【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于生物工程，特別是涉及一種與豬飼料利用率和產肉性狀相關的單倍型育種標記及應用。
技術介紹
1、全球經濟快速發展、人口持續增長，養殖產業在滿足人類對肉類及其制品的需求上有著極為關鍵的作用。其中，養豬產業在畜牧業中占據重要地位，是全球肉類生產主要支柱產業。目前產業格局以規?；B殖為主、中小型為輔，而我國是最大的豬肉生產國和進口國，且我國人口基數大，對于豬肉需求更高。但產業也面臨疾病頻發、環境污染、飼料安全和生產效益不穩定等問題。因此，必須進行種豬品種改良，提高養殖效率和改良產肉性狀[1-2]。多數肉質性狀屬于數量性狀，由微效多基因控制，并且存在主基因效應[3]。有學者[4]借助動物遺傳學和分子生物學，探究了肉質性狀的表型與遺傳之間的關系，進一步證實了基因能夠對特定的肉質性狀產生影響?，F已在豬中鑒定出數千個數量性狀位點(quantitativetrait?locus，qtl)，這些基因座具有廣泛的經濟重要表型。現在qtl分析已常使用高密度單核苷酸多態性(single?nucleotide?polymorphism，snp)，并且通過利用長程連鎖不平衡(linkage?disequilibrium，ld)，實現更高分辨率的qtl定位，其應用已從實驗雜交擴展到近交種群。相關表型通常屬于生長、胴體、肉質、繁殖和抗病性等類別。已經進行了一些表達qtl(eqtl)研究，通過將表達水平視為qtl分析中的響應變量來鑒定控制重要性狀表型的基因[5]。且分子標記輔助選擇(marker?assisted?selection，mas)是一種結合
2、當前，許多肌肉中的長非編碼rna(long?non-coding?rna，lncrna)生理功能和調節機制尚待探索。有學者[9]對c2c12成肌細胞分化中的lncrna表達譜進行系統表征，鑒定出高表達的內含子lncrna-syisl。功能上，syisl促進成肌細胞增殖與融合，抑制肌源分化，基因敲除可使小鼠肌纖維密度和肌肉質量大增。機制上，syisl可通過招募prc2蛋白導致靶基因啟動子區域組蛋白h3第27位賴氨酸發生三甲基化(h3k27me3)，從而抑制靶基因表達?？傊瑂yisl是肌肉發育抑制因子，在prc2介導的肌細胞生成中有重要作用。因此，syisl基因的功能變異是研究豬產肉性狀遺傳基礎的重要內容。
技術實現思路
1、本專利技術的目標是篩選與豬飼料利用率和產肉性狀相關聯的遺傳標記。通過克隆豬8號染色體第104827658-104830494區段基因序列，并運用直接測序法尋找snp位點以及基因分型的方法，分析其與豬飼料利用率和產肉性狀的關聯性，從而為豬的飼料利用率和產肉性狀建立新的標記輔助選擇位點，提高豬肌肉產量。
2、本專利技術通過以下技術方案實現：
3、本專利技術獲得了豬8號染色體第104827658-104830494區段基因序列，見序列表seqid?no.1，片段長度分別為714bp、985bp和787bp，序列分別如序列表seq?id?no.2、序列表seq?id?no.3、序列表seq?id?no.4所示，通過在ncbi網站進行blast比對，發現該區域擴增片段內存在19處核苷酸多態性(snp)位點，具體如圖2所示。該snps位點的突變具體在8號染色體第104828115堿基處，堿基由g變為c、第104828116堿基處，堿基由c變為a、第104828148堿基處，堿基由c變為g、第104828156堿基處，堿基由g變為t、第104828200堿基處，堿基由g變為t、第104828225堿基處，堿基由c變為t、第104828229堿基處，堿基由g變為a、第104828873堿基處，堿基由t變為c、第104829029堿基處，堿基由g變為a、第104829046堿基處，堿基由c變為t、第104829307堿基處，堿基由t變為a、第104829327堿基處，堿基由a變為g、第104829460堿基處，堿基由a變為g、第104829466堿基處，堿基由a變為g、第104829500堿基處，堿基由a變為g、第104829504堿基處，堿基由t變為c、第104829535堿基處，堿基由t變為g、第104829890堿基處，堿基由c變為a、第104829970堿基處處，堿基由c變為t。
