【技術(shù)實(shí)現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)涉及生物信息及基因檢測，更具體的說是涉及一種彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法。
技術(shù)介紹
1、中國少數(shù)民族醫(yī)藥是傳統(tǒng)醫(yī)藥的重要組成部分，其中彝藥具有悠久的歷史和豐富的理論。經(jīng)過長期的實(shí)踐驗(yàn)證，其療效確切可靠，為我國醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)的發(fā)展做出了積極貢獻(xiàn)。彝藥發(fā)酵液是一種在低溫、無金屬環(huán)境下制備的發(fā)酵液，其獨(dú)特之處在于，通過將多種天然植物與微生物結(jié)合起來進(jìn)行共同發(fā)酵，以獲得豐富多樣化的營養(yǎng)成分，具備一定的保健作用及疾病防治的作用。
2、但目前有關(guān)彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中微生物多樣性相關(guān)研究甚少，因此，提供一種彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，對更好地控制發(fā)酵過程，提高彝藥發(fā)酵液的品質(zhì)和效果具有重要意義。
技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路
1、針對上述問題，本專利技術(shù)提供了一種彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法。
2、為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本專利技術(shù)采用如下技術(shù)方案：
3、一種彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，包括以下步驟：
4、(1)樣品預(yù)處理：根據(jù)發(fā)酵周期，從不同發(fā)酵時間的彝藥發(fā)酵液中7個批次進(jìn)行采樣，每個批次分別從5個采樣點(diǎn)進(jìn)行采集；各批次樣品分別混勻后，封裝于無菌瓶后置于冰盒，-80℃保存；
5、(2)基因組dna提?。悍謩e從步驟(1)中的各樣品中提取微生物的基因組dna；
6、(3)pcr擴(kuò)增：采用引物組對步驟(2)提取的各樣品中微生物基因組dna進(jìn)行擴(kuò)增，1％瓊脂糖凝膠電
7、(4)illumina?miseq高通量測序：將pcr擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行illumina?miseq高通量測序；
8、(5)illumina?miseq高通量測序數(shù)據(jù)處理：對步驟(4)得到的高通量測序原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾和拼接得到優(yōu)質(zhì)序列；
9、(6)數(shù)據(jù)分析：運(yùn)用vsearch軟件中的uparse算法對優(yōu)質(zhì)序列進(jìn)行otu聚類，并進(jìn)行分類學(xué)分析。
10、具體的，所述的彝藥發(fā)酵液為由5～100份刺梨、5～100份蜂蜜、1～30份余甘子、1～30份核桃和1～30份檸檬經(jīng)過粉碎或切片后，加入0.1～5％酵母混合均勻，需氧發(fā)酵后取上清液制備得到。
11、優(yōu)選的，步驟(1)所述的7個批次進(jìn)行采樣具體為：按月進(jìn)行取樣，依次為開始發(fā)酵的第1月、第2月、第3月、第4月、第6月、第8月和第10月。
12、具體的，步驟(3)所述的引物組為：通用引物338f/806r。
13、優(yōu)選的，步驟(4)所述的illuminamiseq高通量測序之前，還需要對檢測文庫進(jìn)行濃度的測定。
14、優(yōu)選的，步驟(5)所述的過濾和拼接具體為：使用pear軟件去除n堿基和低質(zhì)量部分，并設(shè)置最小overlap為10bp以及p-value為0.0001；利用vsearch軟件剔除長度小于230bp的序列，并采用uchime方法與gold?database比對以去除嵌合體序列。
15、優(yōu)選的，步驟(6)所述otu聚類的相似性閾值設(shè)定為97％。
16、優(yōu)選的，步驟(6)所述分類學(xué)分析具體為：通過alpha多樣性指數(shù)評估微生物群落的豐度和多樣性；通過beta多樣性分析比較不同樣品之間群落組成的差異性。
17、優(yōu)選的，步驟(6)所述alpha多樣性指數(shù)包括稀釋曲線、chao1指數(shù)和shannon指數(shù)。
18、經(jīng)由上述的技術(shù)方案可知，與現(xiàn)有技術(shù)相比，本專利技術(shù)公開提供了一種彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，通過高通量測序技術(shù)對對彝藥發(fā)酵液不同發(fā)酵時間的微生物的16s?rrna基因序列的分析，獲取樣本中存在的各類細(xì)菌的16s?rrna基因序列信息。利用生物信息學(xué)方法，比對和分析不同樣本之間的細(xì)菌種類、豐度和分布情況，從而了解彝藥發(fā)酵液在發(fā)酵過程中微生物菌群的變化規(guī)律，通過對微生物菌群的變化進(jìn)行監(jiān)測和分析，對可以更好地控制發(fā)酵過程以提高彝藥發(fā)酵液的品質(zhì)和效果有重要意義。
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1.一種彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，所述的彝藥發(fā)酵液為：由5～100份刺梨、5～100份蜂蜜、1～30份余甘子、1～30份核桃和1～30份檸檬經(jīng)過粉碎或切片后，加入0.1～5％酵母混合均勻，需氧發(fā)酵后取上清液制備得到。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(1)所述的7個批次進(jìn)行采樣具體為：按月進(jìn)行取樣，依次為開始發(fā)酵的第1月、第2月、第3月、第4月、第6月、第8月和第10月。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(3)所述的引物組為：通用引物338F/806R。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(4)所述的Illumina?MiSeq高通量測序之前，還需要對檢測文庫進(jìn)行濃度的測定。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(6)所述OTU聚類的相似性閾值設(shè)定為97％。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(6)所述分類學(xué)分析具體為：通過Alpha多樣性指數(shù)評估微生物群落的豐度和多樣性；通過Beta多樣性分析比較不同樣品之間群落組成的差異性。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(6)所述Alpha多樣性指數(shù)包括稀釋曲線、Chao1指數(shù)和Shannon指數(shù)。
...【技術(shù)特征摘要】
1.一種彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，包括以下步驟：
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，所述的彝藥發(fā)酵液為：由5～100份刺梨、5～100份蜂蜜、1～30份余甘子、1～30份核桃和1～30份檸檬經(jīng)過粉碎或切片后，加入0.1～5％酵母混合均勻，需氧發(fā)酵后取上清液制備得到。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(1)所述的7個批次進(jìn)行采樣具體為：按月進(jìn)行取樣，依次為開始發(fā)酵的第1月、第2月、第3月、第4月、第6月、第8月和第10月。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(3)所述的引物組為：通用引物338f/806r。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的彝藥發(fā)酵液的發(fā)酵過程中細(xì)菌群落多樣性的檢測方法，其特征在于，步驟(4)所述的illumina?miseq高通量測序之前，還需要對檢測文庫進(jìn)行濃度的測定。<...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：梁寒峭，楊春梅，范勇，田婧，劉滿嬌，盧亞楠，朱子冬，李守黔，周譽(yù)，李光陸，
申請(專利權(quán))人：北京城市學(xué)院，
類型：發(fā)明
國別省市：
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