【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及生物，具體涉及杭白菊葉綠體基因組及應用。
技術介紹
1、杭白菊在桐鄉栽種有著悠久的歷史。杭白菊不僅僅因為香味和美觀作為花茶，還有中藥的作用。杭白菊茶有清熱解毒，明目等功效。
2、目前對于菊花的品種鑒定，多借助于對形態構造進行比較研究，依靠傳統的形態分類學方法在杭白菊的鑒別上存在一定的局限性。而在分子層面上，對杭白菊的系統發育關系的研究仍然匱乏。
技術實現思路
1、本專利技術的目的在于克服現有技術的缺陷，提供杭白菊葉綠體基因組，為杭白菊品種的鑒定和進化分析提供有價值的信息。
2、為實現上述目的，本專利技術采用以下技術方案：
3、杭白菊葉綠體基因組，杭白菊葉綠體基因組序列如seq?id?no.1所示。
4、杭白菊葉綠體基因組為完整環狀，其大小為151110bp，一個大的單拷貝區(largesingle?copy,lsc)為82851bp，小拷貝區(shirt?single?copy,ssc)為18351bp，兩個反向重復序列(invert?regions,irs)，重復序列大小分別為24936bp和24972bp。
5、基于葉綠體全基因組，可將其應用于菊花品種的鑒定和進化分析上，為杭白菊的鑒定和研究提供有價值的信息。因此本專利技術還提供了如上述的杭白菊葉綠體基因組在鑒定菊花品種上的應用。
6、本專利技術中可以通過杭白菊品種葉綠體全基因組與其它菊花品種進行葉綠體全基因組比對，通過基因比對確定杭白菊品種。
7、另外，本專利技術還提供了如上述的所述的杭白菊葉綠體基因組在構建系統發育樹中的應用。
8、本專利技術中可將杭白菊葉綠體基因組應用于杭白菊的品種鑒定。基于葉綠體基因組的系統發育分析，確定湖北麻城的福白菊實際上可能是杭白菊。
9、本專利技術提供了一種杭白菊品種的鑒定方法，包括：
10、(1)提取樣品總dna的；
11、(2)測序；
12、(3)獲取樣品葉綠體基因組；
13、(4)將樣品與杭白菊葉綠體基因組序列進行序列比對，樣品相似指數達到99.9％以上時，判定為與杭白菊匹配的序列。
14、作為優選，步驟(1)中使用ctab方法分別提取樣品a和樣品b的總基因組dna。
15、作為優選，其特征在于，步驟(2)中使用在illumina?novaseq?6000測序平臺(illumina,inc.san?deigo，ca，usa)進行150bp讀長的雙端測序，測序數據量設定為1gb。
16、本專利技術與現有技術相比的有益效果是：
17、本專利技術獲得葉綠體基因組，可應用于杭白菊的鑒定，以鑒定區分杭白菊品種，并將其應用于菊花的系統發育研究中，構建得到系統發育樹，為進一步的進化分析提供了有價值的信息。
18、下面結合附圖和具體實施例對本專利技術作進一步描述。
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1.杭白菊葉綠體基因組，其特征在于，杭白菊葉綠體基因組序列如SEQ?ID?NO.1所示。
2.如權利要求1所述的杭白菊葉綠體基因組在鑒定杭白菊品種上的應用。
3.如權利要求1所述的杭白菊葉綠體基因組在構建系統發育樹中的應用。
4.一種杭白菊品種的鑒定方法，其特征在于，包括：
5.如權利要求4所述的杭白菊品種的鑒定方法，其特征在于，步驟(1)中使用CTAB方法分別提取樣品A和樣品B的總基因組DNA。
6.如權利要求4所述的杭白菊品種的鑒定方法，其特征在于，步驟(2)中使用在Illumina?NovaSeq?6000測序平臺(Illumina,Inc.San?Deigo，CA，USA)進行150bp讀長的雙端測序，測序數據量設定為1Gb。
【技術特征摘要】
1.杭白菊葉綠體基因組，其特征在于，杭白菊葉綠體基因組序列如seq?id?no.1所示。
2.如權利要求1所述的杭白菊葉綠體基因組在鑒定杭白菊品種上的應用。
3.如權利要求1所述的杭白菊葉綠體基因組在構建系統發育樹中的應用。
4.一種杭白菊品種的鑒定方法，其特征在于，包括：
5.如權利要求4所述的杭白菊...
【專利技術屬性】
技術研發人員：姚張良，繆家順，陸強，徐偉東，王佳瑞，倪嘉樂，王保君，
申請(專利權)人：嘉興市農業科學研究院，
類型：發明
國別省市：
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