【技術實現步驟摘要】
本專利技術涉及分子生物學，具體涉及一種基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記及應用。
技術介紹
1、單核苷酸多態性(single?nucleotidepolymorphism，snp)是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的dna序列多態性，通常為二態性標記，是在基因組內分布最為廣泛的遺傳多態性標記類型。snp具有量大、高頻率、低突變率等優點，相比傳統育種方法，分子育種大大加快了選育效率，可以不受環境影響，通過遺傳背景選擇，減少連鎖累贅，從而加速育種過程及精準度，使得育種學家可以高效地選育出性狀優良的家畜家禽品種。
2、ryr是廣泛存在于肌肉細胞(包括骨骼肌和心肌)及腦組織中的鈣離子釋放通道，其功能是在收到上游信號后，將內質網或肌質網中的鈣離子迅速釋放到細胞質中，從而觸發進一步的信號傳遞，比如導致肌肉收縮等。在哺乳動物中，ryr有三個亞型，其中ryr1和ryr2已被證實在骨骼肌和心肌的興奮-收縮偶聯(excitation-contraction?coupling,ecc)中發揮作用。已有研究報道在慢性缺氧的小鼠模型中肺動脈平滑肌ryr受體的活性顯著升高，抑制或敲除ryr2基因可以預防小鼠平滑肌細胞內的鈣信號不受氧濃度的影響，說明ryr2可能對耐低氧起到關鍵作用。而ryr2及其家族成員在小鼠模型上的功能研究較為透徹，在豬上是否具有耐逆作用尚未明確。豬種選育受到不同地方氣候環境(如溫度、氧氣等)影響，選育出抗逆性強的豬種可以提高產量，降低選育成本，而耐低氧豬種的選育有望提高商品豬或地方豬高海拔生態環境適應性
技術實現思路
1、針對現有技術中存在的不足，本專利技術目的是提供一種基于ryr2的與豬耐低氧相關的snp分子標記及其應用，該snp分子標記位于ryr2基因核心啟動子區域核苷酸序列的第399位，堿基為c或t；ryr2基因核心啟動子區域的核苷酸序列為seq?id?no.15所示序列的-1bp～-715bp，在低氧條件下t為優勢等位基因。
2、為解決上述技術問題，本專利技術提供的技術方案是：
3、一種基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記，
4、所述snp分子標記位于ryr2基因核心啟動子區域核苷酸序列的第399位，堿基為c或t；所述ryr2基因核心啟動子區域為seq?id?no.15所示序列的-1bp～-715bp。
5、優選的，
6、在低氧條件下t為優勢等位基因。
7、擴增權利要求1所述的基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記的引物對，
8、所述引物對的正向序列如seq?id?no.22所示；
9、所述引物對的反向序列如seq?id?no.23所示。
10、含有上述基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記的引物的試劑或試劑盒。
11、上述的與豬耐低氧相關的snp分子標記在耐低氧豬種輔助選育中的應用。
12、優選的，
13、檢測所述豬ryr2基因核心啟動子區域，通過構建豬ryr2基因啟動子截短體p1和p2，進而構建重組質粒pgl3-basic-ryr2-p1和pgl3-basic-ryr2-p2，再采用雙熒光素酶活性測定所述重組質粒pgl3-basic-ryr2-p1和pgl3-basic-ryr2-p2的相對熒光素酶活性。
14、優選的，
15、擴增所述豬ryr2基因啟動子截短體p1和p2的引物對的正向序列如seq?id?no.16和seq?id?no.17所示，反向序列如seq?id?no.18所示。
16、一種選育耐低氧豬種的方法，基于上述的snp分子標記，檢測位于ryr2基因核心啟動子區域的第399位的所述snp分子標記，選擇該位點等位基因t的個體進行選育。
17、一種鑒定上述基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記的方法，包括如下步驟：
18、1)構建豬骨骼肌衛星細胞增殖的低氧模型；
19、2)通過藏豬高、低海拔不同組織轉錄組數據分析ryr2基因在所述豬骨骼肌衛星細胞低氧模型中的表達情況；
20、3)qrt-pcr檢測ryr2基因在低氧豬骨骼肌增殖衛星細胞中的表達情況；
21、4)構建豬ryr2基因啟動子截短體p1和p2，進而構建重組質粒pgl3-basic-ryr2-p1和pgl3-basic-ryr2-p2；
22、5)檢測豬ryr2基因啟動子區域活性；
23、6)細胞瞬時轉染和雙熒光素酶活性測定，鑒定所述snp位點(g.-399c>t)突變活性。
24、本專利技術的有益效果是：
25、本專利技術獲得一種基于ryr2的與豬耐低氧相關的分子標記，使得耐低氧豬種的選育提高商品豬或地方豬高海拔生態環境適應性，加快遺傳改良工作進程，選育出抗逆性強的豬種可以提高產量，降低選育成本，并且不需要進行大量的群體規模采樣與測定，能夠有效提高選育耐低氧豬種的效率。
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1.一種基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記，其特征在于，
2.根據權利要求1所述的基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記，其特征在于，
3.擴增權利要求1所述的基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記的引物對，其特征在于，
4.含有權利要求1所述的基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記的引物的試劑或試劑盒。
5.權利要求1-4任一項所述的基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記在耐低氧豬種輔助選育中的應用。
6.根據權利要求1所述的基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記，其特征在于，
7.根據權利要求6所述的基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記，其特征在于，
8.一種耐低氧豬種的選育方法，基于權利要求1所述的SNP分子標記，其特征在于，
9.一種鑒定權利要求1所述的基于RYR2基因的與豬耐低氧相關的SNP分子標記的方法，其特征在于，包括如下步驟：
【技術特征摘要】
1.一種基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記，其特征在于，
2.根據權利要求1所述的基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記，其特征在于，
3.擴增權利要求1所述的基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記的引物對，其特征在于，
4.含有權利要求1所述的基于ryr2基因的與豬耐低氧相關的snp分子標記的引物的試劑或試劑盒。
5.權利要求1-4任一項所述的基于ryr2基因的與豬耐低氧相關...
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