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【技術實現步驟摘要】
本申請涉及借助于測定材料的化學或物理性質來測試或分析材料,尤其涉及一種基于機器學習和多維環境大數據的遺傳分析方法。
技術介紹
1、遺傳分析是測定有關某一遺傳性狀的基因數目、基因性質、屬于哪一連鎖群及其在染色體上的座位等的過程。現有技術環境,黑條矮縮病毒會引起玉米粗縮病,但對于粗縮病的遺傳分析,尤其是遺傳變異分析多采用單獨的生物學方法,雖然可以對一定的遺傳特性有效分析,但是分析過程繁雜,過程中所需要的分析手段、材料等也十分復雜,這就導致單獨的生物學分析方法無法實現快速且準確地玉米遺傳分析。
技術實現思路
1、專利技術人通過研究發現:玉米粗縮病是由水稻黑條矮縮病毒引起的一種世界范圍的重要病害,黑條矮縮病毒能夠侵染多種作物,包括水稻、玉米和小麥,各地爆發情況屢見報道,給當地玉米生產和全國的糧食安全帶來非常嚴重的破壞。
2、本申請的目的在于提供一種基于機器學習和多維環境大數據的遺傳分析方法,通過病種分析模型、反轉錄模型以及生物學模型,來解決現有技術無法提供一種對于玉米粗縮病進行快速且準確地遺傳分析方法的技術問題。
3、據本申請的一個方面,提供一種基于機器學習和多維環境大數據的遺傳分析方法,該方法由處理器執行,包括:
4、獲取目標作物樣本,獲得第一樣本集;
5、對第一樣本集執行篩選預設樣本,獲得預設樣本數據集,上報預設樣本數據集至云端數據庫;
6、對預設樣本執行輸入分析模型,獲得分析數據集;
7、對分析數據集執行輸入處理
8、對處理數據集執行輸入生物學模型,獲得生物學數據集;
9、對生物學數據集執行數據清洗,獲得純化數據集;
10、對純化數據集執行輸入測序模型,獲得測序結果;
11、對測序結果執行比對,依據比對結果,執行遺傳分析。
12、在一些實施例中,所述目標作物樣本至少包括玉米樣本。
13、在一些實施例中,所述的分析數據集執行輸入處理模型,獲得處理數據集,具體為:對分析數據集基于目標核苷酸序列的引物執行反轉錄。
14、在一些實施例中,所述處理模型中配置有預設核苷酸序列的首引物。
15、在一些實施例中,所述的對處理數據集執行輸入生物學模型,獲得生物學數據集,具體為:對生物學數據集輸入生物學模型,基于核苷酸序列的引物執行rt-pcr,得到生物學數據集。
16、在一些實施例中,所述的生物學模型中配置有預設核苷酸序列的子引物和預設核苷酸序列的首引物。
17、在一些實施例中,所述的對生物學數據集執行數據清洗至少包括:數據集純化處理。
18、在一些實施例中,所述的對測序結果執行比對,至少包括采用多序列比對工具,分析比對出可信序列。
19、在一些實施例中,分析比對出的可信序列與預設序列執行遺傳分析,具體包括:基于預設的水稻黑條矮縮病毒的序列,選用多序列比對工具,執行遺傳分析。
20、在一些實施例中,所述的可信序列與預設序列執行比對還可以采用dnaman執行比對。
21、本申請與現有技術相比:本申請的方法聚焦于將生物化的分析方法轉化為模型智能化分析,突破傳統的生化分析方法,但完全基于現有的遺傳的分析邏輯與理論,實現對于目標作物的高效準確地遺傳分析,也即提供了一種高效的,面向作物的遺傳分析過程。
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1.一種基于機器學習和多維環境大數據的遺傳分析方法,該方法由處理器執行,其特征在于,包括:
2.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述目標作物樣本至少包括玉米樣本。
3.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述的分析數據集執行輸入處理模型,獲得處理數據集,具體為:對分析數據集基于目標核苷酸序列的引物執行反轉錄。
4.根據權利要求3所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述處理模型中配置有預設核苷酸序列的首引物。
5.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述的對處理數據集執行輸入生物學模型,獲得生物學數據集,具體為:對生物學數據集輸入生物學模型,基于核苷酸序列的引物執行RT-PCR,得到生物學數據集。
6.根據權利要求5所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述的生物學模型中配置有預設核苷酸序列的子引物和預設核苷酸序列的首引物。
7.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述的對生物學數據集執行數據清洗至少包括:數據集純化處理。
8.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特
9.根據權利要求8所述的遺傳分析方法,其特征在于,分析比對出的可信序列與預設序列執行遺傳分析,具體包括:基于預設的水稻黑條矮縮病毒的序列,選用多序列比對工具,執行遺傳分析。
10.根據權利要求9所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述的可信序列與預設序列執行比對還可以采用DNAman執行比對。
...【技術特征摘要】
1.一種基于機器學習和多維環境大數據的遺傳分析方法,該方法由處理器執行,其特征在于,包括:
2.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述目標作物樣本至少包括玉米樣本。
3.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述的分析數據集執行輸入處理模型,獲得處理數據集,具體為:對分析數據集基于目標核苷酸序列的引物執行反轉錄。
4.根據權利要求3所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述處理模型中配置有預設核苷酸序列的首引物。
5.根據權利要求1所述的遺傳分析方法,其特征在于,所述的對處理數據集執行輸入生物學模型,獲得生物學數據集,具體為:對生物學數據集輸入生物學模型,基于核苷酸序列的引物執行rt-pcr,得到生物學數據集。
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【專利技術屬性】
技術研發人員:李慧慧,何坤輝,
申請(專利權)人:中國農業科學院作物科學研究所,
類型:發明
國別省市:
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