【技術實現步驟摘要】
本專利技術屬于生物，具體涉及一種用于評價黃精道地性的微生物標志物組合物及應用。
技術介紹
1、道地藥材是指在特定地理環境中生長，質量優異、療效顯著、歷史悠久、且具有顯著地域性特點的中藥材。中藥材的質量和藥效與其生長的生態環境密切相關，特別是氣候、土壤、地理位置等因素對其有效成分的合成和積累有重要影響。盡管同一種中藥材在國內分布廣泛，不同產地的藥材在成分、質量和藥效上往往存在顯著差異。例如，當歸、黃芪、甘草等藥材，其產地不同，藥效差異很大。因此，道地藥材的識別是評估其質量和藥效的關鍵依據。
2、黃精為百合科植物滇黃精polygonatum?kingianum?coll.et?hemsl.、黃精polygonatum?sibi?ricum?red.或多花黃精polygonatum?cyrtonema?hua的干燥根莖，廣泛分布于中國安徽、甘肅、四川、云南等地。黃精自古以來在中醫藥領域被廣泛應用，具有抗衰老、降血糖、降血脂、提高和改善記憶、抗腫瘤、調節免疫、抗病毒、抗炎等等功效。研究表明，安徽九華山一帶出產的黃精質量上乘、療效顯著，綜合評價指標優于其他產地的黃精，具有“質優效佳”的特點，因而被譽為道地藥材。
3、目前，常用的藥材道地性評價方法主要包括藥材的形態學鑒別、色譜分析、質譜分析等。形態學鑒別方法雖然簡便易行，但受觀察者主觀因素影響較大，且難以對藥材質量進行定量評價。色譜、質譜等現代分析技術可以提供更為精確的信息，但通常存在成本較高、操作繁瑣、檢測速度慢等缺點。因此，亟需一種高效、準確、低成本的方法來快速
4、近年來，微生物組學的研究為中藥材質量控制提供了新的思路。微生物組是指宿主植物體內外的微生物群落及其基因組的整體，包括細菌、古細菌、真菌、病毒等微生物種群，以及它們在宿主植物內外的代謝功能和生態作用。內生菌群則專指定植在植物體內、與宿主植物共生的微生物群體。黃精作為一種藥用植物，其內生菌群對其生長、代謝及有效成分的積累具有重要作用。不同產地的黃精內生菌群種類、豐度和多樣性存在顯著差異，這些差異與黃精的藥效和化學成分的差異密切相關。但是，本領域尚沒有使用內生菌對黃精的道地性進行評價的方法。
5、針對上述技術問題，本專利技術對黃精內生群落進行系統分析，并鑒定具有不同豐度的內生菌作為生物標記，篩選了特定的黃精內生菌作為評價黃精道地性的微生物標志物組合，所述微生物標志物組合包括escherichia.shigella，acremonium，pseudomonas，serratia，mortierel?la，wallemia，engyodontium，sporidesmium，ceratobasidium，clonostachys和ralstonia，可提供有效的道地性評價。同時，本專利技術結合隨機森林模型，得到了一種評價黃精道地性的方法，與傳統方法相比，能更快速準確地判斷出黃精的產地是否為黃精道地產區安徽九華山，靈敏度高、特異性強，能夠大大改善常規性狀鑒別方法主觀性強、準確度低，化學指紋圖譜等方法成本高、操作復雜、檢測速度慢和化學試劑毒性大等缺陷，滿足藥材流通領域快速高效的實際訴求，在藥材的生產與質量評價方面具有現實意義和應用價值。
技術實現思路
1、針對上述技術問題，本專利技術的目的在于提供一種用于評價黃精道地性的微生物標志物組合及應用，具體包括以下內容：
2、第一方面，本專利技術提供了一種用于評價黃精道地性的微生物標志物組合，所述的微生物標志物組合包括escherichia.shigella，acremonium，pseudomonas，serratia，mortierella，wa?llemia，engyodontium，sporidesmium，ceratobasidium，clonostachys和ralstonia中的一種或幾種。
3、優選地，所述的微生物標志物組合由escherichia.shigella，acremonium，pseudomonas，serratia，mortierella，wallemia，engyodontium，sporidesmium，ceratobasidium，clonostach?ys和ralstonia組成。
4、第二方面，本專利技術提供了上述第一方面所述的微生物標志物組合在評價黃精道地性中的應用。
5、第三方面，本專利技術提供了一種上述第一方面所述的微生物標志物組合在制備評價黃精道地性的試劑、試劑盒、芯片中的應用。
6、第四方面，本專利技術提供了一種上述第一方面所述的微生物標志物組合在構建評價黃精道地性的模型中的應用。
7、第五方面，本專利技術提供了檢測上述第一方面所述的微生物標志物組合的試劑在制備評價黃精道地性的試劑、試劑盒、芯片中的應用。
8、第六方面，本專利技術提供了檢測上述第一方面所述的微生物標志物組合在構建評價黃精道地性的模型中的應用。
9、第六方面，本專利技術提供了一種用于評價黃精道地性的模型，所述模型構建方法包括：
