【技術實現步驟摘要】
本申請屬于生物醫學技術，具體涉及一種脊索瘤分子分型方法和系統及其應用。
技術介紹
1、脊索瘤是一種罕見的惡性腫瘤，起源于胚胎發育過程中未退化的脊索殘余細胞，主要發生在脊柱和顱底的軸骨融合部位。脊索瘤通常具有局部侵襲性和低至中度的惡性，其生長緩慢但易復發，且對傳統的放療和化療顯示出較強的耐藥性，因此治療選擇非常有限。盡管手術切除是主要的治療方式，但由于腫瘤的復雜解剖位置和易復發性，患者的長期預后往往不佳。
2、隨著分子生物學技術的發展，對脊索瘤的分子特征研究逐漸深入，揭示了其顯著的異質性。脊索瘤不僅在基因表達水平上表現出差異，而且在蛋白質表達和功能上也存在不同的分子亞型。不同的脊索瘤分子亞型在生長和擴散、異質性、血管生成、免疫逃避等生物學行為上存在差異，導致治療藥物對于不同分子亞型的脊索瘤存在療效差異，易導致藥物的治療效果降低，傳統的組織學分型方法無法充分解釋脊索瘤的臨床行為差異，因此，開發基于分子特征的分型系統對于脊索瘤的診斷、治療和預后評估具有重要意義，有利于針對特定的分子亞型的脊索瘤開發針對性、療效好的藥物和治療方案。
技術實現思路
1、為了解決現有技術的缺陷，本申請對大規模脊索瘤患者的臨床和蛋白質組學數據進行分析，開發了基于臨床蛋白質組學特征的脊索瘤分子分型方法、系統、裝置，針對脊索瘤的三種分子亞型進行分子分型，包括骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型，并提供了在臨床預后和生物學特征上明顯的分子特征。所述分子分型方法通過分析脊索瘤患者的蛋白質組學數據，對脊索
2、本申請第一方面提供一種脊索瘤分子分型方法，包括以下步驟：
3、s1)對患者的蛋白質樣本進行蛋白質表達分析，生成蛋白質表達譜數據；
4、s2)基于所述蛋白質表達譜數據進行聚類分析，分析聚類分析得到的特異性蛋白質表達特征，識別出脊索瘤的分子亞型；
5、s3)提供每種分子亞型的特異性蛋白質表達特征。
6、優選的，所述蛋白質表達分析采用串聯質譜標記技術。
7、優選的，所述聚類分析采用非負矩陣分解算法。
8、優選的，所述分子亞型包括骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型中的任一項。
9、優選的，當聚類分析得到的特異性蛋白質表達特征為骨微環境細胞的蛋白質表達特征時，識別為骨微環境主導型；當聚類分析得到的特異性蛋白質表達特征為間充質細胞和線粒體氧化磷酸化的蛋白表達特征時，識別為間葉源性型；當聚類分析得到的特異性蛋白質表達特征為間質上皮轉化、上皮細胞增殖、細胞外基質分解、酪氨酸激酶反應的蛋白表達特征時，識別為間質上皮轉化型。
10、本申請第二方面提供一種用于脊索瘤分子分型的系統或裝置，所述系統或裝置包括：
11、蛋白質組學分析模塊，用于對脊索瘤患者的蛋白質樣本進行蛋白質表達分析，獲取蛋白質表達譜數據；優選的，所述蛋白質表達分析采用串聯質譜標記技術；
12、分子亞型分型模塊，用于基于所述蛋白質表達譜數據進行聚類分析，分析聚類分析得到的特異性蛋白質表達特征，識別出脊索瘤的分子亞型；優選的，所述聚類分析采用非負矩陣分解算法；
13、分型輸出模塊，用于輸出分子分型結果，提供每種分子亞型的特異性蛋白質表達特征。
14、本申請第三方面提供一種計算機可讀存儲介質，包含計算機程序，其特征在于，當所述計算機程序被處理器運行時執行如第一方面所述的脊索瘤分子分型方法。
15、本申請第四方面提供一種終端，包含存儲器與處理器，所述存儲器中包含計算機程序，其特征在于，所述計算機程序被處理器運行時執行如第一方面所述的脊索瘤分子分型方法。
16、本申請第五方面提供一種計算機程序產品，包括計算機程序，所述計算機程序被處理器執行時實現如第一方面所述的脊索瘤分子分型方法。
17、本申請第六方面提供一種脊索瘤分子分型試劑盒，包括檢測樣本的骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型中的任一項所需的試劑。
