【技術(shù)實現(xiàn)步驟摘要】
本專利技術(shù)屬于生物技術(shù)應用領(lǐng)域，涉及一種豌豆全基因組20k?snp液相育種芯片及其應用。
技術(shù)介紹
1、豌豆（ pisum?sativuml.），是重要的食物來源、動物飼料和工業(yè)原材料，具有突出的營養(yǎng)保健功能。近年來，豌豆在重要農(nóng)藝性狀的育種改良方面取得了顯著進展，但由于其基因組龐大且復雜，基于基因組學的復雜表型設(shè)計育種面臨諸多挑戰(zhàn)，嚴重限制了基礎(chǔ)研究和育種的快速發(fā)展。隨著計算育種和生物育種的興起，豌豆與主糧作物的育種差距進一步拉大。為縮短這一差距，亟需開發(fā)適用于豌豆的育種芯片，將幫助科學家更有效地識別和利用富有潛力的基因，提高育種效率，推動豌豆品種的創(chuàng)新與提升，為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)帶來新的增長點。
2、基因芯片的開發(fā)和應用在加速作物遺傳特性解析、品種鑒定、資源保護和選育工作中起到了重要作用。通過snp芯片，研究者能夠進行群體遺傳結(jié)構(gòu)分析，挖掘與經(jīng)濟性狀相關(guān)的候選基因，并實施基因組選擇等多種育種研究。因此，篩選與重要經(jīng)濟性狀相關(guān)的分子標記，并通過前沿分子育種技術(shù)加速豌豆品種的選育是必要的。
3、全基因組關(guān)聯(lián)研究和全基因組選擇育種是現(xiàn)代育種工作的基礎(chǔ)。然而，高昂的重測序成本與傳統(tǒng)固相芯片較低的位點密度和靈活性，限制了在豌豆、小麥等大基因組物種中的應用。因此，開發(fā)一款高效、快速、低成本的大規(guī)模基因型檢測工具，將促進我國豌豆分子育種的發(fā)展。
4、位點信息是基因芯片探針設(shè)計的基礎(chǔ)，位點選擇是芯片設(shè)計的核心和關(guān)鍵環(huán)節(jié)，其效果直接影響芯片的實用價值。長期以來，位點選
5、因此需要開發(fā)一種新型育種芯片為豌豆育種提供新的工具。
技術(shù)實現(xiàn)思路
1、本專利技術(shù)的目的是提供一種豌豆全基因組20k?snp液相育種芯片及其應用，以解決上述現(xiàn)有存在的技術(shù)問題。該豌豆20k?snp液相育種芯片可廣泛用于豌豆的重要性狀分析、種質(zhì)資源遺傳多樣性分析、品種鑒定分析、輔助選擇育種、群體結(jié)構(gòu)分析、遺傳與進化分析、親緣關(guān)系鑒定、全基因組關(guān)聯(lián)分析或基因組選擇中的應用，可以提高豌豆育種效率，推動豌豆品種的創(chuàng)新與提升，為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)帶來新的增長點。
2、本專利技術(shù)的目的可通過如下技術(shù)方案實現(xiàn)：
3、一種豌豆全基因組20k?snp液相育種芯片，其特征在于，該芯片的基因分型對象包括豌豆全基因組上的21,659個snp位點。
4、進一步地，所述液相芯片負載有豌豆全基因組20k?snp分子標記組合的分子探針或引物；其豌豆全基因組上的21,659個snp位點，所述snp位點組合的參考基因組為豌豆基因組“ pisum?sativumcultivar?zhewan1?(peazw1)”，所述snp位點的位置及變異信息采用染色體：物理位置：參考基因型/變異等位基因型的形式進行表示。
5、本專利技術(shù)還提供了一種分析豌豆基因組的試劑盒，所述試劑盒包含檢測豌豆全基因組20k?snp分子標記組合的試劑，或上述所述的分子探針組合，或上述所述的液相芯片。
6、本專利技術(shù)還提供了上述液相芯片或試劑盒在豌豆種質(zhì)資源遺傳多樣性分析、品種鑒定分析、輔助選擇育種、群體結(jié)構(gòu)分析、遺傳與進化分析、親緣關(guān)系鑒定、全基因組關(guān)聯(lián)分析或基因組選擇中的應用。
