本發(fā)明專利技術(shù)涉及一種用于提供肺癌診斷的信息的方法、一種用于診斷肺癌的組合物和一種包括該組合物的試劑盒，以及更具體地，涉及一種用于通過使用特異性擴(kuò)增多個甲基化的肺癌標(biāo)記基因的引物來提供肺癌癌癥診斷的信息的方法，一種診斷肺癌的組合物，以及一種包括該組合物的試劑盒。
本專利技術(shù)涉及一種用于提供肺癌診斷的信息的方法、一種用于診斷肺癌的組合物和一種包括該組合物的試劑盒，以及更具體地，涉及一種用于通過使用特異性擴(kuò)增多個甲基化的肺癌標(biāo)記基因的引物來提供肺癌癌癥診斷的信息的方法，一種診斷肺癌的組合物，以及一種包括該組合物的試劑盒。
1、在哺乳動物細(xì)胞的基因組dna中，除了a、c、g和t之外，還有第五個堿基，即5-甲基胞嘧啶(5-mc)，其中甲基基團(tuán)附接在胞嘧啶環(huán)的第五個碳上。5-mc始終僅位于cg二核苷酸(5'-mcg-3')的c處，并且該cg通常標(biāo)記為cpg。cpg的c大部分通過附接有甲基基團(tuán)而被甲基化。該cpg的甲基化會抑制基因組中重復(fù)序列的表達(dá)，諸如alu和轉(zhuǎn)座子，是哺乳動物細(xì)胞中基因組外變化最常見的位點。該cpg的5-mc自發(fā)脫氨并變?yōu)閠，導(dǎo)致哺乳動物基因組中的cpg僅出現(xiàn)1％的頻率，遠(yuǎn)低于正常情況下的出現(xiàn)頻率(1/4x?1/4＝6.25％)。
2、一些cpg顯得異常密集，并且這些被稱為cpg位點(cpg島)。cpg位點定義為長度為0.2-3kb、c和g堿基分布百分比大于50％、且cpg濃度高且分布百分比為至少3.75％的區(qū)域。整個人類基因組中有約45,000個cpg位點，并且它們特別集中在調(diào)節(jié)基因表達(dá)的啟動子區(qū)域。事實上，cpg位點出現(xiàn)在管家基因的啟動子中，這些基因占所有人類基因的約一半(cross,s.et?al.,curr.opin.gene?develop.,5:309,1995)。已知異常dna甲基化主要發(fā)生在基因的5'調(diào)控區(qū)，導(dǎo)致該基因的表達(dá)減少。
>3、在正常人的體細(xì)胞中，管家基因啟動子區(qū)的cpg島不被甲基化，但在發(fā)育期間被印記不表達(dá)的基因和x染色體上失活的基因被甲基化。4、在癌變期間，啟動子cpg島被甲基化，并且相應(yīng)基因的表達(dá)受到干擾。特別是在調(diào)控細(xì)胞周期和凋亡、修復(fù)dna、參與細(xì)胞粘附和細(xì)胞間相互作用、以及抑制侵襲和轉(zhuǎn)移的腫瘤抑制基因調(diào)控區(qū)的cpg島甲基化，會阻斷這些基因的表達(dá)和功能，如編碼序列的突變，并從而促進(jìn)癌癥的發(fā)生和進(jìn)展。另外，cpg島的部分甲基化會隨著衰老而發(fā)生。
5、腫瘤相關(guān)基因調(diào)控區(qū)的甲基化是癌癥的重要標(biāo)志物，可用于多種用途，包括癌癥的診斷和早期檢測、致癌風(fēng)險的預(yù)測、癌癥的預(yù)后、治療后的隨訪、以及化療反應(yīng)的預(yù)測。事實上，最近有人嘗試研究血液、痰液、唾液、糞便、尿等中腫瘤相關(guān)基因的啟動子甲基化，并將其用于各種癌癥療法(ahlquist,d.a.et?al.,gastroenterol.,119:1219,2000)。
6、在此技術(shù)背景下，本專利技術(shù)的專利技術(shù)人發(fā)現(xiàn)，通過使用特異性擴(kuò)增多個甲基化肺癌標(biāo)記基因的引物，可以以高檢測靈敏度和準(zhǔn)確度檢測肺癌標(biāo)記基因的甲基化，并完成了本專利技術(shù)。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、本專利技術(shù)的目的在于提供一種用于通過使用特異性擴(kuò)增多個甲基化肺癌標(biāo)記基因的引物來提供肺癌診斷的信息的方法。
2、本專利技術(shù)的目的在于提供一種用于通過使用特異性擴(kuò)增多個甲基化肺癌標(biāo)記基因的引物來診斷肺癌的方法。
