【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于分子生物學的，具體涉及一種黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片及其應用。
技術介紹
1、黃羽肉雞產業，由于缺乏可靠的低成本種質溯源技術方法作為支撐，依然存在大量的父母代和商品代種苗的套牌生產與銷售，嚴重損害相關育種企業利益的同時，也極大抑制了黃羽肉雞種業原始創新的活力。
2、黃羽肉雞種業知識產權保護的核心，在于建立一套可靠的低成本種質溯源技術方法，以明晰疑似侵權個體或群體與疑似被侵權目標群體之間的遺傳關系(是否直接來源于目標群體)，確定種質產權是否受到侵犯。技術層面，畜禽種質溯源技術方法已十分成熟，影響其廣泛應用的關鍵在于用于溯源的分子標記成本。肉雞領域，由于商品單位個體經濟價值不高，且其種質溯源場景為鑒定疑似侵權個體或群體與疑似被侵權目標參考群體之間的遺傳關系，需要對目標參考群體進行基因分型，因此分子標記成本要素尤為突出。家雞中，常用于種質溯源的分子標記包括微衛星和snp。在適用性和性價比上，又以低密度的全基因組snp基因分型芯片最佳。如何利用盡量少的snp位點標記，降低基因芯片分型成本，同時實現對肉雞種質的可靠溯源，對于切實保障黃羽肉雞種業知識產權意義重大。
3、有專利cn114480673a公開了一種基于靶向捕獲測序的雞低密度snp液相芯片及其應用(5k密度)和專利cn116377086a公開了一種雞全基因組低密度芯片及其制作方法和應用(11k密度)，但前者的技術在雞種質溯源方面主要針對的是地方雞品種的親緣關系鑒定，而非大量群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞商品代；而后者的位點來源于山東省地方雞種
4、
技術實現思路
1、針對上述問題，本專利技術的目的在于提供一種黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片及其應用。
2、本專利技術的
技術實現思路
如下：
3、本專利技術提供了一種黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，所述芯片為液相芯片，所述芯片中包括由9737個黃羽肉雞種質溯源位點和261個抗病相關位點組合的探針制得，共9998個snp分子標記，所述snp分子標記在雞參考基因組bgalgal1.mat.broiler.grcg7b上的物理位置信息如表1所示；
4、所述黃羽肉雞全基因組芯片為低于10kb的低密度芯片；
5、所述全基因組芯片中的位點信息均為bgalgal1.mat.broiler.grcg7b版本。
6、本專利技術還提供了一種黃羽肉雞種質溯源全基因組的探針，所述探針包括9737個黃羽肉雞種質溯源位點和261個抗病相關位點，共9998個snp分子標記，所述snp分子標記在雞參考基因組bgalgal1.mat.broiler.grcg7b上的物理位置信息如表1所示。
7、本專利技術還提供了一種黃羽肉雞全基因組芯片的應用，包括以下一種：
8、(1)在黃羽肉雞商品代肉雞的篩選和鑒定的應用；
9、(2)在黃羽肉雞商品代肉雞溯源中的應用；
10、(3)在中國地方雞種種質溯源中的應用；
11、(4)在黃羽肉雞抗病育種中的基因組育種應用；
12、(5)在黃羽肉雞群體遺傳系譜構建中的應用；
13、(6)在黃羽肉雞全基因關聯分析中的應用；
14、(7)在黃羽肉雞目標性狀qtl定位分析中的應用。
15、本專利技術還提供了一種黃羽肉雞全基因組芯片的制備方法，包括如下步驟：
16、1)獲取國內外地方雞種進行全基因組重測序，采用gatk構建高質量數字化基因庫，獲得高質量常染色體snps；
17、2)通過ld-pruning處理和物理距離稀釋，對獲得的高質量常染色體snps進行過濾，獲得黃羽肉雞種質溯源候選位點；
18、同時參考animal?qtl?database中雞疾病易感性相關qtl，從高質量常染色體snps經過ld-pruning處理后的位點庫中提取抗病性狀候選位點；
19、3)將以上獲得的黃羽肉雞種質溯源候選位點和抗病性狀候選位點集合，設計探針，共選取9998個高質量芯片定制位點進行芯片探針合成，生成最終的黃羽肉雞種質溯源芯片，芯片分別包含9737個種質溯源位點和261個抗病性狀位點。
20、本專利技術還提供了一種黃羽肉雞種質溯源的評估方法，包括如下步驟：
21、1)提取dna，構建液相捕獲文庫
22、①將提取的基因組dna片段化、末端修復和加a；
23、②通過磁珠對打斷片段范圍進行篩選，去除過大和過小的片段，使dna片段盡量集中在200-300bp；
24、③對測序接頭進行連接和pcr擴增富集，構建全基因組文庫；
25、④取每個樣本的全基因組文庫進行混池，對混池文庫進行濃縮和探針雜交，將目標區域的片段從全基因組的文庫中捕獲出來，最后進行pcr擴增得到雜交捕獲文庫；