18、優選的，包括串聯質譜標記技術所需的試劑和/或蛋白質提取所需的試劑。
19、本申請第七方面提供第二方面的系統或裝置、或第三方面的計算機可讀存儲介質、或第四方面的終端、或第五方面的計算機程序產品、第六方面的試劑盒的用途，所述用途包括以下任一項或多項：
20、1)制備脊索瘤分子分型產品；
21、2)制備脊索瘤患者預后評估產品；
22、3)制備脊索瘤患者臨床特征評估產品；
23、4)制備脊索瘤生物學行為評估產品；
24、5)制備脊索瘤伴隨診斷產品。
25、本申請的有益效果在于：
26、本申請開發的分子分型方法、系統和裝置不僅能夠為脊索瘤患者提供精準的分型診斷，能夠基于脊索瘤患者的腫瘤樣本對脊索瘤進行分子分型，識別出三種具有顯著分子特征的脊索瘤亞型：骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型，基于提供的分子亞型的特異性蛋白質表達特征，從而評估不同分子亞型的脊索瘤的預后和生物學行為。
27、所述分子分型方法和系統具有良好的準確性和穩定性，可以為臨床治療決策和新藥研發提供重要的分子靶點，有利于針對特定的脊索瘤分子亞型開發具有針對性的藥物和治療方法，這些分型不僅能夠為脊索瘤患者提供更為精準的預后評價，還可以指導個性化治療方案的制定，并為新藥的開發提供潛在靶點，對于脊索瘤的精準診斷和個性化治療具有重要意義。
本文檔來自技高網...【技術保護點】
1.一種脊索瘤分子分型方法，包括以下步驟：
2.根據權利要求1所述的脊索瘤分子分型方法，其特征在于，所述蛋白質表達分析采用串聯質譜標記技術；
3.根據權利要求1所述的脊索瘤分子分型方法，其特征在于，所述分子亞型包括骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型中的任一項；
4.一種用于脊索瘤分子分型的系統或裝置，所述系統或裝置包括：
5.根據權利要求4所述的裝置，其特征在于，在分子亞型分型模塊中，所述分子亞型包括骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型中的任一項；
6.一種計算機可讀存儲介質，包含計算機程序，其特征在于，當所述計算機程序被處理器運行時執行如權利要求1～3任一項所述的脊索瘤分子分型方法。
7.一種終端，包含存儲器與處理器，所述存儲器中包含計算機程序，其特征在于，所述計算機程序被處理器運行時執行如權利要求1～3任一項所述的脊索瘤分子分型方法。
8.一種計算機程序產品，包括計算機程序，所述計算機程序被處理器執行時實現如權利要求1～3任一項所述的脊索瘤分子分型方法。
9.一種試劑
10.如權利要求4～5任一項所述的系統或裝置、或如權利要求6所述的計算機可讀存儲介質、或如權利要求7所述的終端、或如權利要求8所述的計算機程序產品、或如權利要求9所述的試劑盒的用途，所述用途包括以下任一項或多項：
...【技術特征摘要】
1.一種脊索瘤分子分型方法，包括以下步驟：
2.根據權利要求1所述的脊索瘤分子分型方法，其特征在于，所述蛋白質表達分析采用串聯質譜標記技術；
3.根據權利要求1所述的脊索瘤分子分型方法，其特征在于，所述分子亞型包括骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型中的任一項；
4.一種用于脊索瘤分子分型的系統或裝置，所述系統或裝置包括：
5.根據權利要求4所述的裝置，其特征在于，在分子亞型分型模塊中，所述分子亞型包括骨微環境主導型、間葉源性型和間質上皮轉化型中的任一項；
6.一種計算機可讀存儲介質，包含計算機程序，其特征在于，當所述計算機程序被處理器運行時執行如權利要求1～3任一項所述的脊索瘤分子分型方法。
7.一種...
【專利技術屬性】
技術研發人員：孟通，高健萱，姜叢，尹華斌，宋滇文，
申請(專利權)人：上海市第一人民醫院，
類型：發明
國別省市：
還沒有人留言評論。發表了對其他瀏覽者有用的留言會獲得科技券。