【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及基因分子育種領域，具體為一種長白豬生長繁殖snp分子標記及其應用。
技術介紹
1、長白豬具有生長快、飼料利用率高，瘦肉率高等特點，而且母豬產仔較多，奶水較足，具有非常高的種用價值。長白豬常被作為母本豬種，當用來與其他豬種雜交時，可以有效地提高后代的生長和繁殖性能。在現代養豬生產中，長白豬是任何雜交組合中不可缺少的豬種，無論那一個配套系也離不開長白豬。因此長白豬的育種改良對于養豬產業的發展具有重要意義。
2、隨著分子生物學技術的發展，分子標記逐漸被應用于豬的育種工作中。其中單核苷酸多態性(single?nucleotide?polymorphism，snp)作為第三代遺傳標記，以覆蓋密度大、分布廣泛、數量豐富、突變率較低、遺傳穩定性較高而受到廣泛應用，也被認為是目前最佳的分子標記。同時能夠進行高通量基因分型的snp芯片應運而生，且已在各個領域得到了廣泛應用。目前，市場主流的snp芯片主要基于固相技術開發，檢測準確率較高，但存在靈活性差、樣本量要求嚴格、定制成本高等缺點。限制于重測序手段的高昂成本與傳統固相芯片相對較低的位點密度和靈活性，難以在長白豬生產實踐中進行大規模推廣應用。因此，我們針對長白豬的重要性狀，基于靶向測序基因型檢測(genotyping?by?target?sequencing，gbts)技術開發了一款高效、快速、低成本的大規模基因型檢測工具。針對豬育種領域，液相芯片的開發仍處于起步階段。與固相芯片相比，液相芯片不需要固相載體，極大提高了液相芯片的應用靈活度，同時液相芯片具有更高通量的檢測
3、位點信息是基因芯片探針設計的數據基礎，位點挑選更是芯片設計過程中的核心內容與關鍵環節，其效果直接決定了芯片的實用價值。在豬上，已開發了多款snp芯片，其中含50000個標記左右的芯片(50k)是主流。
4、geneseek公司、美國紐勤公司以及江西農業大學等先后開發了porcine?snp?50kbeadchip(geneseek)、kps?porcine?breeding?chip?v2(中芯一號)以及porcine?ggp?50kchip，這三款芯片都屬于固相芯片，均含約50000個snp標記覆蓋豬整個基因組。這些芯片均是對整個豬種進行設計，包含了所有品種豬的多種性狀，對于特定品種豬的特定性狀的snp位點不夠精細。考慮目前養豬業的實際育種工作，長白豬需要大量選種作為母本。針對長白豬的育種，我們更關注其生長和繁殖性能，因此有必要針對該特定品種設計開發用于這兩類性狀選種的特色育種芯片。
技術實現思路
1、本專利技術提供一種長白豬生長繁殖snp分子標記及其應用，旨在解決上述現有技術中存在的技術問題之一，能夠用于長白豬生長繁殖性狀的早期選種，為長白豬分子標記輔助育種、聯合育種等提供重要的工具，在長白豬育種的研究中發揮重要作用。
2、為了實現上述目的，一種長白豬snp分子標記在長白豬生長繁殖性狀選育中的應用，其特征在于，所述長白豬snp分子標記由306個snp分子標記組成，所述306個snp分子標記的物理位置是基于豬的參考基因組sscrofa11.1進行序列比對確定的；所述snp分子標記位點信息具體如說明書表1所示。
3、一種長白豬snp液相基因芯片，其特征在于，所述snp液相基因芯片包括用于檢測權利要求1中所述的一種長白豬snp分子標記的引物組和/或液相探針。
4、一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括用于檢測權利要求1中所述的長白豬snp分子標記的引物組和/或液相探針。
5、上述長白豬snp液相基因芯片和上述試劑盒中的至少一種在長白豬全基因組關聯分析中的應用。
6、一種長白豬snp分子標記、長白豬snp液相基因芯片和上述試劑盒中的至少一種在長白豬聚類分析及親緣關系鑒定中的應用。
7、一種長白豬snp分子標記、長白豬snp液相基因芯片和上述試劑盒中的至少一種在長白豬遺傳多樣性鑒定中的應用。
8、一種長白豬snp分子標記、長白豬snp液相基因芯片和上述試劑盒中的至少一種在長白豬育種或輔助育種中的應用。
9、進一步，所述育種或輔助育種包括輔助的主效基因選擇、分子輔助育種、全基因組選擇育種、遺傳圖譜構建、基因定位、物種進化分析和種質資源鑒定中的至少一種。
10、一種長白豬的育種方法，其特征在于，包括如下步驟：