26、2)文庫質檢和測序
27、對雜交捕獲文庫進行定量和測序檢測；
28、3)液相捕獲分析
29、包括數據過濾統計、比對和目標位點分析；
30、4)種質溯源效力評估
31、將以上制備獲得的液相芯片，對來源于群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞進行基因組分型，利用vcf2dis構建群體遺傳距離矩陣，之后利用atgc:fastme構建系統進化樹，觀察結果，是否能將群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞進行有效區分。
32、本專利技術的有益效果如下：
33、本專利技術的黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，包括由9737個黃羽肉雞種質溯源位點和261個抗病相關位點組合的探針制得，共9998個snp分子標記，所述snp分子標記在雞參考基因組bgalgal1.mat.broiler.grcg7b上的物理位置信息如表1所示，該芯片位點覆蓋所有染色體，每條染色體分布均勻，平均距離為95kb，具有標記密度低的優勢(標記位點9998個，低于10k)，液相芯片的成本直接取決于標記密度的高低，能夠在較低成本下進行雞抗病相關的基因組選育，并且芯片產品穩定性好，重復樣本基因型一致率>99％，能夠可靠地對國內外地方雞種、商業雞種和野生種紅色原雞群體，以及群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞商品代肉雞實現種質溯源；能高效、可靠地對地方雞種和大量群體遺傳背景高度近似的黃羽肉雞商品代肉雞進行群體遺傳關系的鑒定，實現地方雞種和黃羽肉雞的種質溯源。
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1.一種黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，其特征在于，所述芯片為液相芯片，所述芯片中包括由9737個黃羽肉雞種質溯源位點和261個抗病相關位點組合的探針制得，共9998個SNP分子標記，所述SNP分子標記的物理位置信息如表1所示。
2.根據權利要求1所述的黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，其特征在于，所述黃羽肉雞全基因組芯片為低于10Kb的低密度芯片。
3.根據權利要求1所述的黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，其特征在于，所述全基因組芯片中的位點信息均為bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b版本。
4.一種黃羽肉雞種質溯源全基因組的探針，所述探針包括黃羽肉雞全基因組的9737個黃羽肉雞種質溯源位點和261個抗病相關位點，共9998個SNP分子標記，所述SNP分子標記在雞參考基因組bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b上的物理位置信息如表1所示。
5.一種權利要求1所述的黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片的應用，其特征在于，包括以下一種：
6.一種權利要求1所述的黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片的制備方法，其特征
7.一種黃羽肉雞種質溯源的評估方法，其特征在于，包括如下步驟：
8.根據權利要求7所述的黃羽肉雞種質溯源的評估方法，其特征在于，步驟1)的操作包括如下：
...【技術特征摘要】
1.一種黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，其特征在于，所述芯片為液相芯片，所述芯片中包括由9737個黃羽肉雞種質溯源位點和261個抗病相關位點組合的探針制得，共9998個snp分子標記，所述snp分子標記的物理位置信息如表1所示。
2.根據權利要求1所述的黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，其特征在于，所述黃羽肉雞全基因組芯片為低于10kb的低密度芯片。
3.根據權利要求1所述的黃羽肉雞種質溯源全基因組芯片，其特征在于，所述全基因組芯片中的位點信息均為bgalgal1.mat.broiler.grcg7b版本。
4.一種黃羽肉雞種質溯源全基因組的探針，所述探針包括...
【專利技術屬性】
技術研發人員：羅成龍，舒鼎銘，羅威，劉天飛，陳鵬，鄒嫻，嚴霞，林楚曉，
申請(專利權)人：廣東省農業科學院動物科學研究所，
類型：發明
國別省市：
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