【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于生物檢測，具體涉及用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點及應用。
技術介紹
1、本專利技術人團隊在先專利cn202110204232.9公開了一種用于預測腫瘤患者對特定抗腫瘤藥物的敏感性的生物標志物的應用，所述生物標志物為mybbp1a、nup88、gemin4、pelp1、dhx33、c1qbp、wrap53和tsr1?8個基因構成的基因集(rs基因集)，用于預測hr功能正常(hrp)患者對parpi/順鉑的敏感性，并提出該基因集與hrd狀態的聯合檢查可以更加精確地預測parpi/順鉑的臨床反應，我們發現parpi/順鉑通過dna損傷信號(atm)誘導的促凋亡核糖體應激機制，選擇性地殺傷該基因集高表達的細胞，這與atm誘導的hr修復促進生存通路共同平衡決定dna損傷下細胞的命運。該模型可能代表了一種進化策略：當累計的dna損傷超越了細胞的修復能力，dna損傷信號誘導的核糖體應激凋亡可以有效防止致突修復的發生。我們通過已發表的臨床數據集及他們新建立的卵巢癌類器官庫驗證了該基因集可作為預測hrp病人parpi/順鉑敏感性的標記物。我們還收集了50例接受parpi單藥治療的鉑敏感復發卵巢癌病人臨床樣本、信息和隨訪記錄，并采集了轉錄組(rnaseq)和全基因組測序(wgs)數據。這可能是迄今唯一同時包含rnaseq和wgs測序數據的parpi臨床隊列。驗證結果顯示，該基因集以100％的準確率預測了無明顯hrd的患者對parpi的反應，且其和hrd狀態的聯合檢測可以有效篩選出隊列中的parpi敏感患者。據此我們提出一種
2、基于上述在先研究成果，亟需開發出適合市場上廣泛推廣的檢測rs基因集表達的檢測產品，輔助臨床醫生篩選出適合parp抑制劑和順鉑敏感的病人，實現腫瘤病人的個體化治療。
3、pcr-熒光探針法是一種基于聚合酶鏈式反應(pcr)技術并結合熒光探針進行檢測的分子生物學方法，其原理為在pcr反應體系中加入特異性的熒光探針，該探針能與目標核酸序列特異性結合。在pcr擴增過程中，隨著dna聚合酶的作用，探針被水解，釋放出熒光信號。熒光信號的強度與pcr產物的數量成正比，通過檢測熒光信號的變化，可以實時監測pcr反應的進程，并確定目標核酸的存在和數量。基于pcr-熒光探針法的檢測產品的研發關鍵是提供最佳檢測效果的擴增引物和探針。其中，引物是兩條與目標核酸序列互補的短單鏈dna片段，使目標序列得以擴增，探針是帶有熒光標記的寡核苷酸片段，在pcr-熒光探針法中，它與目標序列特異性結合，隨著pcr反應的進行，當探針被dna聚合酶水解時，釋放出熒光信號，從而實現對目標核酸的實時檢測和定量分析。
技術實現思路
1、本專利技術的目的是為了克服現有技術存在的缺點和不足，而提供一種用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點及應用。
2、本專利技術的第一方面，提供用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點，所述rs基因組由mybbp1a、nup88、gemin4、pelp1、dhx33、c1qbp、wrap53和tsr1組成，
3、所述檢測靶點為核苷酸序列組合，包括：核苷酸序列一，位于基因mybbp1a上，其序列如seq?id?no.1所示；核苷酸序列二，位于基因nup88上，其序列如seq?id?no.4所示；核苷酸序列三，位于基因gemin4上，其序列如seq?id?no.7所示；核苷酸序列四，位于基因pelp1上，其序列如seq?id?no.10所示；核苷酸序列五，位于基因dhx33上，其序列如seq?id?no.13所示；核苷酸序列六，位于基因c1qbp上，其序列如seq?id?no.16所示；核苷酸序列七，位于基因wrap53上，其序列如seq?id?no.19所示；核苷酸序列八，位于基因tsr1上，其序列如seqid?no.22所示。
4、本專利技術的第二方面，提供如上所述的用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點制備檢測產品的應用。
5、本專利技術的第三方面，提供一種用于檢測rs基因組中基因表達豐度的引物探針組合，所述引物探針組合基于如上所述的用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點得到，包括：引物探針組一，針對核苷酸序列一設計得到；引物探針組二，針對核苷酸序列二設計得到；引物探針組三，針對核苷酸序列三設計得到；核苷酸序列四，針對核苷酸序列四設計得到；核苷酸序列五，針對核苷酸序列五設計得到；核苷酸序列六，針對核苷酸序列六設計得到；核苷酸序列七，針對核苷酸序列七設計得到；核苷酸序列八，針對核苷酸序列八設計得到。