3、本專利技術(shù)的目的在于提供一種通過使用特異性擴(kuò)增多個甲基化肺癌標(biāo)記基因的引物來診斷肺癌的組合物。
4、本專利技術(shù)的目的在于提供一種包括所述組合物的用于診斷肺癌的試劑盒。
5、為了實現(xiàn)上述目的，本專利技術(shù)涉及一種用于提供肺癌診斷的信息的方法，包括以下步驟：(a)用差異修飾甲基化pcdhga12(原鈣粘蛋白γ亞家族a，12)基因和cdo1(半胱氨酸雙加氧酶1型)基因、未甲基化pcdhga12基因和cdo1基因的一種或多種試劑處理樣品；以及(b)處理特異性擴(kuò)增所述甲基化pcdhga12基因和所述cdo1基因的引物。
6、本專利技術(shù)還提供了一種用于診斷肺癌的組合物，所述組合物包括(a)差異修飾甲基化pcdhga12(原鈣粘蛋白γ亞家族a，12)基因和cdo1(半胱氨酸雙加氧酶1型)基因、未甲基化pcdhga12基因和cdo1基因的一種或多種試劑；以及(b)特異性擴(kuò)增所述甲基化pcdhga12基因和所述cdo1基因的引物。
7、本專利技術(shù)還提供了一種包括所述組合物的用于診斷肺癌的試劑盒。
本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術(shù)保護(hù)點】
1.一種用于提供肺癌診斷的信息的方法，所述方法包括以下步驟：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述試劑為亞硫酸鹽、亞硫酸氫鹽、二亞硫酸鹽或其組合。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述試劑處理將至少一種胞嘧啶堿基轉(zhuǎn)化為不同于尿嘧啶或胞嘧啶的堿基。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，特異性擴(kuò)增所述甲基化CDO1基因的所述引物可以包括SEQ?ID?No：4和5的引物對。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，特異性擴(kuò)增所述甲基化PCDHGA12基因的所述引物可以包括SEQ?ID?No：1和2的引物對。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述方法還可以包括以下的步驟(c)：處理能夠分別與由上述步驟(b)中的所述引物特異性擴(kuò)增的所述甲基化PCDHGA12基因和所述甲基化CDO1基因互補(bǔ)雜交的探針。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中，能夠與經(jīng)擴(kuò)增的甲基化CDO1基因互補(bǔ)雜交的探針可以包括例如SEQ?ID?NO：6的序列。
8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中，能夠與經(jīng)擴(kuò)增的甲基化PCDHGA12基因互補(bǔ)雜交的探針可以包括例如SEQ?ID?NO：3的序列。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述甲基化檢測可以通過選自由以下組成的組的方法進(jìn)行：PCR、甲基化特異性PCR、實時甲基化特異性PCR、使用甲基化DNA特異性結(jié)合蛋白的PCR、使用甲基化DNA特異性結(jié)合抗體的PCR、定量PCR、基因芯片、測序、合酶測序和邊連接邊測序。
10.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中，通過檢測與所述探針結(jié)合并顯示熒光的物質(zhì)來檢測所述甲基化。
11.一種用于診斷肺癌的組合物，所述組合物包括差異修飾甲基化PCDHGA12(原鈣粘蛋白γ亞家族A，12)基因和CDO1(半胱氨酸雙加氧酶1型)基因、未甲基化PCDHGA12基因和CDO1基因的一種或多種試劑；以及特異性擴(kuò)增所述甲基化PCDHGA12基因和所述CDO1基因的引物。
12.根據(jù)權(quán)利要求11所述的組合物，其中，所述試劑為亞硫酸鹽、亞硫酸氫鹽、二亞硫酸鹽或其組合。
