【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于生物分子，具體涉及與谷子穎殼色相關的snp位點、分子標記及其應用。
技術介紹
1、谷子(setariaitalica)，古稱稷或粟，是一年生草本作物,原產于中國，是中國重要的糧食作物之一，在旱作農業可持續發展中具有不可替代的作用。谷子耐旱節水性強,被認為是應對未來干旱環境和氣候變暖的戰略儲備作物。。谷子籽粒主要由穎殼和穎果兩部分構成，穎殼和種皮的顏色是谷子品種的標志性狀，其顏色構成主要是類黃酮類物質。而類黃酮類物質具有抗氧化性功能，對人類在食品加工和醫療保健中的重要性也愈來愈明顯。谷子作為二倍體自花授粉作物，基因組較小，操作方便，繁殖周期短，遺傳相對簡單，現已具備了較高質量的參考基因組序列，且谷子ssr遺傳連鎖圖譜的發表，為谷子的遺傳分析奠定了良好基礎。雖然谷子全基因組序列已經完成測序,但是有關谷子穎殼色基因關聯研究鮮見報道；故有必要開發、利用、鑒定谷子穎殼色性狀的分子標記以培育出更為優良的品種。
技術實現思路
1、基于以上背景，本專利技術提供了與谷子穎殼色相關的snp位點、分子標記及其應用。
2、本專利技術的技術方案為：
3、與谷子穎殼色相關的snp位點，所述snp位點包括第一snp位點、第二snp位點，所述第一snp位點位于谷子的第8染色體第40326586位，其等位變異為c/t；所述第二snp位點位于谷子的第9染色體第49237210位，其等位變異為a/g。
4、基于同一專利技術構思，本專利技術還提供了檢測谷子基因組中snp的
5、1)在對谷子的穎殼色進行預測中的應用；
6、2)在對谷子的穎殼色性狀鑒定或是輔助鑒定中的應用；
7、3)在谷子穎殼色篩選育種或輔助育種中的應用。
8、所述snp位點包括第一snp位點、第二snp位點，所述第一snp位點位于谷子的第8染色體第40326586位，其等位變異為c/t；所述第二snp位點位于谷子的第9染色體第49237210位，其等位變異為a/g。
9、基于同一專利技術構思，本專利技術還提供了與谷子穎殼色相關的分子標記，所述分子標記包括第一分子標記、第二分子標記，所述第一分子標記包括谷子的第8染色體第40326586位點在內，所述第二分子標記包括谷子的第9染色體第49237210位在內；
10、其中第一分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，具體見下：
11、cgctgacaccttcttcttcacactgctgccgtctt[c/t]agtagaccccctccgcttgttagccgccacgagtt，其第36位堿基為c/t等位變異；
12、所述第二分子標記的核苷酸序列如seq?id?no.2所示，具體見下：
13、ccgcccggcctcccccatgtaatcccacctgtaac[a/g]cgcgcacatcattctcattttctcaataacgcgga，其第36為堿基為a/g等位變異。
14、基于同一專利技術構思，本專利技術還提供了與谷子穎殼色相關的分子標記在如下任一中的應用，所述應用包括：
15、1)在對谷子的穎殼色進行預測中的應用；
16、2)在對谷子的穎殼色性狀鑒定或是輔助鑒定中的應用；
17、3)在谷子穎殼色篩選育種或輔助育種中的應用。
18、基于同一專利技術構思，本專利技術還提供了一種預測谷子穎殼色的方法，其特征在于，采用特異性的用于檢測所述的snp位點的探針或芯片，對預測對象的谷子基因組dna進行檢測，獲得所述的snp位點的等位變異位點的堿基情況，根據堿基情況預測谷子的穎殼色；
19、或是以谷子的單葉片或種子的dna為模板，采用分子標記對應的引物進行pcr擴增，對擴增產物進行測序及其鑒定，根據鑒定結果預測谷子的穎殼色。
20、相比現有技術，本專利技術的有益效果為：
21、本專利技術提供了與谷子穎殼色性狀顯著相關的snp位點，并就此開發出與谷子穎殼色相關的分子標記，以此將基因組dna序列與谷子穎殼色性狀聯系起來，有利于谷子分子標記輔助育種體系的建立，可為更為精細定位、谷子選育提供方向及其依據。
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1.與谷子穎殼色相關的SNP位點，其特征在于，所述SNP位點包括第一SNP位點、第二SNP位點，所述第一SNP位點位于谷子的第8染色體第40326586位，其等位變異為C/T；所述第二SNP位點位于谷子的第9染色體第49237210位，其等位變異為A/G。
2.檢測谷子基因組中SNP的多態性或基因型的物質在如下任一中的應用，其特征在于，所述應用包括：
3.與谷子穎殼色相關的分子標記，其特征在于，所述分子標記包括第一分子標記、第二分子標記，所述第一分子標記包括谷子的第8染色體第40326586位點在內，所述第二分子標記包括谷子的第9染色體第49237210位在內；
4.權利要求3所述的與谷子穎殼色相關的分子標記在如下任一中的應用，其特征在于，所述應用包括：
5.一種預測谷子穎殼色的方法，其特征在于，采用特異性的用于檢測權利要求1所述的SNP位點的探針或芯片，對預測對象的谷子基因組DNA進行檢測，獲得權利要求1中所述的SNP位點的等位變異位點的堿基情況，根據堿基情況預測谷子的穎殼色；
【技術特征摘要】
1.與谷子穎殼色相關的snp位點，其特征在于，所述snp位點包括第一snp位點、第二snp位點，所述第一snp位點位于谷子的第8染色體第40326586位，其等位變異為c/t；所述第二snp位點位于谷子的第9染色體第49237210位，其等位變異為a/g。
2.檢測谷子基因組中snp的多態性或基因型的物質在如下任一中的應用，其特征在于，所述應用包括：
3.與谷子穎殼色相關的分子標記，其特征在于，所述分子標記包括第一分子標記、第二分子標記，所述...
【專利技術屬性】
技術研發人員：王鈺文，劉穎慧，趙治海，范曉慶，王曉明，范光宇，
申請(專利權)人：張家口市農業科學院河北省高寒作物研究所，
類型：發明
國別省市：
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