【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)屬于分子生物學，涉及一種基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒、雜交捕獲方法及應用。
技術(shù)介紹
1、遺傳性耳聾的防控是提高人群聽力健康水平的主要切入點之一，而基因診斷在遺傳性耳聾防控中發(fā)揮著重要作用。
2、遺傳性耳聾是指由遺傳變異致聾，或因攜帶遺傳變異而對某種環(huán)境因素易感、在暴露于該環(huán)境因素后而發(fā)生的耳聾。遺傳性耳聾按照是否合并其他表型分為綜合征型和非綜合征型。綜合征型耳聾是指除耳聾外，還伴有其他器官或系統(tǒng)的功能或結(jié)構(gòu)異常；非綜合征型耳聾不伴其他器官或系統(tǒng)的異常，可伴有耳鳴、眩暈等。
3、遺傳性耳聾的表型譜較廣，致病基因遺傳異質(zhì)性強。2020年9月16日，clingenhearing?loss專家組審校認定了112個等級為moderate及以上的基因，其中109個(除外dspp、gjb3、gjb6)推薦用于耳聾診斷。此外，clingen其他疾病專家組審校認定col4a3、col4a4、ptpn11、col1a1等四個與綜合征型耳聾有關(guān)的基因也可用于耳聾診斷。
4、用于遺傳性耳聾基因診斷的主要方法包括基因芯片(gene?chip)、sanger測序、目標耳聾基因靶向捕獲測序(即已知耳聾基因二代測序panel)、全外顯子組測序(wholeexome?sequencing，wes)及全基因組測序(whole?genome?sequencing，wgs)等。基因芯片是雜交測序方法，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，主要檢測已知耳聾基因的熱點致病性變異，其主要優(yōu)
5、在文獻報道的超過100例耳聾患者的基因診斷中：(1)包括59～181個基因的耳聾基因靶向捕獲測序，能在38.8％～39.3％的散發(fā)耳聾患者中明確診斷分子病因，在33.5％～47.6％的散發(fā)和家系耳聾患者中明確診斷分子病因，在48％～56％的家系耳聾患者中明確診斷分子病因；(2)排除由gjb2或排除由gjb2、slc26a4、線粒體dna?m.1555a>g致聾的患者后，包括79～213個基因的耳聾基因靶向捕獲測序，能在15.5％～31％的耳聾患者中明確診斷分子病因；因此，在兼顧性價比與檢出率的情況下，對耳聾患者采用包括明確臨床意義的耳聾基因靶向捕獲測序方法進行基因診斷，不失為一種經(jīng)濟高效的策略。遺憾的是，目前對遺傳性耳聾相關(guān)基因的檢查通常是采用直接測序方法進行，但這種方法由于操作繁瑣、耗時長、通量低，雜交效率低而限制了在臨床上的應用。
6、因此，亟需一種可以快速檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒及檢測方法。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、鑒于此，本專利技術(shù)提出了一種基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒、雜交捕獲方法及應用，用于解決目前遺傳性耳聾相關(guān)基因檢測方法的操作繁瑣、耗時、通量低的問題。
2、為了解決上述問題，本專利技術(shù)所采用的技術(shù)方案是：
3、本專利技術(shù)的目的之一是提供了一種基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒包括包含捕獲探針的探針池，所述的捕獲探針用于雜交捕獲遺傳性耳聾相關(guān)基因。
4、作為本申請的優(yōu)選，所述遺傳性耳聾相關(guān)基因包含選自下組的分子或其片段：abhd12，actg1，adgrv1，aifm1，atp6v1b1，bcs1l，bsnd，cabp2，cacna1d，cdc14a，cdh23，ceacam16，cep78，chd7，cib2，cisd2，cldn14，clic5，clpp，clrn1，coch，col11a2，col1a1，col4a3，col4a4，col4a5，diaph1，diaph3，dmxl2，dnmt1，dspp，edn3，ednrb，eps8，eps8l2，espn，esrrb，eya1，eya4，fgf3，gata3，gipc3，gjb2，gjb3，gjb6，gpsm2，grhl2，grxcr1，grxcr2，gsdme，hgf，homer2，hsd17b4，ildr1，kcne1，kcnq1，kcnq4，lars2，lhfpl5，loxhd1，lrtomt，marveld2，mir96，mitf，msrb3，mt-rnr1，mt-ts1，myh14，myh9，myo15a，myo3a，myo6，myo7a，osbpl2，otoa，otof，otog，otogl，p2rx2，pax3，pcdh15，pdzd7，pjvk，pou3f4，pou4f3，prps1，ptpn11，ptprq，rdx，ripor2，s1pr2，serpinb6，six1，slc17a8，slc26a4，slc52a2，slc52a3，slitrk6，smpx，sox10，strc，syne4，tbc1d24，tecta，timm8a，tmc1，tmie，tmprss3，tprn，triobp，tubb4b，ush1c，ush1g，ush2a，wfs1，whrn。
5、作為本申請的優(yōu)選，所述探針池包括堿基序列為如表1所示seq?id?no?1～500的捕獲探針中的至少一種：
6、表1
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24、作為本申請的優(yōu)選，所述探針池包括堿基序列如表1所示seq?id?no?1～500的捕獲探針中的至少300種。
25、作為本申請的優(yōu)選，所述探針池包括堿基序列如表1所示seq?id?no?1～500的捕獲探針中的全部。
26、本專利技術(shù)的目的之二是提供了一種雜交捕獲方法，其特征在于，包括：
27、構(gòu)建包含遺傳性耳聾相關(guān)基因的靶向測序文庫；以及
28、采用所述的試劑盒對靶向測序文庫中的遺傳性耳聾相關(guān)基因進行雜交捕獲。
29、作為本申請的優(yōu)選，構(gòu)建包含遺傳性耳聾相關(guān)基因的靶向測序文庫步驟，包括：
30、獲得包含遺傳性耳聾相關(guān)基因的dna樣品，從所述dna樣品中分離遺傳性耳聾相關(guān)基因dna；
31、構(gòu)建包含遺傳性耳聾相關(guān)基因的dna樣本文庫；
32、將多個dna樣本文庫混合，建立包含多個不同dna樣本文庫的文庫池；
33、利用探針池對文庫池中的遺傳性耳聾相關(guān)基因進行雜交捕本文檔來自技高網(wǎng)...
