸trim23在病毒宿主互作中功能的初步探究[d].安徽農業大學,2023.doi:10.26919/d.cnki.gannu.2023.000465.)。中國專利cn11794
技術實現思路
1、本專利技術的目的在于克服現有技術的不足之處而提供一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的方法。
2、為實現上述目的，本專利技術采取的技術方案為：
3、第一方面，本專利技術提供了一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的方法，檢測待測大口黑鱸基因組的snp位點，所述snp位點位于大口黑鱸基因組3號染色體上的第38930790位核苷酸，基因型為cc的樣本對蛙虹彩病毒的抗性顯著高于gg和gc基因型的樣本；所述大口黑鱸基因組的genbank登錄號為：asm1485139v1。
4、本專利技術通過檢測所述snp位點的基因型，即可得到大口黑鱸抗病毒的性狀，提供了一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的方法。
5、進一步地，所述病毒為蛙虹彩病毒。
6、進一步地，所述方法包括以下步驟：
7、s1：提取被鑒定的樣本的基因組dna；
8、s2：檢測步驟s1基因組dna的snp位點的基因型；
9、s3：根據步驟s2所述的基因型，判定被鑒定的樣本的抗病毒性狀。
10、進一步地，以步驟s1的基因組dna為模板，根據所述snp位點位置信息設計引物，進行pcr反應，得到pcr擴增產物，分析所述snp位點的基因型。
11、在本專利技術具體實施方式中，所述引物的核苷酸序列如seq?id?no：1～3所示。
12、第二方面，本專利技術提供了一種抗病毒大口黑鱸育種方法，用所述方法檢測大口黑鱸的snp位點的基因型，基因型為cc的大口黑鱸，作為親本，對所述親本進行繁育，得到抗病毒的大口黑鱸品種。
13、第三方面，本專利技術提供了一種檢測大口黑鱸基因組中snp位點的pcr試劑，所述pcr試劑中包括核苷酸序列如seq?id?no：1～3所示的引物。
14、第四方面，本專利技術提供了所述pcr試劑在鑒別大口黑鱸抗病毒相關的性狀、制備鑒別大口黑鱸抗病毒性狀的試劑盒和/或抗病毒大口黑鱸育種中的應用中的應用。
15、第五方面，本專利技術提供了一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的試劑盒，所述試劑盒中含有所述pcr試劑。
16、在本專利技術具體實施方式中，所述試劑盒還含有flu-arms?2×pcr?mix和水。
17、以待測大口黑鱸基因組dna為dna模板，以核苷酸序列為seq?id?no：1～3所示的引物，進行pcr擴增，得到擴增產物，檢測擴增產物第25bp處的堿基，確定待測大口黑鱸snp位點的基因型，判斷待測大口黑鱸抗蛙虹彩病毒性狀。
18、pcr擴增程序為：95℃10min；95℃15s，61～55℃梯度退火60s(-0.6℃/循環，每個循環降低0.6℃)，10個循環；95℃15s，55℃60s，共30個循環；30℃30s。
19、pcr擴增體系(總體積10μl)為：dna模板5ng～250ng(優選5ng～50ng)，flu-arms?2×pcr?mix?5μl，上游分型引物f1(10μm)0.05μl～0.25μl(優選0.1μl)、下游分型引物f2(10μm)0.05μl～0.25μl(0.1μl)，下游通用引物r(10μm)0.1μl～0.5μl(優選0.3μl)，補水至10μl。
20、核苷酸序列如seq?id?no：1～3所示的引物的擴增產物的核苷酸序列如seq?idno：4所示。snp位點位于擴增產物的5’端的第25bp(即genbank登錄號：asm1485139v1的參考大口黑鱸基因組3號染色體的g?38930790處)時，cc基因型的大口黑鱸樣本對蛙虹彩病毒的抗性顯著高于gg和gc基因型，感染蛙虹彩病毒后存活時間長。
21、與現有技術相比，本專利技術的有益效果為：
22、本專利技術公開了一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的方法，且設計了檢測大口黑鱸基因組中snp位點的試劑，所述試劑包括核苷酸序列如seq?id?no：1～3所示的引物，用于檢測大口黑鱸的snp位點g?38930790的基因型。經關聯分析，該位點的不同基因型與對蛙虹彩病毒抗性顯著相關，其中cc基因型的大口黑鱸樣本對蛙虹彩病毒的抗性顯著高于gg和gc基因型，感染蛙虹彩病毒后存活時間長。本專利技術確定了在大口黑鱸免疫抗病方面的snp位點，為開展大口黑鱸抗蛙虹彩病毒分子育種提供了相關有效分子標記，并為解析其抗病性狀的遺傳機制提供理論基礎。
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1.一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的方法，其特征在于，檢測待測大口黑鱸基因組的SNP位點，所述SNP位點位于大口黑鱸基因組3號染色體上的第38930790位核苷酸，基因型為CC的樣本對蛙虹彩病毒的抗性顯著高于GG和GC基因型的樣本；所述大口黑鱸基因組的GenBank登錄號為：ASM1485139v1。
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述病毒為蛙虹彩病毒。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：
4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，以步驟S1的基因組DNA為模板，根據所述SNP位點位置信息設計引物，進行PCR反應，得到PCR擴增產物，分析所述SNP位點的基因型。
5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ?ID?NO：1～3所示。
6.一種抗病毒大口黑鱸育種方法，其特征在于，用權利要求1～5任一項所述方法檢測大口黑鱸的SNP位點的基因型，基因型為CC的大口黑鱸，作為親本，對所述親本進行繁育，得到抗病毒的大口黑鱸品種。
7.一種檢測大口黑鱸基因組
8.權利要求7所述PCR試劑在鑒別大口黑鱸抗病毒相關的性狀、制備鑒別大口黑鱸抗病毒性狀的試劑盒和/或抗病毒大口黑鱸育種中的應用。
9.一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒含有權利要求7所述PCR試劑。
10.根據權利要求9所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還含有Flu-Arms2×PCRMix和水。
...【技術特征摘要】
1.一種鑒定大口黑鱸抗病毒性狀的方法，其特征在于，檢測待測大口黑鱸基因組的snp位點，所述snp位點位于大口黑鱸基因組3號染色體上的第38930790位核苷酸，基因型為cc的樣本對蛙虹彩病毒的抗性顯著高于gg和gc基因型的樣本；所述大口黑鱸基因組的genbank登錄號為：asm1485139v1。
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述病毒為蛙虹彩病毒。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：
4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，以步驟s1的基因組dna為模板，根據所述snp位點位置信息設計引物，進行pcr反應，得到pcr擴增產物，分析所述snp位點的基因型。
5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如seq?id...
【專利技術屬性】
技術研發人員：李寧求，黎品紅，羅霞，李文賢，林強，梁紅茹，付小哲，牛銀杰，馬寶福，
申請(專利權)人：中國水產科學研究院珠江水產研究所，
類型：發明
國別省市：
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