【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及分子生物，尤其是小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp-c95g及其應(yīng)用。
技術(shù)介紹
1、小麥(triticum?aestivum?l)是是我國第二大口糧作物，在保障我國糧食安全方面發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。提升小麥單產(chǎn)是滿足今年來糧食需求不斷提高的重要方式，同時(shí)也是保證糧食安全的戰(zhàn)略目標(biāo)。穗粒數(shù)是小麥產(chǎn)量三要素之一，而每穗小穗數(shù)和每個(gè)小穗的小花數(shù)共同決定穗粒數(shù)。因此，挖掘調(diào)控每穗小穗數(shù)的優(yōu)異等位變異并開發(fā)功能標(biāo)記在小麥穗粒數(shù)改良和小麥高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)育種中具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。
2、目前，研究者已經(jīng)定位了大量調(diào)控每穗小穗數(shù)的qtl。ma等對(duì)冬小麥品系‘20828’與國審小麥川農(nóng)16雜交創(chuàng)制了含有199個(gè)株系的重組自交系群體并利用小麥55k?snp芯片和ssr標(biāo)記進(jìn)行了基因分型，發(fā)現(xiàn)了在2d、4b、5a、5b和5d染色體上的5個(gè)穩(wěn)定的qtl。zheng等通過小麥55k?snp芯片對(duì)含126個(gè)株系的重組自交系群體進(jìn)行分型，鑒定到兩個(gè)主效的小麥小穗數(shù)主效位點(diǎn)。long等利用小麥55k?snp芯片對(duì)構(gòu)建的川麥42(cm42)/科成麥1號(hào)(k1)雙單倍體(double?haploid)群體進(jìn)行分型，構(gòu)建了高密度遺傳圖譜，在小麥3d染色體長臂上鑒定到一個(gè)新的小穗數(shù)主效qtl位點(diǎn)qtsn/fsn.cib-3d。zhang等利用雙單倍體群體檢測到分別位于1b、4a、5d和7a染色體上的4個(gè)加性qtl。
3、盡管目前已經(jīng)定位了如此大量的與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的qtl。但是，由于絕大多數(shù)這些qtl的表型貢獻(xiàn)率較小，且在不同年際及環(huán)境間重
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、本專利技術(shù)要解決的技術(shù)問題是提供小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp-c95g及其應(yīng)用。
2、為解決上述技術(shù)問題，本專利技術(shù)所采取的技術(shù)方案如下。
3、一種與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp位點(diǎn)，所述的snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于seq?id?no.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點(diǎn)為c/c純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是甲；該位點(diǎn)為g/g純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。
4、另一方面，本專利技術(shù)還包括一種鑒別或輔助鑒別小麥每穗小穗數(shù)性狀的試劑或試劑盒，該試劑或試劑盒用于檢測權(quán)利要求1中所述的snp位點(diǎn)，所述試劑或試劑盒當(dāng)中包含與所述snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的pcr擴(kuò)增特異引物組合和酶切組件，以及模板dna、緩沖液、dntps及其他基因檢測必要組件。
5、作為本專利技術(shù)的一種優(yōu)選技術(shù)方案，該試劑或試劑盒pcr擴(kuò)增的目標(biāo)dna片段設(shè)計(jì)為seq?id?no.1中5’末端74-217bp。
6、作為本專利技術(shù)的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述pcr擴(kuò)增特異引物組合包括：seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對(duì)1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對(duì)2f和2r。
7、作為本專利技術(shù)的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述酶切組件為限制性內(nèi)切酶noti。
8、另一方面，本專利技術(shù)還包括一種引物組合，用于檢測小麥基因組中如下snp位點(diǎn)的單核苷酸多態(tài)性，所述的snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于seq?id?no.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點(diǎn)為c/c純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是甲；該位點(diǎn)為g/g純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是乙；所述引物組合為序列表中seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對(duì)1f和1r，seq?id?no.4和seq?idno.5組成的引物對(duì)2f和2r；此引物組合用于檢測權(quán)利要求1所述的snp位點(diǎn)。