6、進一步的，所述引物探針組一包括如seq?id?no.25所示的正向引物、如seq?idno.26所示的探針、如seq?id?no.27所示的反向引物；所述引物探針組二包括如seq?idno.34所示的正向引物、如seq?id?no.35所示的探針、如seq?id?no.36所示的反向引物；所述引物探針組三包括如seq?id?no.43所示的正向引物、如seq?id?no.44所示的探針、如seqid?no.45所示的反向引物；所述引物探針組四包括如seq?id?no.52所示的正向引物、如seqid?no.53所示的探針、如seq?id?no.54所示的反向引物；所述引物探針組五包括如seq?idno.61所示的正向引物、如seq?id?no.62所示的探針、如seq?id?no.63所示的反向引物；所述引物探針組六包括如seq?id?no.70所示的正向引物、如seq?id?no.71所示的探針、如seqid?no.72所示的反向引物；所述引物探針組七包括如seq?id?no.79所示的正向引物、如seqid?no.80所示的探針、如seq?id?no.81所示的反向引物；所述引物探針組八包括如seq?idno.88所示的正向引物、如seq?id?no.89所示的探針、如seq?id?no.90所示的反向引物。
7、本專利技術的第四方面，提供用于檢測rs基因組中基因表達豐度的標準品，所述標準品為質粒，所述標準品中檢測區間序列如seq?id?no.100所示。
8、本專利技術的第五方面，提供一種用于檢測rs基因組中基因表達豐度的試劑盒，其包括如上所述的引物探針組合。
9、進一步的，所述試劑盒包括如上所述的標準品。
10、本專利技術的第六方面，提供一種基于如上所述的試劑盒檢測rs基因組中基因表達豐度的方法，所述方法為基于多重熒光檢出技術進行檢測。
11、本專利技術通過對人類rs基因集分析、試驗，提供用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測區域，實驗結果證明，針對這些檢測區域設計熒光探針和標準品，可以準確定量rs基因的表達水平。測定rs基因的表達水平，可以用于預測臨床乳腺癌、卵巢癌等惡性腫瘤患者對parp抑制劑類藥物和順鉑的藥敏性。<本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.用于檢測RS基因組中基因表達豐度的檢測靶點，所述RS基因組由MYBBP1A、NUP88、GEMIN4、PELP1、DHX33、C1QBP、WRAP53和TSR1組成，其特征在于：
2.如權利要求1所述的用于檢測RS基因組中基因表達豐度的檢測靶點制備檢測產品的應用。
3.一種用于檢測RS基因組中基因表達豐度的引物探針組合，其特征在于：所述引物探針組合基于如權利要求1所述的用于檢測RS基因組中基因表達豐度的檢測靶點得到，包括：
4.根據權利要求3所述的用于檢測RS基因組中基因表達豐度的引物探針組合，其特征在于：
5.用于檢測RS基因組中基因表達豐度的標準品，其特征在于：所述標準品為質粒，所述標準品中檢測區間序列如SEQ?ID?NO.100所示。
6.一種用于檢測RS基因組中基因表達豐度的試劑盒，其特征在于：其包括如權利要求3或4所述的引物探針組合。
7.根據權利要求6所述的用于檢測RS基因組中基因表達豐度的試劑盒，其特征在于：其包括如權利要求5所述的標準品。
8.一種基于如權利要求6所述的試劑盒檢
...【技術特征摘要】
1.用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點，所述rs基因組由mybbp1a、nup88、gemin4、pelp1、dhx33、c1qbp、wrap53和tsr1組成，其特征在于：
2.如權利要求1所述的用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點制備檢測產品的應用。
3.一種用于檢測rs基因組中基因表達豐度的引物探針組合，其特征在于：所述引物探針組合基于如權利要求1所述的用于檢測rs基因組中基因表達豐度的檢測靶點得到，包括：
4.根據權利要求3所述的用于檢測rs基因組中基因表達豐度的引物探針...
【專利技術屬性】
技術研發人員：張金三，郭強，李加奇，胡孝渠，李劍敏，
申請(專利權)人：溫州醫科大學附屬第一醫院，
類型：發明
國別省市：
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