4、根據ensembl數據庫的命名規則，將該19個突變位點命名為rs698837059、rs702511014、rs711300964、rs707052512、rs696375896、rs708902283、rs691749030、rs343701254、rs320380315、rs326529139、rs340588370、rs322564742、rs342333906、rs324114921、rs334145347、rs341513531、rs328108976、rs326445452、rs346394676。
5、試驗材料選擇為大白豬。從大白豬的血液中提取全基因組dna，并根據ncbi數據庫公布的豬基因序列(nc_010450.4)設計3對引物。引物對的序列如下：
6、正向引物1(seq?id?no.5)：5’-tagggtcagtttcaagagaaagcattc-3’，
7、反向引物1(seq?id?no.6)：5’-acacaggagttatgcacttgtatctca-3’。
8、正向引物2(seq?id?no.7)：5’-cactcattctgacttggctgttcc-3’，反向引物2(seqid?no.8)：5’-cctaaatgatgtgaccttgagatttcc-3’。
9、正向引物3(seq?id?no.9)：5’-aagcagatgccaattcaagaagttcag-3’，反向引物3(seq?id?no.10)：5’-aacagccaagtcagaatgagtggtt-3’。
10、上述引物對可對豬本文檔來自技高網...
【技術保護點】
1.一種與豬飼料利用率和產肉性狀相關的單倍型育種標記，其特征在于，所述標記的位點位于豬8號染色體第104827658-104830494區段基因序列，其區段核苷酸序列如SEQ?IDNO.1所示，所述區段內存在19處SNP位點。
2.一種與豬飼料利用率和產肉性狀相關的SNPs分子標記，其特征在于，所述標記的位點位于豬8號染色體第104827658-104830494區段中的三段區間基因序列上，所述兩段區間核苷酸序列如SEQ?ID?NO.2、SEQ?ID?NO.3和SEQ?ID?NO.4所示，所述區段內共存在19處SNP位點。
3.根據權利要求1或2所述SNPs單倍型位點，其特征在于，所述位點的突變分別在豬8號染色體的：8號染色體第104828115堿基處，堿基由G變為C、第104828116堿基處，堿基由C變為A、第104828148堿基處，堿基由C變為G、第104828156堿基處，堿基由G變為T、第104828200堿基處，堿基由G變為T、第104828225堿基處，堿基由C變為T、第104828229堿基處，堿基由G變為A、第104828873堿基處，
4.一種與豬飼料利用率和產肉性狀相關的單倍型標記在豬育種中的應用。
...【技術特征摘要】
1.一種與豬飼料利用率和產肉性狀相關的單倍型育種標記，其特征在于，所述標記的位點位于豬8號染色體第104827658-104830494區段基因序列，其區段核苷酸序列如seq?idno.1所示，所述區段內存在19處snp位點。
2.一種與豬飼料利用率和產肉性狀相關的snps分子標記，其特征在于，所述標記的位點位于豬8號染色體第104827658-104830494區段中的三段區間基因序列上，所述兩段區間核苷酸序列如seq?id?no.2、seq?id?no.3和seq?id?no.4所示，所述區段內共存在19處snp位點。
3.根據權利要求1或2所述snps單倍型位點，其特征在于，所述位點的突變分別在豬8號染色體的：8號染色體第104828115堿基處，堿基由g變為c、第104828116堿基處，堿基由c變為a、第104828148堿基處，堿基由c變為g...
【專利技術屬性】
技術研發人員：左波，洪亞婷，麻志波，彭雅鑫，曾輔琴，吳小龍，徐在言，
申請(專利權)人：華中農業大學，
類型：發明
國別省市：
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