【技術(shù)保護點】
1.基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒包括包含捕獲探針的探針池，所述的捕獲探針用于雜交捕獲遺傳性耳聾相關(guān)基因。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒，其特征在于，所述遺傳性耳聾相關(guān)基因包含選自下組的分子或其片段：ABHD12，ACTG1，ADGRV1，AIFM1，ATP6V1B1，BCS1L，BSND，CABP2，CACNA1D，CDC14A，CDH23，CEACAM16，CEP78，CHD7，CIB2，CISD2，CLDN14，CLIC5，CLPP，CLRN1，COCH，COL11A2，COL1A1，COL4A3，COL4A4，COL4A5，DIAPH1，DIAPH3，DMXL2，DNMT1，DSPP，EDN3，EDNRB，EPS8，EPS8L2，ESPN，ESRRB，EYA1，EYA4，F(xiàn)GF3，GATA3，GIPC3，GJB2，GJB3，GJB6，GPSM2，GRHL2，GRXCR1，GRXCR2，GSDME，HGF，HOMER2，HSD17B4，ILDR1，KCNE1，KCNQ1，KCNQ4
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒，其特征在于：所述探針池包括堿基序列如下表所示SEQ?ID?NO?1～500的捕獲探針中的至少一種：
4.一種雜交捕獲方法，其特征在于，包括：
5.根據(jù)權(quán)利要求4中所述的雜交捕獲方法，其特征在于：構(gòu)建包含遺傳性耳聾相關(guān)基因的靶向測序文庫步驟，包括：
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的雜交捕獲方法，其特征在于，構(gòu)建包含遺傳性耳聾相關(guān)基因的DNA樣本文庫，包括：
7.根據(jù)權(quán)利要求5所述的雜交捕獲方法，其特征在于：所述的基因組DNA片段化是采用酶切法打斷全血樣本中的遺傳性耳聾相關(guān)基因DNA獲得的。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的雜交捕獲方法，其特征在于，DNA樣本文庫中各DNA樣本文庫的用量根據(jù)各DNA樣本文庫中的DNA質(zhì)量濃度計算，保證文庫池中的DNA總量為1.5～4μg。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雜交捕獲方法，其特征在于，對靶標復合物的PCR擴增產(chǎn)物的純化方法是磁珠富集法。
10.權(quán)利要求1～3中任一項所述的基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒或如權(quán)利要求4所述的雜交捕獲方法在制備基因診斷遺傳性耳聾的試劑盒中的應用。
...【技術(shù)特征摘要】
1.基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒，其特征在于：所述試劑盒包括包含捕獲探針的探針池，所述的捕獲探針用于雜交捕獲遺傳性耳聾相關(guān)基因。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于雜交捕獲方法檢測遺傳性耳聾相關(guān)基因的試劑盒，其特征在于，所述遺傳性耳聾相關(guān)基因包含選自下組的分子或其片段：abhd12，actg1，adgrv1，aifm1，atp6v1b1，bcs1l，bsnd，cabp2，cacna1d，cdc14a，cdh23，ceacam16，cep78，chd7，cib2，cisd2，cldn14，clic5，clpp，clrn1，coch，col11a2，col1a1，col4a3，col4a4，col4a5，diaph1，diaph3，dmxl2，dnmt1，dspp，edn3，ednrb，eps8，eps8l2，espn，esrrb，eya1，eya4，fgf3，gata3，gipc3，gjb2，gjb3，gjb6，gpsm2，grhl2，grxcr1，grxcr2，gsdme，hgf，homer2，hsd17b4，ildr1，kcne1，kcnq1，kcnq4，lars2，lhfpl5，loxhd1，lrtomt，marveld2，mir96，mitf，msrb3，mt-rnr1，mt-ts1，myh14，myh9，myo15a，myo3a，myo6，myo7a，osbpl2，otoa，otof，otog，otogl，p2rx2，pax3，pcdh15，pdzd7，pjvk，pou3f4，pou4f3，prps1，ptpn11，ptprq，rdx，ripor2，s1pr2，...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：馬旖旎，周桂蘭，丁琳楓，
申請(專利權(quán))人：合肥艾迪康醫(yī)學檢驗實驗室有限公司，
類型：發(fā)明
國別省市：
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