【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及生物醫藥，主要是涉及一種篩選甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞標記分子的方法。
技術介紹
1、甲狀腺髓樣癌(mtc)是一種相對罕見的神經內分泌惡性腫瘤，是起源于甲狀腺神經嵴衍生的降鈣素濾泡旁細胞，mtc占所有甲狀腺惡性腫瘤的1.8％,惡性程度介于分化型和未分化型之間，侵襲性較高，預后較差，易發生廣泛結節轉移和局部晚期侵襲的可能性增加，死亡率約占所有死亡甲狀腺癌患者的13％，與分化型甲狀腺癌相比，mtc的組織病理學表現差異很大，腫瘤異質性強，在臨床表現、預后、診斷、治療等多個方面存在顯著差異。甲狀腺髓樣癌的治療方式不統一，優先考慮手術切除治療，放、化療作為術后補充治療，只有當病情進展到無法手術時才考慮放、化療。在靶向治療方面，目前臨床上主要將網織紅細胞(ret)基因和血管內皮生長因子作為甲狀腺髓樣癌的治療靶點。
2、目前臨床常用腫瘤基因檢測方法為熒光原位雜交(fish)，其次為聚合酶鏈反應(pcr)、一代測序(sanger測序)和高通量測序(ngs)。fish最常用于檢測某種基因是否有大片段易位或重排，但不能判定其伴侶基因；pcr和sanger測序主要用于檢測基因突變，rt-pcr產物也可以通過測序，確定基因融合位點，ngs即下一代測序一次可檢測大量靶基因；但這幾種方法存在一定的局限性，它們檢測基因狀態都比較單一，可以檢測包括點突變、插入缺失等各種形式的變異，但對于細胞內基因的擴增、融合、表達水平及檢測罕見非編碼rna都有很大的局限性，無法滿足臨床的需要。
3、腫瘤異質性對癌癥治療和患者生存構成嚴重挑戰，
技術實現思路
1、有鑒于此，本專利技術的目的是提供一種篩選甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞標記分子的方法，以解決挖掘甲狀腺髓樣癌組織特有的細胞類群及其對應的特異性高的分子的技術問題。
2、本專利技術篩選甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞標記分子的方法包括以下步驟：
3、1)對甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞進行單細胞轉錄組測序，所述甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞包括甲狀腺髓樣癌組織細胞和癌旁正常組織細胞，得到若干個單細胞的基因序列數據；
4、2)進行基因序列比對，識別基因序列中的細胞條形碼和特異性分子標簽(uniquemolecular?indentifier，umi)，并對每個細胞的每種特異性分子標簽進行計數，進而得到每個細胞的基因表達矩陣；
5、3)過濾基因數<200、單分子標簽數＜400以及線粒體基因占比>20％的細胞，獲得細胞樣本；
6、4)對細胞樣本的基因表達矩陣進行降維處理，篩選高變異基因，通過聚類分析得到若干個具有腫瘤特異性的細胞亞群；
7、5)采用wilcoxon檢驗分別將每個細胞亞群與其他亞群的細胞進行差異表達分析，得到每個細胞亞群的特異性表達基因，結合差異表達分析結果中的log2(fc)和校正后的p值兩個統計指標，最終篩選出每個細胞亞群中表達最為特異的基因。
8、本專利技術的有益效果：
9、本專利技術篩選甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞標記分子的方法，通過對甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞采用高通量單細胞轉錄組測序，并細致地分析了各細胞亞群，鑒別出了具有腫瘤特異性的濾泡細胞亞群，并發現了該細胞亞群特異性的高表達基因。發現的這些特異性高表達基因與患者的預后和治療有緊密的聯系，能為甲狀腺髓樣癌的個性化精準治療提供更為可靠的依據。
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1.一種篩選甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞標記分子的方法，其特征在于：包括以下步驟：
【技術特征摘要】
1.一種篩選甲狀腺髓樣癌濾泡旁細胞標記...
【專利技術屬性】
技術研發人員：王利鋒，袁芳，陳銳，
申請(專利權)人：重慶大學附屬腫瘤醫院，
類型：發明
國別省市：
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