本發明專利技術涉及分子診斷技術領域，尤其是涉及一種基于糞便中幽門螺旋桿菌單核苷酸位點的應用。本發明專利技術通過GWAS技術，從胃癌患者和對照人群中篩選出與胃癌發生顯著相關的幽門螺桿菌特異性SNP位點(s1625711和s407233)；然后在患者便攜且無創傷的糞便樣本中，利用分子生物學檢測手段檢測該SNP位點的突變情況，從而對幽門螺桿菌感染患者進行胃癌的早期無創篩查和風險評估。本發明專利技術創新地將分子遺傳學標志物與便攜式無創檢測相結合，不僅能有效提高胃癌早期篩查的敏感性和可及性，而且還可以為后期的精準治療提供重要依據。
【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及分子診斷，尤其是涉及一種基于糞便中幽門螺旋桿菌單核苷酸位點的應用。
技術介紹
1、胃癌是一種常見的惡性腫瘤，發病率和死亡率較高，而早期發現和治療對提高患者的預后至關重要。目前，胃癌的早期診斷和篩查方法多樣。胃鏡檢查和取活組織行病理學檢查是目前確診胃癌的金標準，但操作成本高，患者耐受性和依從性較差。胃蛋白酶原、胃泌素等血清學檢測的敏感度較低，容易受到飲食、環境等影響。臨床上采用檢測糞便菌群的多樣性變化來間接評估胃腸道腫瘤的發生風險。這種方法的原理是，當腫瘤發生時，腸道菌群的組成和多樣性會發生改變。然而，腸道菌群的多樣性受多種因素影響，如飲食、用藥、生活方式等，存在較大的個體差異和動態變化。因此，單純依靠菌群變化進行腫瘤篩查的特異性和靈敏度有限，鑒別診斷能力不足。
2、幽門螺旋桿菌(helicobacter?pylori)感染被公認為是導致胃癌的主要危險因素之一。幽門螺旋桿菌與胃炎、消化性潰瘍等多種消化道疾病有密切關聯，與約80％的胃癌病例密切相關，早在1994年就被世界衛生組織列為i類致癌因子。現有技術多側重于檢測幽門螺旋桿菌的存在與否，但未能進一步利用幽門螺旋桿菌本身的分子特征開展精準篩查。同時，現有的胃癌常規篩查方法如胃鏡檢查等具有一定的創傷性、復雜性和費用高昂等缺點。
3、因此，迫切需要開發出一種基于幽門螺旋桿菌特異性分子標記的無創胃癌早期篩查新方法，以提高篩查的靈敏度和特異性，并減輕患者的痛苦和經濟負擔，從而實現精準醫療和個體化診療。
技術實現思路</p>1、為了解決現有胃癌常規篩查幽門螺旋桿菌時具有一定的創傷性、復雜性且費用高昂等問題，本專利技術的目的是提供一種基于糞便中幽門螺旋桿菌單核苷酸位點的應用。本專利技術通過全基因組關聯分析(gwas)技術，從胃癌患者和對照人群中篩選出與胃癌發生顯著相關的幽門螺桿菌特異性snp位點；然后在患者便攜且無創傷的糞便樣本中，利用分子生物學檢測手段檢測該snp位點的突變情況，從而對幽門螺桿菌感染患者進行胃癌的早期無創篩查和風險評估。
2、本專利技術的目的可以通過以下技術方案來實現：
3、本專利技術的第一個目的為提供用于胃癌篩查的試劑盒，所述試劑盒含有：用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233的引物組，以及用于特異性檢測幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233野生型和突變基因型的探針；
4、其中，s1625711位點位于幽門螺桿菌trna連接酶基因中，s1625711位點突變導致744位的蛋氨酸變為纈氨酸；s407233位點位于基因hp0396上，s407233位點突變導致第10位的賴氨酸變為谷氨酸。
5、在本專利技術的一個實施方式中，所述試劑盒為以離體糞便為樣本的試劑盒，所述試劑盒還含有用于從糞便樣本中提取總dna的試劑。
6、在本專利技術的一個實施方式中，用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711的引物組包括f1625711和r1625711，
7、f1625711：5’-caagcctatagcgatcgatgaa-3’；
8、r1625711：5’-tcaattctgcacgccttttg-3’；
9、用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s407233的引物組包括f407233和r407233，f407233：5’-ggttatttaaggtagttggatgcg-3’；
10、r407233：5’-aataaaagggctttgcccccatta-3’；
11、用于特異性檢測幽門螺旋桿菌位點s1625711野生型的探針如下：
12、f1625711w：5’-cgctttgatggaag-3’，其中5’端存在fam修飾，3’端依次存在mgb和nfq修飾；
13、用于特異性檢測幽門螺旋桿菌位點s1625711突變基因型的探針如下：
14、f1625711m：5’-acgctttagtggaag-3’，其中5’端存在hex修飾，3’端依次存在mgb和nfq修飾；
15、用于特異性檢測幽門螺旋桿菌位點s407233野生型的探針：
16、f407233w：5’-cttttaaaaaagcatga-3’，其中5’端存在fam修飾，3’端依次存在mgb和nfq修飾；
17、用于特異性檢測幽門螺旋桿菌位點s407233突變基因型的探針：
18、f407233m：5’-ttaaaagagcatgatga-3’，其中5’端存在hex修飾，3’端依次存在mgb和nfq修飾。
19、在本專利技術的一個實施方式中，包括pcr擴增反應體系和pcr產物純化體系。
20、本專利技術的第二個目的是提供用于胃癌治療后預后評估或復發轉移判斷的試劑盒，所述試劑盒含有：用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233的引物組，以及用于特異性檢測幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233野生型和突變基因型的探針；
21、其中，s1625711位點位于幽門螺桿菌trna連接酶基因中，s1625711位點突變導致744位的蛋氨酸變為纈氨酸；s407233位點位于基因hp0396上，s407233位點突變導致第10位的賴氨酸變為谷氨酸。
