【技術實現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術屬于生物信息學與計算生物學，具體涉及一種用于食管鱗癌分子分型的隨機森林分類器及分子亞型分類器和構建方法。
技術介紹
1、食管癌是世界上常見的癌種之一，其預后存活率較差，嚴重威脅著人民群眾的身體健康。根據(jù)組織學分類分為食管腺癌?(eac)?或食管鱗癌?(escc)。在中國，食管鱗癌是食管癌的主要亞型，占90%病例。中國各地發(fā)病率不同。因為食管鱗癌早期癥狀不明顯，我國的食管鱗癌患者在首次確診時，往往是晚期階段，手術切除率低，治療效果較差，5年生存率僅10-15%。相對于其它類型腫瘤，食管鱗癌缺乏有效、特異的靶向治療藥物，傳統(tǒng)的手術、放療和化療盡管已取得巨大進步，但療效有限，局部復發(fā)和遠處轉(zhuǎn)移依然是食管鱗癌治療失敗的重要原因。此外食管鱗癌內(nèi)部和患者之間還存在高度異質(zhì)性，其分子生物學與臨床表征的多樣性，傳統(tǒng)基于組織病理學特征、腫瘤大小、分期等進行分類的手段無法提供內(nèi)在的分子生物學內(nèi)涵，很難判定患者能否受益于特定的治療方案，是治療耐受、復發(fā)轉(zhuǎn)移的重要原因，成為制約食管癌治療研究的瓶頸，食管鱗癌患者的治療獲益有限，導致患有食管鱗癌的患者的生存率仍然較低。
2、提高食管鱗癌的診療水平，延長患者生存時間，對提高人民群眾健康水平和生活質(zhì)量有著重要意義，并具有重大的社會和經(jīng)濟價值。分子分型是破譯腫瘤異質(zhì)性最有效的策略，也是實現(xiàn)精準治療的關鍵策略。不同分子亞型的腫瘤病人一般具有其特異的臨床特征，如預后、轉(zhuǎn)歸或藥物敏感性。迄今為止，腫瘤的分子分型已經(jīng)用于指導臨床治療，例如乳腺癌診治指南中，針對五種不同的分子亞型推薦不同的治療策略。
技術實現(xiàn)思路
1、本專利技術提供了一種用于食管鱗癌分子分型的隨機森林分類器，該分類器納入的特征基因共314個，以ensembl數(shù)據(jù)庫編號表示分別為：ensg00000177272，ensg00000122224，ensg00000078589，ensg00000132185，ensg00000105369，ensg00000177455，ensg00000147138，ensg00000007312，ensg00000172724，ensg00000107317，ensg00000121895，ensg00000012124，ensg00000163564，ensg00000117091，ensg00000156738，ensg00000117215，ensg00000161405，ensg00000169442，ensg00000113088，ensg00000137078，ensg00000254838，ensg00000175463，ensg00000162739，ensg00000164691，ensg00000185905，ensg00000182162，ensg00000048462，ensg00000100079，ensg00000163534，ensg00000166501，ensg00000128218，ensg00000132465，ensg00000005844，ensg00000160654，ensg00000079263，ensg00000143297，ensg00000113263，ensg00000173200，ensg00000168918，ensg00000124406，ensg00000136573，ensg00000183918，ensg00000115085，ensg00000122188，ensg00000122122，ensg00000081237，ensg00000117090，ensg00000110777，ensg00000137265，ensg00000026751，ensg00000115165，ensg00000167984，ensg00000110448，ensg00000035403，ensg00000162777，ensg00000167077，ensg00000122550，ensg00000185811，ensg00000100351，ensg00000106948，ensg00000167286，ensg00000134242，ensg00000143851，ensg00000110934，ensg00000073792，ensg00000153283，ensg00000247774，ensg00000198821，ensg00000117322，ensg00000010671，ensg00000182866，ensg00000196684，ensg00000128815，ensg00000269404，ensg00000167208，ensg00000172673，ensg00000076662，ensg00000124256，ensg00000170476，ensg00000197943，ensg00000181847，ensg00000009790，ensg00000124772，ensg00000099958，ensg00000072858，ensg00000153885，ensg00000172578，ensg00000057019，ensg00000182963，ensg00000108405，ensg00000198851，ensg00000145649，ensg00000172215，ensg00000164283，ensg00000179583，ensg00000185862，ensg00000187498，ensg00000013725，ensg00000176105，ensg00000095585，ensg00000105122，ensg00000164938，ensg00000047457，ensg00000042980，ensg00000073849，ensg00000101082，ensg00000本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術保護點】
1.一種用于食管鱗癌分子分型的隨機森林分類器，其特征在于：該分類器納入的特征基因共314個，以Ensembl數(shù)據(jù)庫編號表示分別為：ENSG00000177272，ENSG00000122224，ENSG00000078589，ENSG00000132185，ENSG00000105369，ENSG00000177455，ENSG00000147138，ENSG00000007312，ENSG00000172724，ENSG00000107317，ENSG00000121895，ENSG00000012124，ENSG00000163564，ENSG00000117091，ENSG00000156738，ENSG00000117215，ENSG00000161405，ENSG00000169442，ENSG00000113088，ENSG00000137078，ENSG00000254838，ENSG00000175463，ENSG00000162739，ENSG00000164691，ENSG00000185905，ENSG00000182162，ENSG00000048462，...
