【技術實現步驟摘要】
本申請涉及豬育種，具體涉及豬prkn基因第六內含子中的分子標記、引物、試劑盒、方法及應用。
技術介紹
1、中國是豬肉生產大國，同時也是豬肉消費大國。據有關報道統計，在中國，每年豬肉的銷售量占肉類食品銷售的百分之六七十。豬肉作為肉類食品市場最重要的組成部分，影響其品質的豬肉品質就成為最重要的經濟品質。豬肉品質主要由柔軟度、多汁性以及風味三部分構成，所對應的肉質檢測指標包括豬肌肉的肌內脂肪、肉色、ph值、滴水損失以及嫩度等。1990年cameron首次提出豬肉品質是一個復雜的綜合概念，用單一指標很難對肉質的好壞進行評判，需要多種指標進行綜合分析，并且個體表型的肉質評估必須通過其同胞或后裔屠宰測定實現，成本較高，可靠性差，因此利用傳統育種方法選育肉質優良種豬進展較慢。所幸，豬肉品質的遺傳力較高，利用分子生物學和統計學手段相結合，深入研究豬肉品質遺傳機制，挖掘出與豬肉品質顯著相關的候選基因和分子標記，再通過基因檢測手段進行選育，可為肉質改良提供機會。目前對于影響肉質特征的關鍵基因的了解仍然不足，可應用于豬肉品質選育的分子標記偏少，因此，尋找控制豬肉質量的關鍵分子遺傳標記，并將其應用于分子標記輔助育種，對于提高豬的肉質特征、增加經濟效益具有重要意義。
2、用于輔助選擇的分子標記包括蛋白質標記，微衛星標記，單核苷酸多態性(snp)標記等。snp標記是指基因組上單個核苷酸變異引起的dna序列的多態性，它具有數量多、準確性高、多態性高等特點，在育種實踐中可以利用snp對某些優良基因進行定位，并結合表型確定標記與特定品質之間的關聯性，
技術實現思路
1、parkin?rbr?e3?ubiquitinprotein?ligase，簡稱prkn基因，編碼的parkin蛋白是一種e3泛素連接酶，負責標記機體內無用蛋白，使其泛素化降解，有助于維持細胞的正常功能和健康狀態。prkn基因突變可導致異常蛋白累積，加速神經元細胞死亡，導致帕金森病和阿爾茨海默病等疾病的發生。此外，還有文獻報道，parkin參與介導線粒體等細胞器特異性自噬，通過消除受損細胞器和維持體內平衡從而對炎癥性疾病產生影響，同時促進細胞的存活和增殖。而有關該基因在豬肉品質中的研究還未見報道。
2、而本申請通過硒都黑豬肉品質資源群體gwas分析，發現prkn基因區域存在與豬肉品質顯著相關信號位點。因此，本申請根據prkn基因在第六內含子上的單核苷酸突變位點設計特異性引物并進行擴增，根據擴增產物的多態性檢測結果來區分豬個體間的肉質差異。利用該分子標記設計引物，對包含該snp位點的核苷酸序列進行pcr擴增，對擴增產物測序能夠快速鑒別prkn基因型，從而檢測豬肉品質的差異，為豬品種的選育提供指導。另外，本申請提供的引物能夠特異性擴增prkn的基因內含子包含的snp位點序列，檢測方法成本低。只需要通過pcr擴增的方法即可檢測，不需要進行大量的群體規模采樣與測定即可進行比較不同豬只之間肉質的差異。
3、為此，本申請實施例至少公開了以下技術方案：
4、(1)：豬肉品質的分子標記，包括豬prkn基因第六內含子6447587bp處發生單核苷酸突變a>c形成的核苷酸序列。
5、(2)：豬肉品質的分子標記引物，包括如seq?id?no:3所示的dna分子和如seq?idno:4所示的dna分子。
6、(3)：一種核酸分子，由(2)所述的分子標記引物經pcr擴增而成，所述核酸分子的基因型與所述豬肉品質關聯。
7、(4)：一種試劑盒，包括(2)所述的分子標記引物以及其他pcr擴增所需試劑。
8、(5)：豬肉品質的檢測方法，包括：
9、獲取待測豬基因組dna；
10、通過(2)所述的分子標記引物進行pcr擴增；
11、根據擴增產物的核苷酸序列檢測豬第1號染色體6447587bp處的基因型；
12、根據所述基因型確定所述豬肉品質。
13、(6)：包括(5)所述檢測方法的豬篩選方法。
14、(7)：(1)所述的分子標記、(2)所述的分子標記引物、(3)所述的核酸分子或(4)所述的試劑盒的應用，所述應用選自如下任一：
15、1)所述豬肉品質的檢測與分析，所述豬肉品質選自肌肉色值l1、肌肉色值l24、滴水損失48h和肌內脂肪的至少一種；
16、2)豬的篩選與育種。
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1.豬肉品質的分子標記，包括豬基因組第1號染色體第6447587bp處發生單核苷酸A>C突變形成的核苷酸序列。
2.根據權利要求1所述的分子標記，所述分子標記還包括PRKN基因第六內含子核苷酸序列的301bp處發生A>C形成的核苷酸序列。
3.根據權利要求1所述的分子標記，AA基因型個體肌肉色值L1顯著高于CC基因型個體；
4.豬肉品質的分子標記引物，包括如SEQ?ID?NO:3所示的DNA分子和如SEQ?ID?NO:4所示的DNA分子。
5.一種核酸分子，由如權利要求4所述的分子標記引物經PCR擴增而成，所述核酸分子的基因型與所述豬肉品質關聯。
6.根據權利要求5所述的核酸分子，如SEQ?ID?NO:1和/或2所示。
7.一種試劑盒，包括如權利要求4所述的分子標記引物以及其他PCR擴增所需試劑。
8.豬肉品質的檢測方法，包括：
9.豬的篩選方法，包括如權利要求8所述的檢測方法。
10.權利要求1～3任一所述的分子標記、權利要求4所述的分子標記引物、權利要求5～
...【技術特征摘要】
1.豬肉品質的分子標記，包括豬基因組第1號染色體第6447587bp處發生單核苷酸a>c突變形成的核苷酸序列。
2.根據權利要求1所述的分子標記，所述分子標記還包括prkn基因第六內含子核苷酸序列的301bp處發生a>c形成的核苷酸序列。
3.根據權利要求1所述的分子標記，aa基因型個體肌肉色值l1顯著高于cc基因型個體；
4.豬肉品質的分子標記引物，包括如seq?id?no:3所示的dna分子和如seq?id?no:4所示的dna分子。
5.一種核酸分子，由如權利要求...
【專利技術屬性】
技術研發人員：吳俊靜，彭先文，梅書棋，李梓芃，徐忠，張宇，馮越，喬木，周佳偉，孫華，李良華，趙海忠，宋忠旭，彭明月，
申請(專利權)人：湖北省農業科學院畜牧獸醫研究所，
類型：發明
國別省市：
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