9、另一方面，本專利技術(shù)還包括一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，對(duì)待測小麥基因組dna中任意一段包含權(quán)利要求1所述snp位點(diǎn)在內(nèi)的dna片段進(jìn)行pcr擴(kuò)增，并將該pcr擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切鑒定。
10、作為本專利技術(shù)的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述的pcr擴(kuò)增的dna片段為seq?id?no.1中5’末端74-217bp；所述pcr擴(kuò)增的特異性引物對(duì)為seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對(duì)1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對(duì)2f和2r。
11、作為本專利技術(shù)的一種優(yōu)選技術(shù)方案，所述酶切包括以下步驟：以小麥基因組dna為模板，以引物1f和1r為引物對(duì)擴(kuò)增得到pcr產(chǎn)物；將此pcr產(chǎn)物稀釋100倍，以其做為模板，以引物2f和2r為引物對(duì)擴(kuò)增得到pcr產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶noti酶切pcr產(chǎn)物；若pcr產(chǎn)物可以被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)為c/c，基因型為甲；若pcr產(chǎn)物不能被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)為g/g，基因型為乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。
12、最后一方面，本專利技術(shù)還包括所述的snp位點(diǎn)在鑒定或輔助鑒定小麥每穗小穗數(shù)性狀中的應(yīng)用。
13、采用上述技術(shù)方案所產(chǎn)生的有益效果在于：本專利技術(shù)研究團(tuán)隊(duì)公開了一種與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp位點(diǎn)及其應(yīng)用。本專利技術(shù)通過對(duì)小麥自然變異群體基因外顯子區(qū)的遺傳變異分析，發(fā)現(xiàn)有一個(gè)snp，對(duì)應(yīng)于序列表1自5’末端第95位，該snp存在兩種基因型：基因型甲(c)、基因型乙(g)。通過關(guān)聯(lián)分析證明，這兩種基因型的純合類型中，每穗小穗數(shù)大小為：基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。本專利技術(shù)還提供了檢測所述snp的dcaps標(biāo)記。實(shí)驗(yàn)證明，通過檢測所述該snp，即可找到每穗小穗數(shù)較高的小麥。本專利技術(shù)為小麥的分子標(biāo)記輔助選擇育種提供了一個(gè)新方法，在培育高產(chǎn)小麥品種的農(nóng)業(yè)實(shí)踐和/或相關(guān)科學(xué)研究中均具有重要意義。
本文檔來自技高網(wǎng)...【技術(shù)保護(hù)點(diǎn)】
1.一種與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的SNP位點(diǎn)，其特征在于：所述的SNP位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于SEQ?IDNO.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點(diǎn)為C/C純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是甲；該位點(diǎn)為G/G純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。
2.一種鑒別或輔助鑒別小麥每穗小穗數(shù)性狀的試劑或試劑盒，其特征在于：該試劑或試劑盒用于檢測權(quán)利要求1中所述的SNP位點(diǎn)，所述試劑或試劑盒當(dāng)中包含與所述SNP位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的PCR擴(kuò)增特異引物組合和酶切組件，以及模板DNA、緩沖液、dNTPs及其他基因檢測必要組件。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：該試劑或試劑盒PCR擴(kuò)增的目標(biāo)DNA片段設(shè)計(jì)為SEQ?ID?NO.1中5’末端74-217bp。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：所述PCR擴(kuò)增特異引物組合包括：SEQ?ID?NO.2和SEQ?ID?NO.3組成的引物對(duì)1F和1R，SEQ?ID?NO.4和SEQ?ID?NO.5組成的引物對(duì)2F和2R。
5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試
