【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于分子生物學領域，具體地，本專利技術涉及一種引物修飾的設計方法。
技術介紹
1、引物和探針是影響核酸擴增成功與否及其結果是否可靠的關鍵因素之一。然而，在引物設計過程中，為了滿足高度保守或者檢出特定靶點的需要，通過現有引物設計軟件設計出來的引物無法滿足tm值的要求。
2、鎖核酸(locked?nucleic?acid，lna)是一種含有橋接雙環糖基(bridged,bicyclic?sugar?moiety)的合成核酸類似物，和dna與rna有相似的磷酸骨架結構，能基于堿基互補配對原則，與互補的lna，sdna，rna形成高親和力的雜交物，可用于引物探針的修飾，提高核酸擴增效率。但是，采用現有的lna修飾引物的結果不可控，甚至可能對pcr擴增過程產生負面影響，例如，可能由于其影響酶的結合，從而影響pcr的擴增效率。
3、因此，本領域需求一種lna修飾引物的設計方法，按照該方法設計的引物能最大程度提高pcr反應的擴增效率，且不會對pcr擴增過程產生各種負面影響。
技術實現思路
1、有鑒于此，第一方面，本專利技術提供一種引物修飾的設計方法，包括如下步驟：
2、s1、分別設計用于擴增的上下游引物；
3、s2、計算所述s1步驟設計的上下游引物的tm值，并將上下游引物的tm值進行比較；以及
4、s3、對所述步驟s2中比較的tm值較低的引物中的堿基按照如下規律進行修飾：
5、所述堿基為胞嘧啶脫氧核糖核酸或鳥嘌呤脫
6、進一步地，所述修飾后的引物的tm值為55～65℃，優選為56～60℃。
7、進一步地，所述修飾是鎖核酸或其衍生物的修飾。優選地，所述堿基為胞嘧啶脫氧核糖核酸或鳥嘌呤脫氧核糖核酸，且所述堿基數量為從所述引物5’端的第二位核苷酸開始的5個。
8、使用本專利技術的方法，通過lna修飾調整引物的tm值使得其與靶序列更好結合，提高引物與靶序列結合的熱穩定性，顯著提升核酸擴增效率。
9、進一步地，所述上下游引物的核苷酸數量為15～30，優選為18～22。
10、進一步地，所述修飾后的上下游引物引物tm值為55～65℃，優選為56～60℃。
11、在一些具體的實施方案中，所述引物可以通過常規引物設計軟件進行設計，包括但不限于primer?3、beacon?design?7、oligo?7，primer?5等。
12、第二方面，本專利技術提供一種如上所述的設計方法在制備用于檢測的試劑盒或裝置中的應用。
13、第三方面，本專利技術提供了一種檢測組合物，其包括按照如上方法設計的上下游引物。
14、進一步地，所述檢測組合物還包括探針。
15、更進一步地，探針可以是鎖核酸或其衍生物修飾的，也可以不是鎖核酸或其衍生物修飾的。
16、更進一步地，所述檢測組合物還包括核酸提取試劑、核酸擴增試劑中的一種或多種。
17、所述核酸擴增試劑包括pcr?buffer、dntps、mg2+、酶等。
18、第四方面，本專利技術提供一種引物修飾的設計裝置，包括：
19、s1、引物設計模塊，用于分別設計用于擴增的上下游引物；
20、s2、引物比較模塊，用于計算所述s1模塊設計的上下游引物的tm值，并將上下游引物的tm值進行比較；以及
21、s3、引物修飾模塊，用于對所述模塊s2中比較的tm值較低的引物中的堿基按照如下規律進行修飾：
22、所述堿基為胞嘧啶脫氧核糖核酸或鳥嘌呤脫氧核糖核酸，且所述堿基數量為從所述引物5’端的第二位核苷酸開始的3～5個。
23、進一步地，所述修飾后的引物的tm值為55～65℃，優選為56～60℃。
24、進一步地，所述修飾是鎖核酸或其衍生物的修飾。優選地，所述堿基為胞嘧啶脫氧核糖核酸或鳥嘌呤脫氧核糖核酸，且所述堿基數量為從所述引物5’端的第二位核苷酸開始的5個。
25、所述s1模塊中，設計的上下游引物的核苷酸數量為15～30，優選為18～22。
26、進一步地，設計的上下游引物引物的tm值為55～65℃，優選為56～60℃。
27、所述裝置還包括核酸提取模塊，所述核酸提取模塊用于提取樣本的核酸。
28、所述裝置還包括核酸擴增模塊，所述核酸擴增模塊用于通過使用s3模塊設計的鎖核酸引物擴增樣本的核酸。
29、第五方面，本專利技術提供一種設備，包括：
30、至少一個處理器；以及
31、與至少一個所述處理器通信連接的存儲器；其中，
32、所述存儲器存儲有可被所述處理器執行的指令，所述指令用于被所述處理器執行以實現上述任一項所述的引物修飾的設計方法。
33、在一些實施方案中，所述設備還包括至少一個輸入設備和至少一個輸出設備；在所述設備中，所述處理器、存儲器、輸入設備、輸出設備之間通過總線連接。
34、第六方面，提供了一種存儲介質，所述存儲介質存儲有計算機指令，所述計算機指令用于被所述計算機執行以實現上述任一項所述的引物修飾的設計方法。
35、在一些實施方案中，存儲介質為計算機可讀存儲介質。
36、第七方面，本專利技術提供一種試劑盒，包括：
37、樣本核酸提取試劑和擴增試劑；以及
38、如上所述的裝置或者設備或者存儲介質。
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1.一種引物修飾的設計方法，包括如下步驟：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟S3中，所述堿基為胞嘧啶脫氧核糖核酸或鳥嘌呤脫氧核糖核酸，且所述堿基數量為從所述引物5’端的第二位核苷酸開始的5個。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述修飾后的引物的Tm值為55～65℃。
4.根據權利要求1～3中任一項所述的方法，其特征在于，所述修飾是鎖核酸或其衍生物的修飾。
5.一種如權利要求1～4中任一項所述的引物修飾的設計方法在制備用于檢測的試劑盒或裝置中的應用。
6.一種檢測組合物，其包括按照如權利要求1～4中任一項所述的引物修飾的設計方法設計的上下游引物。
7.根據權利要求6所述的檢測組合物，其特征在于，所述檢測組合物還包括探針。
8.一種引物修飾的設計裝置，包括：
9.一種設備，包括：
10.一種存儲介質，所述存儲介質存儲有計算機指令，所述計算機指令用于被所述計算機執行以實現如權利要求1～3中任一項所述的核酸修飾引物的設計方法。
【技術特征摘要】
1.一種引物修飾的設計方法，包括如下步驟：
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟s3中，所述堿基為胞嘧啶脫氧核糖核酸或鳥嘌呤脫氧核糖核酸，且所述堿基數量為從所述引物5’端的第二位核苷酸開始的5個。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述修飾后的引物的tm值為55～65℃。
4.根據權利要求1～3中任一項所述的方法，其特征在于，所述修飾是鎖核酸或其衍生物的修飾。
5.一種如權利要求1～4中任一項所述的引物修飾的設...
【專利技術屬性】
技術研發人員：彭坤堅，丁峰，袁睿，吳康，戴立忠，
申請(專利權)人：圣湘生物科技股份有限公司，
類型：發明
國別省市：
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