13.根據(jù)權(quán)利要求11所述的組合物，其中，所述試劑處理將至少一種胞嘧啶堿基轉(zhuǎn)化為不同于尿嘧啶或胞嘧啶的堿基。
14.根據(jù)權(quán)利要求11所述的組合物，其中，特異性擴(kuò)增所述甲基化CDO1基因的引物可以包括SEQ?ID?No：4和5的引物對。
15.根據(jù)權(quán)利要求11所述的組合物，其中，特異性擴(kuò)增所述甲基化CDO1基因的引物可以包括SEQ?ID?No：1和2的引物對。
16.根據(jù)權(quán)利要求11所述的組合物，其中，所述組合物還包括以下的步驟(c)：處理能夠分別與由所述引物特異性擴(kuò)增的所述甲基化PCDHGA12基因和所述甲基化CDO1基因互補(bǔ)雜交的探針。
17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的組合物，其中，能夠與經(jīng)擴(kuò)增的甲基化CDO1基因互補(bǔ)雜交的所述探針可以包括SEQ?ID?NO:6的序列。
18.根據(jù)權(quán)利要求16所述的組合物，其中，能夠與經(jīng)擴(kuò)增的甲基化PCDHGA12基因互補(bǔ)雜交的所述探針可以包括SEQ?ID?NO:3的序列。
19.一種用于診斷肺癌的試劑盒，所述試劑盒包括根據(jù)權(quán)利要求11至18中任一項所述的組合物。
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【技術(shù)特征摘要】
【國外來華專利技術(shù)】
1.一種用于提供肺癌診斷的信息的方法，所述方法包括以下步驟：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述試劑為亞硫酸鹽、亞硫酸氫鹽、二亞硫酸鹽或其組合。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述試劑處理將至少一種胞嘧啶堿基轉(zhuǎn)化為不同于尿嘧啶或胞嘧啶的堿基。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，特異性擴(kuò)增所述甲基化cdo1基因的所述引物可以包括seq?id?no：4和5的引物對。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，特異性擴(kuò)增所述甲基化pcdhga12基因的所述引物可以包括seq?id?no：1和2的引物對。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述方法還可以包括以下的步驟(c)：處理能夠分別與由上述步驟(b)中的所述引物特異性擴(kuò)增的所述甲基化pcdhga12基因和所述甲基化cdo1基因互補(bǔ)雜交的探針。
7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中，能夠與經(jīng)擴(kuò)增的甲基化cdo1基因互補(bǔ)雜交的探針可以包括例如seq?id?no：6的序列。
8.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中，能夠與經(jīng)擴(kuò)增的甲基化pcdhga12基因互補(bǔ)雜交的探針可以包括例如seq?id?no：3的序列。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中，所述甲基化檢測可以通過選自由以下組成的組的方法進(jìn)行：pcr、甲基化特異性pcr、實時甲基化特異性pcr、使用甲基化dna特異性結(jié)合蛋白的pcr、使用甲基化dna特異性結(jié)合抗體的pcr、定量pcr、基因芯片、測序、合酶測序和邊連接邊測序。
10.根據(jù)權(quán)利要求6所述的方法，其中，通過檢測與所述探針結(jié)合并顯示熒光...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：安城皖，吳泰禎，
申請(專利權(quán))人：基因特力株式會社，
類型：發(fā)明
國別省市：
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