10、(1)樣本處理：采集道地和非道地黃精樣本，進行預處理；
11、(2)提取樣本中上述第一方面所述的微生物標志物組合的基因組dna，檢測所述微生物的物種豐度；
12、(3)以不同分組的樣本物種豐度矩陣構建隨機森林模型進步預測，其中判定道地組預測值為0，非道地組預測值為1，獲得評價模型。
13、優選地，所述預處理包括：將黃精樣本依次經過清洗、截斷、75％乙醇浸泡、5％次氯酸鈉浸泡消毒、吸干水分、切小塊、于-80℃保存處理。
14、優選地，所述步驟(2)包括：
15、①基因組dna提取；
16、②目的片段pcr擴增：以步驟①提取的基因組dna為模板，根據測序區域的選擇，使用帶barcode的特異引物，tks?gflex?dna?polymerase進行pcr；進行兩輪pcr擴增，電泳檢測，磁珠純化；
17、③文庫構建和測序：取純化過的pcr產物進行qubit定量，調整濃度，使用illuminanovaseq?6000測序平臺進行測序，并生成250bp雙端reads；
18、④生物信息學分析：數據下機后，首先使用cutadapt軟件，將rawdata序列剪切掉引物序列，使用dada2，將上一步合格的雙端rawdata進行質量過濾，降噪，拼接及去嵌合體等質控分析，得到代表序列及asv豐度表格；使用qiime?2軟件包挑選出各個asv的代表序列后，并將所有16s代表序列與silva(version138)數據庫進行比對注釋，所有its代表序列與unite數據庫進行比對注釋。
19、優選地，步驟①所述的基因組dna提取按照常規方法提取。
20、優選地，步驟④所述的質量過濾按照qiime?2(2020.11)默認參數進行，比對注釋使用q2-feature-classifier軟件默認參數進行分析。
本文檔來自技高網...【技術保護點】
1.一種用于評價黃精道地性的微生物標志物組合，其特征在于，所述的微生物標志物組合包括Escherichia.Shigella，Acremonium，Pseudomonas，Serratia，Mortierella，Wallemia，Engyodontium，Sporidesmium，Ceratobasidium，Clonostachys和Ralstonia中的一種或幾種。
2.如權利要求1所述的微生物標志物組合，其特征在于，所述的微生物標志物組合由Escherichia.Shigella，Acremonium，Pseudomonas，Serratia，Mortierella，Wallemia，Engyodont?ium，Sporidesmium，Ceratobasidium，Clonostachys和Ralstonia組成。
3.如權利要求1或2所述的微生物標志物組合在評價黃精道地性中的應用。
4.如權利要求1或2所述的微生物標志物組合或檢測權利要求1或2所述的微生物標志物組合的試劑在制備評價黃精道地性的試劑、試劑盒、芯片中的應用，或在構建評價
5.一種用于評價黃精道地性的模型，其特征在于，所述模型構建方法包括：
6.如權利要求5所述的模型，其特征在于，所述預處理包括：將黃精樣本依次經過清洗、截斷、75％乙醇浸泡、5％次氯酸鈉浸泡消毒、吸干水分、切小塊、于-80℃保存處理。
7.一種用于評價黃精道地性的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：
8.一種用于黃精道地性評價的系統，其特征在于，包括：
9.一種計算機設備，包括存儲器、處理器及存儲在存儲器上并可在處理器上運行的計算機程序，其特征在于，所述處理器執行所述程序時使權利要求8所述的系統實現以下步驟，包括：
10.一種計算機可讀存儲介質，其上存儲有如權利要求9所述的計算機設備。
...【技術特征摘要】
1.一種用于評價黃精道地性的微生物標志物組合，其特征在于，所述的微生物標志物組合包括escherichia.shigella，acremonium，pseudomonas，serratia，mortierella，wallemia，engyodontium，sporidesmium，ceratobasidium，clonostachys和ralstonia中的一種或幾種。
2.如權利要求1所述的微生物標志物組合，其特征在于，所述的微生物標志物組合由escherichia.shigella，acremonium，pseudomonas，serratia，mortierella，wallemia，engyodont?ium，sporidesmium，ceratobasidium，clonostachys和ralstonia組成。
3.如權利要求1或2所述的微生物標志物組合在評價黃精道地性中的應用。
4...
【專利技術屬性】
技術研發人員：陳朋，劉英杰，徐寧，周忠坤，馬云浩，趙璠婷，
申請(專利權)人：蘭州大學，
類型：發明
國別省市：
還沒有人留言評論。發表了對其他瀏覽者有用的留言會獲得科技券。