7、所述應用的方法是利用所述豌豆全基因組20k?snp液相育種芯片對豌豆樣品進行基因分型。
8、本專利技術(shù)的有益效果是：
9、本專利技術(shù)的豌豆20k?snp液相育種芯片，是基于237份豌豆樣本57個農(nóng)藝性狀關(guān)聯(lián)分析和全基因組重測序數(shù)據(jù)，此外還加入了先前研究的77個品種的重測序數(shù)據(jù)，從中篩選獲得高質(zhì)量、有代表性的snp位點21,659個構(gòu)成得到的，其中包含了已發(fā)表的235個可靠的與57個性狀顯著相關(guān)的功能位點。
10、基于高通量測序技術(shù)，一次性輸出的結(jié)果信息大，可同時檢測近千份材料，適用于illumina、mgi等二代測序主流平臺，具備平臺廣適性。
11、本專利技術(shù)的豌豆20k?snp液相育種芯片可廣泛用于豌豆的重要性狀分析、種質(zhì)資源遺傳多樣性分析、品種鑒定分析、輔助選擇育種、群體結(jié)構(gòu)分析、遺傳與進化分析、親緣關(guān)系鑒定、全基因組關(guān)聯(lián)分析或基因組選擇中的應用，可以提高豌豆育種效率，推動豌豆品種的創(chuàng)新與提升。
本文檔來自技高網(wǎng)...【技術(shù)保護點】
1.一種豌豆全基因組20K?SNP液相育種芯片，其特征在于，該芯片的基因分型對象包括豌豆全基因組上的21,659個SNP位點。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種豌豆全基因組20K?SNP液相育種芯片，其特征在于，所述液相芯片負載有豌豆全基因組20K?SNP分子標記組合的分子探針或引物，該芯片的基因分型對象包括豌豆全基因組上的21,659個SNP位點，所述SNP位點的參考基因組為豌豆基因組“Pisum?sativum?cultivar?Zhewan1?(PeaZW1)”。
3.一種分析豌豆基因組的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包含檢測豌豆全基因組20KSNP分子標記組合的試劑。
4.一種如權(quán)利要求2中所述的豌豆20K?SNP液相育種芯片在豌豆種質(zhì)資源遺傳多樣性分析、品種鑒定分析、輔助選擇育種、群體結(jié)構(gòu)分析、遺傳與進化分析、親緣關(guān)系鑒定、全基因組關(guān)聯(lián)分析或基因組選擇中的應用。
5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的應用，其特征在于，所述應用的方法包括如下步驟：利用所述豌豆全基因組20K?SNP液相育種芯片對豌豆樣品進行基因分型。
【技術(shù)特征摘要】
1.一種豌豆全基因組20k?snp液相育種芯片，其特征在于，該芯片的基因分型對象包括豌豆全基因組上的21,659個snp位點。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種豌豆全基因組20k?snp液相育種芯片，其特征在于，所述液相芯片負載有豌豆全基因組20k?snp分子標記組合的分子探針或引物，該芯片的基因分型對象包括豌豆全基因組上的21,659個snp位點，所述snp位點的參考基因組為豌豆基因組“pisum?sativum?cultivar?zhewan1?(peazw1)”。<...
【專利技術(shù)屬性】
技術(shù)研發(fā)人員：劉娜，鄧雅元，繆家順，龔亞明，
申請(專利權(quán))人：湘湖實驗室農(nóng)業(yè)浙江省實驗室，
類型：發(fā)明
國別省市：
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