22、在本專利技術的一個實施方式中，所述試劑盒為以離體糞便為樣本的試劑盒，所述試劑盒還含有用于從糞便樣本中提取總dna的試劑。
23、在本專利技術的一個實施方式中，用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711的引物組包括f1625711和r1625711，
24、f1625711：5’-caagcctatagcgatcgatgaa-3’；
25、r1625711：5’-tcaattctgcacgccttttg-3’；
26、用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s407233的引物組包括f407233和r407233，f407233：5’-ggttatttaaggtagttggatgcg-3’；
27、r407233：5’-aataaaagggctttgcccccatta-3’；
28、用于特異性檢測幽門螺旋桿菌位點s1625711野生型的探針如下：
29、f1625711w：5’-cgctttgatggaag-3’，其中5’端存在fam修飾，3’端依次存在mgb和nfq修飾；
30、用于特異性檢測幽門螺旋桿菌位點s1625711突變基因型的探針如下：
31、f1625711m：5’-acgctttagtggaag-3’，其中5’端存在hex修飾，3’端依次存在mgb和nfq修飾；
32、用于特異性檢測幽門螺旋桿菌位點s407233野生型的探針：
33、f407233w：5’-cttttaaaaaagcatga-3’，其中5’端存在fam修飾本文檔來自技高網
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【技術保護點】
1.用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒含有：用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233的引物組，以及用于特異性檢測幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233野生型和突變基因型的探針；
2.根據權利要求1所述的用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒為以離體糞便為樣本的試劑盒，所述試劑盒還含有用于從糞便樣本中提取總DNA的試劑。
3.根據權利要求1所述的用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711的引物組包括F1625711和R1625711，
4.根據權利要求1所述的用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，包括PCR擴增反應體系和PCR產物純化體系。
5.用于胃癌治療后預后評估或復發轉移判斷的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒含有：用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233的引物組，以及用于特異性檢測幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233野生型和突變基因型的探針；
6.根據權利要求5所述的用于胃癌治療后預后評估或復發轉移判斷的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒為以離體糞便為樣本的試劑盒，所述試劑盒還含有用于從糞便樣本中提取總DNA的試劑。
7.根據權利要求5所述的用于胃癌治療后預后評估或復發轉移判斷的試劑盒，其特征在于，用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711的引物組包括F1625711和R1625711，
8.根據權利要求5所述的用于胃癌治療后預后評估或復發轉移判斷的試劑盒，其特征在于，包括PCR擴增反應體系和PCR產物純化體系。
9.抑制幽門螺旋桿菌單核苷酸位點突變的物質在制備預防早期胃癌的疫苗中的應用，其特征在于，所述單核苷酸位點選自s1625711或s407233中的一種或兩種。
10.一種預防早期胃癌的疫苗，其特征在于，所述疫苗中含有抑制幽門螺旋桿菌單核苷酸位點突變的物質；
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【技術特征摘要】
1.用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒含有：用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233的引物組，以及用于特異性檢測幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233野生型和突變基因型的探針；
2.根據權利要求1所述的用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒為以離體糞便為樣本的試劑盒，所述試劑盒還含有用于從糞便樣本中提取總dna的試劑。
3.根據權利要求1所述的用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711的引物組包括f1625711和r1625711，
4.根據權利要求1所述的用于胃癌篩查的試劑盒，其特征在于，包括pcr擴增反應體系和pcr產物純化體系。
5.用于胃癌治療后預后評估或復發轉移判斷的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒含有：用于擴增幽門螺旋桿菌單核苷酸位點s1625711與s407233的引物組，以及用于特異性檢測幽門螺旋桿菌...
【專利技術屬性】
技術研發人員：徐大志，竇怡，
申請(專利權)人：復旦大學附屬腫瘤醫院，
類型：發明
國別省市：
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