6.一種引物組合，其特征在于：用于檢測小麥基因組中如下SNP位點(diǎn)的單核苷酸多態(tài)性，所述的SNP位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于SEQ?ID?NO.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點(diǎn)為C/C純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是甲；該位點(diǎn)為G/G純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是乙；所述引物組合為序列表中SEQ?ID?NO.2和SEQ?ID?NO.3組成的引物對(duì)1F和1R，SEQ?ID?NO.4和SEQ?ID?NO.5組成的引物對(duì)2F和2R；此引物組合用于檢測權(quán)利要求1所述的SNP位點(diǎn)。
7.一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，其特征在于：對(duì)待測小麥基因組DNA中任意一段包含權(quán)利要求1所述SNP位點(diǎn)在內(nèi)的DNA片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增，并將該P(yáng)CR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶切鑒定。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，其特征在于，所述的PCR擴(kuò)增的DNA片段為SEQ?ID?NO.1中5’末端74-217bp；所述PCR擴(kuò)增的特異性引物對(duì)為SEQID?NO.2和SEQ?ID?NO.3組成的引物對(duì)1F和1R，SEQ?ID?NO.4和SEQ?ID?NO.5組成的引物對(duì)2F和2R。
9.根據(jù)權(quán)利要求7所述的一種鑒定或輔助鑒定小麥基因型的方法，其特征在于，所述酶切包括以下步驟：以小麥基因組DNA為模板，以引物1F和1R為引物對(duì)擴(kuò)增得到PCR產(chǎn)物；將此PCR產(chǎn)物稀釋100倍，以其做為模板，以引物2F和2R為引物對(duì)擴(kuò)增得到PCR產(chǎn)物；用限制性內(nèi)切酶NotI酶切PCR產(chǎn)物；若PCR產(chǎn)物可以被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)為C/C，基因型為甲；若PCR產(chǎn)物不能被切開，則該核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)為G/G，基因型為乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。
10.權(quán)利要求1所述的SNP位點(diǎn)在鑒定或輔助鑒定小麥每穗小穗數(shù)性狀中的應(yīng)用。
...【技術(shù)特征摘要】
1.一種與小麥每穗小穗數(shù)相關(guān)的snp位點(diǎn)，其特征在于：所述的snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于seq?idno.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點(diǎn)為c/c純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是甲；該位點(diǎn)為g/g純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是乙；每穗小穗數(shù)大小為：所述基因型甲純合的小麥大于或候選大于基因型乙純合的小麥。
2.一種鑒別或輔助鑒別小麥每穗小穗數(shù)性狀的試劑或試劑盒，其特征在于：該試劑或試劑盒用于檢測權(quán)利要求1中所述的snp位點(diǎn)，所述試劑或試劑盒當(dāng)中包含與所述snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)的pcr擴(kuò)增特異引物組合和酶切組件，以及模板dna、緩沖液、dntps及其他基因檢測必要組件。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：該試劑或試劑盒pcr擴(kuò)增的目標(biāo)dna片段設(shè)計(jì)為seq?id?no.1中5’末端74-217bp。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：所述pcr擴(kuò)增特異引物組合包括：seq?id?no.2和seq?id?no.3組成的引物對(duì)1f和1r，seq?id?no.4和seq?id?no.5組成的引物對(duì)2f和2r。
5.根據(jù)權(quán)利要求2所述的試劑或試劑盒，其特征在于：所述酶切組件為限制性內(nèi)切酶noti。
6.一種引物組合，其特征在于：用于檢測小麥基因組中如下snp位點(diǎn)的單核苷酸多態(tài)性，所述的snp位點(diǎn)對(duì)應(yīng)于seq?id?no.1所示序列自5’末端第95位堿基，該位點(diǎn)為c/c純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是甲；該位點(diǎn)為g/g純合時(shí)，相對(duì)應(yīng)的基因型是乙；所述引物組合...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：郭琳，葉一凡，楊雨風(fēng)，張騰騰，丁一，戚晴晴，劉西崗，張昊，
申請(qǐng)(專利權(quán))人：河北師范大學(xué)，
類型：發(fā)明
國別省市：
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