11、利用一種長白豬snp分子標記、長白豬snp液相基因芯片和上述試劑盒中的至少一種對待測豬的dna進行檢測，選擇長白豬進行后續育種。
12、本專利技術的有益效果為：
13、(1)本專利技術提供的長白豬生長繁殖snp分子標記可用于長白豬低成本且大規模的基因分型，基于液相芯片技術，位點靈活，后期可隨時增加新的功能標記位點。
14、(2)本專利技術提利用多聚單核苷酸多態性技術，開發了長白豬全基因組50ksnp液相芯片。相較于固相芯片，本專利技術設計的snp液相芯片在單個擴增位點(靶位點)可以產生多個snp標記，使可檢測的snp數目擴大到位點數的1.5-2倍以上，即在不增加成本的前提下，有效地增加了標記信息。
15、(3)本專利技術主要針對長白豬生長繁殖性狀通過全基因組關聯分析鑒定相關位點并設計芯片，與同類型的50k芯片相比，不僅具有更好的品種代表性，且特異性地針對長白豬品種設計了更精確的探針序列。在我國，長白豬常作為母本，其繁殖和生長性狀是育種工作者最關心的兩類性狀，基于該單一品種設計的特定性狀的芯片具有很強的針對性，準確性也更高，且芯片成本較低，無論從育種角度還是經濟角度，該芯片都具備很好的應用前景。
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1.一種長白豬SNP分子標記在長白豬生長繁殖性狀選育中的應用，其特征在于，所述長白豬SNP分子標記由306個SNP分子標記組成，所述306個SNP分子標記的物理位置是基于豬的參考基因組Sscrofa11.1進行序列比對確定的；所述SNP分子標記位點信息具體如說明書表1所示。
2.一種長白豬SNP液相基因芯片，其特征在于，所述SNP液相基因芯片包括用于檢測權利要求1中所述的一種長白豬SNP分子標記的引物組和/或液相探針。
3.一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括用于檢測權利要求1中所述的長白豬SNP分子標記的引物組和/或液相探針。
4.如權利要求2中所述的長白豬SNP液相基因芯片和如權利要求3中所述的試劑盒中的至少一種在長白豬全基因組關聯分析中的應用。
5.如權利要求1中所述的長白豬SNP分子標記、權利要求2中所述的長白豬SNP液相基因芯片和權利要求3中所述的試劑盒中的至少一種在長白豬聚類分析及親緣關系鑒定中的應用。
6.如權利要求1中所述的長白豬SNP分子標記、權利要求2中所述的長白豬SNP液相基因芯片和權利要求3中所
7.如權利要求1中所述的長白豬SNP分子標記、權利要求2中所述的長白豬SNP液相基因芯片和權利要求3中所述的試劑盒中的至少一種在長白豬育種或輔助育種中的應用。
8.根據權利要求7所述的應用，所述育種或輔助育種包括輔助的主效基因選擇、分子輔助育種、全基因組選擇育種、遺傳圖譜構建、基因定位、物種進化分析和種質資源鑒定中的至少一種。
9.一種長白豬的育種方法，其特征在于，包括如下步驟：利用如權利要求1中所述的長白豬SNP分子標記、權利要求2中所述的長白豬SNP液相基因芯片和權利要求3中所述的試劑盒中的至少一種對待測豬的DNA進行檢測，選擇長白豬進行后續育種。
...【技術特征摘要】
1.一種長白豬snp分子標記在長白豬生長繁殖性狀選育中的應用，其特征在于，所述長白豬snp分子標記由306個snp分子標記組成，所述306個snp分子標記的物理位置是基于豬的參考基因組sscrofa11.1進行序列比對確定的；所述snp分子標記位點信息具體如說明書表1所示。
2.一種長白豬snp液相基因芯片，其特征在于，所述snp液相基因芯片包括用于檢測權利要求1中所述的一種長白豬snp分子標記的引物組和/或液相探針。
3.一種試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括用于檢測權利要求1中所述的長白豬snp分子標記的引物組和/或液相探針。
4.如權利要求2中所述的長白豬snp液相基因芯片和如權利要求3中所述的試劑盒中的至少一種在長白豬全基因組關聯分析中的應用。
5.如權利要求1中所述的長白豬snp分子標記、權利要求2中所述的長白豬snp液相基因芯片和權利要求3中所述的試劑...
【專利技術屬性】
技術研發人員：劉華濤，邢凱，馬福平，翟麗維，王楚端，
申請(專利權)人：中國農業大學，
類型：發明
國別省市：
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