【技術特征摘要】
1.一種用于食管鱗癌分子分型的隨機森林分類器，其特征在于：該分類器納入的特征基因共314個，以ensembl數(shù)據(jù)庫編號表示分別為：ensg00000177272，ensg00000122224，ensg00000078589，ensg00000132185，ensg00000105369，ensg00000177455，ensg00000147138，ensg00000007312，ensg00000172724，ensg00000107317，ensg00000121895，ensg00000012124，ensg00000163564，ensg00000117091，ensg00000156738，ensg00000117215，ensg00000161405，ensg00000169442，ensg00000113088，ensg00000137078，ensg00000254838，ensg00000175463，ensg00000162739，ensg00000164691，ensg00000185905，ensg00000182162，ensg00000048462，ensg00000100079，ensg00000163534，ensg00000166501，ensg00000128218，ensg00000132465，ensg00000005844，ensg00000160654，ensg00000079263，ensg00000143297，ensg00000113263，ensg00000173200，ensg00000168918，ensg00000124406，ensg00000136573，ensg00000183918，ensg00000115085，ensg00000122188，ensg00000122122，ensg00000081237，ensg00000117090，ensg00000110777，ensg00000137265，ensg00000026751，ensg00000115165，ensg00000167984，ensg00000110448，ensg00000035403，ensg00000162777，ensg00000167077，ensg00000122550，ensg00000185811，ensg00000100351，ensg00000106948，ensg00000167286，ensg00000134242，ensg00000143851，ensg00000110934，ensg00000073792，ensg00000153283，ensg00000247774，ensg00000198821，ensg00000117322，ensg00000010671，ensg00000182866，ensg00000196684，ensg00000128815，ensg00000269404，ensg00000167208，ensg00000172673，ensg00000076662，ensg00000124256，ensg00000170476，ensg00000197943，ensg00000181847，ensg00000009790，ensg00000124772，ensg00000099958，ensg00000072858，ensg00000153885，ensg00000172578，ensg00000057019，ensg00000182963，ensg00000108405，ensg00000198851，ensg00000145649，ensg00000172215，ensg00000164283，ensg00000179583，ensg00000185862，ensg00000187498，ensg00000013725，ensg00000176105，ensg00000095585，ensg00000105122，ensg00000164938，ensg00000047457，ensg00000042980，ensg00000073849，ensg00000101082，ensg00000173905，ensg00000146676，ensg00000153563，ensg00000105374，ensg00000106263，ensg00000187678，ensg00000163577，ensg00000168421，ensg00000143067，ensg00000166428，ensg00000111711，ensg00000205744，ensg00000171388，ensg00000173198，ensg00000101333，ensg00000147689，ensg00000117308，ensg00000168398，ensg00000163220，ensg00000173156，ensg00000162946，ensg00000165272，ensg00000070018，ensg00000213160，ensg00000114790，ensg00000153048，ensg00000105355，ensg00000162366，ensg00000175591，ensg00000143546，ensg00000242808，ensg00000005884，ensg00000162409，ensg00000157379，ensg00000060558，ensg00000111424，ensg00000148344，ensg00000142669，ensg00000189334，ensg00000178038，ensg00000153294，ensg00000163596，ensg00000147697，ensg00000110047，ensg00000030582，ensg00000146267，ensg00000144749，ensg00000186847，ensg00000073910，ensg00000115008，ensg00000164520，ensg00000092820，ensg00000158315，ensg00000142627，ensg00000159348，ensg00000115009，ensg00000062038，ensg00000171236，ensg00000158552，ensg00000124145，ensg00000124107，ensg00000134070，ensg00000088726，ensg00000177191，ensg00000176788，ensg00000187583，ensg00000146072，ensg00000128596，ensg00000011009，ensg00000116871，ensg00000099992，ensg00000182612，ensg00000100097，ensg00000150093，ensg00000133816，ensg00000078098，ensg00000206538，ensg00000166922，ensg00000145431，ensg00000196923，ensg00000115414，ensg000001...
【專利技術屬性】
技術研發(fā)人員：崔永萍，王鑫，崔鶴洋，朱忠旭，
申請(專利權)人：山西醫(yī)科大學，
類型：發(fā)明
國別省市：
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